BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242F10
Chromosome12 (Build37)
Map Location 4,789,735 - 4,931,221
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG626534, 0610009D07Rik, Fkbp1b, BC068281, Gm1964, Ubxd4, Atad2b
Upstream geneDnmt3a, LOC668289, Pomc1, C030014M07Rik, C330021A05Rik, Adcy3, Cenpo, 2410017P09Rik, Ncoa1, LOC100041995, LOC100042005, LOC100042014, Itsn2, 4930417G10Rik, A830093I24Rik, Pfn4
Downstream geneLOC668332, Klhl29, 2810032G03Rik, LOC435292, LOC100042095
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242F10.bB6Ng01-242F10.g
ACCGA052012GA052013
length1,1461,071
definitionB6Ng01-242F10.b B6Ng01-242F10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,789,735 - 4,790,857)(4,930,153 - 4,931,221)
sequence
gaattccagaccaacctggtaccctaccctcgcatccacttccctctggc
cacttatgcccctgtcatctctgctgagaaagcctaccacgagcagctta
tagtagcagagatcaccaatgcctgctttgagccagccaaccagttggta
aaatgtgaccctccccattgtacatggcttgctgcctgctgtaccatggt
gatgtggttcccaaagatgtcaatgctaccactgccaccatcaagaccaa
gcgtaccatccagtttgtggactggtgccccactggcttcaaggttggca
ttaattaccagcctcccactgtggtacctggtggtgacctggccaaggtg
cagagagctgtgtgcatgctgagcaacaccacagccattgctgaggcctg
ggctcgcctagatcacaagtttgatctgatgtatgccaagcgtgcctttg
tgcactggtatgtggatgatggcatggaggagggtgagttctctaaggcc
tgtgaggacatggctgccctagagaaggattatgaggaggttggggcaga
tggtgctgaaggagacgatgagggtgaggaatattaattcatgtgctgcc
attctatacttctgtggtctcatctttgtctttgtgtgtgctctaactgt
cctaaactgtcaataaaggtgtttccattgtaagttgcaaaaaaaaaaaa
aaaaaaaaaaaattcttcttggatatcctgttacccagagtcagggtgat
ttctgctactaggcagggtgttctggctgccacacacctccctgtcagat
gtctgacaccccagaggcttgcccggctcgaccttttgtgtttgtaggca
gggctagcgctgcctccccccagcatgctctctcgtttcctggtagggca
agcaccacaagacaccaactgcagtgtctctgtgttgtgggtcaatcggc
aggggcttcaaggcatctccctgtcctctgtgtgggcagtctataggctc
aattgggcacaaagctttgatgattgcaactgctgggcttgaagatgcac
ccagtaaagaaaatattagattcattcatttttcttcccaatgttccatg
aagtttacctatcaaaagcatcttcccaatggagctggcctttttt
gaattccatcaaaacattcagaaggtagaatccagaactataattgaact
tatctatgtcagaagcaactcactctgttttctcatacgcctatcacata
tacattcatagttcttaatgtaggggctacatttcacttgtcctcatttt
tttttctttttttgttttgttttgttttgtaattctctttaatctttttt
ttacagttagtcattaccgccttccaggctgccctaccacagacagtacc
tcattccacttcttctctcccacccccaccccaccaggcctctccactcc
ctggggcctcaagtctctccagggttaggtgaatcttctctcactgaggc
cagaacaggcagtcctctgctgtatatgtgtcaggcatgtcctctattct
taaagcactggattttcatttcacaaaataggccagctcgtcaaattact
attcattcaaccattagcagatacagtgagcatcttgtttatgtcacatg
ttggagtaggtcctgaatggaggaattaataggaaaataaagtgcctgcc
ctcatgatgcctacagccaattttcctacagtctaaaggtactaggtaca
tggtctatagttagttattgaaagggctatggcagaagttcaaggccaac
ctagtcaacatagcaagatctcttctgaaagagaaagaagacctaaaaag
aaacctccccctccctacccgacccctcaccccttggagacagggtttct
tctgtgtagtcttggctgtcctggaacttcctatgtagaccagcctggcc
ttgaactcacagagatctgtctgcctctgcctcccatgtgctgggattaa
aggcacacaaccaccgctgcctgtcctaaaaggggccttttttattgttg
ggtttgggtgtttgtctattcattgtgtatgctttttttggaagggtttt
ggtctgtgacccatgatggcctagatctcactgtatagccagcccaggct
ggcctcaaacttcaacaccttcttcccttcaacctccacagtgctaggga
tttacagaaatgagcatcata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_4789735_4790857
seq2: B6Ng01-242F10.b_46_1191

seq1  GAATTCCAGACCAACCTGGTACCCTACCCTCGCATCCACTTCCCTCTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGACCAACCTGGTACCCTACCCTCGCATCCACTTCCCTCTGGC  50

seq1  CACTTATGCCCCTGTCATCTCTGCTGAGAAAGCCTACCACGAGCAGCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTATGCCCCTGTCATCTCTGCTGAGAAAGCCTACCACGAGCAGCTTA  100

seq1  TAGTAGCAGAGATCACCAATGCCTGCTTTGAGCCAGCCAACCAGTTGGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGCAGAGATCACCAATGCCTGCTTTGAGCCAGCCAACCAGTTGGTA  150

seq1  AAATGTGACCCTCCCCATTGTACATGGCTTGCTGCCTGCTGTACCATGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGACCCTCCCCATTGTACATGGCTTGCTGCCTGCTGTACCATGGT  200

seq1  GATGTGGTTCCCAAAGATGTCAATGCTACCACTGCCACCATCAAGACCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGGTTCCCAAAGATGTCAATGCTACCACTGCCACCATCAAGACCAA  250

seq1  GCGTACCATCCAGTTTGTGGACTGGTGCCCCACTGGCTTCAAGGTTGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTACCATCCAGTTTGTGGACTGGTGCCCCACTGGCTTCAAGGTTGGCA  300

seq1  TTAATTACCAGCCTCCCACTGTGGTACCTGGTGGTGACCTGGCCAAGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTACCAGCCTCCCACTGTGGTACCTGGTGGTGACCTGGCCAAGGTG  350

seq1  CAGAGAGCTGTGTGCATGCTGAGCAACACCACAGCCATTGCTGAGGCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGCTGTGTGCATGCTGAGCAACACCACAGCCATTGCTGAGGCCTG  400

seq1  GGCTCGCCTAGATCACAAGTTTGATCTGATGTATGCCAAGCGTGCCTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCGCCTAGATCACAAGTTTGATCTGATGTATGCCAAGCGTGCCTTTG  450

seq1  TGCACTGGTATGTGGATGATGGCATGGAGGAGGGTGAGTTCTCTAAGGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTGGTATGTGGATGATGGCATGGAGGAGGGTGAGTTCTCTAAGGCC  500

seq1  TGTGAGGACATGGCTGCCCTAGAGAAGGATTATGAGGAGGTTGGGGCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGGACATGGCTGCCCTAGAGAAGGATTATGAGGAGGTTGGGGCAGA  550

seq1  TGGTGCTGAAGGAGACGATGAGGGTGAGGAATATTAATTCATGTGCTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCTGAAGGAGACGATGAGGGTGAGGAATATTAATTCATGTGCTGCC  600

seq1  ATTCTATACTTCTGTGGTCTCATCTTTGTCTTTGTGTGTGCTCTAACTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTATACTTCTGTGGTCTCATCTTTGTCTTTGTGTGTGCTCTAACTGT  650

seq1  CCTAAACTGTCAATAAAGGTGTTTCCATTGTAAGTTGCAAAAAAAAAAAA  700
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCTAAACTGTCAATAAAGGTGTTTCCATTGTAAGTTGC-AAAAAAAAAAA  699

seq1  AAAAAAAAAAAAATTCTTCTTGGATATCCTGTTACCCAGAGTCAGGGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAATTCTTCTTGGATATCCTGTTACCCAGAGTCAGGGTGA  749

seq1  -TTCTGCTACTAGGCAGGGTGTTCTGGCTGCCACACACCTCCCTGTCAGA  799
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCTACTAGGCAGGGTGTTCTGGCTGCCACACACCTCCCTGTCAGA  799

seq1  TGTCTGACA-CCCAGAGGCTTGCCCGGCTCGACC-TTTGTGTTTGTAGGC  847
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGTCTGACACCCCAGAGGCTTGCCCGGCTCGACCTTTTGTGTTTGTAGGC  849

seq1  AGGGCTAGCGCTGC--TCCCCCAGCATGCTCTCTCGTTTCCT-GTAGGGC  894
      ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGGGCTAGCGCTGCCTCCCCCCAGCATGCTCTCTCGTTTCCTGGTAGGGC  899

seq1  AAGCACCACAAGACA-CAGCTGCAGTGTCTCTGTGTTGTGGGTCAGCGGG  943
      ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||   ||
seq2  AAGCACCACAAGACACCAACTGCAGTGTCTCTGTGTTGTGGGTCAATCGG  949

seq1  CAGGGGC-TCCAGGCATCTCCCTGTCCTCTGTGT-GGCAGTCTAT-GGCT  990
      ||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  CAGGGGCTTCAAGGCATCTCCCTGTCCTCTGTGTGGGCAGTCTATAGGCT  999

seq1  C-ATTGGGCAC-AAGCTTTG-TGATTGCAGCCTGCT-GGCT--GAGATGC  1034
      | ||||||||| |||||||| ||||||||  ||||| ||||   ||||||
seq2  CAATTGGGCACAAAGCTTTGATGATTGCA-ACTGCTGGGCTTGAAGATGC  1048

seq1  A-GCAGTAAAGAATA---TAGATTCA-TCA-TTTTCTTCC--ATGTT-CA  1075
      |  |||||||||| |   |||||||| ||| |||||||||  ||||| ||
seq2  ACCCAGTAAAGAAAATATTAGATTCATTCATTTTTCTTCCCAATGTTCCA  1098

seq1  TG-AGTTTACTTTTTAAAAAGCATCTTCCCATGAGACTTGCCCTTTTTT  1123
      || |||||||  | | |||||||||||||||   ||  || ||||||||
seq2  TGAAGTTTAC-CTATCAAAAGCATCTTCCCAATGGAGCTGGCCTTTTTT  1146

seq1: chr12_4930153_4931221
seq2: B6Ng01-242F10.g_68_1138 (reverse)

seq1  TATGATGGCTCATTCCTGTAA--TCCTAGCACTGTGGAGGTTG-AGGGAA  47
      |||||| ||||||| ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TATGAT-GCTCATTTCTGTAAATCCCTAGCACTGTGGAGGTTGAAGGGAA  49

seq1  GAAGGTTGTTTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGGCTGGCTATACAGTGAGATC  97
      ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGG-TGTTGAAGTTTGAGGCCAGCCTGGGCTGGCTATACAGTGAGATC  98

seq1  TAGGCCATCATGGGTCACAGACCAAAACCCTCCCAAAAAAGCAATACACA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||| 
seq2  TAGGCCATCATGGGTCACAGACCAAAACCCTTCCAAAAAAAGCATACAC-  147

seq1  AATGAATAGACAAACACC--AAACCAACAATAAAAAAGGCCCCTTTTAGG  195
      ||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATAGACAAACACCCAAACCCAACAATAAAAAAGGCCCCTTTTAGG  197

seq1  ACAGGCAGCGGTGGTTGTGTGCCTTTAATCCCAGCACATGGGAGGCAGAG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCAGCGGTGGTTGTGTGCCTTTAATCCCAGCACATGGGAGGCAGAG  247

seq1  GCAGACAGATCTCTGTGAGTTCAAGGCCAGGCTGGTCTACATAGGAAGTT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACAGATCTCTGTGAGTTCAAGGCCAGGCTGGTCTACATAGGAAGTT  297

seq1  CCAGGACAGCCAAGACTACACAGAAGAAACCCTGTCTCCAAGGGGTGAGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGACAGCCAAGACTACACAGAAGAAACCCTGTCTCCAAGGGGTGAGG  347

seq1  GGTCGGGTAGGGAGGGGGAGGTTTCTTTTTAGGTCTTCTTTCTCTTTCAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCGGGTAGGGAGGGGGAGGTTTCTTTTTAGGTCTTCTTTCTCTTTCAG  397

seq1  AAGAGATCTTGCTATGTTGACTAGGTTGGCCTTGAACTTCTGCCATAGCC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGATCTTGCTATGTTGACTAGGTTGGCCTTGAACTTCTGCCATAGCC  447

seq1  CTTTCAATAACTAACTATAGACCATGTACCTAGTACCTTTAGACTGTAGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAATAACTAACTATAGACCATGTACCTAGTACCTTTAGACTGTAGG  497

seq1  AAAATTGGCTGTAGGCATCATGAGGGCAGGCACTTTATTTTCCTATTAAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGGCTGTAGGCATCATGAGGGCAGGCACTTTATTTTCCTATTAAT  547

seq1  TCCTCCATTCAGGACCTACTCCAACATGTGACATAAACAAGATGCTCACT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCATTCAGGACCTACTCCAACATGTGACATAAACAAGATGCTCACT  597

seq1  GTATCTGCTAATGGTTGAATGAATAGTAATTTGACGAGCTGGCCTATTTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTGCTAATGGTTGAATGAATAGTAATTTGACGAGCTGGCCTATTTT  647

seq1  GTGAAATGAAAATCCAGTGCTTTAAGAATAGAGGACATGCCTGACACATA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAATGAAAATCCAGTGCTTTAAGAATAGAGGACATGCCTGACACATA  697

seq1  TACAGCAGAGGACTGCCTGTTCTGGCCTCAGTGAGAGAAGATTCACCTAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCAGAGGACTGCCTGTTCTGGCCTCAGTGAGAGAAGATTCACCTAA  747

seq1  CCCTGGAGAGACTTGAGGCCCCAGGGAGTGGAGAGGCCTGGTGGGGTGGG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGAGAGACTTGAGGCCCCAGGGAGTGGAGAGGCCTGGTGGGGTGGG  797

seq1  GGTGGGAGAGAAGAAGTGGAATGAGGTACTGTCTGTGGTAGGGCAGCCTG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGAGAGAAGAAGTGGAATGAGGTACTGTCTGTGGTAGGGCAGCCTG  847

seq1  GAAGGCGGTAATGACTAACTGTAAAAAAAAGATTAAAGAGAATTACAAAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCGGTAATGACTAACTGTAAAAAAAAGATTAAAGAGAATTACAAAA  897

seq1  CAAAACAAAACAAAAAAAGAAAAAAAAATGAGGACAAGTGAAATGTAGCC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAAACAAAAAAAGAAAAAAAAATGAGGACAAGTGAAATGTAGCC  947

seq1  CCTACATTAAGAACTATGAATGTATATGTGATAGGCGTATGAGAAAACAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACATTAAGAACTATGAATGTATATGTGATAGGCGTATGAGAAAACAG  997

seq1  AGTGAGTTGCTTCTGACATAGATAAGTTCAATTATAGTTCTGGATTCTAC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTTGCTTCTGACATAGATAAGTTCAATTATAGTTCTGGATTCTAC  1047

seq1  CTTCTGAATGTTTTGATGGAATTC  1069
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGAATGTTTTGATGGAATTC  1071