BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-244P01
Chromosome12 (Build37)
Map Location 118,550,382 - 118,696,218
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC432713, LOC100042461
Upstream geneD12Ertd551e, D430020J02Rik, Ncapg2, Rnu7-ps1, Ptprn2, LOC627375
Downstream geneRapgef5, A930023M06Rik, Cdca7l, Dnahc11, Sp4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-244P01.bB6Ng01-244P01.g
ACCGA053954GA053955
length1,046328
definitionB6Ng01-244P01.b B6Ng01-244P01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,550,382 - 118,551,419)(118,695,891 - 118,696,218)
sequence
gaattcactagcccctgcctcctcctgctaatgctttctagtctcatccc
acacaagttacaatatgctggggcctcatccacaaggccacagggtcccc
actgcttcctgtcacctatctgggtggtggatgctggcctggggtgagtc
acccagacttcacccttgctgagtcctcctgtcgacaagccacaggttcc
agcctcagtcccttcctgcccacctggaatcaaacgatcacattgtgcat
tttcctttccaatatgctccaaatccagttctcacagatggagacttgcc
cagcagcacatagatccgcctttgaccaaataactgggctctgcattggt
gccgttgtacagtttccttcatgcacagctgttccatagaaaatgtgcca
aattagagcctaacagtttcttcttcagtttctctaaatacattgaggtg
ctcaaaatgacggaggctgagaaagaaattcactcattgtcagcaagtgc
actgacttcacaaactaccggtatgagggagtgagtagcaccactgatga
cctctggctatgtcagtgtggtgagaaacttgtgaaccctagagtggcag
gcatgatgggctaacatgaagacacatcctttgtctggcaatgacactgc
cttcctgttctagcacctgaaacacccttcagtcaatagcctcacaatat
gatagaattgtgctgagcccaggaccttgtgtaaccattgaccatcccag
gcagcctctgggagcttggaggcaacctccaagactcctcccaccaggct
gcagctctgtctctaaaagcattcacatcctctgttgccctttccttgcc
caggggaacatcagttcagggttaaaggctgagaccctgccctgcccaac
agtctaggggggtaaagaaggatgggaaacagggtttatagagaaactgt
gatggtcagatcaagtcccaatggctgctcaacatgtttttgctggtaac
acagctattggaggaacagaccatggctatcctgccttctacaact

acttttaaatatttctactttcagttcaccagagactgacagtttcaggc
ttctcatgtagatgtggccggatctcccaacactgggaatttaatcaact
aaggttaagactgtaatatacccgtgggaatggccaatcagtcttaaaga
aagaactcctacctgcccactggacccattcagccctgaatgtctgtaag
aaaatgaggctcttacatgcagcaggaggagagacaggaagtgcagctat
attgtaagaagaagcagctataaaccaggagcagcaagccattgaaaaac
agtgagtgaggggatagagaggggggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_118550382_118551419
seq2: B6Ng01-244P01.b_44_1089

seq1  GAATTCACTAGCCCCTGCCTCCTCCTGCTAATGCTTTCTAGTCTCATCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAGCCCCTGCCTCCTCCTGCTAATGCTTTCTAGTCTCATCCC  50

seq1  ACACAAGTTACAATATGCTGGGGCCTCATCCACAAGGCCACAGGGTCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAGTTACAATATGCTGGGGCCTCATCCACAAGGCCACAGGGTCCCC  100

seq1  ACTGCTTCCTGTCACCTATCTGGGTGGTGGATGCTGGCCTGGGGTGAGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTCCTGTCACCTATCTGGGTGGTGGATGCTGGCCTGGGGTGAGTC  150

seq1  ACCCAGACTTCACCCTTGCTGAGTCCTCCTGTCGACAAGCCACAGGTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGACTTCACCCTTGCTGAGTCCTCCTGTCGACAAGCCACAGGTTCC  200

seq1  AGCCTCAGTCCCTTCCTGCCCACCTGGAATCAAACGATCACATTGTGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCAGTCCCTTCCTGCCCACCTGGAATCAAACGATCACATTGTGCAT  250

seq1  TTTCCTTTCCAATATGCTCCAAATCCAGTTCTCACAGATGGAGACTTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTTCCAATATGCTCCAAATCCAGTTCTCACAGATGGAGACTTGCC  300

seq1  CAGCAGCACATAGATCCGCCTTTGACCAAATAACTGGGCTCTGCATTGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCACATAGATCCGCCTTTGACCAAATAACTGGGCTCTGCATTGGT  350

seq1  GCCGTTGTACAGTTTCCTTCATGCACAGCTGTTCCATAGAAAATGTGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTTGTACAGTTTCCTTCATGCACAGCTGTTCCATAGAAAATGTGCCA  400

seq1  AATTAGAGCCTAACAGTTTCTTCTTCAGTTTCTCTAAATACATTGAGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGAGCCTAACAGTTTCTTCTTCAGTTTCTCTAAATACATTGAGGTG  450

seq1  CTCAAAATGACGGAGGCTGAGAAAGAAATTCACTCATTGTCAGCAAGTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAATGACGGAGGCTGAGAAAGAAATTCACTCATTGTCAGCAAGTGC  500

seq1  ACTGACTTCACAAACTACCGGTATGAGGGAGTGAGTAGCACCACTGATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACTTCACAAACTACCGGTATGAGGGAGTGAGTAGCACCACTGATGA  550

seq1  CCTCTGGCTATGTCAGTGTGGTGAGAAACTTGTGAACCCTAGAGTGGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGCTATGTCAGTGTGGTGAGAAACTTGTGAACCCTAGAGTGGCAG  600

seq1  GCATGATGGGCTAACATGAAGACACATCCTTTGTCTGGCAATGACACTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGATGGGCTAACATGAAGACACATCCTTTGTCTGGCAATGACACTGC  650

seq1  CTTCCTGTTCTAGCACCTGAAACACCCTTCAGTCAATAGCCTCACAATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGTTCTAGCACCTGAAACACCCTTCAGTCAATAGCCTCACAATAT  700

seq1  GATAGAATTGTGCTGAGCCCAGGACCTTGTGTAACCATTGACCATCCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAATTGTGCTGAGCCCAGGACCTTGTGTAACCATTGACCATCCCAG  750

seq1  GCAGCCTCTGGGAGCTTGGAGGCAACCTCCAAGACTCCTCCCACCAGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCTCTGGGAGCTTGGAGGCAACCTCCAAGACTCCTCCCACCAGGCT  800

seq1  GCAGCTCTGTCTCTAAAAGCATTCACATCCTCTGTTGCCCTTTCCTTGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTCTGTCTCTAAAAGCATTCACATCCTCTGTTGCCCTTTCCTTGCC  850

seq1  CA-GGGAACATCAGTTCAGGGTT-AAGGCTGAGACCCTGCCCTG-CCAAC  897
      || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAGGGGAACATCAGTTCAGGGTTAAAGGCTGAGACCCTGCCCTGCCCAAC  900

seq1  AGTCTA-GGGGGTAAAGAAGGATGGGAAACAGGG-TTATAGAGAAACTGT  945
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGTCTAGGGGGGTAAAGAAGGATGGGAAACAGGGTTTATAGAGAAACTGT  950

seq1  GATGGTCAGATCAAGTCCCAATGGCTGCTCAACATG-TTTTGCTGGT-AC  993
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  GATGGTCAGATCAAGTCCCAATGGCTGCTCAACATGTTTTTGCTGGTAAC  1000

seq1  ACAGCTAT--GAGGAACAGA-CATTGCTATCCTGCCCTTCCTACAACT  1038
      ||||||||  |||||||||| ||| |||||||||||  | ||||||||
seq2  ACAGCTATTGGAGGAACAGACCATGGCTATCCTGCC--TTCTACAACT  1046


seq1: chr12_118695891_118696218
seq2: B6Ng01-244P01.g_71_398 (reverse)

seq1  CTCCCCCCTCTCTATCCCCTCACTCACTGTTTTTCAATGGCTTGCTGCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCCCTCTCTATCCCCTCACTCACTGTTTTTCAATGGCTTGCTGCTC  50

seq1  CTGGTTTATAGCTGCTTCTTCTTACAATATAGCTGCACTTCCTGTCTCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTATAGCTGCTTCTTCTTACAATATAGCTGCACTTCCTGTCTCTC  100

seq1  CTCCTGCTGCATGTAAGAGCCTCATTTTCTTACAGACATTCAGGGCTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCTGCATGTAAGAGCCTCATTTTCTTACAGACATTCAGGGCTGAA  150

seq1  TGGGTCCAGTGGGCAGGTAGGAGTTCTTTCTTTAAGACTGATTGGCCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCCAGTGGGCAGGTAGGAGTTCTTTCTTTAAGACTGATTGGCCATT  200

seq1  CCCACGGGTATATTACAGTCTTAACCTTAGTTGATTAAATTCCCAGTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACGGGTATATTACAGTCTTAACCTTAGTTGATTAAATTCCCAGTGTT  250

seq1  GGGAGATCCGGCCACATCTACATGAGAAGCCTGAAACTGTCAGTCTCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGATCCGGCCACATCTACATGAGAAGCCTGAAACTGTCAGTCTCTGG  300

seq1  TGAACTGAAAGTAGAAATATTTAAAAGT  328
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTGAAAGTAGAAATATTTAAAAGT  328


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |