BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257K06
Chromosome12 (Build37)
Map Location 14,484,170 - 14,655,213
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043256
Upstream geneLOC100043243, LOC100042396, LOC238091, EG633789, LOC668481, AW125753
Downstream geneMap1lc3-ps7, LOC668492, LOC100042426
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257K06.bB6Ng01-257K06.g
ACCGA063287GA063288
length1,0861,099
definitionB6Ng01-257K06.b B6Ng01-257K06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,654,118 - 14,655,213)(14,484,170 - 14,485,270)
sequence
gaattctaccacttctgttggtgtttaaagctatcacaaaggctcaaata
atgaaagtggaacttgttatgcaacttatttgaatcatagcaatatctac
ttgagatgttactatatatttgatattgatatgggacttggtatagaaat
atgtataagtagttgaatatatctctctgcataatgacatactgaaaggg
gcaatttatgcctaaattctgccttaaaaaatataatgagccagatatgt
gtttgtatttagcagagtccctagttgaagttttaaggtacattaactct
cagcttcttttgtgtcttcattggccactttttacaagcatactcaagga
acccatgcttatcactgacttactaactttaacaagttatattcatctaa
gactttcctttaactgtgactagaatctctttgtcctttttttgcgattt
agttgaaccctcatccacatagcaacatcacacccaaaactcttactgca
taatttttttttttggatctctctctctcttcttggtataatttcaaggc
tctgggaacaagaaactatcttttcttgcctcatatattaaaaaaaaaaa
ccttagtgttatatttagttaaaattaatcaattacacatggaaatacaa
acaaggagatacaatgatgttaagaagttatgcaataagtgagagtattt
gagagtattccatgcttaataaaaggaactaggatactattttttacgat
tgatttctgcttttataagatcttccagattgcctgtgaggtctttaggt
tactcagcaaatgtgtcactgctctgtgagatgaccttcaaaaggccctg
gcagcacccttcttttgcatccaagacagtgagcaccaggcactatcttt
caacagaaactttcctgatgactgtagaggtgttttctgctgggttctag
taacatcctaatctctcctgtgtgtactgctcatctcaatatggacatat
tccttctcacattattttgttcatatgatagacttcataatgatgtttga
ctggggaagaatcattctgatattgtgtgctagaga

gaattctttaccgtaaatgtatattgatgagcagcaccaggcttgtggca
cttaataaacagacaaatgtgcctaataaagtctgtgagctcttgataca
tagaggaatctaaagaggcaacttctatattttgtctttctggaagcttg
gaatgtgactaaattatttaatcttttcatgtaggctatatttagcctaa
agataatgaaatactgatgtctaagtgtcagtgatggagatgctcatatt
ttctagttccatcacattttgtaaaatctgggttttaataattgtaagat
taaccattatggaccctgtgttccttgttttataaatacacttaagataa
ataaagatcgcaagctgaccatactgagcttccaacttgtcaactttgta
gtataactttcatatgtaattccaaatactgatcctttgaatgtacaact
gaatgtgataacttgagaggagtttttgaatcataaagcaaacattgacc
taggggaaactttagacacttatttcaaacagataaatctattctttata
taattgtgttattggtgcaagcagttttcaccagaaattcacatttaaca
taaaatctgtaaggtgtccagagaatttataggcatttggtttttctttc
aactgctctgatttatgttcctctccacacacctgattttttaatacaaa
ctttgcagcttcatcttcctctttccttcagctatgtttttctggtcaga
gaaggcaattcagaaatctatcaacaacatagcacatttccacattgatg
cctttcattatccttttctctacccataatttatctgtgattacttgtgc
tcactaaaagttcttactatgtctctgaggttcattgcaaattccctctc
tcagacagactccctacagtgaccctacagcacaaaaggatccctctaac
ccagagatagtgttctaactgattttctattgaggccatacaggagaatg
attagtttgcgtgcatctccacttcaccaggagaggattcttgggaagac
actcatcttttttcagtgattactagtaaacatcattcaattttgttta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_14654118_14655213
seq2: B6Ng01-257K06.b_44_1129 (reverse)

seq1  TCTCTAGCACACAAATATCAGAATGATTTTCTTCCCCAGTTCAAACATTC  50
      |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||||| ||
seq2  TCTCTAGCACAC-AATATCAGAATGA--TTCTTCCCCAG-TCAAACA-TC  45

seq1  ATTTATGAAGTCTATTCATATGAACAAAATAATGGTGAGAAGGGAATATG  100
      | |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  A-TTATGAAGTCTA-TCATATGAACAAAATAAT-GTGAGAA-GGAATATG  91

seq1  TCCATATTGAGATGAGCAGTACACCACAGGAGAGATTAGGATGTTACTAG  150
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATATTGAGATGAGCAGTACA-CACAGGAGAGATTAGGATGTTACTAG  140

seq1  AACCCAGCAGAAAACACCTCTACAGTCATCAGGAAAGTTTCTGTTGAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAGCAGAAAACACCTCTACAGTCATCAGGAAAGTTTCTGTTGAAAG  190

seq1  ATAGTGCCTGGTGCTCACTGTCTTGGATGCAAAAGAAGGGTGCTGCCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGCCTGGTGCTCACTGTCTTGGATGCAAAAGAAGGGTGCTGCCAGG  240

seq1  GCCTTTTGAAGGTCATCTCACAGAGCAGTGACACATTTGCTGAGTAACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTTGAAGGTCATCTCACAGAGCAGTGACACATTTGCTGAGTAACCT  290

seq1  AAAGACCTCACAGGCAATCTGGAAGATCTTATAAAAGCAGAAATCAATCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACCTCACAGGCAATCTGGAAGATCTTATAAAAGCAGAAATCAATCG  340

seq1  TAAAAAATAGTATCCTAGTTCCTTTTATTAAGCATGGAATACTCTCAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAATAGTATCCTAGTTCCTTTTATTAAGCATGGAATACTCTCAAAT  390

seq1  ACTCTCACTTATTGCATAACTTCTTAACATCATTGTATCTCCTTGTTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCACTTATTGCATAACTTCTTAACATCATTGTATCTCCTTGTTTGT  440

seq1  ATTTCCATGTGTAATTGATTAATTTTAACTAAATATAACACTAAGGTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCATGTGTAATTGATTAATTTTAACTAAATATAACACTAAGGTTTT  490

seq1  TTTTTTTAATATATGAGGCAAGAAAAGATAGTTTCTTGTTCCCAGAGCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTAATATATGAGGCAAGAAAAGATAGTTTCTTGTTCCCAGAGCCT  540

seq1  TGAAATTATACCAAGAAGAGAGAGAGAGATCCAAAAAAAAAAATTATGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTATACCAAGAAGAGAGAGAGAGATCCAAAAAAAAAAATTATGCA  590

seq1  GTAAGAGTTTTGGGTGTGATGTTGCTATGTGGATGAGGGTTCAACTAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAGTTTTGGGTGTGATGTTGCTATGTGGATGAGGGTTCAACTAAAT  640

seq1  CGCAAAAAAAGGACAAAGAGATTCTAGTCACAGTTAAAGGAAAGTCTTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAAAAAAAGGACAAAGAGATTCTAGTCACAGTTAAAGGAAAGTCTTAG  690

seq1  ATGAATATAACTTGTTAAAGTTAGTAAGTCAGTGATAAGCATGGGTTCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATATAACTTGTTAAAGTTAGTAAGTCAGTGATAAGCATGGGTTCCT  740

seq1  TGAGTATGCTTGTAAAAAGTGGCCAATGAAGACACAAAAGAAGCTGAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATGCTTGTAAAAAGTGGCCAATGAAGACACAAAAGAAGCTGAGAG  790

seq1  TTAATGTACCTTAAAACTTCAACTAGGGACTCTGCTAAATACAAACACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTACCTTAAAACTTCAACTAGGGACTCTGCTAAATACAAACACAT  840

seq1  ATCTGGCTCATTATATTTTTTAAGGCAGAATTTAGGCATAAATTGCCCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGCTCATTATATTTTTTAAGGCAGAATTTAGGCATAAATTGCCCCT  890

seq1  TTCAGTATGTCATTATGCAGAGAGATATATTCAACTACTTATACATATTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTATGTCATTATGCAGAGAGATATATTCAACTACTTATACATATTT  940

seq1  CTATACCAAGTCCCATATCAATATCAAATATATAGTAACATCTCAAGTAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACCAAGTCCCATATCAATATCAAATATATAGTAACATCTCAAGTAG  990

seq1  ATATTGCTATGATTCAAATAAGTTGCATAACAAGTTCCACTTTCATTATT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGCTATGATTCAAATAAGTTGCATAACAAGTTCCACTTTCATTATT  1040

seq1  TGAGCCTTTGTGATAGCTTTAAACACCAACAGAAGTGGTAGAATTC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTTTGTGATAGCTTTAAACACCAACAGAAGTGGTAGAATTC  1086


seq1: chr12_14484170_14485270
seq2: B6Ng01-257K06.g_64_1162

seq1  GAATTCTTTACCGTAAATGTATATTGATGAGCAGCACCAGGCTTGTGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTACCGTAAATGTATATTGATGAGCAGCACCAGGCTTGTGGCA  50

seq1  CTTAATAAACAGACAAATGTGCCTAATAAAGTCTGTGAGCTCTTGATACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATAAACAGACAAATGTGCCTAATAAAGTCTGTGAGCTCTTGATACA  100

seq1  TAGAGGAATCTAAAGAGGCAACTTCTATATTTTGTCTTTCTGGAAGCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGAATCTAAAGAGGCAACTTCTATATTTTGTCTTTCTGGAAGCTTG  150

seq1  GAATGTGACTAAATTATTTAATCTTTTCATGTAGGCTATATTTAGCCTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGACTAAATTATTTAATCTTTTCATGTAGGCTATATTTAGCCTAA  200

seq1  AGATAATGAAATACTGATGTCTAAGTGTCAGTGATGGAGATGCTCATATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAATGAAATACTGATGTCTAAGTGTCAGTGATGGAGATGCTCATATT  250

seq1  TTCTAGTTCCATCACATTTTGTAAAATCTGGGTTTTAATAATTGTAAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGTTCCATCACATTTTGTAAAATCTGGGTTTTAATAATTGTAAGAT  300

seq1  TAACCATTATGGACCCTGTGTTCCTTGTTTTATAAATACACTTAAGATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCATTATGGACCCTGTGTTCCTTGTTTTATAAATACACTTAAGATAA  350

seq1  ATAAAGATCGCAAGCTGACCATACTGAGCTTCCAACTTGTCAACTTTGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGATCGCAAGCTGACCATACTGAGCTTCCAACTTGTCAACTTTGTA  400

seq1  GTATAACTTTCATATGTAATTCCAAATACTGATCCTTTGAATGTACAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAACTTTCATATGTAATTCCAAATACTGATCCTTTGAATGTACAACT  450

seq1  GAATGTGATAACTTGAGAGGAGTTTTTGAATCATAAAGCAAACATTGACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGATAACTTGAGAGGAGTTTTTGAATCATAAAGCAAACATTGACC  500

seq1  TAGGGGAAACTTTAGACACTTATTTCAAACAGATAAATCTATTCTTTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGAAACTTTAGACACTTATTTCAAACAGATAAATCTATTCTTTATA  550

seq1  TAATTGTGTTATTGGTGCAAGCAGTTTTCACCAGAAATTCACATTTAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTGTTATTGGTGCAAGCAGTTTTCACCAGAAATTCACATTTAACA  600

seq1  TAAAATCTGTAAGGTGTCCAGAGAATTTATAGGCATTTGGTTTTTCTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCTGTAAGGTGTCCAGAGAATTTATAGGCATTTGGTTTTTCTTTC  650

seq1  AACTGCTCTGATTTATGTTCCTCTCCACACACCTGATTTTTTAATACAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCTCTGATTTATGTTCCTCTCCACACACCTGATTTTTTAATACAAA  700

seq1  CTTTGCAGCTTCATCTTCCTCTTTCCTTCAGCTATGTTTTTCTGGTCAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCAGCTTCATCTTCCTCTTTCCTTCAGCTATGTTTTTCTGGTCAGA  750

seq1  GAAGGCAATTCAGAAATCTATCAACAACATAGCACATTTCCACATTGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCAATTCAGAAATCTATCAACAACATAGCACATTTCCACATTGATG  800

seq1  CCTTTCATTATCCTTTTCTCTACCCATAA-TTATCTGTGATTACTTGTGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCATTATCCTTTTCTCTACCCATAATTTATCTGTGATTACTTGTGC  850

seq1  TCACTAAAAGTTCTTACTATGTCTCTGAGGTTCATTGCAAATTCCCTCTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTAAAAGTTCTTACTATGTCTCTGAGGTTCATTGCAAATTCCCTCTC  900

seq1  TCAGACAGACTCCCTACAGTGACCCTACAGCACAAAAGGATCCCTCTAAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACAGACTCCCTACAGTGACCCTACAGCACAAAAGGATCCCTCTAAC  950

seq1  CCAGAGATAGTGTTCTAACTGA-TTTCTATTGAAGGCCATACAGGAGAAT  998
      |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CCAGAGATAGTGTTCTAACTGATTTTCTATTG-AGGCCATACAGGAGAAT  999

seq1  GATTAGGTTTGCGTGCAATCTCCACTTCACCAGGAGAGGATTCTGGGAAG  1048
      ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | 
seq2  GATTA-GTTTGCGTGC-ATCTCCACTTCACCAGGAGAGGATTCTTGGGAA  1047

seq1  GACACTCATC-TTTTTCAGTGATTAACTAGTAAACATTCAATCAATTTTG  1097
      |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||
seq2  GACACTCATCTTTTTTCAGTGATT-ACTAGTAAACA-TCATTCAATTTTG  1095

seq1  TTTA  1101
      ||||
seq2  TTTA  1099


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |