BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-264H07
Chromosome12 (Build37)
Map Location 59,867,976 - 59,982,420
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSstr1, Clec14a
Downstream geneLOC100040183, Sec23a, Sip1, Trappc6b, Pnn, EG544872, Mia2, Mgea6, Fbxo33, LOC665628, LOC238199, LOC665639, LOC665644
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-264H07.bB6Ng01-264H07.g
ACCGA068358GA068359
length1,137743
definitionB6Ng01-264H07.b B6Ng01-264H07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,981,276 - 59,982,420)(59,867,976 - 59,868,721)
sequence
gaattcctaggtccaaacctgtgttctagatatagaatgaagacccatca
tttcaacacaattgttcccagatcaccacatgagtcagtcagtatggttg
caggcatagctaattcatgctcaatgttgacaaaatggactccagggctg
aagtgtattacatgttctatgaaggatataataatattatatactgtggt
ggtttgaatatgcttggcccatgggaagtgatactattaggagatgtggc
cttgttggaataagtgtgtccttgttggaggaagtgagtcactgtgtagg
tggtttttgaagtctcctagtgctcagtttccttctggatgcctttatat
caagatgtataactctcacctcttccagcattatgtctgcctgcatgttg
ccacacttcccaccatgatgataatgaactaaacctctgaaactgtaagc
caggtccagttaaatgtttgcttttataagttgtcttggtcatggtttct
cttcacaacaatgtaccaacatgcctttgcagatttctaaaccctttact
aggcaaattactaccagaagtatgagaaaagatttgaacaagcatgcaat
tggtctgaaaggactcttaggaacttgggtactctaagggaactaaggta
tacccatggaaagcgtaacatagcaaagcacttcctttctgttggatgtt
gtgcataaagagcatcagttatgctctgactagtttagcaagtgaactcc
agagctctctaagtctttacagggacaaagaagctgaatggcctgttgat
tcagagcacagacccaggagccacatgcttttgaccagatccgcagctct
gtagactgtagagttgtgtagactgcaggcaaacctcatactcttggtgg
ctcagcttcattccccagtaggtagaaatgatgatgatactagaagttgt
ataatttttgtgaaacttagatgagctctatgatagaggacagacagaca
gacagatagatatgttgggcccaagttggccctggttggccttgagtaca
acctgagctgctcagttctgcagccttggtgggagaagccctagctggct
cgagctttggagatggcccagtcacttctgtatcagg

gaattcttctaagacaagctgtgccattttaaggtgttgctttaaggcaa
ctagagaattcagagtagcacctagcccaataataactgccagagttgtc
agatgtctttctctggggaacgtcccacctactagaggccttactagaga
tttctgcagagtcttagaacaggctcagaattgcacgctctgtcatgttt
ttatccgattgttagatcaactacgatcttcaggctcattctctgacttg
aggtaaacctcctagctggtcctactagaaaacatggcgaaagagctctg
aaaagaaaataagctcctggtggttgaggcaattttttctttaatctaat
ttgattcaggttttctcttgaaccctgactagatggttgttgaaggagct
ctagcaggcctgggcaaggtttcctctggatcccagtcagaatcttaaca
atacttatacatataatttagatattttctgatttaaatggacttattgg
aaaatgttatttttactattttctacagagaaaatattttccagtttctc
aaataactcaggacttttgaaatacacccgtttttatgttcaagtgtcga
tgtagctgtttctctgaaaatgcatataaaatgcttgtacattaaaatga
gttactgtatgaagtattacattatgtcataattaacatattaatgcttt
attcaaggaaaaaggaaggaaggaaaggagggaggggagggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_59981276_59982420
seq2: B6Ng01-264H07.b_41_1177 (reverse)

seq1  CCTGATACAGAAGTGACTGAGACAAATCTCAAAACTCGAGCCAGGCTTAG  50
      ||||||||||||||||||| | ||  || |||| ||||||||| |||  |
seq2  CCTGATACAGAAGTGACTGGGCCATCTC-CAAAGCTCGAGCCA-GCTAGG  48

seq1  GC-TCTCCCA-CAAGGCTGCAGAAACTTGAGCCAGGCTCAGGTTTGTACT  98
      || ||||||| |||||||||||||   |||||   ||||||| |||||||
seq2  GCTTCTCCCACCAAGGCTGCAGAA--CTGAGC--AGCTCAGG-TTGTACT  93

seq1  CAAGGCCCAAACCAGGGCCAAACTTGGGCCCAACATATCTATCTGTCTGT  148
      |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCC--AACCAGGGCC-AACTTGGGCCCAACATATCTATCTGTCTGT  140

seq1  CTGTCTGTCCTCTATCATAGAGCTCATCTAAGTTTCACAAAAATTATACA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGTCCTCTATCATAGAGCTCATCTAAGTTTCACAAAAATTATACA  190

seq1  ACTTCTAGTATCATCATCATTTCTACCTACTGGGGAATGAAGCTGAGCCA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTAGTATCATCATCATTTCTACCTACTGGGGAATGAAGCTGAGCCA  240

seq1  CCAAGAGTATGAGGTTTGCCTGCAGTCTACACAACTCTACAGTCTACAGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAGTATGAGGTTTGCCTGCAGTCTACACAACTCTACAGTCTACAGA  290

seq1  GCTGCGGATCTGGTCAAAAGCATGTGGCTCCTGGGTCTGTGCTCTGAATC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCGGATCTGGTCAAAAGCATGTGGCTCCTGGGTCTGTGCTCTGAATC  340

seq1  AACAGGCCATTCAGCTTCTTTGTCCCTGTAAAGACTTAGAGAGCTCTGGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGCCATTCAGCTTCTTTGTCCCTGTAAAGACTTAGAGAGCTCTGGA  390

seq1  GTTCACTTGCTAAACTAGTCAGAGCATAACTGATGCTCTTTATGCACAAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACTTGCTAAACTAGTCAGAGCATAACTGATGCTCTTTATGCACAAC  440

seq1  ATCCAACAGAAAGGAAGTGCTTTGCTATGTTACGCTTTCCATGGGTATAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAACAGAAAGGAAGTGCTTTGCTATGTTACGCTTTCCATGGGTATAC  490

seq1  CTTAGTTCCCTTAGAGTACCCAAGTTCCTAAGAGTCCTTTCAGACCAATT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTTCCCTTAGAGTACCCAAGTTCCTAAGAGTCCTTTCAGACCAATT  540

seq1  GCATGCTTGTTCAAATCTTTTCTCATACTTCTGGTAGTAATTTGCCTAGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCTTGTTCAAATCTTTTCTCATACTTCTGGTAGTAATTTGCCTAGT  590

seq1  AAAGGGTTTAGAAATCTGCAAAGGCATGTTGGTACATTGTTGTGAAGAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTTTAGAAATCTGCAAAGGCATGTTGGTACATTGTTGTGAAGAGA  640

seq1  AACCATGACCAAGACAACTTATAAAAGCAAACATTTAACTGGACCTGGCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATGACCAAGACAACTTATAAAAGCAAACATTTAACTGGACCTGGCT  690

seq1  TACAGTTTCAGAGGTTTAGTTCATTATCATCATGGTGGGAAGTGTGGCAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTTTCAGAGGTTTAGTTCATTATCATCATGGTGGGAAGTGTGGCAA  740

seq1  CATGCAGGCAGACATAATGCTGGAAGAGGTGAGAGTTATACATCTTGATA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAGGCAGACATAATGCTGGAAGAGGTGAGAGTTATACATCTTGATA  790

seq1  TAAAGGCATCCAGAAGGAAACTGAGCACTAGGAGACTTCAAAAACCACCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGCATCCAGAAGGAAACTGAGCACTAGGAGACTTCAAAAACCACCT  840

seq1  ACACAGTGACTCACTTCCTCCAACAAGGACACACTTATTCCAACAAGGCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGTGACTCACTTCCTCCAACAAGGACACACTTATTCCAACAAGGCC  890

seq1  ACATCTCCTAATAGTATCACTTCCCATGGGCCAAGCATATTCAAACCACC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTCCTAATAGTATCACTTCCCATGGGCCAAGCATATTCAAACCACC  940

seq1  ACAGTATATAATATTATTATATCCTTCATAGAACATGTAATACACTTCAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTATATAATATTATTATATCCTTCATAGAACATGTAATACACTTCAG  990

seq1  CCCTGGAGTCCATTTTGTCAACATTGAGCATGAATTAGCTATGCCTGCAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGAGTCCATTTTGTCAACATTGAGCATGAATTAGCTATGCCTGCAA  1040

seq1  CCATACTGACTGACTCATGTGGTGATCTGGGAACAATTGTGTTGAAATGA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACTGACTGACTCATGTGGTGATCTGGGAACAATTGTGTTGAAATGA  1090

seq1  TGGGTCTTCATTCTATATCTAGAACACAGGTTTGGACCTAGGAATTC  1145
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCTTCATTCTATATCTAGAACACAGGTTTGGACCTAGGAATTC  1137


seq1: chr12_59867976_59868721
seq2: B6Ng01-264H07.g_63_805

seq1  GAATTCTTCTAAGACAAGCTGTGCCATTTTAAGGTGTTGCTTTAAGGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTAAGACAAGCTGTGCCATTTTAAGGTGTTGCTTTAAGGCAA  50

seq1  CTAGAGAATTCAGAGTAGCACCTAGCCCAATAATAACTGCCAGAGTTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGAATTCAGAGTAGCACCTAGCCCAATAATAACTGCCAGAGTTGTC  100

seq1  AGATGTCTTTCTCTGGGGAACGTCCCACCTACTAGAGGCCTTACTAGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTCTTTCTCTGGGGAACGTCCCACCTACTAGAGGCCTTACTAGAGA  150

seq1  TTTCTGCAGAGTCTTAGAACAGGCTCAGAATTGCACGCTCTGTCATGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCAGAGTCTTAGAACAGGCTCAGAATTGCACGCTCTGTCATGTTT  200

seq1  TTATCCGATTGTTAGATCAACTACGATCTTCAGGCTCATTCTCTGACTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCGATTGTTAGATCAACTACGATCTTCAGGCTCATTCTCTGACTTG  250

seq1  AGGTAAACCTCCTAGCTGGTCCTACTAGAAAACATGGCGAAAGAGCTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAACCTCCTAGCTGGTCCTACTAGAAAACATGGCGAAAGAGCTCTG  300

seq1  AAAAGAAAATAAGCTCCTGGTGGTTGAGGCAATTTTTTCTTTAATCTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAATAAGCTCCTGGTGGTTGAGGCAATTTTTTCTTTAATCTAAT  350

seq1  TTGATTCAGGTTTTCTCTTGAACCCTGACTAGATGGTTGTTGAAGGAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTCAGGTTTTCTCTTGAACCCTGACTAGATGGTTGTTGAAGGAGCT  400

seq1  CTAGCAGGCCTGGGCAAGGTTTCCTCTGGATCCCAGTCAGAATCTTAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCAGGCCTGGGCAAGGTTTCCTCTGGATCCCAGTCAGAATCTTAACA  450

seq1  ATACTTATACATATAATTTAGATATTTTCTGATTTAAATGGACTTATTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTATACATATAATTTAGATATTTTCTGATTTAAATGGACTTATTGG  500

seq1  AAAATGTTATTTTTACTATTTTCTACAGAGAAAATATTTTCCAGTTTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTTATTTTTACTATTTTCTACAGAGAAAATATTTTCCAGTTTCTC  550

seq1  AAATAACTCAGGACTTTTGAAATACACCCGTTTTTATGTTCAAGTGTCGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACTCAGGACTTTTGAAATACACCCGTTTTTATGTTCAAGTGTCGA  600

seq1  TGTAGCTGTTTCTCTGAAAATGCATATAAAATGCTTGTACATTAAAATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCTGTTTCTCTGAAAATGCATATAAAATGCTTGTACATTAAAATGA  650

seq1  GTTACTGTATGAAGTATTACATTATGTCATAATTAACATATTAATGCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTGTATGAAGTATTACATTATGTCATAATTAACATATTAATGCTTT  700

seq1  ATTCAAGGAAAAAGGAAGGAAGGAAAGGAGGGAGGGAGGGAGGGAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  ATTCAAGGAAAAAGGAAGGAAGGAAAGGAGGGAG---GGGAGGGAG  743


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |