BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259N19
Chromosome12 (Build37)
Map Location 91,147,534 - 91,258,228
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrxn3
Upstream genenone
Downstream geneLOC100039498, LOC100039287, Dio2, LOC100039295, 4930544I03Rik, 4930534B04Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259N19.bB6Ng01-259N19.g
ACCGA064936GA064937
length1,1061,066
definitionB6Ng01-259N19.b B6Ng01-259N19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,147,534 - 91,148,639)(91,257,147 - 91,258,228)
sequence
gaattctacacatgtttattgagggaatgaataaacacttgactgttcaa
atcagcaataatagctctggacctttgagtcttaaatatttgtttactgg
tggagcattacttcatataaatgtattcatgtttctcttgagcaccatta
tttagtatctaaatcatataaagctcgtataaaaagtaaaacccttaaga
tatgctttgcacctgaaccactggtaccctctctttgctttatttaggaa
ggacgcaatagtattcaaattccagacttcatgaatttggctgaatccta
gagtatatgtctagcactttgggatgagtggccagaggactgtaagaaga
gcctgtgtagcacgatttgaagtctgtgagtgattaaggacaaggctcca
tgtcttctaagaggcacattgacagtggtcagacaatctttagctaaaag
tcacgggctgatagctaggccagtcaaactgcaaatttacacagaatgca
aatgaagtgttggacagcctctcaaagcctcctgcttaataagcttctgt
gcctgcttaaagggtcagcaggctgatttacaagtcacatttcagtttgt
agacgtagtctcgataatgaccctgtgctcctgcataatactcctagctc
ttcgtttgctctaacaatgtctatcagccaccatcctagatcaagaaaga
gacactaaattgacaggtggctcaatcttcagagctctctgtgagctgtc
tattcttcctcctggctacatcttcaatgagtgcaaacaaatgcagcatt
ccccaggagaggttagagcagcatagcctgcttccttctctggaatgggc
ttgccctgctaacattctgaggccacactaaaaggtagccatctgactcc
tctatttttcttttaaataaattatggaatactatgacactcctagcatg
tcctgtggagaatcctttgcaagatgttcttagctgagcatataatgtag
aggatggggatgcttgcttcaaaactgaacttagcaacacagatcatttc
agccaagcacacgatgatttcctcgaagctagcagagctggtactcctcc
acctct
gaattcaattacctgaaaatttaatcaaacaagcaatggatctaatggcc
agaacactgaggcgatgataaaacagaagtctgggtttttttttttttaa
atcccttttgaataaaattgaagagtaatgggtatgtctcctgaaagtga
gttatcattttataaagaatagataggattcatttcttattaaaatatcc
ctagatgaccatgaagctgatgtcgtggaagtcatgggatattgcagtgt
gtaagagtaataatggctatcgtaatagcttacatttacagagggaacag
tgggtaccaagtccagccttgaatacttcacatacattacttcattaaca
cctgctggcagccagatgaattagataagatcagttccatataatagagt
ataaagatggagtgtggagacatttttcctcactttgctcaaagtcataa
agttccaaagtgacacacacagaccaaaagcaagctcaaacagggttgac
tttaaatccagggctcttaattaattcctaagacaagtggatgggaaagc
atttacttatttcagtgctgtttgacaaaagataagaatcagaaacgaag
tgattatgagtgagcccaggtaccctaatagtgggagaatgaggaatcag
tcaagggatcacacttgctttgttactactctataataccatctgcctgc
tggtctgctactttttggaatgaaactctgggtatcatgtgcagaaggca
tattgtgctctaccaccaaacaaagactcaatcttccaatccaatgatgc
agagcacccctagggcatggtgtggagttttagctgaaccaaggtcagct
aaagtcgttgaagtcgcagaagttgtgtagttggataccagaaagagaag
gtctgcctaattagaagatcctcatctcgcattgtattaaggagatggcc
atgtcttattcatagaaacagtctgcctctcttctaagtcttgtggagag
actatattttagccagactttttttttattctgtgttgtttcatctttac
taaaatacttagacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_91147534_91148639
seq2: B6Ng01-259N19.b_47_1152

seq1  GAATTCTACACATGTTTATTGAGGGAATGAATAAACACTTGACTGTTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACACATGTTTATTGAGGGAATGAATAAACACTTGACTGTTCAA  50

seq1  ATCAGCAATAATAGCTCTGGACCTTTGAGTCTTAAATATTTGTTTACTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCAATAATAGCTCTGGACCTTTGAGTCTTAAATATTTGTTTACTGG  100

seq1  TGGAGCATTACTTCATATAAATGTATTCATGTTTCTCTTGAGCACCATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCATTACTTCATATAAATGTATTCATGTTTCTCTTGAGCACCATTA  150

seq1  TTTAGTATCTAAATCATATAAAGCTCGTATAAAAAGTAAAACCCTTAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTATCTAAATCATATAAAGCTCGTATAAAAAGTAAAACCCTTAAGA  200

seq1  TATGCTTTGCACCTGAACCACTGGTACCCTCTCTTTGCTTTATTTAGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTTTGCACCTGAACCACTGGTACCCTCTCTTTGCTTTATTTAGGAA  250

seq1  GGACGCAATAGTATTCAAATTCCAGACTTCATGAATTTGGCTGAATCCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGCAATAGTATTCAAATTCCAGACTTCATGAATTTGGCTGAATCCTA  300

seq1  GAGTATATGTCTAGCACTTTGGGATGAGTGGCCAGAGGACTGTAAGAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATATGTCTAGCACTTTGGGATGAGTGGCCAGAGGACTGTAAGAAGA  350

seq1  GCCTGTGTAGCACGATTTGAAGTCTGTGAGTGATTAAGGACAAGGCTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGTAGCACGATTTGAAGTCTGTGAGTGATTAAGGACAAGGCTCCA  400

seq1  TGTCTTCTAAGAGGCACATTGACAGTGGTCAGACAATCTTTAGCTAAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTCTAAGAGGCACATTGACAGTGGTCAGACAATCTTTAGCTAAAAG  450

seq1  TCACGGGCTGATAGCTAGGCCAGTCAAACTGCAAATTTACACAGAATGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGGGCTGATAGCTAGGCCAGTCAAACTGCAAATTTACACAGAATGCA  500

seq1  AATGAAGTGTTGGACAGCCTCTCAAAGCCTCCTGCTTAATAAGCTTCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGTGTTGGACAGCCTCTCAAAGCCTCCTGCTTAATAAGCTTCTGT  550

seq1  GCCTGCTTAAAGGGTCAGCAGGCTGATTTACAAGTCACATTTCAGTTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTTAAAGGGTCAGCAGGCTGATTTACAAGTCACATTTCAGTTTGT  600

seq1  AGACGTAGTCTCGATAATGACCCTGTGCTCCTGCATAATACTCCTAGCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGTAGTCTCGATAATGACCCTGTGCTCCTGCATAATACTCCTAGCTC  650

seq1  TTCGTTTGCTCTAACAATGTCTATCAGCCACCATCCTAGATCAAGAAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTTTGCTCTAACAATGTCTATCAGCCACCATCCTAGATCAAGAAAGA  700

seq1  GACACTAAATTGACAGGTGGCTCAATCTTCAGAGCTCTCTGTGAGCTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTAAATTGACAGGTGGCTCAATCTTCAGAGCTCTCTGTGAGCTGTC  750

seq1  TATTCTTCCTCCTGGCTACATCTTCAATGAGTGCAAACAAATGCAGCATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTCCTCCTGGCTACATCTTCAATGAGTGCAAACAAATGCAGCATT  800

seq1  CCCCAGGAGAGGTTAGAGCAGCATAGCCTGCTTCCTTCTCTGGAATGGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGAGAGGTTAGAGCAGCATAGCCTGCTTCCTTCTCTGGAATGGGC  850

seq1  TTGCCCTGCTAACATTCTGAGGCCACACTAAAAGGTAGCCATCTGACTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCTGCTAACATTCTGAGGCCACACTAAAAGGTAGCCATCTGACTCC  900

seq1  TCTATTTTTCTTTTAAATAAATTATGGAATACTATGACACTCCTAGCATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTTTCTTTTAAATAAATTATGGAATACTATGACACTCCTAGCATG  950

seq1  TCCTGTGGAGAATCCTTTGCAAGATG-TCTTAGCTGAGCAATATAATGTA  999
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  TCCTGTGGAGAATCCTTTGCAAGATGTTCTTAGCTGAGC-ATATAATGTA  999

seq1  GAGGATGGGGATGCTTGCTTCAAAACTGAAACTTAGCAACACAGATCATT  1049
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATGGGGATGCTTGCTTCAAAACTG-AACTTAGCAACACAGATCATT  1048

seq1  TCAGCCAAGGCACACGATGA-TTCCTCGAAAGCTAGCAGAGCT-GTACT-  1096
      |||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| 
seq2  TCAGCCAA-GCACACGATGATTTCCTCG-AAGCTAGCAGAGCTGGTACTC  1096

seq1  CTCCACCTCT  1106
      ||||||||||
seq2  CTCCACCTCT  1106

seq1: chr12_91257147_91258228
seq2: B6Ng01-259N19.g_66_1131 (reverse)

seq1  TTGTCTAAAATTATTTTTAATAAAAGATGAAAACAAACACAGAAATTAAA  50
      ||||||  || ||||||  |  ||||||||||   |||||||||  ||||
seq2  TTGTCT--AAGTATTTT--AGTAAAGATGAAA--CAACACAGAA--TAAA  42

seq1  AAAAAAGTCTGGGCTAAAAATATAGTTCCTCTCACAAAGACCTTAGAAGG  100
      |||||||||| |||| ||||||||||  |||||   |||| ||||||| |
seq2  AAAAAAGTCT-GGCT-AAAATATAGT--CTCTCCACAAGA-CTTAGAA-G  86

seq1  AGAGGCAGACTGTTTCTATGAAT-AGACATGGCCATTCTTCCTTTAATAC  149
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  | |||||||
seq2  AGAGGCAGACTGTTTCTATGAATAAGACATGGCCA-TCT--CCTTAATAC  133

seq1  AATGCGAGATGAGGATCTTCTAATTAGGCAGACCTTCTCCTTCTGGTATC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AATGCGAGATGAGGATCTTCTAATTAGGCAGACCTTCTCTTTCTGGTATC  183

seq1  CAACTACACAACTTCTGCGACTTCAACGACTTTAGCTGACCTTGGTTCAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTACACAACTTCTGCGACTTCAACGACTTTAGCTGACCTTGGTTCAG  233

seq1  CTAAAACTCCACACCATGCCCTAGGGGTGCTCTGCATCATTGGATTGGAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAACTCCACACCATGCCCTAGGGGTGCTCTGCATCATTGGATTGGAA  283

seq1  GATTGAGTCTTTGTTTGGTGGTAGAGCACAATATGCCTTCTGCACATGAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGAGTCTTTGTTTGGTGGTAGAGCACAATATGCCTTCTGCACATGAT  333

seq1  ACCCAGAGTTTCATTCCAAAAAGTAGCAGACCAGCAGGCAGATGGTATTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGAGTTTCATTCCAAAAAGTAGCAGACCAGCAGGCAGATGGTATTA  383

seq1  TAGAGTAGTAACAAAGCAAGTGTGATCCCTTGACTGATTCCTCATTCTCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTAGTAACAAAGCAAGTGTGATCCCTTGACTGATTCCTCATTCTCC  433

seq1  CACTATTAGGGTACCTGGGCTCACTCATAATCACTTCGTTTCTGATTCTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATTAGGGTACCTGGGCTCACTCATAATCACTTCGTTTCTGATTCTT  483

seq1  ATCTTTTGTCAAACAGCACTGAAATAAGTAAATGCTTTCCCATCCACTTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTGTCAAACAGCACTGAAATAAGTAAATGCTTTCCCATCCACTTG  533

seq1  TCTTAGGAATTAATTAAGAGCCCTGGATTTAAAGTCAACCCTGTTTGAGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGGAATTAATTAAGAGCCCTGGATTTAAAGTCAACCCTGTTTGAGC  583

seq1  TTGCTTTTGGTCTGTGTGTGTCACTTTGGAACTTTATGACTTTGAGCAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTTGGTCTGTGTGTGTCACTTTGGAACTTTATGACTTTGAGCAAA  633

seq1  GTGAGGAAAAATGTCTCCACACTCCATCTTTATACTCTATTATATGGAAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGAAAAATGTCTCCACACTCCATCTTTATACTCTATTATATGGAAC  683

seq1  TGATCTTATCTAATTCATCTGGCTGCCAGCAGGTGTTAATGAAGTAATGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTATCTAATTCATCTGGCTGCCAGCAGGTGTTAATGAAGTAATGT  733

seq1  ATGTGAAGTATTCAAGGCTGGACTTGGTACCCACTGTTCCCTCTGTAAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAAGTATTCAAGGCTGGACTTGGTACCCACTGTTCCCTCTGTAAAT  783

seq1  GTAAGCTATTACGATAGCCATTATTACTCTTACACACTGCAATATCCCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCTATTACGATAGCCATTATTACTCTTACACACTGCAATATCCCAT  833

seq1  GACTTCCACGACATCAGCTTCATGGTCATCTAGGGATATTTTAATAAGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCCACGACATCAGCTTCATGGTCATCTAGGGATATTTTAATAAGAA  883

seq1  ATGAATCCTATCTATTCTTTATAAAATGATAACTCACTTTCAGGAGACAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATCCTATCTATTCTTTATAAAATGATAACTCACTTTCAGGAGACAT  933

seq1  ACCCATTACTCTTCAATTTTATTCAAAAGGGATTTAAAAAAAAAAAAACC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATTACTCTTCAATTTTATTCAAAAGGGATTTAAAAAAAAAAAAACC  983

seq1  CAGACTTCTGTTTTATCATCGCCTCAGTGTTCTGGCCATTAGATCCATTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTCTGTTTTATCATCGCCTCAGTGTTCTGGCCATTAGATCCATTG  1033

seq1  CTTGTTTGATTAAATTTTCAGGTAATTGAATTC  1082
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTGATTAAATTTTCAGGTAATTGAATTC  1066