BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-241O15
Chromosome12 (Build37)
Map Location 115,051,535 - 115,214,700
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIgh, LOC668405, Ighv5-15, Ighv5-16, Ighv5-17, Ighv5-18, Ighv2-8, Ighv2-9, Ighv5-19, Ighv7-1, Ighv7-2, Ighv14-1, Ighv4-1, Ighv3-1
Upstream geneBC022687, Cdca4, Gpr132, Jag2, Nudt14, Brf1, Btbd6, Pacs2, Tex22, Mta1, Crip2, Crip1, 4930427A07Rik, LOC676349, Tmem121, Igh-2, Gm900, Igh-1b, Igh-3, Ighg1, AI324046, LOC668370, LOC668375, EG382645, Igh-5, Igh-6, Ighj4, Ighj3, Ighj2, Ighj1, Ighd4-1, Ighd3-2, Ighd5-6, Ighd2-8, Ighd5-5, Ighd2-7, Ighd5-8, Ighd5-4, Ighd2-6, Ighd5-7, Ighd5-3, Ighd2-5, Ighd5-2, Ighd2-4, Ighd6-2, Ighd2-3, Ighd6-1, Ighd1-1, 4930523C11Rik, Ighd3-1, Ighd5-1, Adam6, Ighv5-1, Ighv2-1, Ighv5-2, Ighv2-2, Ighv5-3, Ighv5-4, Ighv6-1, Ighv2-3, Ighv5-5, Ighv5-6, Ankrd12-like, Ighv5-7, EG668389, Ighv5-8, Ighv5-9, Ighv5-10, Ighv2-5, Ighv5-11, Ighv5-12, Ighv2-6, Ighv5-9-1, EG628098, Ighv2-9-1, Ighv5-13, Ighv2-6-8, EG629785, Ighv2-7
Downstream geneIghv11-1, Ighv14-2, Ighv4-2, Ighv3-2, Ighv11-2, Ighv14-3, EG629812, Ighv6-2, Ighv9-1, Ighv12-1, EG629818, Ighv12-2, Ighv9-3, Ighv7-3, Ighv15-1, Ighv14-4, EG668438, Ighv7-4, EG629833, EG633457, Ighv13-1, Ighv3-6, EG636260, Ighv3-7, Ighv5-21, Ighv3-8, Ighv8-1, Ighv1-1, Ighv13-2, EG435321, Ighv6-3, EG628398, EG639510, Ighv6-6, EG432701, EG629849, Ighv1-2, Ighv10-1, Ighv1-3, Ighv1-4, Ighv10-2, EG668469, EG380809, Ighv1-6, EG668474, Ighv10-4, Ighv1-8, Ighv15-2, Ighv1-9, Ighv1-10, Ighv1-11, EG629860, Ighv1-13, Ighv1-14, Ighv1-15, EG629866, Ighv1-17-1, Ighv1-17, Ighv1-18, EG668493, Ighv1-19, EG668497, Ighv1-21-1, Ighv1-21, Ighv1-22, Ighv1-23, Ighv1-24, Ighv1-25, Ighv1-26, Ighv1-27, Ighv1-28, Ighv1-29, Ighv1-30, Ighv1-31, Ighv1-32, Ighv1-33, Ighv1-34, EG668515, Ighv1-36, Ighv1-37, Ighv1-38, Ighv1-39, Ighv1-40, Ighv1-41, EG629906, EG629908, Ighv1-44, Ighv1-45
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-241O15.bB6Ng01-241O15.g
ACCGA051707GA051708
length1,1401,152
definitionB6Ng01-241O15.b B6Ng01-241O15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,213,574 - 115,214,700)(115,051,535 - 115,052,698)
sequence
gaattccaccctgactgcaatgatacttaagaacaaggaaagaaaagagg
tgttttttgtttgcttgtttgtttgatcgattgactttggtattatttat
ttatctttggttttgttttgactgtgcttctcatcttaataatagaagcg
aggcttagggtgatctcactctctgatcatgaaataatgagttttgatca
attccattatgtttatttttcactatgtctctcaagattgtccttttgat
tgtaaactaatatattagcagatgaatcatctctctggtgttaagaatat
atatagcattttgaaacttagctgaccttggcatggcagtgttagacaca
ctaaaatattaattccacatttgattgctcatacccttctcccttataga
cttatgtttgttggagcacattctagactgcttacataaagcacttgtta
tgatgtctaggaaatgagacagagtaatataagagtctatgcctcatgaa
aactgtccttctactctacaatacagtaagggatttcctggattcaggtg
tatatggctgatgtacaaggtctctgtggttagtggttattgccttcaaa
ataaagaatattttgtgcaagcaaatacatcatttggtatttgaattaaa
aacatatttaataaatctgtaggtgttcatagtgataactacatttttta
aaagtgccacagaaaaatatacctctgtcatagaagagaagtgaattttt
tgtatataacacacctggccctgcaccattagattgtggtctgtgttttg
tgatattttccagtaatatcacaaatcctgtaatatcctgtagtgtcagt
gggataactcaaatacagatcctgaaacacaatgtattcagtctaaaatc
agcaaagcaagtggtcttatagtatataaatgtcacattcaattctgtaa
tattttggcaaagttttatctgatcattaggaaatctgagtcaaaacaaa
gaggagatacacatctgaataaacctcattgtattacttatacaggaggc
atcacacacccacaaaggtgatggagagtccctcagaaaccttgcactgg
gacaccttgactcctcctctctgcttggagacctatattc
gaattctccatgggggcagataatcaaaggaaaactttacagaaatgtca
gagatggcatatgcccacctctcacaagaagagacaggaagattacttgc
tcaagttcagtacaaggagaaagtcgtcagtttagaatcagtgcagtgaa
tggaacacagctgagttgagttcatttatgagtttactttgttcagtgaa
gttcagcacaggcagctgatatcagagaataagaagcagcctaatgaata
gagcagactcccattattaacttaaggccaagctgatcaactaattagga
agatgaaagaagccatattgagccagtcatcttaaagagtcttttcaaac
agagcagctaagttgaagcagctaatgaatgttctgaaagaactaaaagg
tgtgagcttatccagcagtatgcctatgaaaaaacaattatgtcaggtga
ataaaaggtattgtttagaaccttgttgaaccccaagagcatcttgcttc
cctgtgcaggctttcatggtcccacaaaacaaacatcttggtactctgtt
tcatgaattcctttccagtctgttacatctggagcactgccagcagagta
agttttgtgcatggtctcctgatctccattgtctacctctgggtttgtcc
tactatctttagtagtggtgggatgccaagatcatcctgtttttctatgc
aggtctccatgggtatccacaagaataacagttttgaaatcctcttccaa
caatcctttgcctgtcaggtctacctaggtcatagccacaataagtaagc
agtacattgcctccctgacctccattgtctagcccatggctctctatgcc
ttcctgatgtgtcctgctgctatgaggattatcctgccattaccatagaa
aacaggatgactaagaaacagtgtaggaacacattacaaagccagggcaa
tatagcaccactagagctcagctatcctgctacagcaagccctgggtatt
ctaacacagcaaagcaaaaaaagtgacttagctcatctataaatatgaat
agagctctaaattggcaaactattaaattcccttggtgagtatagaaaat
ataattcaatcctatagtgaatgagcgatttactgctgagaagtgaaaat
ga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_115213574_115214700
seq2: B6Ng01-241O15.b_46_1185 (reverse)

seq1  GAATATAGGTCTC--AGC--AGAGGA-GAGTC-AGGTGT-CCAGTGCA--  41
      |||||||||||||  |||  |||||| ||||| |||||| ||||||||  
seq2  GAATATAGGTCTCCAAGCAGAGAGGAGGAGTCAAGGTGTCCCAGTGCAAG  50

seq1  GGTTCTGAGTGACTCT-CATCA-CTTTGT--GTGTGTGATGCCTCCTTGT  87
      | ||||||| |||||| ||||| ||||||  ||||||||||||||| |||
seq2  GTTTCTGAGGGACTCTCCATCACCTTTGTGGGTGTGTGATGCCTCC-TGT  99

seq1  AT-AGT-ATACCATGAGTTTATTTCAGATGTTGTATCTCCTCTTTGTTTT  135
      || ||| |||| ||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTAATACAATGAGGTTTATTCAGATG-TGTATCTCCTCTTTGTTTT  148

seq1  GACTCAGATTTCCTAATGATCAGATAAAACTTTGCCAAAATATTACAGAA  185
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAGATTTCCTAATGATCAGATAAAACTTTGCCAAAATATTACAGAA  198

seq1  TTGAATGTGACATTTATATACTATAAGACCACTTGCTTTGCTGATTTTAG  235
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATGTGACATTTATATACTATAAGACCACTTGCTTTGCTGATTTTAG  248

seq1  ACTGAATACATTGTGTTTCAGGATCTGTATTTGAGTTATCCCACTGACAC  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATACATTGTGTTTCAGGATCTGTATTTGAGTTATCCCACTGACAC  298

seq1  TACAGGATATTACAGGATTTGTGATATTACTGGAAAATATCACAAAACAC  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGATATTACAGGATTTGTGATATTACTGGAAAATATCACAAAACAC  348

seq1  AGACCACAATCTAATGGTGCAGGGCCAGGTGTGTTATATACAAAAAATTC  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCACAATCTAATGGTGCAGGGCCAGGTGTGTTATATACAAAAAATTC  398

seq1  ACTTCTCTTCTATGACAGAGGTATATTTTTCTGTGGCACTTTTAAAAAAT  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCTTCTATGACAGAGGTATATTTTTCTGTGGCACTTTTAAAAAAT  448

seq1  GTAGTTATCACTATGAACACCTACAGATTTATTAAATATGTTTTTAATTC  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTATCACTATGAACACCTACAGATTTATTAAATATGTTTTTAATTC  498

seq1  AAATACCAAATGATGTATTTGCTTGCACAAAATATTCTTTATTTTGAAGG  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACCAAATGATGTATTTGCTTGCACAAAATATTCTTTATTTTGAAGG  548

seq1  CAATAACCACTAACCACAGAGACCTTGTACATCAGCCATATACACCTGAA  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAACCACTAACCACAGAGACCTTGTACATCAGCCATATACACCTGAA  598

seq1  TCCAGGAAATCCCTTACTGTATTGTAGAGTAGAAGGACAGTTTTCATGAG  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGAAATCCCTTACTGTATTGTAGAGTAGAAGGACAGTTTTCATGAG  648

seq1  GCATAGACTCTTATATTACTCTGTCTCATTTCCTAGACATCATAACAAGT  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGACTCTTATATTACTCTGTCTCATTTCCTAGACATCATAACAAGT  698

seq1  GCTTTATGTAAGCAGTCTAGAATGTGCTCCAACAAACATAAGTCTATAAG  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTATGTAAGCAGTCTAGAATGTGCTCCAACAAACATAAGTCTATAAG  748

seq1  GGAGAAGGGTATGAGCAATCAAATGTGGAATTAATATTTTAGTGTGTCTA  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGGGTATGAGCAATCAAATGTGGAATTAATATTTTAGTGTGTCTA  798

seq1  ACACTGCCATGCCAAGGTCAGCTAAGTTTCAAAATGCTATATATATTCTT  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGCCATGCCAAGGTCAGCTAAGTTTCAAAATGCTATATATATTCTT  848

seq1  AACACCAGAGAGATGATTCATCTGCTAATATATTAGTTTACAATCAAAAG  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCAGAGAGATGATTCATCTGCTAATATATTAGTTTACAATCAAAAG  898

seq1  GACAATCTTGAGAGACATAGTGAAAAATAAACATAATGGAATTGATCAAA  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATCTTGAGAGACATAGTGAAAAATAAACATAATGGAATTGATCAAA  948

seq1  ACTCATTATTTCATGATCAGAGAGTGAGATCACCCTAAGCCTCGCTTCTA  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATTATTTCATGATCAGAGAGTGAGATCACCCTAAGCCTCGCTTCTA  998

seq1  TTATTAAGATGAGAAGCACAGTCAAAACAAAACCAAAGATAAATAAATAA  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAAGATGAGAAGCACAGTCAAAACAAAACCAAAGATAAATAAATAA  1048

seq1  TACCAAAGTCAATCGATCAAACAAACAAGCAAACAAAAAACACCTCTTTT  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAAGTCAATCGATCAAACAAACAAGCAAACAAAAAACACCTCTTTT  1098

seq1  CTTTCCTTGTTCTTAAGTATCATTGCAGTCAGGGTGGAATTC  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTTGTTCTTAAGTATCATTGCAGTCAGGGTGGAATTC  1140

seq1: chr12_115051535_115052698
seq2: B6Ng01-241O15.g_65_1216

seq1  GAATTCTCCATGGGGGCAGATAATCAAAGGAAAACTTTACAGAAATGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATGGGGGCAGATAATCAAAGGAAAACTTTACAGAAATGTCA  50

seq1  GAGATGGCATATGCCCACCTCTCACAAGAAGAGACAGGAAGATTACTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGCATATGCCCACCTCTCACAAGAAGAGACAGGAAGATTACTTGC  100

seq1  TCAAGTTCAGTACAAGGAGAAAGTCGTCAGTTTAGAATCAGTGCAGTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTTCAGTACAAGGAGAAAGTCGTCAGTTTAGAATCAGTGCAGTGAA  150

seq1  TGGAACACAGCTGAGTTGAGTTCATTTATGAGTTTACTTTGTTCAGTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACACAGCTGAGTTGAGTTCATTTATGAGTTTACTTTGTTCAGTGAA  200

seq1  GTTCAGCACAGGCAGCTGATATCAGAGAATAAGAAGCAGCCTAATGAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGCACAGGCAGCTGATATCAGAGAATAAGAAGCAGCCTAATGAATA  250

seq1  GAGCAGACTCCCATTATTAACTTAAGGCCAAGCTGATCAACTAATTAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGACTCCCATTATTAACTTAAGGCCAAGCTGATCAACTAATTAGGA  300

seq1  AGATGAAAGAAGCCATATTGAGCCAGTCATCTTAAAGAGTCTTTTCAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAAAGAAGCCATATTGAGCCAGTCATCTTAAAGAGTCTTTTCAAAC  350

seq1  AGAGCAGCTAAGTTGAAGCAGCTAATGAATGTTCTGAAAGAACTAAAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGCTAAGTTGAAGCAGCTAATGAATGTTCTGAAAGAACTAAAAGG  400

seq1  TGTGAGCTTATCCAGCAGTATGCCTATGAAAAAACAATTATGTCAGGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGCTTATCCAGCAGTATGCCTATGAAAAAACAATTATGTCAGGTGA  450

seq1  ATAAAAGGTATTGTTTAGAACCTTGTTGAACCCCAAGAGCATCTTGCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGGTATTGTTTAGAACCTTGTTGAACCCCAAGAGCATCTTGCTTC  500

seq1  CCTGTGCAGGCTTTCATGGTCCCACAAAACAAACATCTTGGTACTCTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCAGGCTTTCATGGTCCCACAAAACAAACATCTTGGTACTCTGTT  550

seq1  TCATGAATTCCTTTCCAGTCTGTTACATCTGGAGCACTGCCAGCAGAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAATTCCTTTCCAGTCTGTTACATCTGGAGCACTGCCAGCAGAGTA  600

seq1  AGTTTTGTGCATGGTCTCCTGATCTCCATTGTCTACCTCTGGGTTTGTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTGTGCATGGTCTCCTGATCTCCATTGTCTACCTCTGGGTTTGTCC  650

seq1  TACTATCTTTAGTAGTGGTGGGATGCCAAGATCATCCTGTTTTTCTATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATCTTTAGTAGTGGTGGGATGCCAAGATCATCCTGTTTTTCTATGC  700

seq1  AGGTCTCCATGGGTATCCACAAGAATAACAGTTTTGAAATCCTCTTCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTCCATGGGTATCCACAAGAATAACAGTTTTGAAATCCTCTTCCAA  750

seq1  CAATCCTTTGCCTGTCAGGTCTACCTAGGTCATAGCCACAATAAGTAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCTTTGCCTGTCAGGTCTACCTAGGTCATAGCCACAATAAGTAAGC  800

seq1  AGTACATTGCCTCCCTGACCTCCATTGTCTAGCCCATGGCTCTCTATGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACATTGCCTCCCTGACCTCCATTGTCTAGCCCATGGCTCTCTATGCC  850

seq1  TTCCTGATGTGTCCTGCTGCTATGAGGATTATCCTGCCATTACCATAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGATGTGTCCTGCTGCTATGAGGATTATCCTGCCATTACCATAGAA  900

seq1  AACAGGATGACTAAGAAACAGTGTAGGAACACAATTAACAAAAGCCAGGG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||
seq2  AACAGGATGACTAAGAAACAGTGTAGGAACAC-ATTA--CAAAGCCAGGG  947

seq1  CAATATAGCACCACTAGAGCTCAGCTATCCTGCTACAGCAAGCCCTGGGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATAGCACCACTAGAGCTCAGCTATCCTGCTACAGCAAGCCCTGGGT  997

seq1  ATTCTAACACAGCCAAAGCAAAAAAGGTGACCTTAAGCTTCATCTTATAA  1050
      |||||||||||| |||||||||||| |||||  | ||| ||||| |||||
seq2  ATTCTAACACAG-CAAAGCAAAAAAAGTGAC--TTAGC-TCATC-TATAA  1042

seq1  ATATG-ATAGAGGCTCTTAAATGGGAAACTAATAAATTCCTTTGTGAAGT  1099
      ||||| ||||| ||||| || ||| |||||| |||||||| |||   |||
seq2  ATATGAATAGA-GCTCTAAATTGGCAAACTATTAAATTCCCTTGGTGAGT  1091

seq1  ATAGGAAAATATAAT--CATCCAATATGTGAATGAAGCGAATATAACTGC  1147
      ||| |||||||||||   |||| ||| ||||||| |||||   | |||||
seq2  ATA-GAAAATATAATTCAATCCTATA-GTGAATG-AGCGA--TTTACTGC  1136

seq1  TGAAGAAGTGAAAATGA  1164
      || ||||||||||||||
seq2  TG-AGAAGTGAAAATGA  1152