BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-255F15
Chromosome12 (Build37)
Map Location 9,294,374 - 9,399,717
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGdf7, Hs1bp3, BC106175, Rhob, Slc7a15, LOC100043154, Pum2, F730043H23, Sdc1, Laptm4a, Matn3, Wdr35, Ttc32
Downstream geneLOC633030, LOC100042238, Osr1, LOC382567, Nt5c1b, Rdh14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-255F15.bB6Ng01-255F15.g
ACCGA061578GA061579
length1,0901,151
definitionB6Ng01-255F15.b B6Ng01-255F15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,294,374 - 9,295,478)(9,398,542 - 9,399,717)
sequence
gaattcagtgtgttgaaaagagcagtaacatgaagttggaagggaaagtg
atgctgaaaatgcaaggagctgtagtgcttcatcaaacacactatattca
cgtgtggcttttaacaataaactaagatcatagaatctgatggatgctta
gaattctaattagggttttaaaatacttcaacctcccttatagcctccct
gaccaaaactaggggataaagatgctaataagaccagggggatgtagacc
tgtttagaagtagttctttgggtcaataccaatctttgttgtcaggatat
cagcagtccagtacaaaacatcaaacatgaatcagtagcagtctaatcag
caaatacaaaacatgaatgaagagcagtggcttgatcctgaagaaactca
aggctctgccaaagtggcacaagtccaaggaagcagcaagaagtagccag
aaagccacggaaagctccctgctatgttgaagtcacgacaagtgaagctc
aatgaagaccatcaaagcattgcaaggggaaccaatgcaagaacattccc
tcattgtctgtggggttatatttatattctttctcaaatgtttagcaaaa
tgttacatgccctctcacaagacagcttccagaaaaacagcaaggatctg
ttcttagcaaaacatcctctgatagatagcttacagaaacacgtcacatg
atacaactgagttgttagagaaatgagaaatttccacttcaattccattc
tataattttataccaaacccaaatacatctagtcccatcttttccccaaa
acatcagagattaagtcccataagtcatggcttttctcatcaatgatcaa
gtgtcacctactaagcttttttttctcaaccttggaaaggtcactcagag
tatcagcactaatggcaactgcttcgagggtaacaactctgtgccgggga
tgatcttgtcatagaaacttaaactctgtgatttctggagattaagcatt
tatggattctttgcctcagtcttgagagagatttgtactcaaatctggaa
catgctcaccactgctctcagcctctgttctcagagcttt
gaattcatttgattagacacaatcgagtcaatgtgagttagtacagagta
tgacataacttatctgactgcctacctatgctagctcaggggcagtggtt
gacttggtctgaaagaaagggaagaatatcaggatgtcttcctggattgg
tatgacacctgcttcaccagccaggctactcacagttcaacctcacactg
gtcagtgtgactggccaggaagacacagagctgcttaggggcctaaaggc
cagtcttaagttggcataggctcctgtctagtcgagacttaaaatgtctt
ccttacagatacctatgtgatgagtcctctactcaatgaaggactacaaa
caaacaagcaaacaaacaaacaaacaaacaagcaaataaacaaacaaaca
aaaccctttggccccatctttttgctacaaatgagtttgaccggtacata
ctcaacaacttctcaagtaaattgaatataaatagggttgcctgatgatt
atgtcatatccatgagaactgaaagactcaactgtctgggctgagctaag
ataagaactcataaaatgcattgaatgatccaagtgactcgtgtctacaa
atatatcccaaagtatttcttatgctcttttggtatgtctcgttctgatt
gaaccaggaaatccagatgttagaaaggggaaacatgccaccaaacaatt
tgtctgacaattttacaaaaacaagagagaaattagatcattcatttctc
taaattcctgagtgcctactctggtctaagtgggtctgcttatctgaaat
tatacaacaattgtgctccatgccaagtcccctttctatgagataggact
gtgtttccactctctggcaatattaactaatatggtgaagcacttttgaa
attttaagtcattgctgcatgctttgtatcactggagttcttcaaagcag
cccagccatgagggcatgtttattactatatttattactatatttataca
gtatgagagccgagactggagaacatttaactttaccagtgtattatttt
atactgaggctccaaaacaatctagctctctcatataccgaaccactttc
ttgcacatatgttacgttatcactgtgccattgaaaatgaaattcttttc
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_9294374_9295478
seq2: B6Ng01-255F15.b_45_1134

seq1  GAATTCAGTGTGTTGAAAAGAGCAGTAACATGAAGTTGGAAGGGAAAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTGTTGAAAAGAGCAGTAACATGAAGTTGGAAGGGAAAGTG  50

seq1  ATGCTGAAAATGCAAGGAGCTGTAGTGCTTCATCAAACACACTATATTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGAAAATGCAAGGAGCTGTAGTGCTTCATCAAACACACTATATTCA  100

seq1  CGTGTGGCTTTTAACAATAAACTAAGATCATAGAATCTGATGGATGCTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTGGCTTTTAACAATAAACTAAGATCATAGAATCTGATGGATGCTTA  150

seq1  GAATTCTAATTAGGGTTTTAAAATACTTCAACCTCCCTTATAGCCTCCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAATTAGGGTTTTAAAATACTTCAACCTCCCTTATAGCCTCCCT  200

seq1  GACCAAAACTAGGGGATAAAGATGCTAATAAGACCAGGGGGATGTAGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAAACTAGGGGATAAAGATGCTAATAAGACCAGGGGGATGTAGACC  250

seq1  TGTTTAGAAGTAGTTCTTTGGGTCAATACCAATCTTTGTTGTCAGGATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAGAAGTAGTTCTTTGGGTCAATACCAATCTTTGTTGTCAGGATAT  300

seq1  CAGCAGTCCAGTACAAAACATCAAACATGAATCAGTAGCAGTCTAATCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTCCAGTACAAAACATCAAACATGAATCAGTAGCAGTCTAATCAG  350

seq1  CAAATACAAAACATGAATGAAGAGCAGTGGCTTGATCCTGAAGAAACTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACAAAACATGAATGAAGAGCAGTGGCTTGATCCTGAAGAAACTCA  400

seq1  AGGCTCTGCCAAAGTGGCACAAGTCCAAGGAAGCAGCAAGAAGTAGCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCTGCCAAAGTGGCACAAGTCCAAGGAAGCAGCAAGAAGTAGCCAG  450

seq1  AAAGCCACGGAAAGCTCCCTGCTATGTTGAAGTCACGACAAGTGAAGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCACGGAAAGCTCCCTGCTATGTTGAAGTCACGACAAGTGAAGCTC  500

seq1  AATGAAGACCATCAAAGCATTGCAAGGGGAACCAATGCAAGAACATTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGACCATCAAAGCATTGCAAGGGGAACCAATGCAAGAACATTCCC  550

seq1  TCATTGTCTGTGGGGTTATATTTATATTCTTTCTCAAATGTTTAGCAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTCTGTGGGGTTATATTTATATTCTTTCTCAAATGTTTAGCAAAA  600

seq1  TGTTACATGCCCTCTCACAAGACAGCTTCCAGAAAAACAGCAAGGATCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACATGCCCTCTCACAAGACAGCTTCCAGAAAAACAGCAAGGATCTG  650

seq1  TTCTTAGCAAAACATCCTCTGATAGATAGCTTACAGAAACACGTCACATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAGCAAAACATCCTCTGATAGATAGCTTACAGAAACACGTCACATG  700

seq1  ATACAACTGAGTTGTTAGAGAAATGAGAAATTTCCACTTCAATTCCATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAACTGAGTTGTTAGAGAAATGAGAAATTTCCACTTCAATTCCATTC  750

seq1  TATAATTTTATACCAAACCCAAATACATCTAGTCCCATCTTTTCCCCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTTTATACCAAACCCAAATACATCTAGTCCCATCTTTTCCCCAAA  800

seq1  ACATCAGAGATTAAGTCCCATAAGTCATGGCTTTTCTCATCAATGATCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAGAGATTAAGTCCCATAAGTCATGGCTTTTCTCATCAATGATCAA  850

seq1  GTGTCACCTACTAAGC-TTTTTTTCTCAACCTTGGAAAGGTCACTCAGGA  899
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTGTCACCTACTAAGCTTTTTTTTCTCAACCTTGGAAAGGTCACTCA-GA  899

seq1  GTATCAGCACTAATGGCAACTGCTTCGAGGGTAACAACTCTGTGCCGGGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAGCACTAATGGCAACTGCTTCGAGGGTAACAACTCTGTGCCGGGG  949

seq1  ATGATCTTGTCATAGAAACTTAAACTCTGTGATTTCTGGAGATTAAAGCA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATGATCTTGTCATAGAAACTTAAACTCTGTGATTTCTGGAGATT-AAGCA  998

seq1  TTTATGG-TTCTTTGCCTCAAGTCTTGGAAGGAAGGAGATTTTGGTACCT  1048
      ||||||| ||||||||||| ||||||     ||  |||||||  ||| ||
seq2  TTTATGGATTCTTTGCCTC-AGTCTT-----GAGAGAGATTT--GTA-CT  1039

seq1  CCAAAATCCTGAAACATTGCTCACCACTGCTCTCAGGCCCTCTGTTCTCA  1098
      |  |||| ||| |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||
seq2  C--AAAT-CTGGAACA-TGCTCACCACTGCTCTCAG--CCTCTGTTCTCA  1083

seq1  GAGCTTT  1105
      |||||||
seq2  GAGCTTT  1090

seq1: chr12_9398542_9399717
seq2: B6Ng01-255F15.g_65_1215 (reverse)

seq1  GGAAAAGAAATTTCATTTTTTTAAATGGCACAGTTTGAAAATAAAAGAAA  50
      ||||||| |||||||   |||| |||||||||||   ||  |        
seq2  GGAAAAG-AATTTCA---TTTTCAATGGCACAGTGATAACGT--------  38

seq1  AACATAGTGGCAGAAAAGTTGGGTGCCGTAATATGAAGAGAGCTAGATTT  100
      ||||||   |||  |||||  ||| | || ||||| ||||||||||| ||
seq2  AACATATGTGCAAGAAAGT--GGTTCGGT-ATATG-AGAGAGCTAGA-TT  83

seq1  GTTTTTGAAGGCTTCAGTATAAAAATAATACACTGGGTAAAG-TAAATG-  148
      ||||| ||  || ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| 
seq2  GTTTTGGA--GCCTCAGTAT-AAAATAATACACT-GGTAAAGTTAAATGT  129

seq1  TCTCCAGTCTCGGCTTCCTCAATTACTGTATAAATATAGTAATAAATATA  198
      |||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGTCTCGGCT--CTCA--TACTGTATAAATATAGTAATAAATATA  175

seq1  GTAATAAAACATGCCCTCATGGCTGGGCTGCTTTTGAAGAACTCCAGTGA  248
      ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTAAT-AAACATGCCCTCATGGCTGGGCTGC-TTTGAAGAACTCCAGTGA  223

seq1  TACAAAGCATGCAGCAATGACTTAAAAATTCAAAAGTGCTTCACCATATT  298
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGCATGCAGCAATGACTTAAAATTTCAAAAGTGCTTCACCATATT  273

seq1  AGTTAATATTGCCAGAGAGTGGAAACACAGTCCTATCTCATAGAAAGGGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAATATTGCCAGAGAGTGGAAACACAGTCCTATCTCATAGAAAGGGG  323

seq1  ACTTGGCATGGAGCACAATTGTTGTATAATTTCAGATAAGCAGACCCACT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGCATGGAGCACAATTGTTGTATAATTTCAGATAAGCAGACCCACT  373

seq1  TAGACCAGAGTAGGCACTCAGGAATTTAGAGAAATGAATGATCTAATTTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCAGAGTAGGCACTCAGGAATTTAGAGAAATGAATGATCTAATTTC  423

seq1  TCTCTTGTTTTTGTAAAATTGTCAGACAAATTGTTTGGTGGCATGTTTCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTGTTTTTGTAAAATTGTCAGACAAATTGTTTGGTGGCATGTTTCC  473

seq1  CCTTTCTAACATCTGGATTTCCTGGTTCAATCAGAACGAGACATACCAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTAACATCTGGATTTCCTGGTTCAATCAGAACGAGACATACCAAA  523

seq1  AGAGCATAAGAAATACTTTGGGATATATTTGTAGACACGAGTCACTTGGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATAAGAAATACTTTGGGATATATTTGTAGACACGAGTCACTTGGA  573

seq1  TCATTCAATGCATTTTATGAGTTCTTATCTTAGCTCAGCCCAGACAGTTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCAATGCATTTTATGAGTTCTTATCTTAGCTCAGCCCAGACAGTTG  623

seq1  AGTCTTTCAGTTCTCATGGATATGACATAATCATCAGGCAACCCTATTTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTCAGTTCTCATGGATATGACATAATCATCAGGCAACCCTATTTA  673

seq1  TATTCAATTTACTTGAGAAGTTGTTGAGTATGTACCGGTCAAACTCATTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAATTTACTTGAGAAGTTGTTGAGTATGTACCGGTCAAACTCATTT  723

seq1  GTAGCAAAAAGATGGGGCCAAAGGGTTTTGTTTGTTTGTTTATTTGCTTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAAAAAGATGGGGCCAAAGGGTTTTGTTTGTTTGTTTATTTGCTTG  773

seq1  TTTGTTTGTTTGTTTGTTTGCTTGTTTGTTTGTAGTCCTTCATTGAGTAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTTTGTTTGTTTGCTTGTTTGTTTGTAGTCCTTCATTGAGTAG  823

seq1  AGGACTCATCACATAGGTATCTGTAAGGAAGACATTTTAAGTCTCGACTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTCATCACATAGGTATCTGTAAGGAAGACATTTTAAGTCTCGACTA  873

seq1  GACAGGAGCCTATGCCAACTTAAGACTGGCCTTTAGGCCCCTAAGCAGCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGAGCCTATGCCAACTTAAGACTGGCCTTTAGGCCCCTAAGCAGCT  923

seq1  CTGTGTCTTCCTGGCCAGTCACACTGACCAGTGTGAGGTTGAACTGTGAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCTTCCTGGCCAGTCACACTGACCAGTGTGAGGTTGAACTGTGAG  973

seq1  TAGCCTGGCTGGTGAAGCAGGTGTCATACCAATCCAGGAAGACATCCTGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTGGCTGGTGAAGCAGGTGTCATACCAATCCAGGAAGACATCCTGA  1023

seq1  TATTCTTCCCTTTCTTTCAGACCAAGTCAACCACTGCCCCTGAGCTAGCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTCCCTTTCTTTCAGACCAAGTCAACCACTGCCCCTGAGCTAGCA  1073

seq1  TAGGTAGGCAGTCAGATAAGTTATGTCATACTCTGTACTAACTCACATTG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAGGCAGTCAGATAAGTTATGTCATACTCTGTACTAACTCACATTG  1123

seq1  ACTCGATTGTGTCTAATCAAATGAATTC  1176
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGATTGTGTCTAATCAAATGAATTC  1151