BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-238O08
Chromosome12 (Build37)
Map Location 104,465,530 - 104,644,255
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrima1, EG544888, Asb2, Otub2
Upstream geneSlc24a4, Rin3, Lgmn, Golga5, Chga, Itpk1, Moap1, D230037D09Rik, 5730410I19Rik, Btbd7, EG634678, Cox8c, 9030205A07Rik, LOC667269
Downstream geneDdx24, D12Ertd647e, Ifi27, 1810023F06Rik, 8430415E04Rik, Serpina10, Serpina6, Gm46, Serpina1f, EG435316, Serpina1b, Serpina1d, LOC667951, LOC628801, Serpina1a, LOC667954, Serpina1c, Serpina1e, Serpina11, Serpina9, Serpina12, Serpina4-ps1, Serpina5, Serpina3a, Serpina3b, Serpina3c, LOC435318, LOC628883, Serpina3f, LOC667997, Serpina3g, Serpina3h, EG628900, EG238395, Serpina3k, EG628916, Serpina3m
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238O08.bB6Ng01-238O08.g
ACCGA049469GA049470
length1,1021,215
definitionB6Ng01-238O08.b B6Ng01-238O08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,643,159 - 104,644,255)(104,465,530 - 104,466,705)
sequence
gaattcaaagatgagctctcagcacctgcgctccactgtttcctctagaa
agagctgatagaacttgttgctgtaacctagccagaaaactgctatgctc
ggccaggttttagcatgtgtttaagcccatgcccctggagcagcccaggc
tatccatcagtcaggcatcctgtgctcataatattaagcctggaaatgga
gactactggctgaagacagttgtggaaataagggcccacgctgtgggcaa
ctgccatagatacccaggtcaccgtgggacactgaacacattgaaagggc
aagatttacccccctgtgccagcaagatactcacttagctggagcctttg
gatctaaatgttgccaaagtgggtcttggaaactgcacactacccagaca
tcttggtgcttttggcttacaccaaacaaaaggacagatacaaatctgaa
ttgtgtaagactcaggatcctgcttccagccctgtgtgtaggttgtcagc
agaccctcacagtagcaccaatagtctaattcctgcagagtgaagcatga
ggggagccctgtaacaaaggaaggaccacagggtggtcccatggttatcc
tacagaggagggtgtggctagcagctgccaggtgtgtcctcaggtgaggc
agcaaggcaaggtaagtggctattaaggggcacgtgcagaggaggaaatg
tccctgctgccgacatctatggcttgtctgaccttccctgcctaactgcc
tatgaagctaggctgaagaaaaccaaagagccttgcgaaacctgtcctca
gtccttccagggtcagaactgcacatatccagctgaatacctagacccta
ttcactggggaggatggacagctgtagccccttgggtcccagacatggaa
cacactaaactcggggtacaagccctagtccttggcaagcccttatccaa
ggtgggattgacagcagaatccctagagggcctgtcctcaggagtcagag
ttctgtcccgacctcacaacctgagcttgtgctgaaggcttaagcccttt
ttctggtctttgggcaaagtcttttaatgtttctggtcctttcccttcag
gg
gaattcagcagatgtctgatgaacaatttgtagagtggcctcaggtctca
agggaaacaaatccatctatacccagggagaaccctggtggaaatctcaa
gtctgttttccccgttgagagctgaacaagagaaaccagtctgctggcct
cggtacagagggtcatcatgctctgggacccacaaagaaacaaaagacat
gtaaggcacaacctgattaaggcgaaggatcatgctgggctatgcttgtt
actgccaagtgcctggacctctgcaggtaagctcagggaaaaacaaagga
agtaatgatggagccaagtccttggtccctctgatgggcagcgaggattg
agccttgacccaggctgttaaagatctcagaactttatctggatgtaaca
ctatgcctgggatgccctgggctgaatgtagacttttaaaaaaaaatgtg
aagagttggcccattttacagatggaaaaatggagtctaaaccagataac
aaatttgctaaagtacgattcttacttaacaaaaatcttacttacagaca
gcgggcagctcactagggggcagagccaggccctcattcatgatttttat
ctcccacaactacctttagatgtagaaaatgggagcccagagaggcaggg
tgaccaagatactgctagagcaacccagagcccagctggcctccaggttc
cacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaaacccaaaaccag
gaatatggatcagtgacaagaggaaagcagtatctcaagcaaaagaaaag
aggcccaggaatctacctgtgctgagtatagactaaaatgtgagagctgg
gcccacttttacagatggaaaatagaatccggattttggggaaaacccaa
ccctgcatcaacacagagtagaaagcaagacgaatttccaagttctcaaa
gcccctggggatctgaataccttgtctggtgctcacttcatgtcaagcca
aaggccaaggtcaagcaggcatctatggaccttccggtggagggcctggc
tattcccttcaatagaaggctagggtgatgggggggatgagttttattct
tgcctgtgccttataagcctttgtgactcaaggacagggcagtaccatgc
gtctttcaatcatgaccaaggaggactcctaggttgtcgcttgtgtgatg
agaagaacccctttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_104643159_104644255
seq2: B6Ng01-238O08.b_45_1146 (reverse)

seq1  CCCTGAAGGGAAGAGGGAACAAAAACA-TAAAAGACTTTTCCCAAAGACC  49
      |||||||||||  | ||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  CCCTGAAGGGA--AAGGACCAGAAACATTAAAAGACTTTGCCCAAAGACC  48

seq1  AG-AAAAGGGCTTTAGCCTTCAGCACAAAGCTCAGGTTGTGAGGTCGGGA  98
      || |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAGGGCTTAAGCCTTCAGCAC-AAGCTCAGGTTGTGAGGTCGGGA  97

seq1  CCAGAACTCCTGACTCTGGAGGACAGGCCCTCTAGGG-TTCTGCTGTCAA  147
       ||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  -CAGAACT-CTGACTCCTGAGGACAGGCCCTCTAGGGATTCTGCTGTCAA  145

seq1  TCCCACC-TGGATAA-GGCTTGCCAAGGACTAGGGCTTGTA-CCCGAG-T  193
      ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |
seq2  TCCCACCTTGGATAAGGGCTTGCCAAGGACTAGGGCTTGTACCCCGAGTT  195

seq1  TAGTGTG-TCCATGTCTGGGA-CCAAGGGGCTACAGCTGTCCATCCTCCC  241
      ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGTTCCATGTCTGGGACCCAAGGGGCTACAGCTGTCCATCCTCCC  245

seq1  CAGTGAATAGGGTCTAGGTATTCAGCTGGATATGTGCAGTTCTGA-CCTG  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAGTGAATAGGGTCTAGGTATTCAGCTGGATATGTGCAGTTCTGACCCTG  295

seq1  GAAGGACTGAGGACAGGTTTCGCAAGGCTCTTTGGTTTTCTTCAGCCTAG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGACTGAGGACAGGTTTCGCAAGGCTCTTTGGTTTTCTTCAGCCTAG  345

seq1  CTTCATAGGCAGTTAGGCAGGGAAGGTCAGACAAGCCATAGATGTCGGCA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATAGGCAGTTAGGCAGGGAAGGTCAGACAAGCCATAGATGTCGGCA  395

seq1  GCAGGGACATTTCCTCCTCTGCACGTGCCCCTTAATAGCCACTTACCTTG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGACATTTCCTCCTCTGCACGTGCCCCTTAATAGCCACTTACCTTG  445

seq1  CCTTGCTGCCTCACCTGAGGACACACCTGGCAGCTGCTAGCCACACCCTC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTGCCTCACCTGAGGACACACCTGGCAGCTGCTAGCCACACCCTC  495

seq1  CTCTGTAGGATAACCATGGGACCACCCTGTGGTCCTTCCTTTGTTACAGG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTAGGATAACCATGGGACCACCCTGTGGTCCTTCCTTTGTTACAGG  545

seq1  GCTCCCCTCATGCTTCACTCTGCAGGAATTAGACTATTGGTGCTACTGTG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCCTCATGCTTCACTCTGCAGGAATTAGACTATTGGTGCTACTGTG  595

seq1  AGGGTCTGCTGACAACCTACACACAGGGCTGGAAGCAGGATCCTGAGTCT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCTGCTGACAACCTACACACAGGGCTGGAAGCAGGATCCTGAGTCT  645

seq1  TACACAATTCAGATTTGTATCTGTCCTTTTGTTTGGTGTAAGCCAAAAGC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAATTCAGATTTGTATCTGTCCTTTTGTTTGGTGTAAGCCAAAAGC  695

seq1  ACCAAGATGTCTGGGTAGTGTGCAGTTTCCAAGACCCACTTTGGCAACAT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGATGTCTGGGTAGTGTGCAGTTTCCAAGACCCACTTTGGCAACAT  745

seq1  TTAGATCCAAAGGCTCCAGCTAAGTGAGTATCTTGCTGGCACAGGGGGGT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATCCAAAGGCTCCAGCTAAGTGAGTATCTTGCTGGCACAGGGGGGT  795

seq1  AAATCTTGCCCTTTCAATGTGTTCAGTGTCCCACGGTGACCTGGGTATCT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTGCCCTTTCAATGTGTTCAGTGTCCCACGGTGACCTGGGTATCT  845

seq1  ATGGCAGTTGCCCACAGCGTGGGCCCTTATTTCCACAACTGTCTTCAGCC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGTTGCCCACAGCGTGGGCCCTTATTTCCACAACTGTCTTCAGCC  895

seq1  AGTAGTCTCCATTTCCAGGCTTAATATTATGAGCACAGGATGCCTGACTG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTCTCCATTTCCAGGCTTAATATTATGAGCACAGGATGCCTGACTG  945

seq1  ATGGATAGCCTGGGCTGCTCCAGGGGCATGGGCTTAAACACATGCTAAAA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATAGCCTGGGCTGCTCCAGGGGCATGGGCTTAAACACATGCTAAAA  995

seq1  CCTGGCCGAGCATAGCAGTTTTCTGGCTAGGTTACAGCAACAAGTTCTAT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCCGAGCATAGCAGTTTTCTGGCTAGGTTACAGCAACAAGTTCTAT  1045

seq1  CAGCTCTTTCTAGAGGAAACAGTGGAGCGCAGGTGCTGAGAGCTCATCTT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTTTCTAGAGGAAACAGTGGAGCGCAGGTGCTGAGAGCTCATCTT  1095

seq1  TGAATTC  1097
      |||||||
seq2  TGAATTC  1102

seq1: chr12_104465530_104466705
seq2: B6Ng01-238O08.g_74_1288

seq1  GAATTCAGCAGATGTCTGATGAACAATTTGTAGAGTGGCCTCAGGTCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCAGATGTCTGATGAACAATTTGTAGAGTGGCCTCAGGTCTCA  50

seq1  AGGGAAACAAATCCATCTATACCCAGGGAGAACCCTGGTGGAAATCTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAACAAATCCATCTATACCCAGGGAGAACCCTGGTGGAAATCTCAA  100

seq1  GTCTGTTTTCCCCGTTGAGAGCTGAACAAGAGAAACCAGTCTGCTGGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTTTTCCCCGTTGAGAGCTGAACAAGAGAAACCAGTCTGCTGGCCT  150

seq1  CGGTACAGAGGGTCATCATGCTCTGGGACCCACAAAGAAACAAAAGACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTACAGAGGGTCATCATGCTCTGGGACCCACAAAGAAACAAAAGACAT  200

seq1  GTAAGGCACAACCTGATTAAGGCGAAGGATCATGCTGGGCTATGCTTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGCACAACCTGATTAAGGCGAAGGATCATGCTGGGCTATGCTTGTT  250

seq1  ACTGCCAAGTGCCTGGACCTCTGCAGGTAAGCTCAGGGAAAAACAAAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCAAGTGCCTGGACCTCTGCAGGTAAGCTCAGGGAAAAACAAAGGA  300

seq1  AGTAATGATGGAGCCAAGTCCTTGGTCCCTCTGATGGGCAGCGAGGATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATGATGGAGCCAAGTCCTTGGTCCCTCTGATGGGCAGCGAGGATTG  350

seq1  AGCCTTGACCCAGGCTGTTAAAGATCTCAGAACTTTATCTGGATGTAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGACCCAGGCTGTTAAAGATCTCAGAACTTTATCTGGATGTAACA  400

seq1  CTATGCCTGGGATGCCCTGGGCTGAATGTAGACTTTTAAAAAAAAATGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCCTGGGATGCCCTGGGCTGAATGTAGACTTTTAAAAAAAAATGTG  450

seq1  AAGAGTTGGCCCATTTTACAGATGGAAAAATGGAGTCTAAACCAGATAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTGGCCCATTTTACAGATGGAAAAATGGAGTCTAAACCAGATAAC  500

seq1  AAATTTGCTAAAGTACGATTCTTACTTAACAAAAATCTTACTTACAGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGCTAAAGTACGATTCTTACTTAACAAAAATCTTACTTACAGACA  550

seq1  GCGGGCAGCTCACTAGGGGGCAGAGCCAGGCCCTCATTCATGATTTTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGGCAGCTCACTAGGGGGCAGAGCCAGGCCCTCATTCATGATTTTTAT  600

seq1  CTCCCACAACTACCTTTAGATGTAGAAAATGGGAGCCCAGAGAGGCAGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCACAACTACCTTTAGATGTAGAAAATGGGAGCCCAGAGAGGCAGGG  650

seq1  TGACCAAGATACTGCTAGAGCAACCCAGAGCCCAGCTGGCCTCCAGGTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAAGATACTGCTAGAGCAACCCAGAGCCCAGCTGGCCTCCAGGTTC  700

seq1  CACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAA-CCAAAACCAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAACCCAAAACCAG  750

seq1  GAATATGGATCAGTGACAAGAGGAAAGCAGTATCTCAAGCAAAAGAAAAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATGGATCAGTGACAAGAGGAAAGCAGTATCTCAAGCAAAAGAAAAG  800

seq1  AGGCCCAGGAATCTACCTGTGCTGAGTATAGACTAAAATGTGAGAGCT-G  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGGCCCAGGAATCTACCTGTGCTGAGTATAGACTAAAATGTGAGAGCTGG  850

seq1  GCCCAC-TTTACAGATGGAAAAATAGAATCCGAATTT--GGGAAAA-CCA  894
      |||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||| |||
seq2  GCCCACTTTTACAGATGG-AAAATAGAATCCGGATTTTGGGGAAAACCCA  899

seq1  ACCCTGCATCAACACAGAGTAGAAAGCAAGACG-ATTTCCAAG-TCTCAA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  ACCCTGCATCAACACAGAGTAGAAAGCAAGACGAATTTCCAAGTTCTCAA  949

seq1  AGCCCCT-GGGATCTG-ATACC-TGTCTGGTGCTCACTCCATGTCAAGCC  989
      ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGCCCCTGGGGATCTGAATACCTTGTCTGGTGCTCACTTCATGTCAAGCC  999

seq1  -AAGGGCAAGGTC-AGCA-GCATCTATGGACCT--CCGTGGAGGGCCTGG  1034
       |||| ||||||| |||| ||||||||||||||  | |||||||||||||
seq2  AAAGGCCAAGGTCAAGCAGGCATCTATGGACCTTCCGGTGGAGGGCCTGG  1049

seq1  C--ATCCCT--CATAGAAGGC-AAGGTGAT--GGGGGATGAGTTT--ATC  1075
      |   |||||   ||||||||| | ||||||  |||||||||||||   ||
seq2  CTATTCCCTTCAATAGAAGGCTAGGGTGATGGGGGGGATGAGTTTTATTC  1099

seq1  T--GCTGTGCC-CATAAG-CTTTGTGACCCCAAGGGCA-GGCAG-ACCAT  1119
      |   |||||||  ||||| |||||||| | ||||| || ||||| |||||
seq2  TTGCCTGTGCCTTATAAGCCTTTGTGA-CTCAAGGACAGGGCAGTACCAT  1148

seq1  GCCCTCTCACACTCATGACCCAGGAGGACT-CTAGTTTG-----CGTGTG  1163
      | | |||  || |||||||| ||||||||| |||| |||      |||||
seq2  G-CGTCTTTCAATCATGACCAAGGAGGACTCCTAGGTTGTCGCTTGTGTG  1197

seq1  ATGAGAA-----CCTTTG  1176
      |||||||     ||||||
seq2  ATGAGAAGAACCCCTTTG  1215