BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-265E01
Chromosome12 (Build37)
Map Location 77,068,383 - 77,220,521
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSyne2
Upstream geneKcnh5, Rhoj, Gphb5, Ppp2r5e, Wdr89, LOC665931, Sgpp1
Downstream geneEsr2, LOC665957, Tex21, Mthfd1, Akap5, Zbtb25, Zbtb1, Hspa2, Gm70, LOC100041694, Plekhg3, Spnb1, Churc1, Gpx2, Rab15, Fntb, Max, LOC100041765
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-265E01.bB6Ng01-265E01.g
ACCGA068950GA068951
length1,0471,110
definitionB6Ng01-265E01.b B6Ng01-265E01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,219,470 - 77,220,521)(77,068,383 - 77,069,494)
sequence
gaattcttaatcctcctgcatcagcctgatggaatttatacatgtgccac
cacacccaaccaactagctatttaacaccaattctcctgcctgcttctaa
gggctgcacatttcacgtgtctgggtcttcgggaggagaatgtaatattc
taggtcgatccttcttgccttgtatctcacctgggtctggtagggacaca
ggttaatcctgcctgatatttctcagtacaggactatttttgagtgggct
ctgggacaagtgggtggttgaaatataatctgtgctctaaagactattgg
ttgtttttgagtaacctagtttttcctttcatctgaagtgctgatatctc
tgcttatgtgttccctacaggctgtctaagtaagggtgacatggttttga
atgtattgggggaattttcaatgcccattttaaagatgggccatttctct
ttaatgtgtggtagcttccttctgagttgtgctcatagctaagcatgagt
cttaaatgttcaagtttcttttaaaggatgaatagaacctggcaccagtg
agcctcggttagagtactgaacaatctccaactcctaagactccgccatg
aaagcgcaacagagcagcagaaccctgagctctgccttaaactgatatag
ccggcttcttccattttaatctgcaagggaccacctgagaaacttaccct
tggatgagtgggtgttgcctaatcacaagtttgaatagaaccagtcacca
cgcatacccttagtacacagcttcctaggtatgaactagcctgaaagagg
actgtgtggacaatcctagctagcctctgctttttctgcttgtcaccagg
agagggattaactccaaaaataatcccaaagagttttttcccccttgaga
aattcagtgagaccacagacaaataacacacttaacatttaaaaacaaaa
cagtgggccgggagtggtggcgtacatctttaatcctagcacttggggag
gcagaggcaggcggattctgagttgaagcagcctggtctacgagtga
gaattctaggcttcaagaggctctccagaacatgctgctagaattgcaac
caagagaaatgggcgaaaaggaattccgagagaagctagaaaacgcccta
catgttttaaagcaaatacagtctcggttacagcagcctttatgtgtaaa
tttgggggttcaacatattcaacacgagaaggagacctgggaagcatttg
gcgagcaagtcgaggcagaaatgtgtggtcttagagccgtgaggattacc
gaagagcaaagagaagaaaacgattctggaaccggtggcatggaggcaaa
attacgggacattgaaggtcttcacatggagcttagcaaaagcattagtc
tacgtgcagtaagttgtctctgaaattaggtgtttaaggacagccttgat
ccttactggttgttgtcttgctccaggttacgtcagtacttctaatgatg
gtacaggttctacaggagagttccctccaggaagacatctgccttctaaa
aggccgagagcctctttatcatgttgactctcttagcatcaagctgcagt
gccttataaatttgagaagagatgaagctgacatctttgtttccttcata
agccccattgaaatcagaacaagattgccccccccctttagtgatagtaa
aatgatatagagtagaagtttggtacagagggaaggacagcaaatataac
tcctgtttatatagaacgtacattgtgctaggcgttgggggtagaggatg
ttttagttagccttgttaaatgggaaattgaaggctaggggtatagctca
ttaacagagtgctctgttagcatgtgcacagttcctgggttcagttccca
gcactgaaaaaaaaaagtttaaataagagagttgaatctcagaaacatga
agatcctcctgtgatgctcttagagcagcaactaaaatcagattcaaact
gacatctgtctgagtctacagcaggcatccttacatgtaagacccattgc
taaatcctgaccatagcgcttgatttataaacaaaagttttatggggcca
cagccatatctatttatttatgtacatccgtgctgcccttctgctacaac
agcatgctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_77219470_77220521
seq2: B6Ng01-265E01.b_45_1091 (reverse)

seq1  TCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGC  50
      |||||| |||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCACTC-GTAGACCAGGCT-GCTTCAACTCAG-AATCCGCCTGCCTCTGC  47

seq1  CT-CCCAGGTGCTGGGATTAAAGGTGTACGCCACCACCTCCCGG-CCACT  98
      || |||| ||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||
seq2  CTCCCCAAGTGCTAGGATTAAAGATGTACGCCACCA-CTCCCGGCCCACT  96

