BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268H11
Chromosome12 (Build37)
Map Location 98,977,379 - 99,055,551
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG628277, LOC382626, LOC100039743, LOC667732
Downstream geneLOC628351, LOC100039770, LOC667746, Galc, Gpr65, Kcnk10, Spata7, Ptpn21, Zc3h14, Eml5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268H11.bB6Ng01-268H11.g
ACCGA071313GA071314
length1,1841,082
definitionB6Ng01-268H11.b B6Ng01-268H11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,054,362 - 99,055,551)(98,977,379 - 98,978,470)
sequence
gaattcacagagtcaatgaaagccaattctataactatctcatattcaca
attttgtagtttagcgttctattgaatttgactttagaagatgtgattat
taatgctaattgtccacacggcagaatctagagtcactgggaagaaagaa
aggtctctgagcatgctcgttgggagttattttaattgtgttaagtcatg
ttaactgtgagtgaagcaaaactccagacagggccttctgggtggtgtaa
aacaggaaaagtgagtaagacactaacatgtaggtgttttgggatattca
ctaagaaacctgcttggatatgggtttaagccaatagaaattctttgtta
gctgactggggactacactgagtgttcatgatcccattgtagccccgagc
tttcctctgcctgagcttttaaacccaaaaaccatgttctgggttgacaa
acttcagttaacaagaacagttagccagaattggaactacagaagccaaa
gagcaaagtcaaacattcagagatgttcccagaactgtgggctttgacag
attaggcctttgttttagttttggctggtggtactcctctctacatgccg
agtttacagcctgaatggtgcttccatcatgaagtcagctgtgttaaggt
ctgggggcctactcagacgtgggtcccggttacagtgtgtattactccct
ttctattccttaactgtggacttgatgtgggcattcgcttcaagctcctg
ttgcctgatttccctaccatgactgatgtgtatctggaatcatgagacag
gataaggcttttctttcttagtttgcttctgtcaaaatattttatgtctg
atgcagcaaaagaagacatgtgtataagcaaaataaaggcaagcgatagc
agtaatgacccctgcaaaaggatgcacaaaaccttagtttcttagttgct
actgtgtctttaagaaatcacaatgtctgttgctgtagagctatgctgca
ggaaccacccagaagcactgttgttctacatttgtgcacagtagcattta
aggagactgagaggttattatttcgctgctcattggggagttaattctag
cttgctaggtagggcgcaataaactttgggagtatatggagtccttattt
tctgattggactctcctttggccatggccttttc

gaattcttgaacgaaatttctgatgtctgtggaaaaaggaaaggcatgat
aattctgatgaatcagtgagttgtttgattaatctaacagcatctgactt
gaaaatactaatgatcttcagcccgtgcagcaggtagaaaagacatgagt
ttggagggtggaaagagtgtgtctctctgtattttgatttctcgccttta
agatgaagataatctttctacatgaggtcattgtagaagccaacctagaa
cataattaacagctgcttcccatgttgaaggcatgcagcaattatcattt
tcatagcctgtcagttccagctcgcagattcacttcatttagttgccaag
ataacatgattgctgcttcagggatacaacatatattccagttatgaggc
ataatttctgggcagtgaatatataggccccaagaaataacttgaattgc
ataagcagtttcctaatgagcatttcttcctcatcaaaattatagttaaa
gccagaatggagttctaaacaattaatagtataaggtttgattaatttta
acagttgggttaagcaatgtcacaatgattatctgccctactgctatctc
aatattattttcaaaactaaaagcattgttcatatataaatatgggctaa
ccaatatagctaatgtttttatttttatctttaattaagacaatggatgt
actgtaaagcattatagggaaagtgatatatctaaatatatctaatcaaa
aaatgccaaaattaattttgataggaaatataaaattgattgtcatatcg
aacaataacacaataaccttttatttatttatgtccatgtcctttatgaa
aaagacatctactggttaacatgtaacttcttacagctggactttaaaaa
gtaaaaggcaaaatcaaacaaaaatgtgttctaggagagttaggcaagaa
gacatccctaggcagggctgcttcttacctgctgccaaaggaagagtctg
ttttcctctaaagtgcagctcctatagtcaacatgctcagtgggacattt
ggcagcacaaattgctgcagttgggggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_99054362_99055551
seq2: B6Ng01-268H11.b_46_1229 (reverse)

seq1  GAAAAGGCCAT-GCCAAA-GAGAAATCAATCAGAAAATAGAGATTCCATT  48
      ||||||||||| |||||| ||||   |||||||||||||  || |||| |
seq2  GAAAAGGCCATGGCCAAAGGAGAGTCCAATCAGAAAATAAGGACTCCA-T  49

seq1  ATTAACT-CCAAGTTTTATTTCCGGCCTTACTTAGCAAGCTAGAATTAAA  97
      ||  ||| ||||  |||||| |  ||| ||| ||||||||||||||||| 
seq2  AT--ACTCCCAAAGTTTATTGC--GCCCTACCTAGCAAGCTAGAATTAAC  95

seq1  CTCCCATTGAGCAGCGAAATTAATTAAACCTTCTTCAGTCTCCTTAAATG  147
        |||| |||||||||||| ||||  |||||   ||||||||||||||||
seq2  TCCCCAATGAGCAGCGAAA-TAAT--AACCT--CTCAGTCTCCTTAAATG  140

seq1  CTACTGTGGCACAAATGTAG-ACAACAGTGCTTCTGGGTGGTTCCTGCAG  196
      ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGT-GCACAAATGTAGAACAACAGTGCTTCTGGGTGGTTCCTGCAG  189

seq1  CATAGCTCTACAGCAACAGACATTGTGATTTCTTAAAGACACAGTAGCAA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCTCTACAGCAACAGACATTGTGATTTCTTAAAGACACAGTAGCAA  239

seq1  CTAAGAAACTAAGGTTTTGTGCATCCTTTTGCAGGGGTCATTACTGCTAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAAACTAAGGTTTTGTGCATCCTTTTGCAGGGGTCATTACTGCTAT  289

seq1  CGCTTGCC-TTATTTTGCTTATACACATGTCTTCTTTTGCTGCATCAGAC  345
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTGCCTTTATTTTGCTTATACACATGTCTTCTTTTGCTGCATCAGAC  339

seq1  ATAAAATATTTTGACAGAAGCAAACTAAGAAAGAAAAGCCTTATCCTGTC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATATTTTGACAGAAGCAAACTAAGAAAGAAAAGCCTTATCCTGTC  389

seq1  TCATGATTCCAGATACACATCAGTCATGGTAGGGAAATCAGGCAACAGGA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGATTCCAGATACACATCAGTCATGGTAGGGAAATCAGGCAACAGGA  439

seq1  GCTTGAAGCGAATGCCCACATCAAGTCCACAGTTAAGGAATAGAAAGGGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAAGCGAATGCCCACATCAAGTCCACAGTTAAGGAATAGAAAGGGA  489

seq1  GTAATACACACTGTAACCGGGACCCACGTCTGAGTAGGCCCCCAGACCTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATACACACTGTAACCGGGACCCACGTCTGAGTAGGCCCCCAGACCTT  539

seq1  AACACAGCTGACTTCATGATGGAAGCACCATTCAGGCTGTAAACTCGGCA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGCTGACTTCATGATGGAAGCACCATTCAGGCTGTAAACTCGGCA  589

seq1  TGTAGAGAGGAGTACCACCAGCCAAAACTAAAACAAAGGCCTAATCTGTC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAGAGGAGTACCACCAGCCAAAACTAAAACAAAGGCCTAATCTGTC  639

seq1  AAAGCCCACAGTTCTGGGAACATCTCTGAATGTTTGACTTTGCTCTTTGG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCCACAGTTCTGGGAACATCTCTGAATGTTTGACTTTGCTCTTTGG  689

seq1  CTTCTGTAGTTCCAATTCTGGCTAACTGTTCTTGTTAACTGAAGTTTGTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTAGTTCCAATTCTGGCTAACTGTTCTTGTTAACTGAAGTTTGTC  739

seq1  AACCCAGAACATGGTTTTTGGGTTTAAAAGCTCAGGCAGAGGAAAGCTCG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAGAACATGGTTTTTGGGTTTAAAAGCTCAGGCAGAGGAAAGCTCG  789

seq1  GGGCTACAATGGGATCATGAACACTCAGTGTAGTCCCCAGTCAGCTAACA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTACAATGGGATCATGAACACTCAGTGTAGTCCCCAGTCAGCTAACA  839

seq1  AAGAATTTCTATTGGCTTAAACCCATATCCAAGCAGGTTTCTTAGTGAAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTTCTATTGGCTTAAACCCATATCCAAGCAGGTTTCTTAGTGAAT  889

seq1  ATCCCAAAACACCTACATGTTAGTGTCTTACTCACTTTTCCTGTTTTACA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAAAACACCTACATGTTAGTGTCTTACTCACTTTTCCTGTTTTACA  939

seq1  CCACCCAGAAGGCCCTGTCTGGAGTTTTGCTTCACTCACAGTTAACATGA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCAGAAGGCCCTGTCTGGAGTTTTGCTTCACTCACAGTTAACATGA  989

seq1  CTTAACACAATTAAAATAACTCCCAACGAGCATGCTCAGAGACCTTTCTT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACACAATTAAAATAACTCCCAACGAGCATGCTCAGAGACCTTTCTT  1039

seq1  TCTTCCCAGTGACTCTAGATTCTGCCGTGTGGACAATTAGCATTAATAAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCAGTGACTCTAGATTCTGCCGTGTGGACAATTAGCATTAATAAT  1089

seq1  CACATCTTCTAAAGTCAAATTCAATAGAACGCTAAACTACAAAATTGTGA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCTTCTAAAGTCAAATTCAATAGAACGCTAAACTACAAAATTGTGA  1139

seq1  ATATGAGATAGTTATAGAATTGGCTTTCATTGACTCTGTGAATTC  1190
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAGATAGTTATAGAATTGGCTTTCATTGACTCTGTGAATTC  1184


seq1: chr12_98977379_98978470
seq2: B6Ng01-268H11.g_63_1144

seq1  GAATTCTTGAACGAAATTTCTGATGTCTGTGGAAAAAGGAAAGGCATGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAACGAAATTTCTGATGTCTGTGGAAAAAGGAAAGGCATGAT  50

seq1  AATTCTGATGAATCAGTGAGTTGTTTGATTAATCTAACAGCATCTGACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTGATGAATCAGTGAGTTGTTTGATTAATCTAACAGCATCTGACTT  100

seq1  GAAAATACTAATGATCTTCAGCCCGTGCAGCAGGTAGAAAAGACATGAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATACTAATGATCTTCAGCCCGTGCAGCAGGTAGAAAAGACATGAGT  150

seq1  TTGGAGGGTGGAAAGAGTGTGTCTCTCTGTATTTTGATTTCTCGCCTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGGTGGAAAGAGTGTGTCTCTCTGTATTTTGATTTCTCGCCTTTA  200

seq1  AGATGAAGATAATCTTTCTACATGAGGTCATTGTAGAAGCCAACCTAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAAGATAATCTTTCTACATGAGGTCATTGTAGAAGCCAACCTAGAA  250

seq1  CATAATTAACAGCTGCTTCCCATGTTGAAGGCATGCAGCAATTATCATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATTAACAGCTGCTTCCCATGTTGAAGGCATGCAGCAATTATCATTT  300

seq1  TCATAGCCTGTCAGTTCCAGCTCGCAGATTCACTTCATTTAGTTGCCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGCCTGTCAGTTCCAGCTCGCAGATTCACTTCATTTAGTTGCCAAG  350

seq1  ATAACATGATTGCTGCTTCAGGGATACAACATATATTCCAGTTATGAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACATGATTGCTGCTTCAGGGATACAACATATATTCCAGTTATGAGGC  400

seq1  ATAATTTCTGGGCAGTGAATATATAGGCCCCAAGAAATAACTTGAATTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTCTGGGCAGTGAATATATAGGCCCCAAGAAATAACTTGAATTGC  450

seq1  ATAAGCAGTTTCCTAATGAGCATTTCTTCCTCATCAAAATTATAGTTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCAGTTTCCTAATGAGCATTTCTTCCTCATCAAAATTATAGTTAAA  500

seq1  GCCAGAATGGAGTTCTAAACAATTAATAGTATAAGGTTTGATTAATTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAATGGAGTTCTAAACAATTAATAGTATAAGGTTTGATTAATTTTA  550

seq1  ACAGTTGGGTTAAGCAATGTCACAATGATTATCTGCCCTACTGCTATCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTGGGTTAAGCAATGTCACAATGATTATCTGCCCTACTGCTATCTC  600

seq1  AATATTATTTTCAAAACTAAAAGCATTGTTCATATATAAATATGGGCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTATTTTCAAAACTAAAAGCATTGTTCATATATAAATATGGGCTAA  650

seq1  CCAATATAGCTAATGTTTTTATTTTTATCTTTAATTAAGACAATGGATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATATAGCTAATGTTTTTATTTTTATCTTTAATTAAGACAATGGATGT  700

seq1  ACTGTAAAGCATTATAGGGAAAGTGATATATCTAAATATATCTAATCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAAAGCATTATAGGGAAAGTGATATATCTAAATATATCTAATCAAA  750

seq1  AAATGCCAAAATTAA-TTTGATAGGAAATATAAAATTGATTGTCATATCG  799
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCCAAAATTAATTTTGATAGGAAATATAAAATTGATTGTCATATCG  800

seq1  AACAATAACACAATAACCTTTTATTTATTTATGTCCATGTCCTTTATGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATAACACAATAACCTTTTATTTATTTATGTCCATGTCCTTTATGAA  850

seq1  AAAGACATCTACTGGTTAACATGTAACTTCTTACAGCTGGACTTTAAAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACATCTACTGGTTAACATGTAACTTCTTACAGCTGGACTTTAAAAA  900

seq1  GT-AAAGGCAAAATCAAACAAAAATGTGTTCTAGGAGAGTTAGGCAAGAA  948
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAGGCAAAATCAAACAAAAATGTGTTCTAGGAGAGTTAGGCAAGAA  950

seq1  GGACATCCCTAGGCAAGGGGCTGCTTCTTACCTGCTGCCAAAGGAAGAGT  998
       ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GACATCCCTAGGCA--GGGCTGCTTCTTACCTGCTGCCAAAGGAAGAGT  997

seq1  CTGTTTTCCTCTAAAAGTGCAGCTCCTAATAAGTCAACCATGCTCCAGTG  1048
      |||||||||||| |||||||||||||||   |||||| |||||| |||||
seq2  CTGTTTTCCTCT-AAAGTGCAGCTCCTA--TAGTCAA-CATGCT-CAGTG  1042

seq1  GGACATTTGGGCAGCACAAATTTGCCTGGAAGTTGGGGGGGGGG  1092
      |||||||| ||||||||||| ||||   | ||||||||||||||
seq2  GGACATTT-GGCAGCACAAA-TTGC--TGCAGTTGGGGGGGGGG  1082


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |