BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260A03
Chromosome12 (Build37)
Map Location 105,389,835 - 105,497,508
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSerpina3c, LOC435318, LOC628883, Serpina3f, LOC667997, Serpina3g, Serpina3h
Upstream gene9030205A07Rik, Prima1, EG544888, Asb2, Otub2, Ddx24, D12Ertd647e, Ifi27, 1810023F06Rik, 8430415E04Rik, Serpina10, Serpina6, Gm46, Serpina1f, EG435316, Serpina1b, Serpina1d, LOC667951, LOC628801, Serpina1a, LOC667954, Serpina1c, Serpina1e, Serpina11, Serpina9, Serpina12, Serpina4-ps1, Serpina5, Serpina3a, Serpina3b
Downstream geneEG628900, EG238395, Serpina3k, EG628916, Serpina3m, Serpina3n, Gsc, Dicer1, Clmn, 4831426I19Rik, Snhg10, Glrx5, LOC100040301, Tcl1b2, Tcl1b1, Tcl1b5, Tcl1b3, Tcl1b4, Tcl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260A03.bB6Ng01-260A03.g
ACCGA065044GA065045
length1,033750
definitionB6Ng01-260A03.b B6Ng01-260A03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,389,835 - 105,390,865)(105,496,759 - 105,497,508)
sequence
gaattctgccagaatctgcaggtgcttttcaacaaacagggcactgcctg
tgctgatctgtacctgctcccctggatggctgagcctctgtaggagatgt
ccaaagccctggtggatgtctgcttcaggggtctctgtgagattgaagtt
gagaccttctagtatctcttccagggtgttgccctttgctcccagggaca
cgatggccaaggcagctgagatgctaagtggggagaagacaatatttgta
tctggattcttcaaagccagcttcttgtagaggctgaaggcaaagtcagt
gttgatggaggccaatgtgagactgtcgagttgtgtcccattttctttgt
ctttatggaataaagtgtctctttctaatgtgccatctgggaagcagagg
acaccagggcagatcccagttatcacgagccccagagctacaatgaaggc
catcttgtctgttctccaggctgaaaagaaaacattctttgagtctggga
ggacaatctggtgctctgagcatttcctaatttttccaccctggctggca
ttgtgccctgctctgctgctcttcctgcctctgtgactgcctacgggaga
tgttctggcctctcagatggcagtactccatcatgagctccccactacca
tggaggaagtgctgttgcagaagacagtttcatagcagagaaccaagatc
cagagatttgaagggacatgttagggtcacctctctgtgcagcttggtga
gggtccaggttacattactggtaagtggctggtttattgtgggcatcggg
agtggttttagagaatgtctagcggtccatgtcctctatacacacctgaa
atagggagccacaggcatcaatcatgggctatagttaaaagcttgcaatt
atggtaatcaaggctatctacctttagcctctgaccatttgttcagctgt
gtaaaggtgaagttggatggtaaatgaatgtgaagcagaaggaagaaagt
ggagagcggagaaaaggaaagaggagaagttgt
gaattcatttacacatttctgcattcattaattcactgctgctctgcatc
tagctatgacatgtatgcagaggatatgaaatgggccacagttgctggcc
ttgagtcttaggttccagaggtggggacagacacatagaaattgtgatgg
tgtgatacctgctccattgtcaggctgatgacagacaatctgaagtctag
attcatatacagttattatttcttttgtttcactgtgagttttgttaagg
cttctggttgtggacaatgcatacttcatggtccctaaatttctaaactg
agctgaacctgcctgtgcactgaactaatgaaaagctgctcagctccccc
actgagcccctttttaaatggagcatcaagagtcagggcaggagccatgg
tagcctgcatcttcctggcagcatcttaacggacagctgcctgtatctgt
tcaattattggaggtggcagagggatgatcagagccctgagaggttaatg
caaatgcaggtcacttgagagaaaagaccagaggcaggcaggagctccaa
aggcaggctgccctgaggagaatcctctctgctgagaagtgtaaaggaaa
tgaaagagaggtgcttcagcaagtgtgggctcatgctggaggttctcagc
agtggggaagcctgaatcactgttccctccttctattccctttggtgtgc
tgctggagagcacgtgtagttttggtatggtgtgtatgtgtgtatgggtg

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_105389835_105390865
seq2: B6Ng01-260A03.b_45_1077

seq1  GAATTCTGCCAGAATCTGCAGGTGCTTTTCAACAAACAGGGCACTGCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCCAGAATCTGCAGGTGCTTTTCAACAAACAGGGCACTGCCTG  50

seq1  TGCTGATCTGTACCTGCTCCCCTGGATGGCTGAGCCTCTGTAGGAGATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGATCTGTACCTGCTCCCCTGGATGGCTGAGCCTCTGTAGGAGATGT  100

seq1  CCAAAGCCCTGGTGGATGTCTGCTTCAGGGGTCTCTGTGAGATTGAAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGCCCTGGTGGATGTCTGCTTCAGGGGTCTCTGTGAGATTGAAGTT  150

seq1  GAGACCTTCTAGTATCTCTTCCAGGGTGTTGCCCTTTGCTCCCAGGGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCTTCTAGTATCTCTTCCAGGGTGTTGCCCTTTGCTCCCAGGGACA  200

seq1  CGATGGCCAAGGCAGCTGAGATGCTAAGTGGGGAGAAGACAATATTTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGGCCAAGGCAGCTGAGATGCTAAGTGGGGAGAAGACAATATTTGTA  250

seq1  TCTGGATTCTTCAAAGCCAGCTTCTTGTAGAGGCTGAAGGCAAAGTCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGATTCTTCAAAGCCAGCTTCTTGTAGAGGCTGAAGGCAAAGTCAGT  300

seq1  GTTGATGGAGGCCAATGTGAGACTGTCGAGTTGTGTCCCATTTTCTTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATGGAGGCCAATGTGAGACTGTCGAGTTGTGTCCCATTTTCTTTGT  350

seq1  CTTTATGGAATAAAGTGTCTCTTTCTAATGTGCCATCTGGGAAGCAGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGGAATAAAGTGTCTCTTTCTAATGTGCCATCTGGGAAGCAGAGG  400

seq1  ACACCAGGGCAGATCCCAGTTATCACGAGCCCCAGAGCTACAATGAAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGGGCAGATCCCAGTTATCACGAGCCCCAGAGCTACAATGAAGGC  450

seq1  CATCTTGTCTGTTCTCCAGGCTGAAAAGAAAACATTCTTTGAGTCTGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTGTCTGTTCTCCAGGCTGAAAAGAAAACATTCTTTGAGTCTGGGA  500

seq1  GGACAATCTGGTGCTCTGAGCATTTCCTAATTTTTCCACCCTGGCTGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAATCTGGTGCTCTGAGCATTTCCTAATTTTTCCACCCTGGCTGGCA  550

seq1  TTGTGCCCTGCTCTGCTGCTCTTCCTGCCTCTGTGACTGCCTACGGGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCCCTGCTCTGCTGCTCTTCCTGCCTCTGTGACTGCCTACGGGAGA  600

seq1  TGTTCTGGCCTCTCAGATGGCAGTACTCCATCATGAGCTCCCCACTACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTGGCCTCTCAGATGGCAGTACTCCATCATGAGCTCCCCACTACCA  650

seq1  TGGAGGAAGTGCTGTTGCAGAAGACAGTTTCATAGCAGAGAACCAAGATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGAAGTGCTGTTGCAGAAGACAGTTTCATAGCAGAGAACCAAGATC  700

seq1  CAGAGATTTGAAGGGACATGTTAGGGTCACCTCTCTGTGCAGCTTGGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATTTGAAGGGACATGTTAGGGTCACCTCTCTGTGCAGCTTGGTGA  750

seq1  GGGTCCAGGTTACATTACTGGTAAGTGGCTGGTTTATTGTGGGCATCGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCAGGTTACATTACTGGTAAGTGGCTGGTTTATTGTGGGCATCGGG  800

seq1  AGTGGTTTTAGAGAATGTCTAGCGGTCCATGTCCTCTATACACACCTGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTTTAGAGAATGTCTAGCGGTCCATGTCCTCTATACACACCTGAA  850

seq1  ATAGGGAGCCACAGGCATCAATCATGGGCTATAGTTAAAAGCTTGCAATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGAGCCACAGGCATCAATCATGGGCTATAGTTAAAAGCTTGCAATT  900

seq1  ATGGTAATCAAGGCTATCTACCTTTAGCCTCTGACCATTTGTTCAGCTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAATCAAGGCTATCTACCTTTAGCCTCTGACCATTTGTTCAGCTGT  950

seq1  GTAAAGGTGAAGGTGGATGGTAAATGAATGTGAGGCAG-AGGAAG-AAGT  998
      |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||
seq2  GTAAAGGTGAAGTTGGATGGTAAATGAATGTGAAGCAGAAGGAAGAAAGT  1000

seq1  GGAGAGCGGAG-AAAGGAAAGAGGAGAGTGTTGT  1031
      ||||||||||| |||||||||||||||  |||||
seq2  GGAGAGCGGAGAAAAGGAAAGAGGAGA-AGTTGT  1033

seq1: chr12_105496759_105497508
seq2: B6Ng01-260A03.g_67_816 (reverse)

seq1  CACCCATACACACATACACACCATACCAAAACTACACGTGCTCTCCAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCATACACACATACACACCATACCAAAACTACACGTGCTCTCCAGCA  50

seq1  GCACACCAAAGGGAATAGAAGGAGGGAACAGTGATTCAGGCTTCCCCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACCAAAGGGAATAGAAGGAGGGAACAGTGATTCAGGCTTCCCCACT  100

seq1  GCTGAGAACCTCCAGCATGAGCCCACACTTGCTGAAGCACCTCTCTTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGAACCTCCAGCATGAGCCCACACTTGCTGAAGCACCTCTCTTTCA  150

seq1  TTTCCTTTACACTTCTCAGCAGAGAGGATTCTCCTCAGGGCAGCCTGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTTACACTTCTCAGCAGAGAGGATTCTCCTCAGGGCAGCCTGCCT  200

seq1  TTGGAGCTCCTGCCTGCCTCTGGTCTTTTCTCTCAAGTGACCTGCATTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGCTCCTGCCTGCCTCTGGTCTTTTCTCTCAAGTGACCTGCATTTG  250

seq1  CATTAACCTCTCAGGGCTCTGATCATCCCTCTGCCACCTCCAATAATTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAACCTCTCAGGGCTCTGATCATCCCTCTGCCACCTCCAATAATTGA  300

seq1  ACAGATACAGGCAGCTGTCCGTTAAGATGCTGCCAGGAAGATGCAGGCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATACAGGCAGCTGTCCGTTAAGATGCTGCCAGGAAGATGCAGGCTA  350

seq1  CCATGGCTCCTGCCCTGACTCTTGATGCTCCATTTAAAAAGGGGCTCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGCTCCTGCCCTGACTCTTGATGCTCCATTTAAAAAGGGGCTCAGT  400

seq1  GGGGGAGCTGAGCAGCTTTTCATTAGTTCAGTGCACAGGCAGGTTCAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGAGCTGAGCAGCTTTTCATTAGTTCAGTGCACAGGCAGGTTCAGCT  450

seq1  CAGTTTAGAAATTTAGGGACCATGAAGTATGCATTGTCCACAACCAGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTAGAAATTTAGGGACCATGAAGTATGCATTGTCCACAACCAGAAG  500

seq1  CCTTAACAAAACTCACAGTGAAACAAAAGAAATAATAACTGTATATGAAT  550
      ||||||||||||||||                 |||||||||||||||||
seq2  CCTTAACAAAACTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAACTGTATATGAAT  550

seq1  CTAGACTTCAGATTGTCTGTCATCAGCCTGACAATGGAGCAGGTATCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACTTCAGATTGTCTGTCATCAGCCTGACAATGGAGCAGGTATCACA  600

seq1  CCATCACAATTTCTATGTGTCTGTCCCCACCTCTGGAACCTAAGACTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCACAATTTCTATGTGTCTGTCCCCACCTCTGGAACCTAAGACTCAA  650

seq1  GGCCAGCAACTGTGGCCCATTTCATATCCTCTGCATACATGTCATAGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCAACTGTGGCCCATTTCATATCCTCTGCATACATGTCATAGCTA  700

seq1  GATGCAGAGCAGCAGTGAATTAATGAATGCAGAAATGTGTAAATGAATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCAGAGCAGCAGTGAATTAATGAATGCAGAAATGTGTAAATGAATTC  750