seq1  GTTTTGTTTTTTAAATGTTAAGTGTGTTATTTGTCTTGTGGTCTCACCTG  148
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  GTTTTG-TTTTTAAATGTTAAGTGTGTTATTTGTC-TGTGGTCTCA-CTG  143

seq1  AATTTCTCAAGGGGGAAAAAACTCTTTGGGATTATTTTTGGAGTTAATCC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCTCAAGGGGGAAAAAACTCTTTGGGATTATTTTTGGAGTTAATCC  193

seq1  CTCTCCTGGTGACAAGCAGAAAAAGCAGAGGCTAGCTAGGATTGTCCACA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTGGTGACAAGCAGAAAAAGCAGAGGCTAGCTAGGATTGTCCACA  243

seq1  CAGTCCTCTTTCAGGCTAGTTCATACCTAGGAAGCTGTGTACTAAGGGTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTCTTTCAGGCTAGTTCATACCTAGGAAGCTGTGTACTAAGGGTA  293

seq1  TGCGTGGTGACTGGTTCTATTCAAACTTGTGATTAGGCAACACCCACTCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTGGTGACTGGTTCTATTCAAACTTGTGATTAGGCAACACCCACTCA  343

seq1  TCCAAGGGTAAGTTTCTCAGGTGGTCCCTTGCAGATTAAAATGGAAGAAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGGTAAGTTTCTCAGGTGGTCCCTTGCAGATTAAAATGGAAGAAG  393

seq1  CCGGCTATATCAGTTTAAGGCAGAGCTCAGGGTTCTGCTGCTCTGTTGCG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGCTATATCAGTTTAAGGCAGAGCTCAGGGTTCTGCTGCTCTGTTGCG  443

seq1  CTTTCATGGCGGAGTCTTAGGAGTTGGAGATTGTTCAGTACTCTAACCGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATGGCGGAGTCTTAGGAGTTGGAGATTGTTCAGTACTCTAACCGA  493

seq1  GGCTCACTGGTGCCAGGTTCTATTCATCCTTTAAAAGAAACTTGAACATT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACTGGTGCCAGGTTCTATTCATCCTTTAAAAGAAACTTGAACATT  543

seq1  TAAGACTCATGCTTAGCTATGAGCACAACTCAGAAGGAAGCTACCACACA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACTCATGCTTAGCTATGAGCACAACTCAGAAGGAAGCTACCACACA  593

seq1  TTAAAGAGAAATGGCCCATCTTTAAAATGGGCATTGAAAATTCCCCCAAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAGAAATGGCCCATCTTTAAAATGGGCATTGAAAATTCCCCCAAT  643

seq1  ACATTCAAAACCATGTCACCCTTACTTAGACAGCCTGTAGGGAACACATA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCAAAACCATGTCACCCTTACTTAGACAGCCTGTAGGGAACACATA  693

seq1  AGCAGAGATATCAGCACTTCAGATGAAAGGAAAAACTAGGTTACTCAAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGATATCAGCACTTCAGATGAAAGGAAAAACTAGGTTACTCAAAA  743

seq1  ACAACCAATAGTCTTTAGAGCACAGATTATATTTCAACCACCCACTTGTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCAATAGTCTTTAGAGCACAGATTATATTTCAACCACCCACTTGTC  793

seq1  CCAGAGCCCACTCAAAAATAGTCCTGTACTGAGAAATATCAGGCAGGATT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCCCACTCAAAAATAGTCCTGTACTGAGAAATATCAGGCAGGATT  843

seq1  AACCTGTGTCCCTACCAGACCCAGGTGAGATACAAGGCAAGAAGGATCGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGTGTCCCTACCAGACCCAGGTGAGATACAAGGCAAGAAGGATCGA  893

seq1  CCTAGAATATTACATTCTCCTCCCGAAGACCCAGACACGTGAAATGTGCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAATATTACATTCTCCTCCCGAAGACCCAGACACGTGAAATGTGCA  943

seq1  GCCCTTAGAAGCAGGCAGGAGAATTGGTGTTAAATAGCTAGTTGGTTGGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTAGAAGCAGGCAGGAGAATTGGTGTTAAATAGCTAGTTGGTTGGG  993

seq1  TGTGGTGGCACATGTATAAATTCCATCAGGCTGATGCAGGAGGATTAAGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGGCACATGTATAAATTCCATCAGGCTGATGCAGGAGGATTAAGA  1043

seq1  ATTC  1052
      ||||
seq2  ATTC  1047

seq1: chr12_77068383_77069494
seq2: B6Ng01-265E01.g_63_1172

seq1  GAATTCTAGGCTTCAAGAGGCTCTCCAGAACATGCTGCTAGAATTGCAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGCTTCAAGAGGCTCTCCAGAACATGCTGCTAGAATTGCAAC  50

seq1  CAAGAGAAATGGGCGAAAAGGAATTCCGAGAGAAGCTAGAAAACGCCCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGAAATGGGCGAAAAGGAATTCCGAGAGAAGCTAGAAAACGCCCTA  100

seq1  CATGTTTTAAAGCAAATACAGTCTCGGTTACAGCAGCCTTTATGTGTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTTAAAGCAAATACAGTCTCGGTTACAGCAGCCTTTATGTGTAAA  150

seq1  TTTGGGGGTTCAACATATTCAACACGAGAAGGAGACCTGGGAAGCATTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGGGTTCAACATATTCAACACGAGAAGGAGACCTGGGAAGCATTTG  200

seq1  GCGAGCAAGTCGAGGCAGAAATGTGTGGTCTTAGAGCCGTGAGGATTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGCAAGTCGAGGCAGAAATGTGTGGTCTTAGAGCCGTGAGGATTACC  250

seq1  GAAGAGCAAAGAGAAGAAAACGATTCTGGAACCGGTGGCATGGAGGCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGCAAAGAGAAGAAAACGATTCTGGAACCGGTGGCATGGAGGCAAA  300

seq1  ATTACGGGACATTGAAGGTCTTCACATGGAGCTTAGCAAAAGCATTAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACGGGACATTGAAGGTCTTCACATGGAGCTTAGCAAAAGCATTAGTC  350

seq1  TACGTGCAGTAAGTTGTCTCTGAAATTAGGTGTTTAAGGACAGCCTTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTGCAGTAAGTTGTCTCTGAAATTAGGTGTTTAAGGACAGCCTTGAT  400

seq1  CCTTACTGGTTGTTGTCTTGCTCCAGGTTACGTCAGTACTTCTAATGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACTGGTTGTTGTCTTGCTCCAGGTTACGTCAGTACTTCTAATGATG  450

seq1  GTACAGGTTCTACAGGAGAGTTCCCTCCAGGAAGACATCTGCCTTCTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGGTTCTACAGGAGAGTTCCCTCCAGGAAGACATCTGCCTTCTAAA  500

seq1  AGGCCGAGAGCCTCTTTATCATGTTGACTCTCTTAGCATCAAGCTGCAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCGAGAGCCTCTTTATCATGTTGACTCTCTTAGCATCAAGCTGCAGT  550

seq1  GCCTTATAAATTTGAGAAGAGATGAAGCTGACATCTTTGTTTCCTTCATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTATAAATTTGAGAAGAGATGAAGCTGACATCTTTGTTTCCTTCATA  600

seq1  AGCCCCATTGAAATCAGAACAAGATTGCCCCCCCCCTTTAGTGATAGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCATTGAAATCAGAACAAGATTGCCCCCCCCCTTTAGTGATAGTAA  650

seq1  AATGATATAGAGTAGAAGTTTGGTACAGAGGGAAGGACAGCAAATATAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATATAGAGTAGAAGTTTGGTACAGAGGGAAGGACAGCAAATATAAC  700

seq1  TCCTGTTTATATAGAACGTACATTGTGCTAGGCGTTGGGGGTAGAGGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTTATATAGAACGTACATTGTGCTAGGCGTTGGGGGTAGAGGATG  750

seq1  TTTTAGTTAGCCTTGTTAAATGGGAAATTGAAGGCTAGGGGTATAGCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGTTAGCCTTGTTAAATGGGAAATTGAAGGCTAGGGGTATAGCTCA  800

seq1  TTAACAGAGTGCTCTGTTAGCATGTGCACAGTTCCTGGGTTCAGTTCCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAGAGTGCTCTGTTAGCATGTGCACAGTTCCTGGGTTCAGTTCCCA  850

seq1  GCACTGAAAAAAAAAAGTTAAAATAAGAGAGTTGAATCTCAGAAACATGA  900
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGAAAAAAAAAAGTTTAAATAAGAGAGTTGAATCTCAGAAACATGA  900

seq1  AGATCCTCCTGTGATGCTCTTAGAGCAGCAAC-AAAATCAGGATTCAAAC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  AGATCCTCCTGTGATGCTCTTAGAGCAGCAACTAAAATCA-GATTCAAAC  949

seq1  TGACATCTGTCTGAGTCTACAGCAGGCATCCTTACATGTAAGACCCATTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGACATCTGTCTGAGTCTACAGCAGGCATCCTTACATGTAAGACCCATT-  998

seq1  GCTAAATCCTGACCATAGCGCTTGATTTATAAAC-AAAGTTTTATTGGGG  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| 
seq2  GCTAAATCCTGACCATAGCGCTTGATTTATAAACAAAAGTTTTATGGGGC  1048

seq1  CACAGCCATATCTA-TTATTTATGTAACATCTGTGGCTGCCTTCTTGCTA  1097
      |||||||||||||| |||||||||| ||||| || |||||| |  |||||
seq2  CACAGCCATATCTATTTATTTATGT-ACATCCGT-GCTGCCCTTCTGCTA  1096

seq1  CAACAGCAGGGCTGA  1112
      ||||||||  |||||
seq2  CAACAGCA-TGCTGA  1110