BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-246I09
Chromosome12 (Build37)
Map Location 100,323,382 - 100,524,885
singlet/doubletdoublet
Overlap geneChes1
Upstream geneLOC667746, Galc, Gpr65, Kcnk10, Spata7, Ptpn21, Zc3h14, Eml5, LOC100039845, Ttc8, EG667779
Downstream geneLOC100039892, 2610021K21Rik, Tdp1, LOC100040041, Kcnk13, Psmc1, BC002230, Calm1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-246I09.bB6Ng01-246I09.g
ACCGA055118GA055119
length1,119867
definitionB6Ng01-246I09.b B6Ng01-246I09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,523,786 - 100,524,885)(100,323,382 - 100,324,248)
sequence
gaattcccacttggttttatttcatgccacagaaggctcgagggtgaatg
ctcagaaaactcaggttttgagtcagatccccaagccctggtcctcatta
actccatgccttcagtcaagatgcataggaaacgccatgcagtcttcagt
gtaaactgagaaacgtccctctgggacagtttcctccctgaattacagcc
ctgaccctccctagcaatgcctaaaaatcaaaatgaacgagggaaaaagt
gtgacctttacctgtctttggtggatccaagaagatgggcagaatgtgtt
tgccagctgcccgaacaaccagatatcaaacatgatcgttcccgaaagct
ctctcagttcgtcatgtattacagattcagacaacctagaaagaaatctt
ggcttcctaagcaagtggcttaacccttgtaatagtgtgagttccattac
tatagcaaaatagctgaagtaggataaattgtaaagaaacgaggttgttc
acagtctgaaagtgtaaggcacagagagccagcccttgtaattcttcctc
cgacaagggcctcatgaccctggcattacagtgataggaacacgcagaga
agaggtcacatggtgagacaggaaacaaaaaaaaaagcgttgttgttgtt
attattattattataatcttaggtgtatggttgttttgcctgcatgtata
tctgtgtaccacatgggtgcagagcccacagacgtcaggagagggtgtgc
cctggaactggagttacaaatggttgtgagcagccatttgggtgccagga
accaaacccaggtgacccgcaagagcaatcagtgcttaactgtcacgcca
ccactaccgtccctgaggggctcactgtgtttcatttttttggcaacgcc
cttttccctgtgaatctactcctcaggaccagcatttcaccttgtttcat
ctcgtcttatctcccaaagggttcgctccttccacacacttcatgggaga
aacaccacaaaaatctttcccaggagcatttcttgtcagttttccacttc
tgaacgtcagcccagccagcatctcttttgctgatcctagcaggattcca
gggaccactctttggcact
gaattcaagagacggattgctttatcttaaaagctcacagttttcaaggt
ttcaagtctatagctggttggttctgtggtaagacaaaatcatggtggga
gtacacaaagtaggaggcctgttaacctcatcgtgtctgggaaacagggc
agaaagtatattcccaatgccttcttcaagggcatgcccctaatagcttc
accaggtccctacctctcagtagtgcaatgggtgggaaccaagcctttaa
cacatgggcctttggctgacaccaacagtccaacagagagcaagggaggt
gatcagctatttggtctggtaccgcaccataactgattgcagaattaact
aactacagcatctgatcgggtaataagatccttggttacgtaggtatgat
aggcagtgtcgactgtcaacttgataggctgtagaatcgcccaggagaca
ggcccccaagaacacctgcaagggattatctttgattaggttaaccaagg
ggaaggcttgccctaatagtgggcagtaccactccttggcttaggccctg
gttgcatataaaggagaaagctagctgagcaggatcgcccacactcctct
gcttcctgcctgctgaggcactgtgaccagcttgctcaagcccagactgt
accctggaactgagagccaagacaggccctttctccatgaagttactttt
gccaagatattttattacagcaatagaagtaggagagtggctaacgcagt
aggagaaaggaggtttcaggtagaaaaagaacccaagtgctaaacacaag
acaagtcatgatactctgaggatgctttctgcaaagcatagatgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_100523786_100524885
seq2: B6Ng01-246I09.b_46_1164 (reverse)

seq1  AGTGCCAAAGAGTGGTCCCT-GAATCCTGCTAGGATCAGC-AAAGAGATG  48
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGTGCCAAAGAGTGGTCCCTGGAATCCTGCTAGGATCAGCAAAAGAGATG  50

seq1  CTGGCTGGGCTGACGTTCAG-AGTGG-AAACTGACAAG-AATGCTCCTGG  95
      |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  CTGGCTGGGCTGACGTTCAGAAGTGGAAAACTGACAAGAAATGCTCCTGG  100

seq1  G-AAGA-TTTTGTGGTGTTTCT-CCATG-AGTGTGTGGAA-GAGCGAACC  140
      | |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  GAAAGATTTTTGTGGTGTTTCTCCCATGAAGTGTGTGGAAGGAGCGAACC  150

seq1  CTTT-GGAGAT-AGACGAGATGAA--CAGGTG-AATGCTGGTCCTGAGGA  185
      |||| |||||| ||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||
seq2  CTTTGGGAGATAAGACGAGATGAAACAAGGTGAAATGCTGGTCCTGAGGA  200

seq1  GTAGATTCACAGG--AAAGGGCGTTGCC-AAAAAATG-AACACAGTGAGC  231
      |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  GTAGATTCACAGGGAAAAGGGCGTTGCCAAAAAAATGAAACACAGTGAGC  250

seq1  CCCTCAGGGACGGTAGTGGTGGCGTGACAGTTAAGCACTGATTGCTCTTG  281
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGGGACGGTAGTGGTGGCGTGACAGTTAAGCACTGATTGCTCTTG  300

seq1  CGGGTCACCTGGGTTTGGTTCCTGGCACCCAAATGGCTGCTCACAACCAT  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTCACCTGGGTTTGGTTCCTGGCACCCAAATGGCTGCTCACAACCAT  350

seq1  TTGTAACTCCAGTTCCAGGGCACACCCTCTCCTGACGTCTGTGGGCTCTG  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAACTCCAGTTCCAGGGCACACCCTCTCCTGACGTCTGTGGGCTCTG  400

seq1  CACCCATGTGGTACACAGATATACATGCAGGCAAAACAACCATACACCTA  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCATGTGGTACACAGATATACATGCAGGCAAAACAACCATACACCTA  450

seq1  AGATTATAATAATAATAATAACAACAACAACGCTTTTTTTTTTGTTTCCT  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATAATAATAATAATAACAACAACAACGCTTTTTTTTTTGTTTCCT  500

seq1  GTCTCACCATGTGACCTCTTCTCTGCGTGTTCCTATCACTGTAATGCCAG  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCACCATGTGACCTCTTCTCTGCGTGTTCCTATCACTGTAATGCCAG  550

seq1  GGTCATGAGGCCCTTGTCGGAGGAAGAATTACAAGGGCTGGCTCTCTGTG  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATGAGGCCCTTGTCGGAGGAAGAATTACAAGGGCTGGCTCTCTGTG  600

seq1  CCTTACACTTTCAGACTGTGAACAACCTCGTTTCTTTACAATTTATCCTA  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACACTTTCAGACTGTGAACAACCTCGTTTCTTTACAATTTATCCTA  650

seq1  CTTCAGCTATTTTGCTATAGTAATGGAACTCACACTATTACAAGGGTTAA  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCTATTTTGCTATAGTAATGGAACTCACACTATTACAAGGGTTAA  700

seq1  GCCACTTGCTTAGGAAGCCAAGATTTCTTTCTAGGTTGTCTGAATCTGTA  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTTGCTTAGGAAGCCAAGATTTCTTTCTAGGTTGTCTGAATCTGTA  750

seq1  ATACATGACGAACTGAGAGAGCTTTCGGGAACGATCATGTTTGATATCTG  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGACGAACTGAGAGAGCTTTCGGGAACGATCATGTTTGATATCTG  800

seq1  GTTGTTCGGGCAGCTGGCAAACACATTCTGCCCATCTTCTTGGATCCACC  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTCGGGCAGCTGGCAAACACATTCTGCCCATCTTCTTGGATCCACC  850

seq1  AAAGACAGGTAAAGGTCACACTTTTTCCCTCGTTCATTTTGATTTTTAGG  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAGGTAAAGGTCACACTTTTTCCCTCGTTCATTTTGATTTTTAGG  900

seq1  CATTGCTAGGGAGGGTCAGGGCTGTAATTCAGGGAGGAAACTGTCCCAGA  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTAGGGAGGGTCAGGGCTGTAATTCAGGGAGGAAACTGTCCCAGA  950

seq1  GGGACGTTTCTCAGTTTACACTGAAGACTGCATGGCGTTTCCTATGCATC  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACGTTTCTCAGTTTACACTGAAGACTGCATGGCGTTTCCTATGCATC  1000

seq1  TTGACTGAAGGCATGGAGTTAATGAGGACCAGGGCTTGGGGATCTGACTC  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTGAAGGCATGGAGTTAATGAGGACCAGGGCTTGGGGATCTGACTC  1050

seq1  AAAACCTGAGTTTTCTGAGCATTCACCCTCGAGCCTTCTGTGGCATGAAA  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCTGAGTTTTCTGAGCATTCACCCTCGAGCCTTCTGTGGCATGAAA  1100

seq1  TAAAACCAAGTGGGAATTC  1100
      |||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCAAGTGGGAATTC  1119

seq1: chr12_100323382_100324248
seq2: B6Ng01-246I09.g_68_934

seq1  GAATTCAAGAGACGGATTGCTTTATCTTAAAAGCTCACAGTTTTCAAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAGACGGATTGCTTTATCTTAAAAGCTCACAGTTTTCAAGGT  50

seq1  TTCAAGTCTATAGCTGGTTGGTTCTGTGGTAAGACAAAATCATGGTGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTCTATAGCTGGTTGGTTCTGTGGTAAGACAAAATCATGGTGGGA  100

seq1  GTACACAAAGTAGGAGGCCTGTTAACCTCATCGTGTCTGGGAAACAGGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACAAAGTAGGAGGCCTGTTAACCTCATCGTGTCTGGGAAACAGGGC  150

seq1  AGAAAGTATATTCCCAATGCCTTCTTCAAGGGCATGCCCCTAATAGCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTATATTCCCAATGCCTTCTTCAAGGGCATGCCCCTAATAGCTTC  200

seq1  ACCAGGTCCCTACCTCTCAGTAGTGCAATGGGTGGGAACCAAGCCTTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGTCCCTACCTCTCAGTAGTGCAATGGGTGGGAACCAAGCCTTTAA  250

seq1  CACATGGGCCTTTGGCTGACACCAACAGTCCAACAGAGAGCAAGGGAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGGCCTTTGGCTGACACCAACAGTCCAACAGAGAGCAAGGGAGGT  300

seq1  GATCAGCTATTTGGTCTGGTACCGCACCATAACTGATTGCAGAATTAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGCTATTTGGTCTGGTACCGCACCATAACTGATTGCAGAATTAACT  350

seq1  AACTACAGCATCTGATCGGGTAATAAGATCCTTGGTTACGTAGGTATGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACAGCATCTGATCGGGTAATAAGATCCTTGGTTACGTAGGTATGAT  400

seq1  AGGCAGTGTCGACTGTCAACTTGATAGGCTGTAGAATCGCCCAGGAGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGTGTCGACTGTCAACTTGATAGGCTGTAGAATCGCCCAGGAGACA  450

seq1  GGCCCCCAAGAACACCTGCAAGGGATTATCTTTGATTAGGTTAACCAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCCCAAGAACACCTGCAAGGGATTATCTTTGATTAGGTTAACCAAGG  500

seq1  GGAAGGCTTGCCCTAATAGTGGGCAGTACCACTCCTTGGCTTAGGCCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGCTTGCCCTAATAGTGGGCAGTACCACTCCTTGGCTTAGGCCCTG  550

seq1  GTTGCATATAAAGGAGAAAGCTAGCTGAGCAGGATCGCCCACACTCCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCATATAAAGGAGAAAGCTAGCTGAGCAGGATCGCCCACACTCCTCT  600

seq1  GCTTCCTGCCTGCTGAGGCACTGTGACCAGCTTGCTCAAGCCCAGACTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTGCCTGCTGAGGCACTGTGACCAGCTTGCTCAAGCCCAGACTGT  650

seq1  ACCCTGGAACTGAGAGCCAAGACAGGCCCTTTCTCCATGAAGTTACTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGGAACTGAGAGCCAAGACAGGCCCTTTCTCCATGAAGTTACTTTT  700

seq1  GCCAAGATATTTTATTACAGCAATAGAAGTAGGAGAGTGGCTAACGCAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGATATTTTATTACAGCAATAGAAGTAGGAGAGTGGCTAACGCAGT  750

seq1  AGGAGAAAGGAGGTTTCAGGTAGAAAAAGAACCCAAGTGCTAAACACAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAAAGGAGGTTTCAGGTAGAAAAAGAACCCAAGTGCTAAACACAAG  800

seq1  ACAAGTCATGATACTCTGAGGATGCTTTCTGCAAAGCATAGATGTGTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTCATGATACTCTGAGGATGCTTTCTGCAAAGCATAGATGTGTGTG  850

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGT  867
      |||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGT  867