BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242I01
Chromosome12 (Build37)
Map Location 29,996,322 - 30,147,425
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC629608
Upstream gene1110015M06Rik, Allc, Colec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15, Tssc1, 4833405L11Rik
Downstream geneMyt1l, LOC100043496, Pxdn, Tpo, Sntg2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242I01.bB6Ng01-242I01.g
ACCGA052128GA052129
length5571,154
definitionB6Ng01-242I01.b B6Ng01-242I01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,146,870 - 30,147,425)(29,996,322 - 29,997,455)
sequence
gaattcccaggaactgttaagagcctgacatgtactgaagcacctttagt
cttagaattcccatgaggatatgagaggtggagacaacacaacccccaga
agctctcgggccaggtagcctggtatagaccttcaaaaccaataaaaaga
gccttcctcaaataaaggccaacactaaggttgtcctctgactcgcacat
gtgtggtttgtctcatgtgtgcccataaaacactctacatgtgcacacac
ctaaatatacatgggctaagactttaccttaaaaaaaaaaacccttgaaa
ttaaaataataaatgggacaagaagcttcaactcctctccggatctctcc
ctgagctcgcctctcttagtcattaatgactacctgagttaggatggagg
aacacacctgtaattgtagtgattgggaggaggaggaggaggatcaggca
aaggtcatcctctgcttcataagaagttcaagccaggctgagctacagga
gacaccatctcaaagaaacgagactccaagaataagagtcaggaaacgta
aaataat
gaattcttgttgagtttgtagcttgcaaaaacctttggctatgtctaaga
aacgtcacgcaaattgttctccttccctttcttcaaaaggctacaacccc
tccagccgatgttggaacaaggagtctggaggttgcagtttcaggatgga
aggtggaaggctttagcatcaaaggagaacatcatagggtctcaggctat
ccgacagctcatatgacagtacatgcatacatgcatgcctttacaaacac
aggtgtgagtatggatgtgtaggtacacatgttaccactatttgtgatca
cccaggaaggtgtcttgtattcttgctttgttacttacgtttatggatgt
gccatggtgtgtatgtggaggtcagaggacaacttgtggaagtcatttct
tcctttacccgtgtaggttccagaaacaaaactcaagtcacttgcttttt
atcttattcattcatgtctgtaacaagagataactccctcctctgctctt
ttcctctctgttgtgagtttcagggagaccaagccaagagcccatatgct
atcccaggcataccaggaaggaggcagaccagaacttcctgcagcaggca
ctgctgagcctttgctagagcaccctagaaaccagggtctggagcagtga
agtcactaagccatggactgtggcagtggatgccatttttgaggcaatac
tttttgctgtgtaccatagtctctcttgtcactcacagctaaggtccctt
agatcaagattccttcagtctggtattgggagactgacactgtcagaaca
cagcttcaggccttgggtacagacctcaacaagatgttgtaagggatact
tctttaccttggtggtagctgaggaaggtcagggttggcctccctgaggg
agaactagccttctttattcccacagaggacattgttgccaacactttag
tattctctatcacatacaaccttgtcataatacatcaacctttcagggtc
taaaactataggagtggagcttacttagggagaaaagaactaaccttcta
attatctgtggtgcaattctgtgatcaggtgagattcaagcacaatacct
ggctcttaataaccatttgccattaaacttaacaagttaatcagtgagat
tgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_30146870_30147425
seq2: B6Ng01-242I01.b_46_601 (reverse)

seq1  TTATTTTAAGTTTCCTGACTCTTCTTCTTGGAGTCTTGTTTCTTTGAGAT  50
      |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTATTTTACGTTTCCTGACTCTTATTCTTGGAGTCTCGTTTCTTTGAGAT  50

seq1  GGTGTCTCCTGTAGCTCAGCCTGGCTTGAACTTCTTATGTAGCTGAGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
seq2  GGTGTCTCCTGTAGCTCAGCCTGGCTTGAACTTCTTATGAAGCAGAGGAT  100

seq1  GACCTTTGCCTGATCCTCCTCCTCCTCCTCCCAATCACTACAATTACAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTTGCCTGATCCTCCTCCTCCTCCTCCCAATCACTACAATTACAGG  150

seq1  TGTGTTCCTCCATCCTAACTCAGGTAGTCATTAATGACTAAGAGAGGCGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCCTCCATCCTAACTCAGGTAGTCATTAATGACTAAGAGAGGCGA  200

seq1  GCTCAGGGAGAGATCCGGAGAGGAGTTGAAGCTTCTTGTCCCATTTATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGGAGAGATCCGGAGAGGAGTTGAAGCTTCTTGTCCCATTTATTA  250

seq1  TTTTAATTTCAAGGGTTTTTTTTTTTAAGGTAAAGTCTTAGCCCATGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATTTCAAGGGTTTTTTTTTTTAAGGTAAAGTCTTAGCCCATGTAT  300

seq1  ATTTAGGTGTGTGCACATGTAGAGTGTTTTATGGGCACACATGAGACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGGTGTGTGCACATGTAGAGTGTTTTATGGGCACACATGAGACAAA  350

seq1  CCACACATGTGCGAGTCAGAGGACAACCTTAGTGTTGGCCTTTATTTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACATGTGCGAGTCAGAGGACAACCTTAGTGTTGGCCTTTATTTGAG  400

seq1  GAAGGCTCTTTTTATTGGTTTTGAAGGTCTATACCAGGCTACCTGGCCCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCTCTTTTTATTGGTTTTGAAGGTCTATACCAGGCTACCTGGCCCG  450

seq1  AGAGCTTCTGGGGGTTGTGTTGTCTCCACCTCTCATATCCTCATGGGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTTCTGGGGGTTGTGTTGTCTCCACCTCTCATATCCTCATGGGAAT  500

seq1  TCTAAGACTAAAGGTGCTTCAGTACATGTCAGGCTCTTAACAGTTCCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGACTAAAGGTGCTTCAGTACATGTCAGGCTCTTAACAGTTCCTGG  550

seq1  GAATTC  556
      ||||||
seq2  GAATTC  556

seq1: chr12_29996322_29997455
seq2: B6Ng01-242I01.g_69_1222

seq1  GAATTCTTGTTGAGTTTGTAGCTTGCAAAAACCTTTGGCTATGTCTAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTTGAGTTTGTAGCTTGCAAAAACCTTTGGCTATGTCTAAGA  50

seq1  AACGTCACGCAAATTGTTCTCCTTCCCTTTCTTCAAAAGGCTACAACCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTCACGCAAATTGTTCTCCTTCCCTTTCTTCAAAAGGCTACAACCCC  100

seq1  TCCAGCCGATGTTGGAACAAGGAGTCTGGAGGTTGCAGTTTCAGGATGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCGATGTTGGAACAAGGAGTCTGGAGGTTGCAGTTTCAGGATGGA  150

seq1  AGGTGGAAGGCTTTAGCATCAAAGGAGAACATCATAGGGTCTCAGGCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGAAGGCTTTAGCATCAAAGGAGAACATCATAGGGTCTCAGGCTAT  200

seq1  CCGACAGCTCATATGACAGTACATGCATACATGCATGCCTTTACAAACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGACAGCTCATATGACAGTACATGCATACATGCATGCCTTTACAAACAC  250

seq1  AGGTGTGAGTATGGATGTGTAGGTACACATGTTACCACTATTTGTGATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTGAGTATGGATGTGTAGGTACACATGTTACCACTATTTGTGATCA  300

seq1  CCCAGGAAGGTGTCTTGTATTCTTGCTTTGTTACTTACGTTTATGGATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGAAGGTGTCTTGTATTCTTGCTTTGTTACTTACGTTTATGGATGT  350

seq1  GCCATGGTGTGTATGTGGAGGTCAGAGGACAACTTGTGGAAGTCATTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGTGTGTATGTGGAGGTCAGAGGACAACTTGTGGAAGTCATTTCT  400

