BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257N05
Chromosome12 (Build37)
Map Location 99,586,401 - 99,779,379
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnk10
Upstream geneLOC382626, LOC100039743, LOC667732, LOC628351, LOC100039770, LOC667746, Galc, Gpr65
Downstream geneSpata7, Ptpn21, Zc3h14, Eml5, LOC100039845, Ttc8, EG667779, Ches1, LOC100039892
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257N05.bB6Ng01-257N05.g
ACCGA063423GA063424
length1,178754
definitionB6Ng01-257N05.b B6Ng01-257N05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,778,200 - 99,779,379)(99,586,401 - 99,587,150)
sequence
gaattcattgtttttaatagctggggaaaataatcttaaagtatgaatct
ctcttttggatagcaggcagtgaagttctatggacacatacagcaattct
tcacttgggattaaaataagtgtaaatgtttggatgcaaggacattttaa
atgtaatcccaaataagcctgacatggagctgaagcgcatcgttaggtaa
gaaaccacatatagctgtgctaattgtgtgctgtgggtctgtgggtgacc
ctttatgccactgggcaggacaatccactctggtggattccagccatcat
ccattcttcagcacagaaggcttgatgccaaccttcaaggttacaagaat
aaaaagatcttatgtactgttatttccaggtttccaatgccccccatgga
catttcatttaggatatttctttgggattgtgagtggtttcctaggaata
aaagtgttgttttggtatagtatacaacgtagcatcctggggtagaagta
gctagccctcaagctggtagctgattgttttagtgacttgtattaagata
ttcccccaaagttggaatgccccagtcttcaacatttggagtttgaggga
ttgtgtggctattttccttttgctcgcacagagccaaatgtaaccctgaa
caccaacgatcaaagcccgatatggctgaaggacatattagtaccaaatt
gagaaactcaagccaagtttccaaataaatatgacagcatgacttgagca
agtctttcatgggatttcttgcaacagaactcaaaggtgctaagatatct
ctatagagcttgcacttgagaactgggtagatgccagccttctacctggg
ttctagcatttgtcttgggcaaattgcttagatcttttgtttgaagaagt
tgagctagatgctatccaaaaccaccctttaagtggaaggagtattatat
tattattatcatcatcattattattattattattattatattatttattt
tggtataattgttcattacaacttctttattttggtattgttgtcattgt
agtatgtactaaaggcttcctcatgctactacatttacatgttagggaac
taatggagcagatattcttcctactgggggctttgtagtttagtggagag
ataggttcgtggggaacaatggcatagt
gaattctgactggatgaggtggggtggagctagaaggaggtgagttggtt
caagagtgaagagagtagttttagcccttgctgtgagtagaagtagagtc
agagaagctgttgtaataggagtagtttagcccttgccctaagaagaagc
tgctggggaagagagctgtaaaagaaaaagcctgaagtaaagttgctgcg
tgaacccgatttggtgtctgtgtcgttcgtgtcactgcagaacgaaggac
ctacgacacccacactgaaaggacagctcacaactggctttaactccagt
tccagaggatctgacaccctttgctggcctctgtgagcgcttcctacata
tggtgcagagacataagtgcaggcaaaaagcccatatacataacacaaaa
atacaaaaataatcttttaaaaatacatacacacatatttcaacacatct
ctgcttgtaatctctctctctctctctctctctctctctctctctctgtg
tgtgtgaactttctcagtagacttcatttctgcactatttatcctcctac
acgaacagtttaggtcactgtcacacaacccattatgaacttcctgagta
gaataactctattattcaaagtgtatcataaattataaaagtcaaagtaa
tattcatgctgatatccacaaaggttatgttgtctcaaacatatatacat
atatatatatatatatatatatattatatatatatatatatatatatata
tata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_99778200_99779379
seq2: B6Ng01-257N05.b_50_1227 (reverse)

seq1  AATATGCCATT-ATCCCCA-GAACCT-TC-CTCCACTAAACTACAA--GC  44
      | |||||||||  |||||| |||||| || ||||||||||||||||   |
seq2  ACTATGCCATTGTTCCCCACGAACCTATCTCTCCACTAAACTACAAAGCC  50

seq1  CCCAGTGGGAAG-ATATCTTGCTCATTTAGTTCACTTACATGGTAAATGT  93
      |||||| ||||| ||||| |||||  ||||||| || |||| ||||||||
seq2  CCCAGTAGGAAGAATATC-TGCTCCATTAGTTCCCTAACAT-GTAAATGT  98

seq1  AGTTGGCATGAGTGAGCCTTTAGTACATACTACAATGAACAAACAATACC  143
      || | |||||||  ||||||||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  AG-TAGCATGAGGAAGCCTTTAGTACATACTACAATGA--CAACAATACC  145

seq1  AAAATAAAGAAGTTTGTAATGAAACAATTATACCAAAAATAAATAATAAT  193
      |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  AAAATAAAGAAG-TTGTAATG-AACAATTATACC-AAAATAAATAAT-AT  191

seq1  AATAATAATAATAATAATAATGATGATGATAATAATAATATAATACTCCT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATAATAATAATAATAATGATGATGATAATAATAATATAATACTCCT  241

seq1  TCCACTTAAAGGGTGGTTTTGGATAGCATCTAGCTCAACTTCTTCAAACA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTAAAGGGTGGTTTTGGATAGCATCTAGCTCAACTTCTTCAAACA  291

seq1  AAAGATCTAAGCAATTTGCCCAAGACAAATGCTAGAACCCAGGTAGAAGG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATCTAAGCAATTTGCCCAAGACAAATGCTAGAACCCAGGTAGAAGG  341

seq1  CTGGCATCTACCCAGTTCTCAAGTGCAAGCTCTATAGAGATATCTTAGCA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCATCTACCCAGTTCTCAAGTGCAAGCTCTATAGAGATATCTTAGCA  391

seq1  CCTTTGAGTTCTGTTGCAAGAAATCCCATGAAAGACTTGCTCAAGTCATG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGAGTTCTGTTGCAAGAAATCCCATGAAAGACTTGCTCAAGTCATG  441

seq1  CTGTCATATTTATTTGGAAACTTGGCTTGAGTTTCTCAATTTGGTACTAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATATTTATTTGGAAACTTGGCTTGAGTTTCTCAATTTGGTACTAA  491

seq1  TATGTCCTTCAGCCATATCGGGCTTTGATCGTTGGTGTTCAGGGTTACAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCCTTCAGCCATATCGGGCTTTGATCGTTGGTGTTCAGGGTTACAT  541

seq1  TTGGCTCTGTGCGAGCAAAAGGAAAATAGCCACACAATCCCTCAAACTCC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTCTGTGCGAGCAAAAGGAAAATAGCCACACAATCCCTCAAACTCC  591

seq1  AAATGTTGAAGACTGGGGCATTCCAACTTTGGGGGAATATCTTAATACAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTGAAGACTGGGGCATTCCAACTTTGGGGGAATATCTTAATACAA  641

seq1  GTCACTAAAACAATCAGCTACCAGCTTGAGGGCTAGCTACTTCTACCCCA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTAAAACAATCAGCTACCAGCTTGAGGGCTAGCTACTTCTACCCCA  691

seq1  GGATGCTACGTTGTATACTATACCAAAACAACACTTTTATTCCTAGGAAA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCTACGTTGTATACTATACCAAAACAACACTTTTATTCCTAGGAAA  741

seq1  CCACTCACAATCCCAAAGAAATATCCTAAATGAAATGTCCATGGGGGGCA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCACAATCCCAAAGAAATATCCTAAATGAAATGTCCATGGGGGGCA  791

seq1  TTGGAAACCTGGAAATAACAGTACATAAGATCTTTTTATTCTTGTAACCT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAACCTGGAAATAACAGTACATAAGATCTTTTTATTCTTGTAACCT  841

seq1  TGAAGGTTGGCATCAAGCCTTCTGTGCTGAAGAATGGATGATGGCTGGAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGTTGGCATCAAGCCTTCTGTGCTGAAGAATGGATGATGGCTGGAA  891

seq1  TCCACCAGAGTGGATTGTCCTGCCCAGTGGCATAAAGGGTCACCCACAGA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCAGAGTGGATTGTCCTGCCCAGTGGCATAAAGGGTCACCCACAGA  941

seq1  CCCACAGCACACAATTAGCACAGCTATATGTGGTTTCTTACCTAACGATG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGCACACAATTAGCACAGCTATATGTGGTTTCTTACCTAACGATG  991

seq1  CGCTTCAGCTCCATGTCAGGCTTATTTGGGATTACATTTAAAATGTCCTT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTCAGCTCCATGTCAGGCTTATTTGGGATTACATTTAAAATGTCCTT  1041

seq1  GCATCCAAACATTTACACTTATTTTAATCCCAAGTGAAGAATTGCTGTAT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCAAACATTTACACTTATTTTAATCCCAAGTGAAGAATTGCTGTAT  1091

seq1  GTGTCCATAGAACTTCACTGCCTGCTATCCAAAAGAGAGATTCATACTTT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCATAGAACTTCACTGCCTGCTATCCAAAAGAGAGATTCATACTTT  1141

seq1  AAGATTATTTTCCCCAGCTATTAAAAACAATGAATTC  1180
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTATTTTCCCCAGCTATTAAAAACAATGAATTC  1178

seq1: chr12_99586401_99587150
seq2: B6Ng01-257N05.g_66_815

seq1  GAATTCTGACTGGATGAGGTGGGGTGGAGCTAGAAGGAGGTGAGTTGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGACTGGATGAGGTGGGGTGGAGCTAGAAGGAGGTGAGTTGGTT  50

seq1  CAAGAGTGAAGAGAGTAGTTTTAGCCCTTGCTGTGAGTAGAAGTAGAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGTGAAGAGAGTAGTTTTAGCCCTTGCTGTGAGTAGAAGTAGAGTC  100

seq1  AGAGAAGCTGTTGTAATAGGAGTAGTTTAGCCCTTGCCCTAAGAAGAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGCTGTTGTAATAGGAGTAGTTTAGCCCTTGCCCTAAGAAGAAGC  150

seq1  TGCTGGGGAAGAGAGCTGTAAAAGAAAAAGCCTGAAGTAAAGTTGCTGCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGGAAGAGAGCTGTAAAAGAAAAAGCCTGAAGTAAAGTTGCTGCG  200

seq1  TGAACCCGATTTGGTGTCTGTGTCGTTCGTGTCACTGCAGAACGAAGGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCCGATTTGGTGTCTGTGTCGTTCGTGTCACTGCAGAACGAAGGAC  250

seq1  CTACGACACCCACACTGAAAGGACAGCTCACAACTGGCTTTAACTCCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACGACACCCACACTGAAAGGACAGCTCACAACTGGCTTTAACTCCAGT  300

seq1  TCCAGAGGATCTGACACCCTTTGCTGGCCTCTGTGAGCGCTTCCTACATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGGATCTGACACCCTTTGCTGGCCTCTGTGAGCGCTTCCTACATA  350

seq1  TGGTGCAGAGACATAAGTGCAGGCAAAAAGCCCATATACATAACACAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCAGAGACATAAGTGCAGGCAAAAAGCCCATATACATAACACAAAA  400

seq1  ATACAAAAATAATCTTTTAAAAATACATACACACATATTTCAACACATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAAAATAATCTTTTAAAAATACATACACACATATTTCAACACATCT  450

seq1  CTGCTTGTAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTGTAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTG  500

seq1  TGTGTGAACTTTCTCAGTAGACTTCATTTCTGCACTATTTATCCTCCTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGAACTTTCTCAGTAGACTTCATTTCTGCACTATTTATCCTCCTAC  550

seq1  ACGAACAGTTTAGGTCACTGTCACACAACCCATTATGAACTTCCTGAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAACAGTTTAGGTCACTGTCACACAACCCATTATGAACTTCCTGAGTA  600

seq1  GAATAACTCTATTATTCAAAGTGTATCATAAATTATAAAAGTC-AAGTAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GAATAACTCTATTATTCAAAGTGTATCATAAATTATAAAAGTCAAAGTAA  650

seq1  TATTCATGCTGATATCCACAAAGGTTATGTTGTCTCAAACATATATACAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATGCTGATATCCACAAAGGTTATGTTGTCTCAAACATATATACAT  700

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT  749
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATAT-TATATATATATATATATATATATAT  749

seq1  A  750
      |
seq2  A  750