BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257J10
Chromosome12 (Build37)
Map Location 4,505,607 - 4,677,982
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042014, Itsn2
Upstream geneLOC627245, Dtnb, LOC668197, Dnmt3a, LOC668289, Pomc1, C030014M07Rik, C330021A05Rik, Adcy3, Cenpo, 2410017P09Rik, Ncoa1, LOC100041995, LOC100042005
Downstream gene4930417G10Rik, A830093I24Rik, Pfn4, EG626534, 0610009D07Rik, Fkbp1b, BC068281, Gm1964, Ubxd4, Atad2b, LOC668332, Klhl29, 2810032G03Rik, LOC435292
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257J10.bB6Ng01-257J10.g
ACCGA063249GA063250
length1,0211,164
definitionB6Ng01-257J10.b B6Ng01-257J10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,676,965 - 4,677,982)(4,505,607 - 4,506,755)
sequence
gaattcttgtttctttaaatgaagaccaaagtgacaatgagctttgtatt
aatcaaataactgaagaatccaggggtggcaaagaggtctgctaacacaa
tattttatttatgcaaatagctgaagttaacatgcacctacataacagaa
agagctcaggtatggaagctttgctgatgttaaagatgtcagtctggagt
atcttaggttggtttctgtgctgttaaacaacacggtgaccaaagcaact
cggggaggaaagggtttgtttcttctaacacttctagataagcgcccaac
actgagggaagtcagggcagacattgaagcagggcaggaacttggaaagg
ccatcaagatgctgcttactggcttgattctcctactttcctgtaccaag
gccacctgccccaggggtgacacctcctgcaatgggctgcccttccataa
ccattaatgaagaaaatagtcaacagacttgccacaggctgacctgactg
aggcaagtcctcagctgaggctccctcctctcagatgtctaatttggtag
ctcacaggctaccctattcatgaatggggttagcattaatgctaagtata
taaaaaaccatttacgttggggatatatgaaggcatgaattttgttcttg
ttttccatgagggaccttgtcacatttgtagatcttgctaaatagaaggc
aatgtttatctatttattattatatattccctaaaaatactgattttgat
ttaataggaaattcacatcattggtagcaactatgactctgtccgacttt
taaaggataaactgtagatagaatgtagtttcaatggctgagtgtttgcc
tcctatttgtgaggccctgggttcgatccacagtactttagaataacaaa
gaataaattgaagtggctatatttattatttttaggaattaaatcagaaa
gggggattaagattttcttttctattagtgaaatacagctacatgaagaa
tctaaagtccaagctaacatt
gaattctcaggcagggtactagagttaaaaggttgtccttctcaatgtag
atctgctataaaaatgttaaggttttagccagagtgatggggctttaaaa
tattaactatctggtcatcatgactactggataatatgaatgaaggttga
ccaccaatagtcaatagtaactggatgtcctggtaaacacctgtaattct
agcaactaagagaccaaagcaggaggagtcctagtttgaggacatcctaa
gctcatggggaatttcaaaccagccagggctagaagggctggggtgtgtg
tctaaaaccaaaataaaacacaaacacaagcaagcaaacaaaacccaata
ggtcgatcgcttctgaaggtcacatgttcttggcaagacaggatcagtag
gatttctgccagcaatatttatgaaatttgagaagacaagtcaggcctag
aattgatgaatttttataagacatcttagtgtcaaaagataatggtgata
tttaaactatgtttttaacatggaaactaggaataacttagatatgatgt
gggagaaaacaatagaagtgaaatgcaaagcatctttgaggaaaggcaca
gttgcaaacaagaaagaggaaaggtttttttaatagcacttattacttgt
ataaatatgggtgttttgtcttcatgtctttcacatttcttgtggtatag
ttatgaactgattcataactagctagatcttcctctggaagaacagccag
cactcttaactactgagccatctctccagcatttaatgtctataggaaca
ggcagaagagaaagccaaaaggaaggcttagaagctacaaggcaacggaa
tgaaaatgtttggatcagcccaagtggaagagagaggggaacataagaag
ggatgcttggtgcaaaggagatactacaatacatgaatacgtgcatatgt
accttacataacatgggacagaaacagggtaattacttggaacactcctc
tttagacaggccagttatccaggggacttcacactttgctttagaagaat
ctgggagtcaaactatctcaagagatgaggcatgattgcctgtgggtgta
cgatgaaagccaaggcaagatagcatccatgatctaagctggtagtgtgt
gccaaacagtagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_4676965_4677982
seq2: B6Ng01-257J10.b_45_1065 (reverse)

seq1  AATGTTAGCTTTGACTTTAGA-TCTTCATTGTAGCTGTATTT-ACTAATA  48
      ||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  AATGTTAGCTTGGACTTTAGATTCTTCA-TGTAGCTGTATTTCACTAATA  49

seq1  GAAAAGAAAATCTTAATCCCCC-TTCTTATTTAATTCCTAAAAATAATAA  97
      |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAAAATCTTAATCCCCCTTTCTGATTTAATTCCTAAAAATAATAA  99

seq1  ATATAGCCACTTCAATTTATTCTTTGTTATTCTAAAGTACTGTGGATCGA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGCCACTTCAATTTATTCTTTGTTATTCTAAAGTACTGTGGATCGA  149

seq1  ACCCAGGGCCTCACAAATAGGAGGCAAACACTCAGCCATTG-AACTACAT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACCCAGGGCCTCACAAATAGGAGGCAAACACTCAGCCATTGAAACTACAT  199

seq1  TCTATCTACAGTTTATCCTTTAAAAGTCGGACAGAGTCATAGTTGCTACC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTACAGTTTATCCTTTAAAAGTCGGACAGAGTCATAGTTGCTACC  249

seq1  AATGATGTGAATTTCCTATTAAATCAAAATCAGTATTTTTAGGGAATATA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATGTGAATTTCCTATTAAATCAAAATCAGTATTTTTAGGGAATATA  299

seq1  TAATAATAAATAGATAAACATTGCCTTCTATTTAGCAAGATCTACAAATG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATAAATAGATAAACATTGCCTTCTATTTAGCAAGATCTACAAATG  349

seq1  TGACAAGGTCCCTCATGGAAAACAAGAACAAAATTCATGCCTTCATATAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAGGTCCCTCATGGAAAACAAGAACAAAATTCATGCCTTCATATAT  399

seq1  CCCCAACGTAAATGGTTTTTTATATACTTAGCATTAATGCTAACCCCATT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAACGTAAATGGTTTTTTATATACTTAGCATTAATGCTAACCCCATT  449

seq1  CATGAATAGGGTAGCCTGTGAGCTACCAAATTAGACATCTGAGAGGAGGG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAATAGGGTAGCCTGTGAGCTACCAAATTAGACATCTGAGAGGAGGG  499

seq1  AGCCTCAGCTGAGGACTTGCCTCAGTCAGGTCAGCCTGTGGCAAGTCTGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCAGCTGAGGACTTGCCTCAGTCAGGTCAGCCTGTGGCAAGTCTGT  549

seq1  TGACTATTTTCTTCATTAATGGTTATGGAAGGGCAGCCCATTGCAGGAGG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATTTTCTTCATTAATGGTTATGGAAGGGCAGCCCATTGCAGGAGG  599

seq1  TGTCACCCCTGGGGCAGGTGGCCTTGGTACAGGAAAGTAGGAGAATCAAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCCCTGGGGCAGGTGGCCTTGGTACAGGAAAGTAGGAGAATCAAG  649

seq1  CCAGTAAGCAGCATCTTGATGGCCTTTCCAAGTTCCTGCCCTGCTTCAAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAAGCAGCATCTTGATGGCCTTTCCAAGTTCCTGCCCTGCTTCAAT  699

seq1  GTCTGCCCTGACTTCCCTCAGTGTTGGGCGCTTATCTAGAAGTGTTAGAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCCCTGACTTCCCTCAGTGTTGGGCGCTTATCTAGAAGTGTTAGAA  749

seq1  GAAACAAACCCTTTCCTCCCCGAGTTGCTTTGGTCACCGTGTTGTTTAAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAAACCCTTTCCTCCCCGAGTTGCTTTGGTCACCGTGTTGTTTAAC  799

seq1  AGCACAGAAACCAACCTAAGATACTCCAGACTGACATCTTTAACATCAGC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGAAACCAACCTAAGATACTCCAGACTGACATCTTTAACATCAGC  849

seq1  AAAGCTTCCATACCTGAGCTCTTTCTGTTATGTAGGTGCATGTTAACTTC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTCCATACCTGAGCTCTTTCTGTTATGTAGGTGCATGTTAACTTC  899

seq1  AGCTATTTGCATAAATAAAATATTGTGTTAGCAGACCTCTTTGCCACCCC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATTTGCATAAATAAAATATTGTGTTAGCAGACCTCTTTGCCACCCC  949

seq1  TGGATTCTTCAGTTATTTGATTAATACAAAGCTCATTGTCACTTTGGTCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTCTTCAGTTATTTGATTAATACAAAGCTCATTGTCACTTTGGTCT  999

seq1  TCATTTAAAGAAACAAGAATTC  1018
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTAAAGAAACAAGAATTC  1021

seq1: chr12_4505607_4506755
seq2: B6Ng01-257J10.g_67_1230

seq1  GAATTCTCAGGCAGGGTACTAGAGTTAAAAGGTTGTCCTTCTCAATGTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGGCAGGGTACTAGAGTTAAAAGGTTGTCCTTCTCAATGTAG  50

seq1  ATCTGCTATAAAAATGTTAAGGTTTTAGCCAGAGTGATGGGGCTTTAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCTATAAAAATGTTAAGGTTTTAGCCAGAGTGATGGGGCTTTAAAA  100

seq1  TATTAACTATCTGGTCATCATGACTACTGGATAATATGAATGAAGGTTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAACTATCTGGTCATCATGACTACTGGATAATATGAATGAAGGTTGA  150

seq1  CCACCAATAGTCAATAGTAACTGGATGTCCTGGTAAACACCTGTAATTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAATAGTCAATAGTAACTGGATGTCCTGGTAAACACCTGTAATTCT  200

seq1  AGCAACTAAGAGACCAAAGCAGGAGGAGTCCTAGTTTGAGGACATCCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACTAAGAGACCAAAGCAGGAGGAGTCCTAGTTTGAGGACATCCTAA  250

seq1  GCTCATGGGGAATTTCAAACCAGCCAGGGCTAGAAGGGCTGGGGTGTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATGGGGAATTTCAAACCAGCCAGGGCTAGAAGGGCTGGGGTGTGTG  300

seq1  TCTAAAACCAAAATAAAACACAAACACAAGCAAGCAAACAAAACCCAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAACCAAAATAAAACACAAACACAAGCAAGCAAACAAAACCCAATA  350

seq1  GGTCGATCGCTTCTGAAGGTCACATGTTCTTGGCAAGACAGGATCAGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCGATCGCTTCTGAAGGTCACATGTTCTTGGCAAGACAGGATCAGTAG  400

seq1  GATTTCTGCCAGCAATATTTATGAAATTTGAGAAGACAAGTCAGGCCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTGCCAGCAATATTTATGAAATTTGAGAAGACAAGTCAGGCCTAG  450

seq1  AATTGATGAATTTTTATAAGACATCTTAGTGTCAAAAGATAATGGTGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGATGAATTTTTATAAGACATCTTAGTGTCAAAAGATAATGGTGATA  500

seq1  TTTAAACTATGTTTTTAACATGGAAACTAGGAATAACTTAGATATGATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACTATGTTTTTAACATGGAAACTAGGAATAACTTAGATATGATGT  550

seq1  GGGAGAAAACAATAGAAGTGAAATGCAAAGCATCTTTGAGGAAAGGCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAAAACAATAGAAGTGAAATGCAAAGCATCTTTGAGGAAAGGCACA  600

seq1  GTTGCAAACAAGAAAGAGGAAAGGTTTTTTTAATAGCACTTATTACTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAAACAAGAAAGAGGAAAGGTTTTTTTAATAGCACTTATTACTTGT  650

seq1  ATAAATATGGGTGTTTTGTCTTCATGTC-TTCACATTTCTTGTGGTATAG  699
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATATGGGTGTTTTGTCTTCATGTCTTTCACATTTCTTGTGGTATAG  700

seq1  TTATGAACTGATTCATAACTAGCTAGATCTTCCTCTGGAAGAACAGCCAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAACTGATTCATAACTAGCTAGATCTTCCTCTGGAAGAACAGCCAG  750

seq1  CACTCTTAACTACTGAGCCATCTCTCCAGCA-TTAATGTCTATAGGAACA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CACTCTTAACTACTGAGCCATCTCTCCAGCATTTAATGTCTATAGGAACA  800

seq1  GGCAGAAGAGAAAGCCAAAAGGAAGGCTTAGAAGCTACAAGGCAACGGAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAAGAGAAAGCCAAAAGGAAGGCTTAGAAGCTACAAGGCAACGGAA  850

seq1  TGAAAATGTTTGGATCAGCCCAAGTGGAAGAGAGAGGGGAACATAAGAA-  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGAAAATGTTTGGATCAGCCCAAGTGGAAGAGAGAGGGGAACATAAGAAG  900

seq1  GGATGCTTGGTGCAAAGGAGATACTAC-ATACATGAATACGTGCATATGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCTTGGTGCAAAGGAGATACTACAATACATGAATACGTGCATATGT  950

seq1  ACC-TACAT-ACAT-GGACAGAAACAGGGT-ATAACTT-GAACACTCCTC  991
      ||| ||||| |||| ||||||||||||||| || |||| |||||||||||
seq2  ACCTTACATAACATGGGACAGAAACAGGGTAATTACTTGGAACACTCCTC  1000

seq1  -TTAGACAGGCAAG-TATCCA-GGGAC-TCACAC-TTGCTTTAGA--GAT  1034
       |||||||||| || |||||| ||||| |||||| ||||||||||   ||
seq2  TTTAGACAGGCCAGTTATCCAGGGGACTTCACACTTTGCTTTAGAAGAAT  1050

seq1  CTGGGAGCCAAAACTAATCTC-AGAGATGAGGCAAGATTGGCCTGTGGGT  1083
      ||||||| | ||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  CTGGGAGTC-AAACT-ATCTCAAGAGATGAGGCATGATT-GCCTGTGGGT  1097

seq1  GTAATTGATG-AAGCCAAGGGAAAGATAGCATCCATGAGCAAAGCTGG--  1130
      |||   |||| ||||||| || |||||||||||||||| | |||||||  
seq2  GTA--CGATGAAAGCCAA-GGCAAGATAGCATCCATGATCTAAGCTGGTA  1144

seq1  GAGTGTGGCAAACAG-AGAG  1149
      | ||||| ||||||| ||||
seq2  GTGTGTGCCAAACAGTAGAG  1164