BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252J02
Chromosome12 (Build37)
Map Location 105,004,443 - 105,195,633
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSerpina1d, LOC667951, LOC628801, Serpina1a, LOC667954, Serpina1c, Serpina1e
Upstream gene5730410I19Rik, Btbd7, EG634678, Cox8c, 9030205A07Rik, LOC667269, Prima1, EG544888, Asb2, Otub2, Ddx24, D12Ertd647e, Ifi27, 1810023F06Rik, 8430415E04Rik, Serpina10, Serpina6, Gm46, Serpina1f, EG435316, Serpina1b
Downstream geneSerpina11, Serpina9, Serpina12, Serpina4-ps1, Serpina5, Serpina3a, Serpina3b, Serpina3c, LOC435318, LOC628883, Serpina3f, LOC667997, Serpina3g, Serpina3h, EG628900, EG238395, Serpina3k, EG628916, Serpina3m, Serpina3n, Gsc, Dicer1, Clmn, 4831426I19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252J02.bB6Ng01-252J02.g
ACCGA059526GA059527
length717432
definitionB6Ng01-252J02.b B6Ng01-252J02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,194,923 - 105,195,633)(105,004,443 - 105,004,880)
sequence
gaattcatatctacactcgcaaggagcaatctctttgttttggtcctgtg
tctccatttgtcaggtgggcacataacctactctgagcccctggtggagg
cagtgaatcttctgccccaggcatctggaagcagatggctcagtaaatat
tgactttgcttacatgtgagcaacccaagcattgcccaggagagtacagg
accagccagccatgttgtgtcttcctagaggcaatgtgactcaggacacc
agacacaccttggacaccggatgttgtgtttgttgtgtttatgagggatg
ggtgttctaactgctttgcttaagactccattgatttaggaccagagaga
gctgagctctgtcccgaacagtgtgggtggtacctcagtgcccaatcgat
ggacatagcccctctctgtttgctctaccaataactgtggtgacattggt
taatattcactagcaaactcccccatatcccccttggctcccactgctta
aatacagactaggacagggctctgtctcctcagcctcggtcaccacccag
ctctgagacagcaagctgtgagtatatttttcccaggggaaatattggag
gggcccctgagtctctgcacttcccaagcaggccagccctttctgggagc
aggggtaatacagggtatgataaagtcaatcacaccctgtggcaccttat
gtctcttgttgccatgc
ctgacaattctatttgttagcttcttatcaggtgtgacacactcattggc
aattcagtcattacagaggacaaatgttttttggcacctcaagccccttt
ctacattcaaggtttcagtacagaagcctatctgctgtataagaatactg
gagtaggtgtggactttggggaaccatcaacaagaacccatcagaatgcc
ttagagtctcagagacatatcaacaaggccattagagtttgagaggctcc
agggaacctgtcaccaaggtcattggagtggacacaggtctcagggacac
atctctgaagctgtcagagtgggctgggttctcagggacccaagatcaaa
gttgttagcaagagaaggacagcaggaatcctaacttcaccttccttttg
gataggaattggtgaatgggtttggggtggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_105194923_105195633
seq2: B6Ng01-252J02.b_45_760 (reverse)

seq1  CATGGCAACAAGAGGCCT-AGGTGCCACA-GGTGTGATTGACTTTATCAT  48
      |||||||||||||| | | |||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCAACAAGAGACATAAGGTGCCACAGGGTGTGATTGACTTTATCAT  50

seq1  -CCCTGTATTACCCCTGCTCCCAG-AAGGGCT-GCCTGCTTGGGAAGTGC  95
       ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACCCTGTATTACCCCTGCTCCCAGAAAGGGCTGGCCTGCTTGGGAAGTGC  100

seq1  AGAGACTCAGGGGCCCCTCCAATATTTCCCCTGGGAAAAATATACTCACA  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTCAGGGGCCCCTCCAATATTTCCCCTGGGAAAAATATACTCACA  150

seq1  GCTTGCTGTCTCAGAGCTGGGTGGTGACCGAGGCTGAGGAGACAGAGCCC  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCTGTCTCAGAGCTGGGTGGTGACCGAGGCTGAGGAGACAGAGCCC  200

seq1  TGTCCTAGTCTGTATTTAAGCAGTGGGAGCCAAGGGGGATATGGGGGAGT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTAGTCTGTATTTAAGCAGTGGGAGCCAAGGGGGATATGGGGGAGT  250

seq1  TTGCTAGTGAATATTAACCAATGTCACCACAGTTATTGGTAGAGCAAACA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAGTGAATATTAACCAATGTCACCACAGTTATTGGTAGAGCAAACA  300

seq1  GAGAGGGGCTATGTCCATCGATTGGGCACTGAGGTACCACCCACACTGTT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGGCTATGTCCATCGATTGGGCACTGAGGTACCACCCACACTGTT  350

seq1  CGGGACAGAGCTCAGCTCTCTCTGGTCCTAAATCAATGGAGTCTTAAGCA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGACAGAGCTCAGCTCTCTCTGGTCCTAAATCAATGGAGTCTTAAGCA  400

seq1  AAGCAGTTAGAACACCCATCCCTCATAAACACAACAAACACAACATCCGG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTTAGAACACCCATCCCTCATAAACACAACAAACACAACATCCGG  450

seq1  TGTCCAAGGTGTGTCTGGTGTCCTGAGTCACATTGCCTCTAGGAAGACAC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAAGGTGTGTCTGGTGTCCTGAGTCACATTGCCTCTAGGAAGACAC  500

seq1  AACATGGCTGGCTGGTCCTGTACTCTCCTGGGCAATGCTTGGGTTGCTCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGCTGGCTGGTCCTGTACTCTCCTGGGCAATGCTTGGGTTGCTCA  550

seq1  CATGTAAGCAAAGTCAATATTTACTGAGCCATCTGCTTCCAGATGCCTGG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAAGCAAAGTCAATATTTACTGAGCCATCTGCTTCCAGATGCCTGG  600

seq1  GGCAGAAGATTCACTGCCTCCACCAGGGGCTCAGAGTAGGTTATGTGCCC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAAGATTCACTGCCTCCACCAGGGGCTCAGAGTAGGTTATGTGCCC  650

seq1  ACCTGACAAATGGAGACACAGGACCAAAACAAAGAGATTGCTCCTTGCGA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGACAAATGGAGACACAGGACCAAAACAAAGAGATTGCTCCTTGCGA  700

seq1  GTGTAGATATGAATTC  711
      ||||||||||||||||
seq2  GTGTAGATATGAATTC  716

seq1: chr12_105004443_105004880
seq2: B6Ng01-252J02.g_70_507

seq1  GAATTCCTGACAATTCTATTTGTTAGCTTCTTATCAGGTGTGACACACTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGACAATTCTATTTGTTAGCTTCTTATCAGGTGTGACACACTC  50

seq1  ATTGGCAATTCAGTCATTACAGAGGACAAATGTTTTTTGGCACCTCAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCAATTCAGTCATTACAGAGGACAAATGTTTTTTGGCACCTCAAGC  100

seq1  CCCTTTCTACATTCAAGGTTTCAGTACAGAAGCCTATCTGCTGTATAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCTACATTCAAGGTTTCAGTACAGAAGCCTATCTGCTGTATAAGA  150

seq1  ATACTGGAGTAGGTGTGGACTTTGGGGAACCATCAACAAGAACCCATCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGGAGTAGGTGTGGACTTTGGGGAACCATCAACAAGAACCCATCAG  200

seq1  AATGCCTTAGAGTCTCAGAGACATATCAACAAGGCCATTAGAGTTTGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCTTAGAGTCTCAGAGACATATCAACAAGGCCATTAGAGTTTGAGA  250

seq1  GGCTCCAGGGAACCTGTCACCAAGGTCATTGGAGTGGACACAGGTCTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCAGGGAACCTGTCACCAAGGTCATTGGAGTGGACACAGGTCTCAG  300

seq1  GGACACATCTCTGAAGCTGTCAGAGTGGGCTGGGTTCTCAGGGACCCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACATCTCTGAAGCTGTCAGAGTGGGCTGGGTTCTCAGGGACCCAAG  350

seq1  ATCAAAGTTGTTAGCAAGAGAAGGACAGCAGGAATCCTAACTTCACCTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAGTTGTTAGCAAGAGAAGGACAGCAGGAATCCTAACTTCACCTTC  400

seq1  CTTTTGGATAGGAATTGGTGAATGGGTTTGGGGTGGAG  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGGATAGGAATTGGTGAATGGGTTTGGGGTGGAG  438