BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258E21
Chromosome12 (Build37)
Map Location 40,382,215 - 40,524,161
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC668824, LOC100043142, Etv1, LOC100043145
Downstream geneLOC100043148, Arl4a, LOC100043606, Scin, Gm889, Ifrd1, EG629820, Zfp277, Dock4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258E21.bB6Ng01-258E21.g
ACCGA063778GA063779
length958894
definitionB6Ng01-258E21.b B6Ng01-258E21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,382,215 - 40,383,175)(40,523,268 - 40,524,161)
sequence
gaattctcaaagaaccaatccaagaaacaattatcctatatttaagacca
ttcttgtgtaaaaactatttgcagaactctattataatcttaagactcat
tttactaataaccgccaatgctaatccgtcagcttttgccagttcgacaa
acaccacaagtgccagtgaaattattatcaaaacaactttcagagatttc
tctgtcctaacaaaagccccactttaacttggttctctggatactctgca
gcattctggcttatgcataatatccctgcttctttgttcattcccaaatg
aaagttcctttattgaactttttctctatagtttaactttcaatataaaa
aacattgatatataggatgaggctctgcctcctaaaatttccaccacctt
cttaaataggaccaactaggaagcaagtattcaaattcatgaacctaaaa
ggggggaggaattcctcaccaaaatcttcacattcagccctgtgctctcc
aaaagttcaaggccatttcatagtgtaaaatgcacatagtaccgctttaa
aagtccctgataatttcctgctgaaagactacacttcccaggttcccttg
cagactatggaagttatttccacccttataagaggccacatccatcttct
tctgtaggcattttggacatctacacacatgggcgataaggatgtctgtc
ctcttcccataaacatttccacctgaggttaggccaagcctctctttccc
ccttcccatctctctccagctgctttagataatctaatatgatgatccca
aaagacccaggaaggcatctcctaaccctaccccttcctatggcaaagat
ctttaagcttttattccaggacctgagggtttttcagacctctgatttgt
ctcagctgtctctctctctctctctctctccctctctctctctctctctc
tctctctc

gaattcctggaggagggattccttgagcaagaatgagtaactatgctgga
gatgtttgcccacacatgcagaggccagggctgtctcaatgcagctggcc
cttcactatagaagatttgccctcatatttcacatactcggctgtatcta
ctggatagcctgtgtatttcctcaattaaaaataacacagtctaatccct
gggatagaaattagagaacagagaataacttggtttttttcccccctcta
atgtttggaaccaaatccagagttatacatatccaacaaaggcacgatcc
catgaatcttcatatccacctctaaccaggtttctgatccaagtaatatc
ctcagctcatagcagacaacagtccaccagggattgtcttccccgataat
gaggtagttaagaatgcatgctcattagggaaacatattagaatttgaat
cactctagccatgggccactttctccttctccctagcctgtgaaatgaag
tcagtcatggtgttttctctgaagaaccatgaggttaaacaatgcatgtc
aagtgctcaatgctcatactgttgccgataaaattgttcatatgatttca
gatcatcaaaatgtcagagtcatcttcaaccatgtaacacccagcagtgc
acacgatctaagtgctaccaggctgccagataaatagaaaaggatgagta
aaaaaagaatcacttttcttagaaagatacatgaaaaagaaaagatggac
tagacccagatatgtgtactggattatgagatactattaagttgatattt
ttatatttaatattttatttatttaagattttctaaattaaaattttgtt
ttatgctatgtatatgtatatgtgtgtatgtatgtgtgtgtata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_40382215_40383175
seq2: B6Ng01-258E21.b_45_1002

seq1  GAATTCTCAAAGAACCAATCCAAGAAACAATTATCCTATATTTAAGACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAAAGAACCAATCCAAGAAACAATTATCCTATATTTAAGACCA  50

seq1  TTCTTGTGTAAAAACTATTTGCAGAACTCTATTATAATCTTAAGACTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTGTAAAAACTATTTGCAGAACTCTATTATAATCTTAAGACTCAT  100

seq1  TTTACTAATAACCGCCAATGCTAATCCGTCAGCTTTTGCCAGTTCGACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTAATAACCGCCAATGCTAATCCGTCAGCTTTTGCCAGTTCGACAA  150

seq1  ACACCACAAGTGCCAGTGAAATTATTATCAAAACAACTTTCAGAGATTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCACAAGTGCCAGTGAAATTATTATCAAAACAACTTTCAGAGATTTC  200

seq1  TCTGTCCTAACAAAAGCCCCACTTTAACTTGGTTCTCTGGATACTCTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCTAACAAAAGCCCCACTTTAACTTGGTTCTCTGGATACTCTGCA  250

seq1  GCATTCTGGCTTATGCATAATATCCCTGCTTCTTTGTTCATTCCCAAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCTGGCTTATGCATAATATCCCTGCTTCTTTGTTCATTCCCAAATG  300

seq1  AAAGTTCCTTTATTGAACTTTTTCTCTATAGTTTAACTTTCAATATAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTCCTTTATTGAACTTTTTCTCTATAGTTTAACTTTCAATATAAAA  350

seq1  AACATTGATATATAGGATGAGGCTCTGCCTCCTAAAATTTCCACCACCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTGATATATAGGATGAGGCTCTGCCTCCTAAAATTTCCACCACCTT  400

seq1  CTTAAATAGGACCAACTAGGAAGCAAGTATTCAAATTCATGAACCTAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATAGGACCAACTAGGAAGCAAGTATTCAAATTCATGAACCTAAAA  450

seq1  GGGGGGAGGAATTCCTCACCAAAATCTTCACATTCAGCCCTGTGCTCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGAGGAATTCCTCACCAAAATCTTCACATTCAGCCCTGTGCTCTCC  500

seq1  AAAAGTTCAAGGCCATTTCATAGTGTAAAATGCACATAGTACCGCTTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTCAAGGCCATTTCATAGTGTAAAATGCACATAGTACCGCTTTAA  550

seq1  AAGTCCCTGATAATTTCCTGCTGAAAGACTACACTTCCCAGGTTCCCTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCCTGATAATTTCCTGCTGAAAGACTACACTTCCCAGGTTCCCTTG  600

seq1  CAGACTATGGAAGTTATTTCCACCCTTATAAGAGGCCACATCCATCTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTATGGAAGTTATTTCCACCCTTATAAGAGGCCACATCCATCTTCT  650

seq1  TCTGTAGGCATTTTGGACATCTACACACATGGGCGATAAGGATGTCTGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAGGCATTTTGGACATCTACACACATGGGCGATAAGGATGTCTGTC  700

seq1  CTCTTCCCATAAACATTTCCACCTGAGGTTAGGCCAAGCCTCTCTTTCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCCATAAACATTTCCACCTGAGGTTAGGCCAAGCCTCTCTTTCCC  750

seq1  CCTTCCCATCTCTCTCCAGCTGCTTTAGATAATCTAATATGATGATCCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCATCTCTCTCCAGCTGCTTTAGATAATCTAATATGATGATCCCA  800

seq1  AAAGACCCAGGAAGGCATCTCCTAACCCTACCCCTTCCTATGGCAAAGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACCCAGGAAGGCATCTCCTAACCCTACCCCTTCCTATGGCAAAGAT  850

seq1  CTTTAAGCTTTTATTCCAGGACCTGAGGGTTTTTCAGGACCTCTGATTTG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTTTAAGCTTTTATTCCAGGACCTGAGGGTTTTTCA-GACCTCTGATTTG  899

seq1  TCTCAGGCTGTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCT  950
      ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCA-GCTGTC-TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCT  947

seq1  CTCTCTCTCTC  961
      |||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTC  958


seq1: chr12_40523268_40524161
seq2: B6Ng01-258E21.g_67_960 (reverse)

