BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257F01
Chromosome12 (Build37)
Map Location 28,856,903 - 29,065,507
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSox11, LOC100043009, LOC669327
Downstream gene1110015M06Rik, Allc, Colec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15, Tssc1, 4833405L11Rik, LOC629608
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257F01.bB6Ng01-257F01.g
ACCGA063046GA063047
length1,0821,064
definitionB6Ng01-257F01.b B6Ng01-257F01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,064,428 - 29,065,507)(28,856,903 - 28,857,974)
sequence
gaattcctgctgttaacatgggctagagcagccagtgaagtacattctat
ttatgggatttgcactttttccagagactgtaaggtaattacatctttgt
gaaagaggaggcagcttggaagtagcctgagctataaagaaagacatagt
ctggtgggtctgcactgcgccaccttgaactgaacagaaaggaatcagtg
ggatttgtgctgaggtttgagggtctcctgttgtcatggtgacacggcag
ggaatcattcatcagcgagactccaagcttgaaagggtctaggtaaaggt
tggagtagtctattatgcagacaggcaccaggggctggcctgctgagaga
acagggcaatgtcttaatatgcaacattacaggcccaggttgggtaccat
ctcaagtctcagatgctgggaagtcagtgagaggcctatcaggacattca
caagagtcaggagggttgagctgcagccatgacaacaccctcgaaggaag
aagccatgagctcaagggaggccaactgacaagcagaaagagattttagt
ttctatctaacatatttgcagacaggaatatattttgggacatggaaatg
cccatttcttcttcatgtgtgtacctccaaagtgatgctttttgtagaag
tcattttcagctgttggaactaagtgaacagaagatctctgagcttctgg
gtgttatgaagtcacaggtgctgggtggtgctgatgctgaggtctctctc
tgggatggattttatgaaaagccagtgtcagagaggaaatgggcagcttc
aggaggagctgaccttggtgtatgctggaacactgtggccgatatgcact
ctgtgactgccaacccatgcattggctaactgctttagcttctaaatagc
tcgagccttccctatagactgtagcttctgaatgtgaggggatggcacca
tgaggaatttttttactgagagggtttttggggaggtggtagaagcttca
ttttatgtcatcttattggcaattcgaagacgctcattttgacgtttctg
gctgctgtagatcttaacattcctgaaatagg

gaattcctggtattcttactgcaacccaaagcaaaaggaaaagagcctca
gaaaacaggcatttgacaacaagcaggcaaacataaggcccatgtgcttt
cctgcatcacccaaagcagctctgcagcagactggactgacatgaaacat
actcaaaccataattagaaaattagaaaataaaaataggtttttagaact
tgtgttcaccatggctgggtatccaggaagtctgacatttaaaatgtcag
gtgaacgggaagcaacggtgactgggatgaacaagttctgtctgtatgat
tgtgcactggaaatttgctgctccaccctcatctcttctcctagcttcca
tgaaggtctcacacttgtttctcccgactcccaccttgctagaaaggcac
acttgttatgataaagggcatagtggtctccagctgtcctctcggggacc
cttaatgatgttcttgttcccaatgcccagataagtcttgtgagtctcag
tgtcagagcttcacacgaaaggctctgtgtgaagccactgtttttaatca
aagcaaatgtgttctttctcagcctcccatacctcctatccatttctatc
cctcctgccttagtggagggatgaaaatctgggtgtcctacagcacagca
tcatgatacgaggtctcagattccagaagatgattgacatttgggaaaga
gaacctcttaagggatgggaatttatccttttctttccaaagacagttct
gaggggcactgctcactgaatcccgatctcaatgtctctctggtgtccag
ggtgcaaatgtcaacctgcactgtacattaaaactgcgcaggaaagctga
gaaacaagcaagtttccttcacagatgacagtcttgaatatctgattcct
tgacatgtcccataagcaagtcctacattgaaccttcacaggtaacagtg
tagctattacaggttgtgtccattggaaacctctgcttcaggaatagttt
caaactgctatggtactgtcagatagatacaggtttagtgaccctcatat
aaaatgtcactgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_29064428_29065507
seq2: B6Ng01-257F01.b_44_1125 (reverse)

seq1  CCTATTTCA-GAATGTTAAGTATCTTACACCA--CAGAAACCTCAAAATG  47
      ||||||||| |||||||||| ||| |||| ||  ||||||| ||||||||
seq2  CCTATTTCAGGAATGTTAAG-ATC-TACAGCAGCCAGAAACGTCAAAATG  48

seq1  AGCCTTCTTCG-ATTTCCAATAAAATAACATAAAATGAGCTTTCTTCCAC  96
      || | |||||| ||| ||||||| || |||||||||||   |||| ||||
seq2  AG-CGTCTTCGAATTGCCAATAAGATGACATAAAATGAAGCTTCTACCAC  97

seq1  CT-CCCTAAAACCCTCTTCAGT-AAAAAATTCCTCATGGTGCCATCCCCC  144
      || ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTCCCCAAAAACCCTC-TCAGTAAAAAAATTCCTCATGGTGCCAT-CCCC  145

seq1  TCACATTCAGAAGCTACAGTCTATAGGGAAGGCTCGAGCTATTTAGAAGC  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTCAGAAGCTACAGTCTATAGGGAAGGCTCGAGCTATTTAGAAGC  195

seq1  T-AAGCAGTTAGCCAATGCATGGGTTGGCAGTCACAGAGTGCATATCGGC  243
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCAGTTAGCCAATGCATGGGTTGGCAGTCACAGAGTGCATATCGGC  245

seq1  CACAGTGTTCCAGCATACACCAAGGTCAGCTCCTCCTGAAGCTGCCCATT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGTTCCAGCATACACCAAGGTCAGCTCCTCCTGAAGCTGCCCATT  295

seq1  TCCTCTCTGACACTGGCTTTTCATAAAATCCATCCCAGAGAGAGACCTCA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCTGACACTGGCTTTTCATAAAATCCATCCCAGAGAGAGACCTCA  345

seq1  GCATCAGCACCACCCAGCACCTGTGACTTCATAACACCCAGAAGCTCAGA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAGCACCACCCAGCACCTGTGACTTCATAACACCCAGAAGCTCAGA  395

seq1  GATCTTCTGTTCACTTAGTTCCAACAGCTGAAAATGACTTCTACAAAAAG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTCTGTTCACTTAGTTCCAACAGCTGAAAATGACTTCTACAAAAAG  445

seq1  CATCACTTTGGAGGTACACACATGAAGAAGAAATGGGCATTTCCATGTCC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACTTTGGAGGTACACACATGAAGAAGAAATGGGCATTTCCATGTCC  495

seq1  CAAAATATATTCCTGTCTGCAAATATGTTAGATAGAAACTAAAATCTCTT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATATATTCCTGTCTGCAAATATGTTAGATAGAAACTAAAATCTCTT  545

seq1  TCTGCTTGTCAGTTGGCCTCCCTTGAGCTCATGGCTTCTTCCTTCGAGGG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTGTCAGTTGGCCTCCCTTGAGCTCATGGCTTCTTCCTTCGAGGG  595

seq1  TGTTGTCATGGCTGCAGCTCAACCCTCCTGACTCTTGTGAATGTCCTGAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTCATGGCTGCAGCTCAACCCTCCTGACTCTTGTGAATGTCCTGAT  645

seq1  AGGCCTCTCACTGACTTCCCAGCATCTGAGACTTGAGATGGTACCCAACC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTCTCACTGACTTCCCAGCATCTGAGACTTGAGATGGTACCCAACC  695

seq1  TGGGCCTGTAATGTTGCATATTAAGACATTGCCCTGTTCTCTCAGCAGGC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTGTAATGTTGCATATTAAGACATTGCCCTGTTCTCTCAGCAGGC  745

seq1  CAGCCCCTGGTGCCTGTCTGCATAATAGACTACTCCAACCTTTACCTAGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCCTGGTGCCTGTCTGCATAATAGACTACTCCAACCTTTACCTAGA  795

seq1  CCCTTTCAAGCTTGGAGTCTCGCTGATGAATGATTCCCTGCCGTGTCACC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCAAGCTTGGAGTCTCGCTGATGAATGATTCCCTGCCGTGTCACC  845

seq1  ATGACAACAGGAGACCCTCAAACCTCAGCACAAATCCCACTGATTCCTTT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAACAGGAGACCCTCAAACCTCAGCACAAATCCCACTGATTCCTTT  895

seq1  CTGTTCAGTTCAAGGTGGCGCAGTGCAGACCCACCAGACTATGTCTTTCT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCAGTTCAAGGTGGCGCAGTGCAGACCCACCAGACTATGTCTTTCT  945

seq1  TTATAGCTCAGGCTACTTCCAAGCTGCCTCCTCTTTCACAAAGATGTAAT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGCTCAGGCTACTTCCAAGCTGCCTCCTCTTTCACAAAGATGTAAT  995

seq1  TACCTTACAGTCTCTGGAAAAAGTGCAAATCCCATAAATAGAATGTACTT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTACAGTCTCTGGAAAAAGTGCAAATCCCATAAATAGAATGTACTT  1045

seq1  CACTGGCTGCTCTAGCCCATGTTAACAGCAGGAATTC  1080
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGCTGCTCTAGCCCATGTTAACAGCAGGAATTC  1082


seq1: chr12_28856903_28857974
seq2: B6Ng01-257F01.g_63_1126

seq1  GAATTCCTGGTATTCTTACTGCAACCCAAAGCAAAAGGAAAAGAGCCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGTATTCTTACTGCAACCCAAAGCAAAAGGAAAAGAGCCTCA  50

seq1  GAAAACAGGCATTTGACAACAAGCAGGCAAACATAAGGCCCATGTGCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAGGCATTTGACAACAAGCAGGCAAACATAAGGCCCATGTGCTTT  100

seq1  CCTGCATCACCCAAAGCAGCTCTGCAGCAGACTGGACTGACATGAAACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCATCACCCAAAGCAGCTCTGCAGCAGACTGGACTGACATGAAACAT  150

seq1  ACTCAAACCATAATTAGAAAATTAGAAAATAAAAATAGGTTTTTAGAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAACCATAATTAGAAAATTAGAAAATAAAAATAGGTTTTTAGAACT  200

seq1  TGTGTTCACCATGGCTGGGTATCCAGGAAGTCTGACATTTAAAATGTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCACCATGGCTGGGTATCCAGGAAGTCTGACATTTAAAATGTCAG  250

seq1  GTGAACGGGAAGCAACGGTGACTGGGATGAACAAGTTCTGTCTGTATGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACGGGAAGCAACGGTGACTGGGATGAACAAGTTCTGTCTGTATGAT  300

seq1  TGTGCACTGGAAATTTGCTGCTCCACCCTCATCTCTTCTCCTAGCTTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACTGGAAATTTGCTGCTCCACCCTCATCTCTTCTCCTAGCTTCCA  350

seq1  TGAAGGTCTCACACTTGTTTCTCCCGACTCCCACCTTGCTAGAAAGGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGTCTCACACTTGTTTCTCCCGACTCCCACCTTGCTAGAAAGGCAC  400

seq1  ACTTGTTATGATAAAGGGCATAGTGGTCTCCAGCTGTCCTCTCGGGGACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTTATGATAAAGGGCATAGTGGTCTCCAGCTGTCCTCTCGGGGACC  450

seq1  CTTAATGATGTTCTTGTTCCCAATGCCCAGATAAGTCTTGTGAGTCTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATGATGTTCTTGTTCCCAATGCCCAGATAAGTCTTGTGAGTCTCAG  500

seq1  TGTCAGAGCTTCACACGAAAGGCTCTGTGTGAAGCCACTGTTTTTAATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGAGCTTCACACGAAAGGCTCTGTGTGAAGCCACTGTTTTTAATCA  550

seq1  AAGCAAATGTGTTCTTTCTCAGCCTCCCATACCTCCTATCCATTTCTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAATGTGTTCTTTCTCAGCCTCCCATACCTCCTATCCATTTCTATC  600

seq1  CCTCCTGCCTTAGTGGAGGGATGAAAATCTGGGTGTCCTACAGCACAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGCCTTAGTGGAGGGATGAAAATCTGGGTGTCCTACAGCACAGCA  650

seq1  TCATGATACGAGGTCTCAGATTCCAGAAGATGATTGACATTTGGGAAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGATACGAGGTCTCAGATTCCAGAAGATGATTGACATTTGGGAAAGA  700

seq1  GAACCTCTTAAGGGATGGGAATTTATCCTTTTCTTTCCAAAGACAGTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTCTTAAGGGATGGGAATTTATCCTTTTCTTTCCAAAGACAGTTCT  750

seq1  GAGGGGCACTGCTCACTGAATCCCGATCTCAATGTCTCTCTGGTGTCCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGCACTGCTCACTGAATCCCGATCTCAATGTCTCTCTGGTGTCCAG  800

seq1  GGTGCAAATGTCAACCTGCACTGTACATTAAAACTGCGCAGGAAAGCTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCAAATGTCAACCTGCACTGTACATTAAAACTGCGCAGGAAAGCTGA  850

seq1  GAAACAAGCAAGTTTCCTTCACAGATGACAGTCTTGAATATCTGATTCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAAGCAAGTTTCCTTCACAGATGACAGTCTTGAATATCTGATTCCT  900

seq1  TGACATGTCCCATAAGCAAGTCCTACATTGAACCTTCACAGGTAACAGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGTCCCATAAGCAAGTCCTACATTGAACCTTCACAGGTAACAGTG  950

seq1  TAGCTATTACAGGTTGTGTCCATTGGGAAACCTCTGCCTCAAGGAATAGT  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||
seq2  TAGCTATTACAGGTTGTGTCCATT-GGAAACCTCTGCTTC-AGGAATAGT  998

seq1  TTCAAAACTGCTATGGTAACTGTCAAGATAGATACCAGGTTTAAGGTGAC  1050
      ||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||  |||||
seq2  TTC-AAACTGCTATGGT-ACTGTC-AGATAGATA-CAGGTTTA--GTGAC  1042

seq1  CCTCATATAAAATGTCACTGCA  1072
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATATAAAATGTCACTGCA  1064


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |