BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236F18
Chromosome12 (Build37)
Map Location 76,117,025 - 76,256,017
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnh5
Upstream geneSyt16, 1700086L19Rik, Dbpht2, LOC671971
Downstream geneRhoj, Gphb5, Ppp2r5e, Wdr89, LOC665931, Sgpp1, Syne2, Esr2, LOC665957
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236F18.bB6Ng01-236F18.g
ACCGA047597GA047598
length1,1501,075
definitionB6Ng01-236F18.b B6Ng01-236F18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,117,025 - 76,118,180)(76,254,926 - 76,256,017)
sequence
gaattcctctgagtgacctggataaagcacatattcccaaaagttaacag
aaaaattctgggtatggtgccatgagattataaccccatcactgggtcaa
gggagtatataggcacatataggagtatatacaggaggatatgtgaagct
cacttgccagtccattctaataggtaagctctagcccagtgagattccct
atctccaaagaggtacatggagttcctgagaactatgctggtggctgtct
tctggattccacaattatggacacagatgtatcctcacctgcacacatac
acacatgtgcctgcacaaatactcttacacacagatgcacacaaaaataa
ataaatataaaaaatgtacattatctttaaaaacctctagctgtttctta
gtgtcagactcttgccccttcatctctttttcatatacctctcctcaccc
tgagctctcctcacagcatctgcttcacagctttttatatcacaccctca
actttcttaattggtatatattggtcaaatacccttttcatctgcacttt
tcatagacattgctgaggcatgggggtgagtggtttagagctgtacttag
aatagtaactacaagttggttggtaaattatgggccatctgtggacatct
ggacagttgtgaacatctgggcagctgttatcaaggcaataggactgatg
gtggtttttcttttaaagaatgttaagttttaagatcttgggaactttag
gttgtatgttctgatttttatgataagcatgcaccatgtgtatagttaaa
ttttaggtagaaagcatagatactattagagaagaatcaggtacaataca
cgtaatagaatcagcacaagacacctgagagttatcatagtgatggcagc
ctttgctgtgcttgctctgagctttatgcatctctaacacacttatctcc
ctacgtctcattacattctattgtaaatgccgggaacagatcctggaagg
tgaatcttgaccaagccagagcttcagtttcagagctattcaacccagca
tcatagcactcatgtgcaactgaacaacaataacttctcccgactccgca
gaaaccaaggtaacacctggcacttctatatctggaaggcttcagagtcc

gaattcattttcactttattatcatgagaccattaacattgttaaagttg
cagccaaaaactgttgttttttcaaccttagttaatatccaaatatacat
tttgaactaattttatgcctaaaacaaacctacttttctgcgtaaaatag
agcagcaatataaactacatatatttgctaggttctatgtcacatggaga
agtgatagattttaatatttttttgatatttaatagattttgaatgattt
tatttccaaagaggactctttaatgtttttttttttcagattagattttt
caagatcaagtaatataatgaacaaagaatttgtcccatcaaatcatatt
tgtattaatagcatttttggaggaacattctcaacttgtctctgttacaa
catcaatattcttaatttgtggaaaagagactccagcctatctaataaat
gaaaacatgtttggtcatcattactactgaccactaagcacactcttcca
ttagactcttgactgcaaagaggtgccttacagtgggttcagtgggaatt
tctgtttgtgatataaagcttggggttattgaaggtggggtcattggtca
ccatgcttagtggattatgacacatgctatattattgtcttatagaatat
agctatttcatctgctcatcttataaaattttccattttgatcacttgaa
agacaaaggttgttcaataaagctaagtaattctctctttcttctttaga
atcaagtttcttactgggaaatgcccaaattgtggactggcctgtagttt
atagtaatgacggtttttgtaaactctctggatatcatcgagctgacgtc
atgcagaaaagcagcacctgcaggtaagtggatccaacaactctgaaatc
ttttccaaatatgaacaagattctgagagtggtgagaggtttgtgtttac
ttatactcaagacaggataaataggtcgaagagtaaaaaaaaagatttat
tgtgacagcaaatatgatttaggagctgatgctgatactttcgcaggaga
ctttgcttatatgtgatattcactc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_76117025_76118180
seq2: B6Ng01-236F18.b_52_1201

seq1  GAATTCCTCTGAGTGACCTGGATAAAGCACATATTCCCAAAAGTTAACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTGAGTGACCTGGATAAAGCACATATTCCCAAAAGTTAACAG  50

seq1  AAAAATTCTGGGTATGGTGCCATGAGATTATAACCCCATCACTGGGTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTCTGGGTATGGTGCCATGAGATTATAACCCCATCACTGGGTCAA  100

seq1  GGGAGTATATAGGCACATATAGGAGTATATACAGGAGGATATGTGAAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTATATAGGCACATATAGGAGTATATACAGGAGGATATGTGAAGCT  150

seq1  CACTTGCCAGTCCATTCTAATAGGTAAGCTCTAGCCCAGTGAGATTCCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGCCAGTCCATTCTAATAGGTAAGCTCTAGCCCAGTGAGATTCCCT  200

seq1  ATCTCCAAAGAGGTACATGGAGTTCCTGAGAACTATGCTGGTGGCTGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCAAAGAGGTACATGGAGTTCCTGAGAACTATGCTGGTGGCTGTCT  250

seq1  TCTGGATTCCACAATTATGGACACAGATGTATCCTCACCTGCACACATAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGATTCCACAATTATGGACACAGATGTATCCTCACCTGCACACATAC  300

seq1  ACACATGTGCCTGCACAAATACTCTTACACACAGATGCACACAAAAATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGTGCCTGCACAAATACTCTTACACACAGATGCACACAAAAATAA  350

seq1  ATAAATATAAAAAATGTACATTATCTTTAAAAACCTCTAGCTGTTTCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATATAAAAAATGTACATTATCTTTAAAAACCTCTAGCTGTTTCTTA  400

seq1  GTGTCAGACTCTTGCCCCTTCATCTCTTTTTCATATACCTCTCCTCACCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGACTCTTGCCCCTTCATCTCTTTTTCATATACCTCTCCTCACCC  450

seq1  TGAGCTCTCCTCACAGCATCTGCTTCACAGCTTTTTATATCACACCCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTCTCCTCACAGCATCTGCTTCACAGCTTTTTATATCACACCCTCA  500

seq1  ACTTTCTTAATTGGTATATATTGGTCAAATACCCTTTTCATCTGCACTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTTAATTGGTATATATTGGTCAAATACCCTTTTCATCTGCACTTT  550

seq1  TCATAGACATTGCTGAGGCATGGGGGTGAGTGGTTTAGAGCTGTACTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGACATTGCTGAGGCATGGGGGTGAGTGGTTTAGAGCTGTACTTAG  600

seq1  AATAGTAACTACAAGTTGGTTGGTAAATTATGGGCCATCTGTGGACATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTAACTACAAGTTGGTTGGTAAATTATGGGCCATCTGTGGACATCT  650

seq1  GGACAGTTGTGAACATCTGGGCAGCTGTTATCAAGGCAATAGGACTGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTTGTGAACATCTGGGCAGCTGTTATCAAGGCAATAGGACTGATG  700

seq1  GTGGTTTTTCTTTTAAAGAATGTTAAGTTTTAAGATCTTGGGAACTTTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTTTTCTTTTAAAGAATGTTAAGTTTTAAGATCTTGGGAACTTTAG  750

seq1  GTTGTATGTTCTGATTTTTATGATAAGCATGCACCATGTGTATAGTTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTATGTTCTGATTTTTATGATAAGCATGCACCATGTGTATAGTTAAA  800

seq1  TTTTAGGTAGAAAGCATAGATACTATTAGAGAAGAATCAGGTACAATACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGGTAGAAAGCATAGATACTATTAGAGAAGAATCAGGTACAATACA  850

seq1  CGTAATAGAATCAGCACAAGACACCTGAGAGTTATCATAGTGATGGCAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAATAGAATCAGCACAAGACACCTGAGAGTTATCATAGTGATGGCAGC  900

seq1  CTTTGCTGTGCTTGCTCTGAGCTTTATGCATCTCTAACACAC-TATCTCC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTTTGCTGTGCTTGCTCTGAGCTTTATGCATCTCTAACACACTTATCTCC  950

seq1  CTACGTCTTCATTACATTCTTATTGTAAATGCCGGGAACAGATCCTGG-A  998
      ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTACGTC-TCATTACATTC-TATTGTAAATGCCGGGAACAGATCCTGGAA  998

seq1  GGTGAATCTGACCCAAGCCAGAGCTTCAGTTTCAAGAGCTATTCAACCCA  1048
      |||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGTGAATCTTGACCAAGCCAGAGCTTCAGTTTC-AGAGCTATTCAACCCA  1047

seq1  GCATTCATAGCAACTTCATGGTTGCAACTGAAC-ACAATTAC-TCTCCCG  1096
      ||| ||||||||   |||||  ||||||||||| ||||| || |||||||
seq2  GCA-TCATAGCA--CTCATG--TGCAACTGAACAACAATAACTTCTCCCG  1092

seq1  ACTCCGCAGAAAACCAAAGGTAACA-CTGGCACTTCTATCCTTGAAAGGG  1145
      ||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||   || || ||
seq2  ACTCCGCAGAAA--CCAAGGTAACACCTGGCACTTCTATATCTGGAA-GG  1139

seq1  GCTCAGAGTCC  1156
        |||||||||
seq2  CTTCAGAGTCC  1150

seq1: chr12_76254926_76256017
seq2: B6Ng01-236F18.g_66_1140 (reverse)

seq1  GAGTGAATTAATTCACATATAAGCAAAAGTTCTCCTTTGCGAAAGTTATC  50
      ||||||||    |||||||||||||||   |||||  |||||||| ||||
seq2  GAGTGAAT---ATCACATATAAGCAAA--GTCTCC--TGCGAAAG-TATC  42

seq1  AGCATCAGCTCCTAAAATTCATATTTGCTGTTCACAATTAAATCTTTTTT  100
      ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||  ||||
seq2  AGCATCAGCTCCTAAA--TCATATTTGCTG-TCACAA-TAAATC--TTTT  86

seq1  TTTTTACTTCTTCGACCTAATTTTATCCTGTCTTGAGTATAAGTAAACAC  150
      ||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAC-TCTTCGACCTA--TTTATCCTGTCTTGAGTATAAGTAAACAC  133

seq1  AAACCTCTCACCACTCTCAGAATCTTGTTCATATTTGGAAAAGATTTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTCTCACCACTCTCAGAATCTTGTTCATATTTGGAAAAGATTTCAG  183

seq1  AGTTGTTGGATCCACTTACCTGCAGGTGCTGCTTTTCTGCATGACGTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTTGGATCCACTTACCTGCAGGTGCTGCTTTTCTGCATGACGTCAG  233

seq1  CTCGATGATATCCAGAGAGTTTACAAAAACCGTCATTACTATAAACTACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGATGATATCCAGAGAGTTTACAAAAACCGTCATTACTATAAACTACA  283

seq1  GGCCAGTCCACAATTTGGGCATTTCCCAGTAAGAAACTTGATTCTAAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGTCCACAATTTGGGCATTTCCCAGTAAGAAACTTGATTCTAAAGA  333

seq1  AGAAAGAGAGAATTACTTAGCTTTATTGAACAACCTTTGTCTTTCAAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAGAGAATTACTTAGCTTTATTGAACAACCTTTGTCTTTCAAGTG  383

seq1  ATCAAAATGGAAAATTTTATAAGATGAGCAGATGAAATAGCTATATTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAATGGAAAATTTTATAAGATGAGCAGATGAAATAGCTATATTCTA  433

seq1  TAAGACAATAATATAGCATGTGTCATAATCCACTAAGCATGGTGACCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACAATAATATAGCATGTGTCATAATCCACTAAGCATGGTGACCAAT  483

seq1  GACCCCACCTTCAATAACCCCAAGCTTTATATCACAAACAGAAATTCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCACCTTCAATAACCCCAAGCTTTATATCACAAACAGAAATTCCCA  533

seq1  CTGAACCCACTGTAAGGCACCTCTTTGCAGTCAAGAGTCTAATGGAAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACCCACTGTAAGGCACCTCTTTGCAGTCAAGAGTCTAATGGAAGAG  583

seq1  TGTGCTTAGTGGTCAGTAGTAATGATGACCAAACATGTTTTCATTTATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTAGTGGTCAGTAGTAATGATGACCAAACATGTTTTCATTTATTA  633

seq1  GATAGGCTGGAGTCTCTTTTCCACAAATTAAGAATATTGATGTTGTAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGCTGGAGTCTCTTTTCCACAAATTAAGAATATTGATGTTGTAACA  683

seq1  GAGACAAGTTGAGAATGTTCCTCCAAAAATGCTATTAATACAAATATGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAAGTTGAGAATGTTCCTCCAAAAATGCTATTAATACAAATATGAT  733

seq1  TTGATGGGACAAATTCTTTGTTCATTATATTACTTGATCTTGAAAAATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGGGACAAATTCTTTGTTCATTATATTACTTGATCTTGAAAAATCT  783

seq1  AATCTGAAAAAAAAAAACATTAAAGAGTCCTCTTTGGAAATAAAATCATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGAAAAAAAAAAACATTAAAGAGTCCTCTTTGGAAATAAAATCATT  833

seq1  CAAAATCTATTAAATATCAAAAAAATATTAAAATCTATCACTTCTCCATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCTATTAAATATCAAAAAAATATTAAAATCTATCACTTCTCCATG  883

seq1  TGACATAGAACCTAGCAAATATATGTAGTTTATATTGCTGCTCTATTTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATAGAACCTAGCAAATATATGTAGTTTATATTGCTGCTCTATTTTA  933

seq1  CGCAGAAAAGTAGGTTTGTTTTAGGCATAAAATTAGTTCAAAATGTATAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGAAAAGTAGGTTTGTTTTAGGCATAAAATTAGTTCAAAATGTATAT  983

seq1  TTGGATATTAACTAAGGTTGAAAAAACAACAGTTTTTGGCTGCAACTTTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATATTAACTAAGGTTGAAAAAACAACAGTTTTTGGCTGCAACTTTA  1033

seq1  ACAATGTTAATGGTCTCATGATAATAAAGTGAAAATGAATTC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGTTAATGGTCTCATGATAATAAAGTGAAAATGAATTC  1075