seq1  TATACACACACATACATACACACATATACATATACATAGCATAAAACAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACACACACATACATACACACATATACATATACATAGCATAAAACAAA  50

seq1  ATTTTAATTTAGAAAATCTTAAATAAATAAAATATTAAATATAAAAATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAATTTAGAAAATCTTAAATAAATAAAATATTAAATATAAAAATAT  100

seq1  CAACTTAATAGTATCTCATAATCCAGTACACATATCTGGGTCTAGTCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTAATAGTATCTCATAATCCAGTACACATATCTGGGTCTAGTCCAT  150

seq1  CTTTTCTTTTTCATGTATCTTTCTAAGAAAAGTGATTCTTTTTTTACTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTTTTTCATGTATCTTTCTAAGAAAAGTGATTCTTTTTTTACTCA  200

seq1  TCCTTTTCTATTTATCTGGCAGCCTGGTAGCACTTAGATCGTGTGCACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTCTATTTATCTGGCAGCCTGGTAGCACTTAGATCGTGTGCACTG  250

seq1  CTGGGTGTTACATGGTTGAAGATGACTCTGACATTTTGATGATCTGAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTGTTACATGGTTGAAGATGACTCTGACATTTTGATGATCTGAAAT  300

seq1  CATATGAACAATTTTATCGGCAACAGTATGAGCATTGAGCACTTGACATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGAACAATTTTATCGGCAACAGTATGAGCATTGAGCACTTGACATG  350

seq1  CATTGTTTAACCTCATGGTTCTTCAGAGAAAACACCATGACTGACTTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTTAACCTCATGGTTCTTCAGAGAAAACACCATGACTGACTTCAT  400

seq1  TTCACAGGCTAGGGAGAAGGAGAAAGTGGCCCATGGCTAGAGTGATTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAGGCTAGGGAGAAGGAGAAAGTGGCCCATGGCTAGAGTGATTCAA  450

seq1  ATTCTAATATGTTTCCCTAATGAGCATGCATTCTTAACTACCTCATTATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAATATGTTTCCCTAATGAGCATGCATTCTTAACTACCTCATTATC  500

seq1  GGGGAAGACAATCCCTGGTGGACTGTTGTCTGCTATGAGCTGAGGATATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAGACAATCCCTGGTGGACTGTTGTCTGCTATGAGCTGAGGATATT  550

seq1  ACTTGGATCAGAAACCTGGTTAGAGGTGGATATGAAGATTCATGGGATCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGATCAGAAACCTGGTTAGAGGTGGATATGAAGATTCATGGGATCG  600

seq1  TGCCTTTGTTGGATATGTATAACTCTGGATTTGGTTCCAAACATTAGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTGTTGGATATGTATAACTCTGGATTTGGTTCCAAACATTAGAGG  650

seq1  GGGGAAAAAAACCAAGTTATTCTCTGTTCTCTAATTTCTATCCCAGGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAAAAACCAAGTTATTCTCTGTTCTCTAATTTCTATCCCAGGGAT  700

seq1  TAGACTGTGTTATTTTTAATTGAGGAAATACACAGGCTATCCAGTAGATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTGTGTTATTTTTAATTGAGGAAATACACAGGCTATCCAGTAGATA  750

seq1  CAGCCGAGTATGTGAAATATGAGGGCAAATCTTCTATAGTGAAGGGCCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCGAGTATGTGAAATATGAGGGCAAATCTTCTATAGTGAAGGGCCAG  800

seq1  CTGCATTGAGACAGCCCTGGCCTCTGCATGTGTGGGCAAACATCTCCAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATTGAGACAGCCCTGGCCTCTGCATGTGTGGGCAAACATCTCCAGC  850

seq1  ATAGTTACTCATTCTTGCTCAAGGAATCCCTCCTCCAGGAATTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTACTCATTCTTGCTCAAGGAATCCCTCCTCCAGGAATTC  894


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |