BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236A22
Chromosome12 (Build37)
Map Location 15,881,081 - 16,014,342
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG432636
Upstream geneLOC668492, LOC100042426, LOC217409, Trib2, LOC100043268, LOC100043273
Downstream geneLpin1, Ntsr2, Greb1, E2f6, Rock2, Pqlc3, 2410004P03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236A22.bB6Ng01-236A22.g
ACCGA047372GA047373
length9581,131
definitionB6Ng01-236A22.b B6Ng01-236A22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,881,081 - 15,882,034)(16,013,207 - 16,014,342)
sequence
gaattcaaggtctaccaggtcaggttgtgacttatcttttctcatactct
ttgatacataaatttattatttaatatctgttcttcaaactcctttttat
tcttttaaaaaattctttccatctataaagactagctcttggcacctcta
ccccatgtccttccacgagtgctgagatattctggtcttacactattata
atctaggtttgcctcttatttgaactctaatgatgtttttgttacacatc
cactttttctaaagaagtatgtaaagagatggtttataaccatcctgaga
acaaagtagctttacacttgctattgtgttgaaaaacgcataacttactt
atcctgcaggactcaatcccagagttccctgcctcacatcctccccagtg
gccctgttaggcccagagaagaatggttctattctcctttacagacctcc
ttttatttaaagtggtgcttacttaattgtctgtctgtttatatctgtca
ggtcctcaagactgaccactaagtctagttaaatcctcaaggccccattg
cttgtctagaaaagtatctgtcatttgataaatgctcatgagttacatcc
aaaatatcatatgtattgtatgtagctttacccatagattactgaagatg
gctcaatttcttctctcttttatatgattctaatatggaggtagagaagt
actcaggagaggtccattcttaagtgaggagtgattgacggatgattggc
ctctcagcaaggggagatttggttttttctttaaggatacagtccctggt
gggttagtcacgttccagtagatggtcatatagccatgagcatatatgac
cagtatgaattggactcagtgggctattggtagtgaagattatgatattg
aacagggctcaagaggtaaggagtgggatcagttagagggggaagaagtg
ggaggtga

gaattcaatacatactagttagcatttttatagacagagctcatgtggca
tacagcagagtcatcacacagcacctatccgatctctaaaaggatagatg
catttaaaccctattcaaattcaacaagtttacttacaatttcttttaac
ttcagcaaacaatgaagctgttattatttctatgttagatgtgagagaat
gagggttaaatggtataattgaaacaattattttctggataatgtattgg
gtatctttgaccattaaggagagtatataattacgttcttacagtgttac
tagaaggcaacactgaagttgaaaacaatatggtgtcctacaccttcagt
gtctgtgaagcttcaagactattatacttcctggcagtatgttccagaag
gtatgttctgtcctgtccatgtagcatatagtgtcctgatgctgtattat
gagtctttttaacaactcaacaacccatttcacagggaaagggagtgagg
tccagagtcagagtactacttcagtcccacaaggctggtgagcttcaatc
aagatccaatcccagaccagggtgtctgcagtgctctgttgttctccaca
acatcacaccacctcccacggtttccagaaatagaattagtaagctcagc
atgactcatggtcttcctcgccacaaagtcatctcaaaaatctttggctt
ggaaacaactttgaagggtaacacgtcaagcaaggatcctccctccgcta
tagtgagagaatttctcttgtgacatccatcaagaaaccagagggcactg
ggacacatgcaggcacacagagttgaattcatagagggacgctcaccaag
gtgggaatggcatttaagtctactgattcggacctcactcgccacacagc
taatggtgctaaggcccagagacatttgttaggtatcttagaagtatgct
ttgaatagcatagacccatgttattgagaagaatgttctagggcagagat
gccagatcccagggctacaactgaggactgaaaaaaaaaatcacacccac
caaaccacaggacattcagctcaagatcattgctaaacctccaactcact
gtgcagatctttcccttcccaactgctcgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_15881081_15882034
seq2: B6Ng01-236A22.b_49_1006

seq1  GAATTCAAGGTCTACCAGGTCAGGTTGTGACTTATCTTTTCTCATACTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGTCTACCAGGTCAGGTTGTGACTTATCTTTTCTCATACTCT  50

seq1  TTGATACATAAATTTATTATTTAATATCTGTTCTTCAAACTCCTTTTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATACATAAATTTATTATTTAATATCTGTTCTTCAAACTCCTTTTTAT  100

seq1  TCTTTTAAAAAATTCTTTCCATCTATAAAGACTAGCTCTTGGCACCTCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTAAAAAATTCTTTCCATCTATAAAGACTAGCTCTTGGCACCTCTA  150

seq1  CCCCATGTCCTTCCACGAGTGCTGAGATATTCTGGTCTTACACTATTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATGTCCTTCCACGAGTGCTGAGATATTCTGGTCTTACACTATTATA  200

seq1  ATCTAGGTTTGCCTCTTATTTGAACTCTAATGATGTTTTTGTTACACATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGGTTTGCCTCTTATTTGAACTCTAATGATGTTTTTGTTACACATC  250

seq1  CACTTTTTCTAAAGAAGTATGTAAAGAGATGGTTTATAACCATCCTGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTTTCTAAAGAAGTATGTAAAGAGATGGTTTATAACCATCCTGAGA  300

seq1  ACAAAGTAGCTTTACACTTGCTATTGTGTTGAAAAACGCATAACTTACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTAGCTTTACACTTGCTATTGTGTTGAAAAACGCATAACTTACTT  350

seq1  ATCCTGCAGGACTCAATCCCAGAGTTCCCTGCCTCACATCCTCCCCAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGCAGGACTCAATCCCAGAGTTCCCTGCCTCACATCCTCCCCAGTG  400

seq1  GCCCTGTTAGGCCCAGAGAAGAATGGTTCTATTCTCCTTTACAGACCTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGTTAGGCCCAGAGAAGAATGGTTCTATTCTCCTTTACAGACCTCC  450

seq1  TTTTATTTAAAGTGGTGCTTACTTAATTGTCTGTCTGTTTATATCTGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTAAAGTGGTGCTTACTTAATTGTCTGTCTGTTTATATCTGTCA  500

seq1  GGTCCTCAAGACTGACCACTAAGTCTAGTTAAATCCTCAAGGCCCCATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTCAAGACTGACCACTAAGTCTAGTTAAATCCTCAAGGCCCCATTG  550

seq1  CTTGTCTAGAAAAGTATCTGTCATTTGATAAATGCTCATGAGTTACATCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTAGAAAAGTATCTGTCATTTGATAAATGCTCATGAGTTACATCC  600

seq1  AAAATATCATATGTATTGTATGTAGCTTTACCCATAGATTACTGAAGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATCATATGTATTGTATGTAGCTTTACCCATAGATTACTGAAGATG  650

seq1  GCTCAATTTCTTCTCTCTTTTATATGATTCTAATATGGAGGTAGAGAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAATTTCTTCTCTCTTTTATATGATTCTAATATGGAGGTAGAGAAGT  700

seq1  ACTCAGGAGAGGTCCATTCTTAAGTGAGGAGTGATTGACGGATGATTGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGAGAGGTCCATTCTTAAGTGAGGAGTGATTGACGGATGATTGGC  750

seq1  CTCTCAGCAAGGGGAGATTTGGTTTTTTCTTTAAGGATACAGTCCCTGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGCAAGGGGAGATTTGGTTTTTTCTTTAAGGATACAGTCCCTGGT  800

seq1  GGGTTAGTCACGTTCCAGTAGATGGTCATATAGCCATGAGCATATATGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAGTCACGTTCCAGTAGATGGTCATATAGCCATGAGCATATATGAC  850

seq1  CAGTATGAATTGGACTCAGTGGGCTATTGGTAGTGAAGATTATGATATTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATGAATTGGACTCAGTGGGCTATTGGTAGTGAAGATTATGATATTG  900

seq1  AACAGGGCTCAGGAGGTAAGGAGTGGGATCAGTTAGAGGGG--AG-AGT-  946
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  || ||| 
seq2  AACAGGGCTCAAGAGGTAAGGAGTGGGATCAGTTAGAGGGGGAAGAAGTG  950

seq1  GGAGGTGA  954
      ||||||||
seq2  GGAGGTGA  958


seq1: chr12_16013207_16014342
seq2: B6Ng01-236A22.g_64_1194 (reverse)

seq1  TGCGAGCAGTGTGGAAGGAAAAGATCTTGCCACAGTGAGTTGGAGGTTTA  50
      ||||||||||  |||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  TGCGAGCAGTTGGGAAGGGAAAGATCT--GCACAGTGAGTTGGAGGTTTA  48

seq1  GCAATGAATCTTTGAGGCTGAATGTCCTGTGGTTTGGT-GGTGTGATTTT  99
      |||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GCAATG-ATC-TTGA-GCTGAATGTCCTGTGGTTTGGTGGGTGTGATTTT  95

seq1  TTTTTTCAGTTCTTCAGTTGTAGCCCTGGGATCTGGCATCTCTGCCCTAG  149
      ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCAG-TCCTCAGTTGTAGCCCTGGGATCTGGCATCTCTGCCCTAG  144

seq1  AACATTCTTCTCAATAACATGGGTCTATGCTATTCAAAGCATACTTCTAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTCTTCTCAATAACATGGGTCTATGCTATTCAAAGCATACTTCTAA  194

seq1  GATACCTAACAAATGTCTCTGGGCCTTAGCACCATTAGCTGTGTGGCGAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCTAACAAATGTCTCTGGGCCTTAGCACCATTAGCTGTGTGGCGAG  244

seq1  TGAGGTCCGAATCAGTAGACTTAAATGCCATTCCCACCTTGGTGAGCGTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCCGAATCAGTAGACTTAAATGCCATTCCCACCTTGGTGAGCGTC  294

seq1  CCTCTATGAATTCAACTCTGTGTGCCTGCATGTGTCCCAGTGCCCTCTGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTATGAATTCAACTCTGTGTGCCTGCATGTGTCCCAGTGCCCTCTGG  344

seq1  TTTCTTGATGGATGTCACAAGAGAAATTCTCTCACTATAGCGGAGGGAGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGATGGATGTCACAAGAGAAATTCTCTCACTATAGCGGAGGGAGG  394

seq1  ATCCTTGCTTGACGTGTTACCCTTCAAAGTTGTTTCCAAGCCAAAGATTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTGCTTGACGTGTTACCCTTCAAAGTTGTTTCCAAGCCAAAGATTT  444

seq1  TTGAGATGACTTTGTGGCGAGGAAGACCATGAGTCATGCTGAGCTTACTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGATGACTTTGTGGCGAGGAAGACCATGAGTCATGCTGAGCTTACTA  494

seq1  ATTCTATTTCTGGAAACCGTGGGAGGTGGTGTGATGTTGTGGAGAACAAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTATTTCTGGAAACCGTGGGAGGTGGTGTGATGTTGTGGAGAACAAC  544

seq1  AGAGCACTGCAGACACCCTGGTCTGGGATTGGATCTTGATTGAAGCTCAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCACTGCAGACACCCTGGTCTGGGATTGGATCTTGATTGAAGCTCAC  594

seq1  CAGCCTTGTGGGACTGAAGTAGTACTCTGACTCTGGACCTCACTCCCTTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTGTGGGACTGAAGTAGTACTCTGACTCTGGACCTCACTCCCTTT  644

seq1  CCCTGTGAAATGGGTTGTTGAGTTGTTAAAAAGACTCATAATACAGCATC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGAAATGGGTTGTTGAGTTGTTAAAAAGACTCATAATACAGCATC  694

seq1  AGGACACTATATGCTACATGGACAGGACAGAACATACCTTCTGGAACATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACTATATGCTACATGGACAGGACAGAACATACCTTCTGGAACATA  744

seq1  CTGCCAGGAAGTATAATAGTCTTGAAGCTTCACAGACACTGAAGGTGTAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGGAAGTATAATAGTCTTGAAGCTTCACAGACACTGAAGGTGTAG  794

seq1  GACACCATATTGTTTTCAACTTCAGTGTTGCCTTCTAGTAACACTGTAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCATATTGTTTTCAACTTCAGTGTTGCCTTCTAGTAACACTGTAAG  844

seq1  AACGTAATTATATACTCTCCTTAATGGTCAAAGATACCCAATACATTATC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTAATTATATACTCTCCTTAATGGTCAAAGATACCCAATACATTATC  894

seq1  CAGAAAATAATTGTTTCAATTATACCATTTAACCCTCATTCTCTCACATC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAATAATTGTTTCAATTATACCATTTAACCCTCATTCTCTCACATC  944

seq1  TAACATAGAAATAATAACAGCTTCATTGTTTGCTGAAGTTAAAAGAAATT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATAGAAATAATAACAGCTTCATTGTTTGCTGAAGTTAAAAGAAATT  994

seq1  GTAAGTAAACTTGTTGAATTTGAATAGGGTTTAAATGCATCTATCCTTTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTAAACTTGTTGAATTTGAATAGGGTTTAAATGCATCTATCCTTTT  1044

seq1  AGAGATCGGATAGGTGCTGTGTGATGACTCTGCTGTATGCCACATGAGCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATCGGATAGGTGCTGTGTGATGACTCTGCTGTATGCCACATGAGCT  1094

seq1  CTGTCTATAAAAATGCTAACTAGTATGTATTGAATTC  1136
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTATAAAAATGCTAACTAGTATGTATTGAATTC  1131


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |