BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250O04
Chromosome12 (Build37)
Map Location 28,607,323 - 28,742,275
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC669327
Upstream geneSox11, LOC100043009
Downstream gene1110015M06Rik, Allc, Colec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15, Tssc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250O04.bB6Ng01-250O04.g
ACCGA058305GA058306
length1,1401,134
definitionB6Ng01-250O04.b B6Ng01-250O04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,607,323 - 28,608,459)(28,741,149 - 28,742,275)
sequence
gaattctcagctacttctctagcaccatgactgcatgccaccatgcttgc
caccatgaagattaatggactaaacccttgaactgtaagacagccccaat
taaatgttttctctttgtaggagttgccttggtcatggttccactgggga
acttgaggcagctattgtgtcacaccaaaatcctgactgcacacagggag
ccagcccagatccacatgtgggctcatgctgcaattcacgctgaatggag
ggaaccagcctagccatatacagagatacttgttcttattcacacatgca
tagagtcagcttagactcacactttaggacattactcatgctgaacttca
caccacattcagggactcagcctcaacccatacacagatacatgttactc
atgttgaaattcccactgtatgcaagcaggcatcctggcctcatacacgg
tcacacatcacactctcctttgctttagttcttccctttcctgaaataag
aattaagtatatttctgaaaatgtgtatggggcactttcctgtatggcca
taggaaatatactatttaattattttgttaacattgcacagagagatctt
ggtatgaacgaggatgcctgagtgtggactttaaagcagaaagtgtatgc
aaaggtgccctgtccctggggctatattgtcacaactcccaatcttagag
ctgggactcagacctacagaagatagtgaattattgggcctcctagaagt
ttgaagagagctcctggtttctgctttgaagcgcaatgcacactggtgag
gcaagttttacaagtagataccaggagagcagctctggggtcagacccta
cagaagtgatggacttgggtgagtgagatgctatgcagtaaaatgttgct
ggatacaaatggcaagggcagatgccatccagtgagggcatccagcactg
tgggttctgatcagggctagccctgggaagggcccaacatggtataagtt
gcaaagagaaaatgcggtttgctgggtctcagctcttgtagcatgggcag
aagtcataggagtagcaagagctgcatagtagtggcttcctcatatgtgt
tctaggtgtctgtctttctgtccatgaacagaacatgcaa

gaattcatagctgggattgttacctgggccaaaaccccgtgtttctctag
ttataggccctaagaaagaactgagtattattatcctgatagctgggtat
aaaaaccaactgccttctgtagcaattcactacccataggttattcatct
ctctccccttgtcagagaagttttttttttaataccagatgatgattaat
acaaaactggtcgatatgcagagaacaggccttcctttataatatatgtg
aaaaagaatcagaagtgattactgcagtgctgcatatttgacacatagcc
actaagctgaagaacaggtaattggtttcctaagatttcccagaagacca
ataattatggaaccagaaatgagctctgagtctactttctcttagagagg
ttatcatctatctgttaataacagttttatttatgttgcaaaatattggg
tagaataataatacatacatgccatataataatatgatagtaaataatat
tattagttgtgttgctaaatgttgagcagaataataacaatatcttttta
tatcttcagatcttcaagaaatgtgtttgcctgagttatggcatgaagac
tttgaggtttctaaaggaagtggagcagggacagggttccagcacacctc
ctttcacacatactgcaagcactgtagtgggaacttccagcaaaacccag
gccctattctctatcaaagagacatttttgttctactttttaaattttta
ttatttaaaaaaattttttgttctatttttaatttcctgaaaatactctc
tctcttacatatagcctgatgactttaagcaattagagggtgttgacagg
ccgccatacagtttctttcttcctacatctgtagactttggcctgttttt
tttttttaaatcgaaattcttaatctatttttataataaaaaagataacc
cacacttgataccaagcagtttgggcagagtactttgttggttaagaagt
tcagcagtagccacaacaacaggtgggcacctcatcagatcgcatgggtc
ttctcctgcctcattaacaggatcagaaacaatgcatctcactaccagca
ggactgcactcccactcaccaattcatttggttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_28607323_28608459
seq2: B6Ng01-250O04.b_47_1186

seq1  GAATTCTCAGCTACTTCTCTAGCACCATGACTGCATGCCACCATGCTTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCTACTTCTCTAGCACCATGACTGCATGCCACCATGCTTGC  50

seq1  CACCATGAAGATTAATGGACTAAACCCTTGAACTGTAAGACAGCCCCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGAAGATTAATGGACTAAACCCTTGAACTGTAAGACAGCCCCAAT  100

seq1  TAAATGTTTTCTCTTTGTAGGAGTTGCCTTGGTCATGGTTCCACTGGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTTTTCTCTTTGTAGGAGTTGCCTTGGTCATGGTTCCACTGGGGA  150

seq1  ACTTGAGGCAGCTATTGTGTCACACCAAAATCCTGACTGCACACAGGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAGGCAGCTATTGTGTCACACCAAAATCCTGACTGCACACAGGGAG  200

seq1  CCAGCCCAGATCCACATGTGGGCTCATGCTGCAATTCACGCTGAATGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCAGATCCACATGTGGGCTCATGCTGCAATTCACGCTGAATGGAG  250

seq1  GGAACCAGCCTAGCCATATACAGAGATACTTGTTCTTATTCACACATGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCAGCCTAGCCATATACAGAGATACTTGTTCTTATTCACACATGCA  300

seq1  TAGAGTCAGCTTAGACTCACACTTTAGGACATTACTCATGCTGAACTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTCAGCTTAGACTCACACTTTAGGACATTACTCATGCTGAACTTCA  350

seq1  CACCACATTCAGGGACTCAGCCTCAACCCATACACAGATACATGTTACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACATTCAGGGACTCAGCCTCAACCCATACACAGATACATGTTACTC  400

seq1  ATGTTGAAATTCCCACTGTATGCAAGCAGGCATCCTGGCCTCATACACGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGAAATTCCCACTGTATGCAAGCAGGCATCCTGGCCTCATACACGG  450

seq1  TCACACATCACACTCTCCTTTGCTTTAGTTCTTCCCTTTCCTGAAATAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACATCACACTCTCCTTTGCTTTAGTTCTTCCCTTTCCTGAAATAAG  500

seq1  AATTAAGTATATTTCTGAAAATGTGTATGGGGCACTTTCCTGTATGGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGTATATTTCTGAAAATGTGTATGGGGCACTTTCCTGTATGGCCA  550

seq1  TAGGAAATATACTATTTAATTATTTTGTTAACATTGCACAGAGAGATCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAATATACTATTTAATTATTTTGTTAACATTGCACAGAGAGATCTT  600

seq1  GGTATGAACGAGGATGCCTGAGTGTGGACTTTAAAGCAGAAAGTGTATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGAACGAGGATGCCTGAGTGTGGACTTTAAAGCAGAAAGTGTATGC  650

seq1  AAAGGTGCCCTGTCCCTGGGGCTATATTGTCACAACTCCCAATCTTAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTGCCCTGTCCCTGGGGCTATATTGTCACAACTCCCAATCTTAGAG  700

seq1  CTGGGACTCAGACCTACAGAAGATAGTGAATTATTGGGCCTCCTAGAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGACTCAGACCTACAGAAGATAGTGAATTATTGGGCCTCCTAGAAGT  750

seq1  TTGAAGAGAGCTCCTGGTTTCTGCTTTGAAGCGCAATGCACACTGGTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGAGAGCTCCTGGTTTCTGCTTTGAAGCGCAATGCACACTGGTGAG  800

seq1  GCAAGTTTTACAAGTAGATACCAGGAGAGCAGCTCTGGGGTCAGACCCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTTTTACAAGTAGATACCAGGAGAGCAGCTCTGGGGTCAGACCCTA  850

seq1  CAGAAGTGATGGACTTGGGTGAGTGAGATGCTATGCAGTAAAATGTTGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTGATGGACTTGGGTGAGTGAGATGCTATGCAGTAAAATGTTGCT  900

seq1  GGATACAAATGGCAAGGGCAGATGCCATCCAGTGAGGGCATCCAGCACTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACAAATGGCAAGGGCAGATGCCATCCAGTGAGGGCATCCAGCACTG  950

seq1  TGGGTTCTGATCAGGGCTAG-CCTGGGAA-GGCCCAACATGGTATAAGTT  998
      |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTCTGATCAGGGCTAGCCCTGGGAAGGGCCCAACATGGTATAAGTT  1000

seq1  GCAAAGAGAAAATGCGGTTTGCTGGGTCTCAGCTC-TGTAGCATGGGCAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCAAAGAGAAAATGCGGTTTGCTGGGTCTCAGCTCTTGTAGCATGGGCAG  1050

seq1  -AGTCATAGGAGTAGGCAAGAGCTGCATAGTAGTTGCTTTCCTCCATATG  1096
       ||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||
seq2  AAGTCATAGGAGTA-GCAAGAGCTGCATAGTAGTGGC-TTCCT-CATATG  1097

seq1  TG-TCTATGTGTCTGTCTTTCTGTCCATGAACAG-ACATGCAA  1137
      || |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGTTCTAGGTGTCTGTCTTTCTGTCCATGAACAGAACATGCAA  1140


seq1: chr12_28741149_28742275
seq2: B6Ng01-250O04.g_68_1201 (reverse)

seq1  AAACACAAATGAA-TGGTGAGTGGAAGTGCAGTCCCTGCTGGTAGTGAGA  49
      |||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAAC-CAAATGAATTGGTGAGTGGGAGTGCAGT-CCTGCTGGTAGTGAGA  48

seq1  TGGCATTTGTTTCTGATCCTGTT-ATGAAGCAAGGAGAGGA-CCATGCGA  97
      | ||| ||||||||||||||||| |||| || |||||| || ||||||||
seq2  T-GCA-TTGTTTCTGATCCTGTTAATGAGGC-AGGAGAAGACCCATGCGA  95

seq1  TCTGATGAGGTGCCCA-CTGT--GTGTGGCTACTGCTG-ACTTCTTA--C  141
      |||||||||||||||| ||||   |||||||||||||| ||||||||  |
seq2  TCTGATGAGGTGCCCACCTGTTGTTGTGGCTACTGCTGAACTTCTTAACC  145

seq1  CACAAAGTACTCTG-CCAAACTGCTTGGTATCAAGTGT-GGTTATC-TTT  188
       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  AACAAAGTACTCTGCCCAAACTGCTTGGTATCAAGTGTGGGTTATCTTTT  195

seq1  TTATTATTAAAATAGATTAAGAATTTCGATTTAAAAAAAAAAAACAGGCC  238
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATAAAAATAGATTAAGAATTTCGATTTAAAAAAAAAAAACAGGCC  245

seq1  AAAGTCTACAGATGTAGGAAGAAAGAAACTGTATGGCGGCCTGTCAACAC  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCTACAGATGTAGGAAGAAAGAAACTGTATGGCGGCCTGTCAACAC  295

seq1  CCTCTAATTGCTTAAAGTCATCAGGCTATATGTAAGAGAGAGAGTATTTT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAATTGCTTAAAGTCATCAGGCTATATGTAAGAGAGAGAGTATTTT  345

seq1  CAGGAAATTAAAAATAGAACAAAAAATTTTTTTAAATAATAAAAATTTAA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAATTAAAAATAGAACAAAAAATTTTTTTAAATAATAAAAATTTAA  395

seq1  AAAGTAGAACAAAAATGTCTCTTTGATAGAGAATAGGGCCTGGGTTTTGC  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAGAACAAAAATGTCTCTTTGATAGAGAATAGGGCCTGGGTTTTGC  445

seq1  TGGAAGTTCCCACTACAGTGCTTGCAGTATGTGTGAAAGGAGGTGTGCTG  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGTTCCCACTACAGTGCTTGCAGTATGTGTGAAAGGAGGTGTGCTG  495

seq1  GAACCCTGTCCCTGCTCCACTTCCTTTAGAAACCTCAAAGTCTTCATGCC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCTGTCCCTGCTCCACTTCCTTTAGAAACCTCAAAGTCTTCATGCC  545

seq1  ATAACTCAGGCAAACACATTTCTTGAAGATCTGAAGATATAAAAAGATAT  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTCAGGCAAACACATTTCTTGAAGATCTGAAGATATAAAAAGATAT  595

seq1  TGTTATTATTCTGCTCAACATTTAGCAACACAACTAATAATATTATTTAC  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATTATTCTGCTCAACATTTAGCAACACAACTAATAATATTATTTAC  645

seq1  TATCATATTATTATATGGCATGTATGTATTATTATTCTACCCAATATTTT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATATTATTATATGGCATGTATGTATTATTATTCTACCCAATATTTT  695

seq1  GCAACATAAATAAAACTGTTATTAACAGATAGATGATAACCTCTCTAAGA  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACATAAATAAAACTGTTATTAACAGATAGATGATAACCTCTCTAAGA  745

seq1  GAAAGTAGACTCAGAGCTCATTTCTGGTTCCATAATTATTGGTCTTCTGG  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTAGACTCAGAGCTCATTTCTGGTTCCATAATTATTGGTCTTCTGG  795

seq1  GAAATCTTAGGAAACCAATTACCTGTTCTTCAGCTTAGTGGCTATGTGTC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTTAGGAAACCAATTACCTGTTCTTCAGCTTAGTGGCTATGTGTC  845

seq1  AAATATGCAGCACTGCAGTAATCACTTCTGATTCTTTTTCACATATATTA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGCAGCACTGCAGTAATCACTTCTGATTCTTTTTCACATATATTA  895

seq1  TAAAGGAAGGCCTGTTCTCTGCATATCGACCAGTTTTGTATTAATCATCA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGAAGGCCTGTTCTCTGCATATCGACCAGTTTTGTATTAATCATCA  945

seq1  TCTGGTATTAAAAAAAAAACTTCTCTGACAAGGGGAGAGAGATGAATAAC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTATTAAAAAAAAAACTTCTCTGACAAGGGGAGAGAGATGAATAAC  995

seq1  CTATGGGTAGTGAATTGCTACAGAAGGCAGTTGGTTTTTATACCCAGCTA  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGGTAGTGAATTGCTACAGAAGGCAGTTGGTTTTTATACCCAGCTA  1045

seq1  TCAGGATAATAATACTCAGTTCTTTCTTAGGGCCTATAACTAGAGAAACA  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGATAATAATACTCAGTTCTTTCTTAGGGCCTATAACTAGAGAAACA  1095

seq1  CGGGGTTTTGGCCCAGGTAACAATCCCAGCTATGAATTC  1127
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGTTTTGGCCCAGGTAACAATCCCAGCTATGAATTC  1134


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |