BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236B17
Chromosome12 (Build37)
Map Location 54,604,426 - 54,769,784
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNpas3
Upstream geneArhgap5, Akap6
Downstream geneEgln3, EG665239, EG665251, LOC665256, LOC621363, 1110002B05Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236B17.bB6Ng01-236B17.g
ACCGA047406GA047407
length1,1771,075
definitionB6Ng01-236B17.b B6Ng01-236B17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,604,426 - 54,605,582)(54,768,703 - 54,769,784)
sequence
gaattcactcagccctactctcaccaacacacacccaaagtacccctcat
gggtaggatgtcaacatgacaaaaactgaacacacattcctgttggctgt
tctgccttggagaatgtagattatcaacttgctgacataggaatgcatgt
cctagataccagcgtaaccctgaaatttcacaaaagatttgtatataatt
ctagtgcatgtgtgttggataaattgtttactctagttcaggcatgatta
tttttatgtttcatccatacaatgtaaaaggaactgataagtttgttgag
tcaggaactacacagcataaaactatattatttaattttatataaattga
tagactggacttatatttatttacttagcacaactataatttgcttctgt
tttgaatgagtttaaaacagaaaaggctctcttggtagggatggcagccc
aaatagacaaaagaatgatggatcttgctcattctgttcttgtatgatga
aacagcgtaggtttggaactatggtctttttcagatgtgtacttttagat
catatagaaatattgacttattttacacagataagagatgagtttgcagt
ggactcatataacagatctaagaccagagttagtgctataaacaacgttc
attttgtgtcataattatcaaacattccaggtgagaattttgtcaggcat
agactgtaactactaattgatttttcactgtgtggctttcagtcagttca
gctctgtaattacctgttatgattaagatgggtaggaagatagagcatgg
tcacatcccccatgtgtgtcacagtctatgccagggtgcgaggtatcact
catggcagcaggaaaggctgggatggttgctgaggagactacaaagagat
aacacatccttagttaatgattgtggtccagcatggaaattgatacatgt
tcactgttagtaaactttcgatagacgagagctgaagatgcaagctcagt
gactccatcctgtctaccactggcctctccagtgtcttctgggatgcagg
atcactttcctacaagctggcactgggtgtaagaaatatgcacacagctt
atgctttaattcttagcctcctttaatgtcaaaaactgctaccctcaatt
tcggatccaaatagtcatggaaacaac
gaattcattgacttcccatgaccaaagcttcaataattatctccccagct
gcagaagggaattggacagtgagagtttgactgaggctttgcacagagtg
gcaccgtgattgcttcatataactttctttatgattacgaatcttctgga
aattagatttccctctgaacagtgtgaactgcaccttcaaaacaactgga
taatcaggtaggagaaagcctgcttctcagaggcatggtttccactgtgg
ctagatttttcttaatcttcctttcccaagcaaagagcatttccacaact
ttttttttttgcattggtgtgctgagtggaggcttcatgtgaatcagttt
ggctgaacttagtaagatgaaaccaaacaaaaattacccccccccagata
gattaaattcagtgagctaagcatccgacctgtatgtcttttgagaaatg
ggtggtcagatctggcaggagaggtctaatccagttccagccctgctcta
tgtgtgtgccccaatctaaggcagctgaaatagagtaaggtaggaacaaa
attccataggggatggccattattagcagattttattattattgatctaa
catgtatgattagttaaaataaaacacagccacagcaaagcaacctagaa
gtaagaggaaataacataaagaatcctgtgtttggttaaatcttatttag
aaaactaaagccaaaattccagctgtgtagcctttaaactacgaggcttg
gggaaaaaagattccataaatcctctgaatttcagcttctccgtgataat
gaaagctaaataaataaataaataaataaataacaaaagcaaagcaaaac
aacaaacaacctctcacacacatggcaagcgtggaaatgtccttctgaag
ctatggagtactatagagctgagtagatactgaacacagtgaaaacccag
gcttcctacacagctgcattgcaggaccatctttataaggaaatccatag
gcactgggcttagatctgcactgcatgcatttgacaatttggctcttaga
tatcatcaattattattatttgaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_54604426_54605582
seq2: B6Ng01-236B17.b_45_1221

seq1  GAATTCACTCAGCCCTACTCTCACCAACACACACCCAAAGTACCCCTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCAGCCCTACTCTCACCAACACACACCCAAAGTACCCCTCAT  50

seq1  GGGTAGGATGTCAACATGACAAAAACTGAACACACATTCCTGTTGGCTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGGATGTCAACATGACAAAAACTGAACACACATTCCTGTTGGCTGT  100

seq1  TCTGCCTTGGAGAATGTAGATTATCAACTTGCTGACATAGGAATGCATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTTGGAGAATGTAGATTATCAACTTGCTGACATAGGAATGCATGT  150

seq1  CCTAGATACCAGCGTAACCCTGAAATTTCACAAAAGATTTGTATATAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGATACCAGCGTAACCCTGAAATTTCACAAAAGATTTGTATATAATT  200

seq1  CTAGTGCATGTGTGTTGGATAAATTGTTTACTCTAGTTCAGGCATGATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGCATGTGTGTTGGATAAATTGTTTACTCTAGTTCAGGCATGATTA  250

seq1  TTTTTATGTTTCATCCATACAATGTAAAAGGAACTGATAAGTTTGTTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATGTTTCATCCATACAATGTAAAAGGAACTGATAAGTTTGTTGAG  300

seq1  TCAGGAACTACACAGCATAAAACTATATTATTTAATTTTATATAAATTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAACTACACAGCATAAAACTATATTATTTAATTTTATATAAATTGA  350

seq1  TAGACTGGACTTATATTTATTTACTTAGCACAACTATAATTTGCTTCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTGGACTTATATTTATTTACTTAGCACAACTATAATTTGCTTCTGT  400

seq1  TTTGAATGAGTTTAAAACAGAAAAGGCTCTCTTGGTAGGGATGGCAGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATGAGTTTAAAACAGAAAAGGCTCTCTTGGTAGGGATGGCAGCCC  450

seq1  AAATAGACAAAAGAATGATGGATCTTGCTCATTCTGTTCTTGTATGATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGACAAAAGAATGATGGATCTTGCTCATTCTGTTCTTGTATGATGA  500

seq1  AACAGCGTAGGTTTGGAACTATGGTCTTTTTCAGATGTGTACTTTTAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCGTAGGTTTGGAACTATGGTCTTTTTCAGATGTGTACTTTTAGAT  550

seq1  CATATAGAAATATTGACTTATTTTACACAGATAAGAGATGAGTTTGCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAGAAATATTGACTTATTTTACACAGATAAGAGATGAGTTTGCAGT  600

seq1  GGACTCATATAACAGATCTAAGACCAGAGTTAGTGCTATAAACAACGTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCATATAACAGATCTAAGACCAGAGTTAGTGCTATAAACAACGTTC  650

seq1  ATTTTGTGTCATAATTATCAAACATTCCAGGTGAGAATTTTGTCAGGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTGTCATAATTATCAAACATTCCAGGTGAGAATTTTGTCAGGCAT  700

seq1  AGACTGTAACTACTAATTGATTTTTCACTGTGTGGCTTTCAGTCAGTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTAACTACTAATTGATTTTTCACTGTGTGGCTTTCAGTCAGTTCA  750

seq1  GCTCTGTAATTACCTGTTATGATTAAGATGGGTAGGAAGATAGAGCATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTAATTACCTGTTATGATTAAGATGGGTAGGAAGATAGAGCATGG  800

seq1  TCACATCCCCCATGTGTGTCACAGTCTATGCCAGGGTGCGAGGTATCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATCCCCCATGTGTGTCACAGTCTATGCCAGGGTGCGAGGTATCACT  850

seq1  CATGGCAGCAGG-AAGGCTGGGATGGTTGCTGAGGAGACTACAAAGAGAT  899
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCAGCAGGAAAGGCTGGGATGGTTGCTGAGGAGACTACAAAGAGAT  900

seq1  AACACAT-CTTAGTTAATGATTGTGGTCCAGCATGGAAATTGATACATGT  948
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATCCTTAGTTAATGATTGTGGTCCAGCATGGAAATTGATACATGT  950

seq1  TCACTGTTAGTAAACTTTCGATAGACGAGAGCTGAAGATGCAAGCTCAGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTTAGTAAACTTTCGATAGACGAGAGCTGAAGATGCAAGCTCAGT  1000

seq1  GACTCCATCCTGTCTA-CACTGG-CTCTCCAGTGTC-TCTGGGATGCAGG  1045
      |||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  GACTCCATCCTGTCTACCACTGGCCTCTCCAGTGTCTTCTGGGATGCAGG  1050

seq1  ATCAC-TTCCTACAAGCTGGCACT-GGTGTA--GAATATGCACACAGCTT  1091
      ||||| |||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||
seq2  ATCACTTTCCTACAAGCTGGCACTGGGTGTAAGAAATATGCACACAGCTT  1100

seq1  ATTGCTTT-ATTC-TAGC--TCTTTAATG--CAAAACTGCTACTC---AT  1132
      | |||||| |||| ||||   ||||||||   ||||||||||| |   ||
seq2  A-TGCTTTAATTCTTAGCCTCCTTTAATGTCAAAAACTGCTACCCTCAAT  1149

seq1  TTC-GAT-CAAATAGTCAT-GAAACAAC  1157
      ||| ||| ||||||||||| ||||||||
seq2  TTCGGATCCAAATAGTCATGGAAACAAC  1177

seq1: chr12_54768703_54769784
seq2: B6Ng01-236B17.g_64_1138 (reverse)

seq1  TTTCAAATAATAATAA-TGATGATATCTAAGAGCCAAATTTGGTCAAATG  49
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  TTTCAAATAATAATAATTGATGATATCTAAGAGCCAAATT--GTCAAATG  48

seq1  CATGCAGTTGCAGATCCTAAGCCCAGTGCCTATGGATTTCTTTATAAAGA  99
      ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CATGCAG-TGCAGAT-CTAAGCCCAGTGCCTATGGATTTCCTTATAAAGA  96

seq1  TGGTCTTGCAATTGCAGCTGTGTAGGAAGCCTGGGTTTTCACTGTGTTCA  149
      ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCTGCAA-TGCAGCTGTGTAGGAAGCCTGGGTTTTCACTGTGTTCA  145

seq1  GTATCTACTCAGCTCTATAGTACTCCATAGCTTCAGAAGGACATTTCCAC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTACTCAGCTCTATAGTACTCCATAGCTTCAGAAGGACATTTCCAC  195

seq1  GCTTGCCATGTGTGTGAGAGGTTGTTTTGTTTGTTTTGCTTTGCTTTTGT  249
      |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCCATGTGTGTGAGAGGTTGTTT--GTTGTTTTGCTTTGCTTTTGT  243

seq1  TATTTTATTTATTTATTTATTTATTTAGCTTTCATTATCACGGAGAAGCT  299
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TA-TTTATTTATTTATTTATTTATTTAGCTTTCATTATCACGGAGAAGCT  292

seq1  GAAATTCAGAGGATTTATGGAATCTTTTTTCCCCAAGCCTCGTAGTTTAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTCAGAGGATTTATGGAATCTTTTTTCCCCAAGCCTCGTAGTTTAA  342

seq1  AGGCTACACAGCTGGAATTTTGGCTTTAGTTTTCTAAATAAGATTTAACC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTACACAGCTGGAATTTTGGCTTTAGTTTTCTAAATAAGATTTAACC  392

seq1  AAACACAGGATTCTTTATGTTATTTCCTCTTACTTCTAGGTTGCTTTGCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACAGGATTCTTTATGTTATTTCCTCTTACTTCTAGGTTGCTTTGCT  442

seq1  GTGGCTGTGTTTTATTTTAACTAATCATACATGTTAGATCAATAATAATA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTGTGTTTTATTTTAACTAATCATACATGTTAGATCAATAATAATA  492

seq1  AAATCTGCTAATAATGGCCATCCCCTATGGAATTTTGTTCCTACCTTACT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGCTAATAATGGCCATCCCCTATGGAATTTTGTTCCTACCTTACT  542

seq1  CTATTTCAGCTGCCTTAGATTGGGGCACACACATAGAGCAGGGCTGGAAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCAGCTGCCTTAGATTGGGGCACACACATAGAGCAGGGCTGGAAC  592

seq1  TGGATTAGACCTCTCCTGCCAGATCTGACCACCCATTTCTCAAAAGACAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTAGACCTCTCCTGCCAGATCTGACCACCCATTTCTCAAAAGACAT  642

seq1  ACAGGTCGGATGCTTAGCTCACTGAATTTAATCTATCTGGGGGGGGGTAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTCGGATGCTTAGCTCACTGAATTTAATCTATCTGGGGGGGGGTAA  692

seq1  TTTTTGTTTGGTTTCATCTTACTAAGTTCAGCCAAACTGATTCACATGAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTTGGTTTCATCTTACTAAGTTCAGCCAAACTGATTCACATGAA  742

seq1  GCCTCCACTCAGCACACCAATGCAAAAAAAAAAAGTTGTGGAAATGCTCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCACTCAGCACACCAATGCAAAAAAAAAAAGTTGTGGAAATGCTCT  792

seq1  TTGCTTGGGAAAGGAAGATTAAGAAAAATCTAGCCACAGTGGAAACCATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGGGAAAGGAAGATTAAGAAAAATCTAGCCACAGTGGAAACCATG  842

seq1  CCTCTGAGAAGCAGGCTTTCTCCTACCTGATTATCCAGTTGTTTTGAAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGAGAAGCAGGCTTTCTCCTACCTGATTATCCAGTTGTTTTGAAGG  892

seq1  TGCAGTTCACACTGTTCAGAGGGAAATCTAATTTCCAGAAGATTCGTAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTTCACACTGTTCAGAGGGAAATCTAATTTCCAGAAGATTCGTAAT  942

seq1  CATAAAGAAAGTTATATGAAGCAATCACGGTGCCACTCTGTGCAAAGCCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAGAAAGTTATATGAAGCAATCACGGTGCCACTCTGTGCAAAGCCT  992

seq1  CAGTCAAACTCTCACTGTCCAATTCCCTTCTGCAGCTGGGGAGATAATTA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAAACTCTCACTGTCCAATTCCCTTCTGCAGCTGGGGAGATAATTA  1042

seq1  TTGAAGCTTTGGTCATGGGAAGTCAATGAATTC  1082
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGCTTTGGTCATGGGAAGTCAATGAATTC  1075