seq1  TCCTTTACCCGTGTAGGTTCCAGAAACAAAACTCAAGTCACTTGCTTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTACCCGTGTAGGTTCCAGAAACAAAACTCAAGTCACTTGCTTTTT  450

seq1  ATCTTATTCATTCATGTCTGTAACAAGAGATAACTCCCTCCTCTGCTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTATTCATTCATGTCTGTAACAAGAGATAACTCCCTCCTCTGCTCTT  500

seq1  TTCCTCTCTGTTGTGAGTTTCAGGGAGACCAAGCCAAGAGCCCATATGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTCTGTTGTGAGTTTCAGGGAGACCAAGCCAAGAGCCCATATGCT  550

seq1  ATCCCAGGCATACCAGGAAGGAGGCAGACCAGAACTTCCTGCAGCAGGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGGCATACCAGGAAGGAGGCAGACCAGAACTTCCTGCAGCAGGCA  600

seq1  CTGCTGAGCCTTTGCTAGAGCACCCTAGAAACCAGGGTCTGGAGCAGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGAGCCTTTGCTAGAGCACCCTAGAAACCAGGGTCTGGAGCAGTGA  650

seq1  AGTCACTAAGCCATGGACTGTGGCAGTGGATGCCATTTTTGAGGCAATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTAAGCCATGGACTGTGGCAGTGGATGCCATTTTTGAGGCAATAC  700

seq1  TTTTTGCTGTGTACCATAGTCTCTCTTGTCACTCACAGCTAAGGTCCCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCTGTGTACCATAGTCTCTCTTGTCACTCACAGCTAAGGTCCCTT  750

seq1  AGATCAAGATTCCTTCAGTCTGGTATTGGGAGACTGACACTGTCAGAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAAGATTCCTTCAGTCTGGTATTGGGAGACTGACACTGTCAGAACA  800

seq1  CAGCTTCAGGCCTTGGGTACAGACCTC-ACAAGATGTTGTAA-GGATACT  848
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  CAGCTTCAGGCCTTGGGTACAGACCTCAACAAGATGTTGTAAGGGATACT  850

seq1  TCTTTACCTTGGTGGTAGCTGAGGAA-GTCAGGGTTGG-CTCCCTGA-GG  895
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||
seq2  TCTTTACCTTGGTGGTAGCTGAGGAAGGTCAGGGTTGGCCTCCCTGAGGG  900

seq1  AGAACTAGCCTCCTTTATT-CCACAGAGGACATTGTGCCAAACAC-TTAG  943
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  | ||||| ||||
seq2  AGAACTAGCCTTCTTTATTCCCACAGAGGACATTGTTGCCAACACTTTAG  950

seq1  TA-TCTCTATCACATACA--CCTGTCAT-ATACATCAA-CTTTCAGGGTC  988
      || |||||||||||||||  | |||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  TATTCTCTATCACATACAACCTTGTCATAATACATCAACCTTTCAGGGTC  1000

seq1  TTAAAACTATA-GAGT-GAGC-TACTTAGGG-GAGAAAGACTAACTTCTT  1034
       |||||||||| |||| |||| ||||||||| || ||  |||||| |  |
seq2  -TAAAACTATAGGAGTGGAGCTTACTTAGGGAGAAAAGAACTAACCTTCT  1049

seq1  AATTATCTTGTGTGC-ATTCTGTG-TCAGGTGAGTTTCCAGCAC-ATACC  1081
      ||||||||   |||| |||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||
seq2  AATTATCTGTGGTGCAATTCTGTGATCAGGTGAGATTCAAGCACAATACC  1099

seq1  TGCTCCTTAATAGCCAATTGCCATT-AACTAAACCAATTAATCAGTGAG-  1129
      ||   ||||||| ||| |||||||| |||| ||| | |||||||||||| 
seq2  TGGCTCTTAATAACCATTTGCCATTAAACTTAACAAGTTAATCAGTGAGA  1149

seq1  TTGAA  1134
      |||||
seq2  TTGAA  1154