BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-239F24
Chromosome12 (Build37)
Map Location 68,666,902 - 68,798,060
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMdga2, LOC100040745
Downstream geneLOC100040681
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-239F24.bB6Ng01-239F24.g
ACCGA049818GA049819
length1,1261,138
definitionB6Ng01-239F24.b B6Ng01-239F24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,666,902 - 68,668,037)(68,796,941 - 68,798,060)
sequence
gaattcactttcagttttgtaagataactcatgttatgcttctggcaacc
tgtaatgaatcttggaacttcaaaacatgcattaactacaaaaatccttt
gtatgatacatttgaacttaagggagaagtgatctccaattagttattaa
tatacttaacttttatggattatcataattgggcaatgtcatcagcagtc
catataaaattttatcaaaaagaaaattttatacattttatttactatat
taaaattgtgatatttttcctacttatataattccattagaaaaaactac
agatcaatgtcatttttgttttaatgttcattagcatatgagtaacttaa
cagtttgatataatttcaaggagcattgagagtaatagggccatttttgg
agcccatggaatagccattccttgcccacttccatgacacaactactatc
cctatgattagtaaataaaaaccttaggaatctattgattttgaagaccc
attggctcaaaaaacccaaatctaagactgtaatcagagaacatcttaag
cttacagaaattctccatcacgttgctgtcatcaccttttgatttatgca
ccaatgaattttaaacttgtctagattaatgtctttcttcatattgtaat
actataagaacttcatgagactgctacccctttggaacttggggaacatc
aggggtaacctaactcctttcctaaaaaatagtcactcaaaaatgttcca
gaataatctaacccatatttcttttaagatgagactgtatttcttgcatt
agcatatcttagagtaaaataagtgactattaggatattcctatgtttta
aagcatggcacattcgtcattcaatttaagaagagatacaataggtcaac
actgaacccaagatttttcttagggcaaattggtattttataacaattta
gaaattattagaagtagtctgaagataaagtctgagacttattttacaac
caattacaaaatttagattctcttctacattagctacattattctaatat
aaaaaatgtatcactttcagacactagaaatttgctacaatcaaagtgcc
aataagcccagtacattgcattattt

gaattcatggatccaagtccaaatgtctcttgtgctccttctgaaggttg
gtttccacactttaagaaatgttactttgtttcatattgagaacaaaatg
aagacctcttggggtctgtcttattcattatttcagtttttaagttccaa
ctatctacaaggctaggcacaactgggctttacttatcctgtaacaaata
gttattcctgtgtcttttatataacgtggtacatggatatggccaattgg
agacttgggaatcagaacattaatttaaacatgtctgtgaaatcagtaaa
gcagtgtgaggaatctgttggaattctacttcagctaaactaccatttat
attgtaaaatcataatccgtaatcatgccaagactcttcaaattgtctca
tgtgtgtagcatatgattgaggaagtgttttttttttttataagactcat
gtgaatcagagcctgaatccctcccctatttgaatcaatctccgcctagt
cttagcctcctttcacttgtggagagcggtggttgggatcctaacttaat
ctcctctcccagggctttatccaacagatgcaatgcctaaagaagatacc
aggtgtccttctccatgtaagaaacaagggtagcaggtatcaataatatg
aaaatgtaaatataaaacataaactttgaatgaaagaaacctattacaag
attttattaacagcaataagttgaaaattaatccattcatgagcaacgga
ataagatacattgttcacaagagactgatatataccagtggattatataa
ttataattatataatcaagtaatgcaatccatctttgtttgtgtatatac
atttttagatgtctgaataataaagaaattgcctaaagaagcatttctca
gaaagaatatgtatgcctttaaaaagcgtctctccagttgctacagtcac
tgttcttgaaaagggaagtaatggttattatagggattattttccattat
tcacaccaactaaatttgttttaaaataagcccttactgtctgcaaacac
tggaagcctccatttttcttatgccttttaactttgaacatttaaaacga
atatttatgcttaacaataatgggtgtgtgtgtgcgcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_68666902_68668037
seq2: B6Ng01-239F24.b_47_1172

seq1  GAATTCACTTTCAGTTTTGTAAGATAACTCATGTTATGCTTCTGGCAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTCAGTTTTGTAAGATAACTCATGTTATGCTTCTGGCAACC  50

seq1  TGTAATGAATCTTGGAACTTCAAAACATGCATTAACTACAAAAATCCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATGAATCTTGGAACTTCAAAACATGCATTAACTACAAAAATCCTTT  100

seq1  GTATGATACATTTGAACTTAAGGGAGAAGTGATCTCCAATTAGTTATTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGATACATTTGAACTTAAGGGAGAAGTGATCTCCAATTAGTTATTAA  150

seq1  TATACTTAACTTTTATGGATTATCATAATTGGGCAATGTCATCAGCAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTAACTTTTATGGATTATCATAATTGGGCAATGTCATCAGCAGTC  200

seq1  CATATAAAATTTTATCAAAAAGAAAATTTTATACATTTTATTTACTATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAAAATTTTATCAAAAAGAAAATTTTATACATTTTATTTACTATAT  250

seq1  TAAAATTGTGATATTTTTCCTACTTATATAATTCCATTAGAAAAAACTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTGTGATATTTTTCCTACTTATATAATTCCATTAGAAAAAACTAC  300

seq1  AGATCAATGTCATTTTTGTTTTAATGTTCATTAGCATATGAGTAACTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAATGTCATTTTTGTTTTAATGTTCATTAGCATATGAGTAACTTAA  350

seq1  CAGTTTGATATAATTTCAAGGAGCATTGAGAGTAATAGGGCCATTTTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGATATAATTTCAAGGAGCATTGAGAGTAATAGGGCCATTTTTGG  400

seq1  AGCCCATGGAATAGCCATTCCTTGCCCACTTCCATGACACAACTACTATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCATGGAATAGCCATTCCTTGCCCACTTCCATGACACAACTACTATC  450

seq1  CCTATGATTAGTAAATAAAAACCTTAGGAATCTATTGATTTTGAAGACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGATTAGTAAATAAAAACCTTAGGAATCTATTGATTTTGAAGACCC  500

seq1  ATTGGCTCAAAAAACCCAAATCTAAGACTGTAATCAGAGAACATCTTAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCTCAAAAAACCCAAATCTAAGACTGTAATCAGAGAACATCTTAAG  550

seq1  CTTACAGAAATTCTCCATCACGTTGCTGTCATCACCTTTTGATTTATGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAGAAATTCTCCATCACGTTGCTGTCATCACCTTTTGATTTATGCA  600

seq1  CCAATGAATTTTAAACTTGTCTAGATTAATGTCTTTCTTCATATTGTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGAATTTTAAACTTGTCTAGATTAATGTCTTTCTTCATATTGTAAT  650

seq1  ACTATAAGAACTTCATGAGACTGCTACCCCTTTGGAACTTGGGGAACATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAAGAACTTCATGAGACTGCTACCCCTTTGGAACTTGGGGAACATC  700

seq1  AGGGGTAACCTAACTCCTTTCCTAAAAAATAGTCACTCAAAAATGTTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTAACCTAACTCCTTTCCTAAAAAATAGTCACTCAAAAATGTTCCA  750

seq1  GAATAATCTAACCCATATTTCTTTTAAGATGAGACTGTATTTCTTGCATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATCTAACCCATATTTCTTTTAAGATGAGACTGTATTTCTTGCATT  800

seq1  AGCATATCTTAGAGTAAAATAAGTGACTATTAGGATATTCCTATGTTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATATCTTAGAGTAAAATAAGTGACTATTAGGATATTCCTATGTTTTA  850

seq1  AAGCATGGCACATTCGTCATTCAATTTAAGAAGAGATACAATAGGTCAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGGCACATTCGTCATTCAATTTAAGAAGAGATACAATAGGTCAAC  900

seq1  ACTGAACCCAAGATTTTTCTTAGGGCAAATTGGTATTTTATAACAATTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAACCCAAGATTTTTCTTAGGGCAAATTGGTATTTTATAACAATTTA  950

seq1  GAAATTATTAGAAGTAGTCTG-AGATAAAGTCTGAGACTTATTTTACAAC  999
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTATTAGAAGTAGTCTGAAGATAAAGTCTGAGACTTATTTTACAAC  1000

seq1  CAATTACAAAATTTAGATTTCTCCTTCTACATTAGCTACATTATTCTAAT  1049
      ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTACAAAATTTAGA-TTCT-CTTCTACATTAGCTACATTATTCTAAT  1048

seq1  TAATAAAAAATGTATCAACTTTCAAGGACACTAGAAATTTGCCTACAAAT  1099
        |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||| |||
seq2  --ATAAAAAATGTATC-ACTTTCA--GACACTAGAAATTTG-CTAC-AAT  1091

seq1  CAAAGTGGCAATTAAGCCAGTTACAATTGCATTATTT  1136
      ||||||| ||| ||||||   ||| ||||||||||||
seq2  CAAAGTGCCAA-TAAGCCCAGTAC-ATTGCATTATTT  1126


seq1: chr12_68796941_68798060
seq2: B6Ng01-239F24.g_66_1203 (reverse)

seq1  --CGCACACACACA--CACTATTG-TAAGCATAAATAATCGTTTTAAATG  45
        ||||||||||||  || ||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  CGCGCACACACACACCCATTATTGTTAAGCATAAATATTCGTTTTAAATG  50

seq1  TTCAAAGT--AAAAGCATAAGGAAAAATGA-GCTTCAAGTGTTTGCAGAC  92
      ||||||||  ||| ||||||| ||||  || ||||| |||||||||||||
seq2  TTCAAAGTTAAAAGGCATAAGAAAAATGGAGGCTTCCAGTGTTTGCAGAC  100

seq1  AGTA--GGCTTATTTTAAAACAAATTTAGGT-GTGTGAAT-ATGG-AAAT  137
      ||||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||
seq2  AGTAAGGGCTTATTTTAAAACAAATTTAGTTGGTGTGAATAATGGAAAAT  150

seq1  A--TCCTATAATTACCATTACTT-CCTTTTC-AGAACAGTGACTGTAGCA  183
      |   |||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AATCCCTATAATAACCATTACTTCCCTTTTCAAGAACAGTGACTGTAGCA  200

seq1  ACTGGAGAGACGCTTTTT-AAGGCATACATATTCTTTCTGAGAAATGCTT  232
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAGAGACGCTTTTTAAAGGCATACATATTCTTTCTGAGAAATGCTT  250

seq1  CTTTAGGCAATTTCTTTATTATTCAGACATCTAAAAATGTATATACACAA  282
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGGCAATTTCTTTATTATTCAGACATCTAAAAATGTATATACACAA  300

seq1  ACAAAGATGGATTGCATTACTTGATTATATAATTATAATTATATAATCCA  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGATGGATTGCATTACTTGATTATATAATTATAATTATATAATCCA  350

seq1  CTGGTATATATCAGTCTCTTGTGAACAATGTATCTTATTCCGTTGCTCAT  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTATATATCAGTCTCTTGTGAACAATGTATCTTATTCCGTTGCTCAT  400

seq1  GAATGGATTAATTTTCAACTTATTGCTGTTAATAAAATCTTGTAATAGGT  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGATTAATTTTCAACTTATTGCTGTTAATAAAATCTTGTAATAGGT  450

seq1  TTCTTTCATTCAAAGTTTATGTTTTATATTTACATTTTCATATTATTGAT  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCATTCAAAGTTTATGTTTTATATTTACATTTTCATATTATTGAT  500

seq1  ACCTGCTACCCTTGTTTCTTACATGGAGAAGGACACCTGGTATCTTCTTT  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCTACCCTTGTTTCTTACATGGAGAAGGACACCTGGTATCTTCTTT  550

seq1  AGGCATTGCATCTGTTGGATAAAGCCCTGGGAGAGGAGATTAAGTTAGGA  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATTGCATCTGTTGGATAAAGCCCTGGGAGAGGAGATTAAGTTAGGA  600

seq1  TCCCAACCACCGCTCTCCACAAGTGAAAGGAGGCTAAGACTAGGCGGAGA  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAACCACCGCTCTCCACAAGTGAAAGGAGGCTAAGACTAGGCGGAGA  650

seq1  TTGATTCAAATAGGGGAGGGATTCAGGCTCTGATTCACATGAGTCTTATA  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTCAAATAGGGGAGGGATTCAGGCTCTGATTCACATGAGTCTTATA  700

seq1  AAAAAAAAAAACACTTCCTCAATCATATGCTACACACATGAGACAATTTG  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAACACTTCCTCAATCATATGCTACACACATGAGACAATTTG  750

seq1  AAGAGTCTTGGCATGATTACGGATTATGATTTTACAATATAAATGGTAGT  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTCTTGGCATGATTACGGATTATGATTTTACAATATAAATGGTAGT  800

seq1  TTAGCTGAAGTAGAATTCCAACAGATTCCTCACACTGCTTTACTGATTTC  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTGAAGTAGAATTCCAACAGATTCCTCACACTGCTTTACTGATTTC  850

seq1  ACAGACATGTTTAAATTAATGTTCTGATTCCCAAGTCTCCAATTGGCCAT  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACATGTTTAAATTAATGTTCTGATTCCCAAGTCTCCAATTGGCCAT  900

seq1  ATCCATGTACCACGTTATATAAAAGACACAGGAATAACTATTTGTTACAG  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATGTACCACGTTATATAAAAGACACAGGAATAACTATTTGTTACAG  950

seq1  GATAAGTAAAGCCCAGTTGTGCCTAGCCTTGTAGATAGTTGGAACTTAAA  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGTAAAGCCCAGTTGTGCCTAGCCTTGTAGATAGTTGGAACTTAAA  1000

seq1  AACTGAAATAATGAATAAGACAGACCCCAAGAGGTCTTCATTTTGTTCTC  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAAATAATGAATAAGACAGACCCCAAGAGGTCTTCATTTTGTTCTC  1050

seq1  AATATGAAACAAAGTAACATTTCTTAAAGTGTGGAAACCAACCTTCAGAA  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGAAACAAAGTAACATTTCTTAAAGTGTGGAAACCAACCTTCAGAA  1100

seq1  GGAGCACAAGAGACATTTGGACTTGGATCCATGAATTC  1120
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCACAAGAGACATTTGGACTTGGATCCATGAATTC  1138


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |