BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-248A23
Chromosome12 (Build37)
Map Location 66,303,642 - 66,482,861
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWdr20b
Upstream geneEG623046, LOC623123, LOC217645, LOC217647, Gm527, Klhl28, A430041B07Rik, Prpf39, Fkbp3, Fancm, C79407
Downstream geneLOC100040700, EG238217
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-248A23.bB6Ng01-248A23.g
ACCGA056231GA056232
length5661,018
definitionB6Ng01-248A23.b B6Ng01-248A23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,303,642 - 66,304,213)(66,481,879 - 66,482,861)
sequence
aacattatcattgcattaacataatgttcatagtatttgtatacaactga
ttattcccatgtacagataaggaaacctaaggctcaaaagagttaagggt
aaaccagccaaaagttgaagagtgattccacagtttaattggaattatat
taaattccacttgctgatcccactgtttaaactattccaatatttagact
gtggaatcagcctagctgccagaactctgaaccattttctggtttaactg
tttttcacataaatgtttggtgatgtttcaatactctacaactgtctgtc
tctatcctgtacccaggcactgttctgtggagatgcctaaaagtggcaat
cttactcttgcctttttgtgaaagaagctaactagaaaacatattaagat
aataaatccttacagcccagcattgggagttttgtacaatggattgtttt
tgaaattatgtaactttccctaaaatatgagaacattactgcctttacac
aagcataatatttccttactttaaaatgatgctctattgcttattgcaag
aaagaggggagggagg

gaattcaaaatgaacgaagatgagctgagtgttgatccaaccgagttcaa
agtcatccttagctacaaattcagttaattccaagtcactctaactacat
gagagcctgttgggcatggggtttgcaagtaacagactcggcctacatga
catgtcctttcccttgggaatctctgtatgtctgcatttatatggacttt
ctccatgtgacaataaagacgcctgaccatgttccaggcttgccaaggcc
tcagaagctgagggcgcttccttctcactaataaacaaaattaatcaata
ggaaaatggactctgctctggagttggattcaaactctggcctgggtcac
attctaactgactccagaggagcagcttggatcagctcttctcaaaatga
gaggtttccaggcaaggaaatagcaggctggggagtggaagggtggtaca
ggtaagaaaaagccttcatgctcctcccatagcaagaggattcttgactt
tcacagcttccatgagcccatgtgcctccttcagaaaagcaacttatgca
ttctacctgcctggccatacccctttcgatccctagtgaagagccagctt
gcctccactttaggtttaaaagtcatcttataggagagacaaactaagtt
cattcctctttatgattatacctctgtctctcaaggattaggctgtgccc
cacctgcaacccttaactacaaatggttctgtactgcctgtttcagcaat
ggcaattatgtctttgtatcaaaaagttgtctgtaaccatcttacaataa
ctgcctttgtttcaaaaggttatatgactgcctgttgttatgactaactt
gaaaccaggtcttttgtttccagggaccaacttgttaggttttatgttct
gctcctgtaacctcactatttttgcaagccaagccccctattttgaacct
cccttaccctgagcttttatagaaatcttgtcttttcttcttctccaatg
ctgagcttttaaaaccca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_66303642_66304213
seq2: B6Ng01-248A23.b_47_618

seq1  GAATTCAACATTATCATTGCATTAACATAATGTTCATAGTATTTGTATAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACATTATCATTGCATTAACATAATGTTCATAGTATTTGTATAC  50

seq1  AACTGATTATTCCCATGTACAGATAAGGAAACCTAAGGCTCAAAAGAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGATTATTCCCATGTACAGATAAGGAAACCTAAGGCTCAAAAGAGTT  100

seq1  AAGGGTAAACCAGCCAAAAGTTGAAGAGTGATTCCACAGTTTAATTGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTAAACCAGCCAAAAGTTGAAGAGTGATTCCACAGTTTAATTGGAA  150

seq1  TTATATTAAATTCCACTTGCTGATCCCACTGTTTAAACTATTCCAATATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTAAATTCCACTTGCTGATCCCACTGTTTAAACTATTCCAATATT  200

seq1  TAGACTGTGGAATCAGCCTAGCTGCCAGAACTCTGAACCATTTTCTGGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTGTGGAATCAGCCTAGCTGCCAGAACTCTGAACCATTTTCTGGTT  250

seq1  TAACTGTTTTTCACATAAATGTTTGGTGATGTTTCAATACTCTACAACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGTTTTTCACATAAATGTTTGGTGATGTTTCAATACTCTACAACTG  300

seq1  TCTGTCTCTATCCTGTACCCAGGCACTGTTCTGTGGAGATGCCTAAAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCTATCCTGTACCCAGGCACTGTTCTGTGGAGATGCCTAAAAGT  350

seq1  GGCAATCTTACTCTTGCCTTTTTGTGAAAGAAGCTAACTAGAAAACATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATCTTACTCTTGCCTTTTTGTGAAAGAAGCTAACTAGAAAACATAT  400

seq1  TAAGATAATAAATCCTTACAGCCCAGCATTGGGAGTTTTGTACAATGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATAATAAATCCTTACAGCCCAGCATTGGGAGTTTTGTACAATGGAT  450

seq1  TGTTTTTGAAATTATGTAACTTTCCCTAAAATATGAGAACATTACTGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTGAAATTATGTAACTTTCCCTAAAATATGAGAACATTACTGCCT  500

seq1  TTACACAAGCATAATATTTCCTTACTTTAAAATGATGCTCTATTGCTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACAAGCATAATATTTCCTTACTTTAAAATGATGCTCTATTGCTTAT  550

seq1  TGCAAGAAAGAGGGGAGGGAGG  572
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGAAAGAGGGGAGGGAGG  572


seq1: chr12_66481879_66482861
seq2: B6Ng01-248A23.g_93_1081 (reverse)

seq1  TGGGTTTTAAAAGCTCAGCATTGGAGAAGA--GAAAGACAAGATTTCTAT  48
      ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTTAAAAGCTCAGCATTGGAGAAGAAGAAAAGACAAGATTTCTAT  50

seq1  -AAAGCTCAGGGGTAGGGAGGTTCAAAATAGGGGGCTTGGCTTGCAAAAT  97
       |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAAAGCTCAGGGTAAGGGAGGTTCAAAATAGGGGGCTTGGCTTGCAAAAA  100

seq1  AGGTGAGGTTACAGGAGCAGAACAT-AAACCTAACAAGTTGGTCCCTGGA  146
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAGGTTACAGGAGCAGAACATAAAACCTAACAAGTTGGTCCCTGGA  150

seq1  AAC-AAAGACCTGGTTTCAAGTTAGTCATAACAACAGGCAGTCATATAAC  195
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAGACCTGGTTTCAAGTTAGTCATAACAACAGGCAGTCATATAAC  200

seq1  CTTTTGAAACAAAGGCAGTTATTGTAAGATGGTTACAGACAACTTTTTGA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGAAACAAAGGCAGTTATTGTAAGATGGTTACAGACAACTTTTTGA  250

seq1  TACAAAGACATAATTGCCATTGCTGAAACAGGCAGTACAGAACCATTTGT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGACATAATTGCCATTGCTGAAACAGGCAGTACAGAACCATTTGT  300

seq1  AGTTAA-GGTTGCAGGTGGGGCACAGCCTAATCCTTGAGAGACAGAGGTA  344
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAGGGTTGCAGGTGGGGCACAGCCTAATCCTTGAGAGACAGAGGTA  350

seq1  TAATCATAAAGAGGAATGAACTTAGTTTGTCTCTCCTATAAGATGACTTT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCATAAAGAGGAATGAACTTAGTTTGTCTCTCCTATAAGATGACTTT  400

seq1  TAAACCTAAAGTGGAGGCAAGCTGGCTCTTCACTAGGGATCGAAAGGGGT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCTAAAGTGGAGGCAAGCTGGCTCTTCACTAGGGATCGAAAGGGGT  450

seq1  ATGGCCAGGCAGGTAGAATGCATAAGTTGCTTTTCTGAAGGAGGCACATG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCAGGCAGGTAGAATGCATAAGTTGCTTTTCTGAAGGAGGCACATG  500

seq1  GGCTCATGGAAGCTGTGAAAGTCAAGAATCCTCTTGCTATGGGAGGAGCA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCATGGAAGCTGTGAAAGTCAAGAATCCTCTTGCTATGGGAGGAGCA  550

seq1  TGAAGGCTTTTTCTTACCTGTACCACCCTTCCACTCCCCAGCCTGCTATT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGCTTTTTCTTACCTGTACCACCCTTCCACTCCCCAGCCTGCTATT  600

seq1  TCCTTGCCTGGAAACCTCTCATTTTGAGAAGAGCTGATCCAAGCTGCTCC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGCCTGGAAACCTCTCATTTTGAGAAGAGCTGATCCAAGCTGCTCC  650

seq1  TCTGGAGTCAGTTAGAATGTGACCCAGGCCAGAGTTTGAATCCAACTCCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGTCAGTTAGAATGTGACCCAGGCCAGAGTTTGAATCCAACTCCA  700

seq1  GAGCAGAGTCCATTTTCCTATTGATTAATTTTGTTTATTAGTGAGAAGGA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGAGTCCATTTTCCTATTGATTAATTTTGTTTATTAGTGAGAAGGA  750

seq1  AGCGCCCTCAGCTTCTGAGGCCTTGGCAAGCCTGGAACATGGTCAGGCGT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGCCCTCAGCTTCTGAGGCCTTGGCAAGCCTGGAACATGGTCAGGCGT  800

seq1  CTTTATTGTCACATGGAGAAAGTCCATATAAATGCAGACATACAGAGATT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTGTCACATGGAGAAAGTCCATATAAATGCAGACATACAGAGATT  850

seq1  CCCAAGGGAAAGGACATGTCATGTAGGCCGAGTCTGTTACTTGCAAACCC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGGGAAAGGACATGTCATGTAGGCCGAGTCTGTTACTTGCAAACCC  900

seq1  CATGCCCAACAGGCTCTCATGTAGTTAGAGTGACTTGGAATTAACTGAAT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCCAACAGGCTCTCATGTAGTTAGAGTGACTTGGAATTAACTGAAT  950

seq1  TTGTAGCTAAGGATGACTTTGAACTCGGTTGGATCAACA  983
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGCTAAGGATGACTTTGAACTCGGTTGGATCAACA  989


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |