BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268G14
Chromosome12 (Build37)
Map Location 5,977,060 - 6,081,137
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC672098
Upstream geneAtad2b, LOC668332, Klhl29, 2810032G03Rik, LOC435292, LOC100042095
Downstream geneLOC100043137, LOC238049, LOC100042118
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268G14.bB6Ng01-268G14.g
ACCGA071273GA071274
length7851,129
definitionB6Ng01-268G14.b B6Ng01-268G14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,080,353 - 6,081,137)(5,977,060 - 5,978,188)
sequence
gaattctcacactcttgttgacatgtgtcttagttagggtttctactcct
gcacaaacatcatgaccaagaagcaagttggggaggaaagggtttattca
tcttacacttccatactgctgttcatcaccaaggtagtcaggactggaac
tcaagcaggtcaggaagcaggagctgatgcagaggccatggaggagtgtt
acttacttactggcttgcttcccctggcttgctcagcttgctgtcttatg
gaaaccaagtctaccaggccagagatggcaccacccacaaggggcctttc
cccttgatcactaattgaaacaataccccacagctgaatctcatggaggc
acttccccaactgatgctcctttctatgtaataaccccagcctgtgtcaa
gttgacacacaaaaccagccagtacaacatggtaaaaaatacccccttcc
cctgtgaaatatctaccatcatcataccataagacctttcctctgctcta
gcatccatttctaatccttctgttactaagtttgctgtgtttcaggaaaa
tttttaagcaaaatatgagtatcagtggggttgaacacagaacaaaacta
aacattagtttgtaaggaatgcattctttttatgttctgaccactaacta
cttctcttggattttttccttctccaaaatataatgagagattgaaaaca
ggaaaaagtatctcatggtaacaaatatccactcccatatgtttatagtc
tctctctctctctctctctctctctctctctctct

gaattctaaagtcttatagctatgtatgcttttgttgtgctgaataaaca
ttggtgacagtgtcatggtgatttagcttttattggctttgacaaggtat
cattagggagccttcatacaaccaacaatgaaaagctaggggaaccaagg
tcatgtacaatttgttggcgctcatctgtaattattttcatcccctttgt
aagtatttcaacaagccaattgaatacagagctcagaacatacttttgag
acaaggttttactatgcagtctaagttggtcttgaactcatgactttttg
agtttatccactactacatcctgcataactcatatgaacaacaacggatc
agtggtattagctactatttattgagtatgattgtgttatagtaagtaaa
tgatcccctgacattgtatatgggagcttccccatttaggcctgggtggc
atgtctataatatattcagtcttgttatgctatcttttgaatgagctaga
cggaatctgtgagagatgttggctttatctgtggtcaagaaaaccactgt
ttggaaagtagatcctagatacataatcggaactggaggatttgtagaca
gactttatcatagctttgcttctctgatttaggctctgaaactgaacaga
taaagagttgtctttggtgttctacctatccataggatggggctagggtt
tggaagccatgaatgtccaactctatcttattaggggatcatcaaagaag
acatgactcccatggagttttgtttagccagtctctctactgtctttctc
ttaagtgttggattttttggcaaatatacaccactagcttgttaagttgt
ccttaaattagacagtaagatgttaaagggaattttttttttttgtacag
aaactatacctcaatgaagcaaatgtagactcaccagtacttaggaggaa
agaatcccaagaaatggtgtctccagcttccaggcatgaaagctctcttc
catgagattctttgaaaatttccttgggaccctattacttagaagtcatt
ttctttactttgttaatgataacaaaggtagaaaatagttctagatcata
atgaaggaaagctagattagaagagcaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_6080353_6081137
seq2: B6Ng01-268G14.b_50_834 (reverse)

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACTATAAACATATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACTATAAACATATG  50

seq1  GGAGTGGATATTTGTTACCATGAGATACTTTTTCCTGTTTTCAATCTCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGGATATTTGTTACCATGAGATACTTTTTCCTGTTTTCAATCTCTC  100

seq1  ATTATATTTTGGAGAAGGAAAAAATCCAAGAGAAGTAGTTAGTGGTCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATTTTGGAGAAGGAAAAAATCCAAGAGAAGTAGTTAGTGGTCAGA  150

seq1  ACATAAAAAGAATGCATTCCTTACAAACTAATGTTTAGTTTTGTTCTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAAAAGAATGCATTCCTTACAAACTAATGTTTAGTTTTGTTCTGTG  200

seq1  TTCAACCCCACTGATACTCATATTTTGCTTAAAAATTTTCCTGAAACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACCCCACTGATACTCATATTTTGCTTAAAAATTTTCCTGAAACACA  250

seq1  GCAAACTTAGTAACAGAAGGATTAGAAATGGATGCTAGAGCAGAGGAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACTTAGTAACAGAAGGATTAGAAATGGATGCTAGAGCAGAGGAAAG  300

seq1  GTCTTATGGTATGATGATGGTAGATATTTCACAGGGGAAGGGGGTATTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTATGGTATGATGATGGTAGATATTTCACAGGGGAAGGGGGTATTTT  350

seq1  TTACCATGTTGTACTGGCTGGTTTTGTGTGTCAACTTGACACAGGCTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCATGTTGTACTGGCTGGTTTTGTGTGTCAACTTGACACAGGCTGGG  400

seq1  GTTATTACATAGAAAGGAGCATCAGTTGGGGAAGTGCCTCCATGAGATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTACATAGAAAGGAGCATCAGTTGGGGAAGTGCCTCCATGAGATTC  450

seq1  AGCTGTGGGGTATTGTTTCAATTAGTGATCAAGGGGAAAGGCCCCTTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGGGGTATTGTTTCAATTAGTGATCAAGGGGAAAGGCCCCTTGTG  500

seq1  GGTGGTGCCATCTCTGGCCTGGTAGACTTGGTTTCCATAAGACAGCAAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGCCATCTCTGGCCTGGTAGACTTGGTTTCCATAAGACAGCAAGC  550

seq1  TGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAGTAAGTAACACTCCTCCATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAGTAAGTAACACTCCTCCATGG  600

seq1  CCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGACT  650

seq1  ACCTTGGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTGTAAGATGAATAAACCCTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTGTAAGATGAATAAACCCTTTC  700

seq1  CTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAGTAGAAACCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAGTAGAAACCCT  750

seq1  AACTAAGACACATGTCAACAAGAGTGTGAGAATTC  785
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAGACACATGTCAACAAGAGTGTGAGAATTC  785


seq1: chr12_5977060_5978188
seq2: B6Ng01-268G14.g_66_1194

seq1  GAATTCTAAAGTCTTATAGCTATGTATGCTTTTGTTGTGCTGAATAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAAGTCTTATAGCTATGTATGCTTTTGTTGTGCTGAATAAACA  50

seq1  TTGGTGACAGTGTCATGGTGATTTAGCTTTTATTGGCTTTGACAAGGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGACAGTGTCATGGTGATTTAGCTTTTATTGGCTTTGACAAGGTAT  100

seq1  CATTAGGGAGCCTTCATACAACCAACAATGAAAAGCTAGGGGAACCAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGGGAGCCTTCATACAACCAACAATGAAAAGCTAGGGGAACCAAGG  150

seq1  TCATGTACAATTTGTTGGCGCTCATCTGTAATTATTTTCATCCCCTTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTACAATTTGTTGGCGCTCATCTGTAATTATTTTCATCCCCTTTGT  200

seq1  AAGTATTTCAACAAGCCAATTGAATACAGAGCTCAGAACATACTTTTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATTTCAACAAGCCAATTGAATACAGAGCTCAGAACATACTTTTGAG  250

seq1  ACAAGGTTTTACTATGCAGTCTAAGTTGGTCTTGAACTCATGACTTTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGTTTTACTATGCAGTCTAAGTTGGTCTTGAACTCATGACTTTTTG  300

seq1  AGTTTATCCACTACTACATCCTGCATAACTCATATGAACAACAACGGATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATCCACTACTACATCCTGCATAACTCATATGAACAACAACGGATC  350

seq1  AGTGGTATTAGCTACTATTTATTGAGTATGATTGTGTTATAGTAAGTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTATTAGCTACTATTTATTGAGTATGATTGTGTTATAGTAAGTAAA  400

seq1  TGATCCCCTGACATTGTATATGGGAGCTTCCCCATTTAGGCCTGGGTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCCCTGACATTGTATATGGGAGCTTCCCCATTTAGGCCTGGGTGGC  450

seq1  ATGTCTATAATATATTCAGTCTTGTTATGCTATCTTTTGAATGAGCTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTATAATATATTCAGTCTTGTTATGCTATCTTTTGAATGAGCTAGA  500

seq1  CGGAATCTGTGAGAGATGTTGGCTTTATCTGTGGTCAAGAAAACCACTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAATCTGTGAGAGATGTTGGCTTTATCTGTGGTCAAGAAAACCACTGT  550

seq1  TTGGAAAGTAGATCCTAGATACATAATCGGAACTGGAGGATTTGTAGACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAAGTAGATCCTAGATACATAATCGGAACTGGAGGATTTGTAGACA  600

seq1  GACTTTATCATAGCTTTGCTTCTCTGATTTAGGCTCTGAAACTGAACAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTATCATAGCTTTGCTTCTCTGATTTAGGCTCTGAAACTGAACAGA  650

seq1  TAAAGAGTTGTCTTTGGTGTTCTACCTATCCATAGGATGGGGCTAGGGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAGTTGTCTTTGGTGTTCTACCTATCCATAGGATGGGGCTAGGGTT  700

seq1  TGGAAGCCATGAATGTCCAACTCTATCTTATTAGGGGATCATCAAAGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGCCATGAATGTCCAACTCTATCTTATTAGGGGATCATCAAAGAAG  750

seq1  ACATGACTCCCATGGAGTTTTGTTTAGCCAGTCTCTCTACTGTCTTTCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGACTCCCATGGAGTTTTGTTTAGCCAGTCTCTCTACTGTCTTTCTC  800

seq1  TTAAGTGTTGGATTTTTTGGCAAATATACACCACTAGCTTGTTAAGTTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTGTTGGATTTTTTGGCAAATATACACCACTAGCTTGTTAAGTTGT  850

seq1  CCTTAAATTAGACAGTAAGATGTT-AAGGGAA-TTTTTTTTTTTGTACAG  898
      |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  CCTTAAATTAGACAGTAAGATGTTAAAGGGAATTTTTTTTTTTTGTACAG  900

seq1  AAACTATACCTCAATGAAGCAAATGTAGACTCACCAGTACTTAGGAGGAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTATACCTCAATGAAGCAAATGTAGACTCACCAGTACTTAGGAGGAA  950

seq1  AGAATCCCAAGAAATGGTGTCTCCAGCTTCCAGGCATGAAAGCTCCTCTT  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGAATCCCAAGAAATGGTGTCTCCAGCTTCCAGGCATGAAAGCT-CTCTT  999

seq1  CCATGAGATTCTTTGGAAAATTTCCTTGGGACCCTATTACTTTAGAAGTC  1048
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CCATGAGATTCTTT-GAAAATTTCCTTGGGACCCTATTAC-TTAGAAGTC  1047

seq1  ATTTTCTTTACTTTGTTAATGAT-ACAAA-GTAG-AAATAGTCCTAGATC  1095
      ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||
seq2  ATTTTCTTTACTTTGTTAATGATAACAAAGGTAGAAAATAGTTCTAGATC  1097

seq1  ATAAATGAGGAAACCTAGATTTAAAGAGAGCAAG  1129
      ||||   |||||| |||||||  |  ||||||||
seq2  ATAATGAAGGAAAGCTAGATT--AGAAGAGCAAG  1129


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |