BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268M15
Chromosome12 (Build37)
Map Location 108,438,499 - 108,644,584
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC382635
Upstream geneLOC100040404, LOC100040420, 1700121N20Rik, LOC100041191, LOC100040451, LOC673604, LOC100040484
Downstream geneLOC100041251, LOC100040497, LOC668151, Bcl11b, Setd3, Ccnk, EG668158, 1600002O04Rik, Cyp46a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268M15.bB6Ng01-268M15.g
ACCGA071555GA071556
length839373
definitionB6Ng01-268M15.b B6Ng01-268M15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,438,499 - 108,439,339)(108,644,207 - 108,644,584)
sequence
gaattcctgctatctccatgtgcaaacattgtgtggcaaggaccttaggc
agcctgtgagctgatgcccacttccccaatgctctgtcctgagcacagca
gtaaggaatacctgctatgaagtaccaataaaaaggtcttcttgtgttca
aagccaactctatggggacaacactatgagctaggcatgtgacacacagg
gttccagcattcactcactcactcactcactcactcactcactcactcac
tcgttcattcattcaccaggctcagacaggggtaggtcactgaccctgag
ccaggaagaagacatcatgaagtgaattgattctggccaaagggatgtta
aattactaaccaccaggactaatgaatgtgagcttaccaggaaatagggt
agtgcacatgatcaggtcagggtaactccattagggtggcccaatatgat
tggtgttcttttgaacagaacatagaacttgacagccacagggaataagg
tcatagcgacatgaagtcaggtcagggtggtgcttccacaagccaaggaa
tattagagatcagcagaaacaaccaaccagagactgcaggaccatcttgg
acaggaacctattctgccaatctctttaactaggttaggtcccagaaaag
taagaataaacgcccattattgcaaatcatctgatttgtggtcctggctc
acaacagcccacaagcctatgaggatgcctggtagaaaaaaatcggtggg
aggcagctttctgagaatgcaggtcagtcagtgtgtgcacggcagcaggg
gatgggcagggcaggaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt

tcagagattctctctgtgtgtgtgtagctttcctctttcgtctatgaact
tcagcaaatgtgcttctctggcctcctagcttcatgggctcaaatcagga
aagccactggtctttgtatccccttaagtgtagccctatactcagggacc
tcttggggtgtgtgtgtgcatgtgcttttgtgtgtgtgtgtgcatgtgtg
tttgtgtgtgtatgttcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtg
catgtgcatttgtgtgtgtatgtttgtgtgtgtgtgtattgacagttact
tttagatcaatgtctctaaatttaaaatcattgcatcacataatatgact
tcttttttttttttatttgtttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_108438499_108439339
seq2: B6Ng01-268M15.b_45_883

seq1  GAATTCCTGCTATCTCCATGTGCAAACATTGTGTGGCAAGGACCTTAGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCTATCTCCATGTGCAAACATTGTGTGGCAAGGACCTTAGGC  50

seq1  AGCCTGTGAGCTGATGCCCACTTCCCCAATGCTCTGTCCTGAGCACAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGTGAGCTGATGCCCACTTCCCCAATGCTCTGTCCTGAGCACAGCA  100

seq1  GTAAGGAATACCTGCTATGAAGTACCAATAAAAAGGTCTTCTTGTGTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGAATACCTGCTATGAAGTACCAATAAAAAGGTCTTCTTGTGTTCA  150

seq1  AAGCCAACTCTATGGGGACAACACTATGAGCTAGGCATGTGACACACAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAACTCTATGGGGACAACACTATGAGCTAGGCATGTGACACACAGG  200

seq1  GTTCCAGCATTCACTCACTCACTCACTCACTCACTCACTCACTCACTCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGCATTCACTCACTCACTCACTCACTCACTCACTCACTCACTCAC  250

seq1  TCGTTCATTCATTCACCAGGCTCAGACAGGGGTAGGTCACTGACCCTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTCATTCATTCACCAGGCTCAGACAGGGGTAGGTCACTGACCCTGAG  300

seq1  CCAGGAAGAAGACATCATGAAGTGAATTGATTCTGGCCAAAGGGATGTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAGAAGACATCATGAAGTGAATTGATTCTGGCCAAAGGGATGTTA  350

seq1  AATTACTAACCACCAGGACTAATGAATGTGAGCTTACCAGGAAATAGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACTAACCACCAGGACTAATGAATGTGAGCTTACCAGGAAATAGGGT  400

seq1  AGTGCACATGATCAGGTCAGGGTAACTCCATTAGGGTGGCCCAATATGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCACATGATCAGGTCAGGGTAACTCCATTAGGGTGGCCCAATATGAT  450

seq1  TGGTGTTCTTTTGAACAGAACATAGAACTTGACAGCCACAGGGAATAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTTCTTTTGAACAGAACATAGAACTTGACAGCCACAGGGAATAAGG  500

seq1  TCATAGCGACATGAAGTCAGGTCAGGGTGGTGCTTCCACAAGCCAAGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGCGACATGAAGTCAGGTCAGGGTGGTGCTTCCACAAGCCAAGGAA  550

seq1  TATTAGAGATCAGCAGAAACAACCAACCAGAGACTGCAGGACCATCTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGAGATCAGCAGAAACAACCAACCAGAGACTGCAGGACCATCTTGG  600

seq1  ACAGGAACCTATTCTGCCAATCTCTTTAACTAGGTTAGGTCCCAGAAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAACCTATTCTGCCAATCTCTTTAACTAGGTTAGGTCCCAGAAAAG  650

seq1  TAAGAATAAACGCCCATTATTGCAAATCATCTGATTTGTGGTCCTGGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAATAAACGCCCATTATTGCAAATCATCTGATTTGTGGTCCTGGCTC  700

seq1  ACAACAGCCCACAAGCCTATGAGGATGCCTGGTAGAAAAAAATCGGTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGCCCACAAGCCTATGAGGATGCCTGGTAGAAAAAAATCGGTGGG  750

seq1  AGGCAGCTTTCTGAGAATGCAGGTCAGGTCAGTGTGTGCACGGCAGCAGG  800
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  AGGCAGCTTTCTGAGAATGCAGGTCA-GTCAGTGTGTGCACGGCAGCA-G  798

seq1  GGGATGGGCAGGGCAGGAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  841
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGGGCAGGGCAGGAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  839


seq1: chr12_108644207_108644584
seq2: B6Ng01-268M15.g_64_442 (reverse)

seq1  GAGACAAAT-AAAAAAAAAAAGAAGTCATATTATGTGATGCAATGATTTT  49
      || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAAATAAAAAAAAAAAAGAAGTCATATTATGTGATGCAATGATTTT  50

seq1  AAATTTAGAGACATTGATCTAAAAGTAACTGTCAATACACACACACACAA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTAGAGACATTGATCTAAAAGTAACTGTCAATACACACACACACAA  100

seq1  ACATACACACACAAATGCACATGCACACGCACACACACACACACACACAC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACACACACAAATGCACATGCACACGCACACACACACACACACACAC  150

seq1  ACACACGAACATACACACACAAACACACATGCACACACACACACAAAAGC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACGAACATACACACACAAACACACATGCACACACACACACAAAAGC  200

seq1  ACATGCACACACACACCCCAAGAGGTCCCTGAGTATAGGGCTACACTTAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCACACACACACCCCAAGAGGTCCCTGAGTATAGGGCTACACTTAA  250

seq1  GGGGATACAAAGACCAGTGGCTTTCCTGATTTGAGCCCATGAAGCTAGGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATACAAAGACCAGTGGCTTTCCTGATTTGAGCCCATGAAGCTAGGA  300

seq1  GGCCAGAGAAGCACATTTGCTGAAGTTCATAGACGAAAGAGGAAAGCTAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGAGAAGCACATTTGCTGAAGTTCATAGACGAAAGAGGAAAGCTAC  350

seq1  ACACACACAGAGAGAATCTCTGAGAATTC  378
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACAGAGAGAATCTCTGAGAATTC  379


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |