BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-241L13
Chromosome12 (Build37)
Map Location 23,735,827 - 23,870,321
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG628081
Upstream geneEG668660, EG668662, LOC668664, 2410018L13Rik, LOC77114, EG668669, EG668670, LOC668680, LOC100042895, LOC100043435
Downstream geneLOC100042903, LOC100043440, EG668518, LOC100043445, LOC668697, LOC100042923, LOC677338, EG668701, LOC668471, LOC668703, LOC546534, 9030624G23Rik, EG668710
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-241L13.bB6Ng01-241L13.g
ACCGA051563GA051564
length1,1511,018
definitionB6Ng01-241L13.b B6Ng01-241L13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,735,827 - 23,736,981)(23,869,304 - 23,870,321)
sequence
gaattcccttttcgtgtttggtgtgtgtgttacacactatattagagttt
cattgctgtgaacagataccatgaccaaccatggcaactcttacaaagga
cagcatttctttggggttggcttacaggttcagaggtttagtccatttac
atcaaggagggaacatggcatcatccaggcaggcatggcacaggtcttca
tctgaaagctgctagcagaatactgacttccaggcagctaggatgagggt
cttaaaacccacacccacagtgacatgcctactcccacaaggccacactt
actccaaaagtgccacaacttctaatagtgccaatccctggaccaaacat
atacaaaccatcacacacaccctcatgcacacacacatgcaccctcatgc
acacacacatgcacccttatacacatacacacttgtatgctttcccatgc
agaatatagaggttgacatgagaatgttttttccttctttttgcttttct
ttacttctcccaagacaggttttctctgtgtagtcctggctattctggaa
ctcactcagtagaccaggctggcctcaaactcacagagacccacctgcct
ctgcttcacgaatgctgtaattgaagttgtgtgctaccactgcccagcta
tttttttggtgttaaaaaagatttttaaatttctattcacatgtatgtat
gtatgccacgtgcttagagaggcgggaagaagtcagggctgtggaactga
agttactggtggctcacagagccagatgtgggtgcggtgaagtgaattca
cagtagtagttgtttgtaagcacagagccaggtctacaggcctcagaatc
ctgccgctgtttttgagtcaaggcctctctctgaacccagagagtactta
tcatcatcttgtctagactagctggacaagaacgaccctagaattggctc
ctgttgtctctatcccacagtgccagggtcacagaaaaacaggacatatg
tggcgctttaccacgggtgatggggatctgacccaggtcttatgctacac
acagggagccactccacctcttcagactgcgctccctgcattcttgcaat
ttataacttggcacgtgaaccccttcagtgccgcaacaagcaggaataca
c
gaattcatcaggtagactgaagtgaaagacagctctagtggatgaaaggt
tggttggcttctgttaagtgcagaagaccatgtggtaatctgggttcaag
gcatttgtactggattttgttttctcgagacagaatctcactatgtagcc
ctggctgacctagaactcactatggagatcaggctggcctcaaactcaca
gagatctatctgcctctgcctctcatgtgctgggattcaagacatgtacc
actatgcctggatttcaaaatgttctttcatttccaatcagggagatact
ttgaaaatgcaaacctttttgaagtggtttggtgactttccatgagcaga
caacctgagtttgatcctgtgacctaaatcatgggaagatagagcaacca
attcctgcaagttgccctctgatcccatgctagggcaaatgcacacgccc
ttatatgtatgctccttcccccccccttcccaaacactaattgtgtaatg
ataaataaagcaggaactggggatggagagatggctcagtggttaaaagc
actgactgctcttccaggggtcctgagttcaatttccagcaaccacatgg
tggctcacaatgatctgtaatggggtctgaggctctcttctagtgtgtct
gaagacagctacattgtactcatatgcatacaataaatagacacacctta
aaaagaaataaagcaggaactgaatgaggaaatgcctgagtcaatagact
atggttcaatctctgggtacaagcaaggttggaggagaagtgaggcagca
cagtcaggcattctgggccatgaaggatcttcttagagcatattgaagaa
tttagagtttattcgtagactgtagggagaccctggagatattgagccac
ttaaaactacttttgcttttagaaggatcactatggaaagccgtctggca
cccaataaacaggtgatttggaaagtggatttaacccgaagatgggagat
tttatatataaataacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_23735827_23736981
seq2: B6Ng01-241L13.b_45_1195

seq1  GAATTCCCTTTTCGTGTTTGGTGTGTGTGTTACACACTATATTAGAGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTTTCGTGTTTGGTGTGTGTGTTACACACTATATTAGAGTTT  50

seq1  CATTGCTGTGAACAGATACCATGACCAACCATGGCAACTCTTACAAAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTGTGAACAGATACCATGACCAACCATGGCAACTCTTACAAAGGA  100

seq1  CAGCATTTCTTTGGGGTTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTTAGTCCATTTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATTTCTTTGGGGTTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTTAGTCCATTTAC  150

seq1  ATCAAGGAGGGAACATGGCATCATCCAGGCAGGCATGGCACAGGTCTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGGAGGGAACATGGCATCATCCAGGCAGGCATGGCACAGGTCTTCA  200

seq1  TCTGAAAGCTGCTAGCAGAATACTGACTTCCAGGCAGCTAGGATGAGGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAAGCTGCTAGCAGAATACTGACTTCCAGGCAGCTAGGATGAGGGT  250

seq1  CTTAAAACCCACACCCACAGTGACATGCCTACTCCCACAAGGCCACACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAACCCACACCCACAGTGACATGCCTACTCCCACAAGGCCACACTT  300

seq1  ACTCCAAAAGTGCCACAACTTCTAATAGTGCCAATCCCTGGACCAAACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAAAAGTGCCACAACTTCTAATAGTGCCAATCCCTGGACCAAACAT  350

seq1  ATACAAACCATCACACACACCCTCATGCACACACACATGCACCCTCATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAACCATCACACACACCCTCATGCACACACACATGCACCCTCATGC  400

seq1  ACACACACATGCACCCTTATACACATACACACTTGTATGCTTTCCCATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACATGCACCCTTATACACATACACACTTGTATGCTTTCCCATGC  450

seq1  AGAATATAGAGGTTGACATGAGAATGTTTTTTCCTTCTTTTTGCTTTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATAGAGGTTGACATGAGAATGTTTTTTCCTTCTTTTTGCTTTTCT  500

seq1  TTACTTCTCCCAAGACAGGTTTTCTCTGTGTAGTCCTGGCTATTCTGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTCTCCCAAGACAGGTTTTCTCTGTGTAGTCCTGGCTATTCTGGAA  550

seq1  CTCACTCAGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCACAGAGACCCACCTGCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTCAGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCACAGAGACCCACCTGCCT  600

seq1  CTGCTTCACGAATGCTGTAATTGAAGTTGTGTGCTACCACTGCCCAGCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCACGAATGCTGTAATTGAAGTTGTGTGCTACCACTGCCCAGCTA  650

seq1  TTTTTTTGGTGTTAAAAAAGATTTTTAAATTTCTATTCACATGTATGTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTGGTGTTAAAAAAGATTTTTAAATTTCTATTCACATGTATGTAT  700

seq1  GTATGCCACGTGCTTAGAGAGGCGGGAAGAAGTCAGGGCTGTGGAACTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCCACGTGCTTAGAGAGGCGGGAAGAAGTCAGGGCTGTGGAACTGA  750

seq1  AGTTACTGGTGGCTCACAGAGCCAGATGTGGGTGCGGTGAAGTGAATTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACTGGTGGCTCACAGAGCCAGATGTGGGTGCGGTGAAGTGAATTCA  800

seq1  CAGTAGTAGTTGTTTGTAAGCACAGAGCCAGGTCTACAGGCCTCAGAATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGTAGTTGTTTGTAAGCACAGAGCCAGGTCTACAGGCCTCAGAATC  850

seq1  CTGCCGCTGTTTTTGAGTCAGGGCCTCTCTCTGAACCCAGAGAGTACTTA  900
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCGCTGTTTTTGAGTCAAGGCCTCTCTCTGAACCCAGAGAGTACTTA  900

seq1  TCATCATCTTGTCTAGACTAGCTGGAC-AGAACGACCCTAGAATTGGCTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATCTTGTCTAGACTAGCTGGACAAGAACGACCCTAGAATTGGCTC  950

seq1  CTGTTGTCTCTATCCCACAGTGCCAGGGTCACAGAAAACAAGGACATATG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  CTGTTGTCTCTATCCCACAGTGCCAGGGTCACAGAAAAACAGGACATATG  1000

seq1  TGGCGCTTTA-CACGGGTGATGGGGATCTGAACCCAGGTCCTTATGCTTA  1048
      |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||
seq2  TGGCGCTTTACCACGGGTGATGGGGATCTG-ACCCAGGT-CTTATGC-TA  1047

seq1  CACACAGGGAG-CACTCCACCTC-TCAGACTGCGGCTTCCTGCATTTCTG  1096
      ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||  ||
seq2  CACACAGGGAGCCACTCCACCTCTTCAGACTGC-GCTCCCTGCATTCTTG  1096

seq1  CATTTAATACTTTGCCACCGTGAACCCCCTTCAGTGCCCGCAAACAAAGC  1146
      || || |||  ||| || |||||| ||||||||||| ||||||   ||||
seq2  CAATTTATAACTTGGCA-CGTGAA-CCCCTTCAGTG-CCGCAA--CAAGC  1141

seq1  AGG-ATACAC  1155
      ||| ||||||
seq2  AGGAATACAC  1151

seq1: chr12_23869304_23870321
seq2: B6Ng01-241L13.g_66_1083 (reverse)

seq1  GTGTTATTT-TATAATAAATCTTCCCATCTCTGGGTT-AATCAACTTTCC  48
      ||||||||| ||||  ||||| ||||||||  ||||| |||| |||||||
seq2  GTGTTATTTATATATAAAATC-TCCCATCTTCGGGTTAAATCCACTTTCC  49

seq1  -AATCACCCTGTTTACTGGGTGCCAGACGCTTTCCCATAGTGATCCTTCT  97
       ||||| |||||||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||
seq2  AAATCA-CCTGTTTATTGGGTGCCAGACGGCTTTCCATAGTGATCCTTCT  98

seq1  AAAAAGCAAATGTAGTTTTAAGTGGCTCAATATCTTCCAGGGTCTCCCTA  147
       ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  -AAAAGCAAAAGTAGTTTTAAGTGGCTCAATATC-TCCAGGGTCTCCCTA  146

seq1  CAGTCTACGAATAAACTCTAAATTCTTCAATATGCTCTAAG-AGATCCTT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGTCTACGAATAAACTCTAAATTCTTCAATATGCTCTAAGAAGATCCTT  196

seq1  CATGGCCCAGAATGCCTGACTGTGCTGCCTCACTTCTCCTCCAACCTTGC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCCCAGAATGCCTGACTGTGCTGCCTCACTTCTCCTCCAACCTTGC  246

seq1  TTGTACCCAGAGATTGAACCATAGTCTATTGACTCAGGCATTTCCTCATT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACCCAGAGATTGAACCATAGTCTATTGACTCAGGCATTTCCTCATT  296

seq1  CAGTTCCTGCTTTATTTCTTTTTAAGGTGTGTCTATTTATTGTATGCATA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCCTGCTTTATTTCTTTTTAAGGTGTGTCTATTTATTGTATGCATA  346

seq1  TGAGTACAATGTAGCTGTCTTCAGACACACTAGAAGAGAGCCTCAGACCC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTACAATGTAGCTGTCTTCAGACACACTAGAAGAGAGCCTCAGACCC  396

seq1  CATTACAGATCATTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGAAATTGAACTCAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACAGATCATTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGAAATTGAACTCAG  446

seq1  GACCCCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTTTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTTTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAT  496

seq1  CCCCAGTTCCTGCTTTATTTATCATTACACAATTAGTGTTTGGGAAGGGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGTTCCTGCTTTATTTATCATTACACAATTAGTGTTTGGGAAGGGG  546

seq1  GGGGGAAGGAGCATACATATAAGGGCGTGTGCATTTGCCCTAGCATGGGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGAAGGAGCATACATATAAGGGCGTGTGCATTTGCCCTAGCATGGGA  596

seq1  TCAGAGGGCAACTTGCAGGAATTGGTTGCTCTATCTTCCCATGATTTAGG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGGCAACTTGCAGGAATTGGTTGCTCTATCTTCCCATGATTTAGG  646

seq1  TCACAGGATCAAACTCAGGTTGTCTGCTCATGGAAAGTCACCAAACCACT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGATCAAACTCAGGTTGTCTGCTCATGGAAAGTCACCAAACCACT  696

seq1  TCAAAAAGGTTTGCATTTTCAAAGTATCTCCCTGATTGGAAATGAAAGAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAAGGTTTGCATTTTCAAAGTATCTCCCTGATTGGAAATGAAAGAA  746

seq1  CATTTTGAAATCCAGGCATAGTGGTACATGTCTTGAATCCCAGCACATGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGAAATCCAGGCATAGTGGTACATGTCTTGAATCCCAGCACATGA  796

seq1  GAGGCAGAGGCAGATAGATCTCTGTGAGTTTGAGGCCAGCCTGATCTCCA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGAGGCAGATAGATCTCTGTGAGTTTGAGGCCAGCCTGATCTCCA  846

seq1  TAGTGAGTTCTAGGTCAGCCAGGGCTACATAGTGAGATTCTGTCTCGAGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAGTTCTAGGTCAGCCAGGGCTACATAGTGAGATTCTGTCTCGAGA  896

seq1  AAACAAAATCCAGTACAAATGCCTTGAACCCAGATTACCACATGGTCTTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAATCCAGTACAAATGCCTTGAACCCAGATTACCACATGGTCTTC  946

seq1  TGCACTTAACAGAAGCCAACCAACCTTTCATCCACTAGAGCTGTCTTTCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTTAACAGAAGCCAACCAACCTTTCATCCACTAGAGCTGTCTTTCA  996

seq1  CTTCAGTCTACCTGATGAATTC  1018
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGTCTACCTGATGAATTC  1018