BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271F23
Chromosome12 (Build37)
Map Location 47,362,648 - 47,505,246
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC664952, Nova1, LOC100039190
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271F23.bB6Ng01-271F23.g
ACCGA073472GA073473
length1,179436
definitionB6Ng01-271F23.b B6Ng01-271F23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,504,060 - 47,505,246)(47,362,648 - 47,363,089)
sequence
gaattcattttcaatgagtggcagagtcttctgtatatctaagtgaaggt
gataaacatgggagaatagattggcatggactatacatacactccactcc
taacaatgtacttggtgaccaagagctttgcctgcatctactgtgcacaa
aatcaatataactgtcctatcaatataactagcaacatgttaacaatcta
ggatgcttgcctacattaggccttagatagaggaacaaaatcactcccct
tttcatccccctttataacatcctatttctactcaaacatatcttggaaa
catcccaaaaccaaaaagagaccggtcaatctggcatagactacttttag
ctgcatgcatgctatggccaagtgtatcatctgcatatagttgagtatac
aaaaatgaagaagtctctttgggaaaagatatacagtgagcaaaggctaa
aagcctgtcaatcctaacagagcttcacctgtgctacatttttagcaacc
aagcccttcctcttgaatcccatttaaataaaaaagtcccaaacaataaa
tgggctctttgagtactctttctcatgtggttcacggtcattttggacag
tgtattgagccttttagtgttcttatctctttgctttggaaaaaaaatat
ttcttactactttataaatttgtgtttattttagttccctgtttccagtt
caagaaactgaaaacacctgcccagaatccaacaactggttatataagtt
tgctaattataactaaacttcccactccgacatgttggtttccaattgcc
tttacatgcagagtattcttacagctttaatcttatgcattctataaaga
tactgaagtgtcatttctaaagatcacatctgtactttccctgaaaatgt
gtctttgatgcctctagatctttgttgacatgtattgcttgccttatttt
gtttttattttgtgtgttttgtttccatttcaaacaaggatgcaaagtct
cttgctgctggtattgtggcacacacacatatctcagcaccaagaaggcc
taaaggcagagatgaccagttccacccaaggctactcactgggtgcacag
aaagacctgctcaataaacaggcacagcaagaatactttttgaaccttag
atagaatgagtcacttacactcgaaattc

accccatagctaactctttaaaacaatatcagtcatctttggactataca
taatgggatttctataaggagacacaatagaagacatgtaactctcctta
cagaaggagatttatttgtgatttgctctcagatatgatagagcaaacgc
ataagtagatgctcacagtcagctattggatggatcacagggcccccaat
ggaggagctagagaaagtaaccaaggagctaaagagatctgcaaccctgt
aggtgcaacaacattatgaactaaccagtaccccggagctcttgactcta
gctgcatatgtatcaaaagatggcctagtcggccatcactggaaagagag
acccattggacacgcaaactttatatgccccactacaggggaatgccagg
gctaataagagggaatgtgtgggtaggagagtggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_47504060_47505246
seq2: B6Ng01-271F23.b_47_1225 (reverse)

seq1  GAATTTCGAATGTAAAGTGACTCA-TCTATCTAGAGTACCAAAAAGTTAA  49
      ||||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||   ||||||||  |
seq2  GAATTTCGAGTGT-AAGTGACTCATTCTATCTA-AGGTTCAAAAAGT--A  46

seq1  TTCTTGCTGTTTGCTGTTTA-TGAGCAAGGTCTTTCTGTGCAACCCAGGT  98
      ||||||||| |  ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||  
seq2  TTCTTGCTG-TGCCTGTTTATTGAGC-AGGTCTTTCTGTGC-ACCCAG--  91

seq1  TGAGTAGCC-TGGGTGG-ACTGGTCATCTTCTTGCCTTAG--CCTCTTGG  144
      ||||||||| ||||||| |||||||||| |||  | ||||  | ||||||
seq2  TGAGTAGCCTTGGGTGGAACTGGTCATC-TCTGCCTTTAGGCCTTCTTGG  140

seq1  TGCTGAGATTATGTGTGTGTGCCACAATACCCAGCAGCAAGAGACTTTGC  194
      |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGA-TATGTGTGTGTGCCACAATA-CCAGCAGCAAGAGACTTTGC  188

seq1  ATCCTTGTTTGAAATGGAAACAAAACACAACAAAATAAAAACAAAAATAA  244
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  ATCCTTGTTTGAAATGGAAACAAAACAC-ACAAAATAAAAAC-AAAATAA  236

seq1  GGCAAGCAATACATGTCAACAAAGATCTAGAGGCATCAAAGACACATTTT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGCAATACATGTCAACAAAGATCTAGAGGCATCAAAGACACATTTT  286

seq1  CAGGGAAAGTACAGATGTGATCTTTAGAAATGACACTTCAGTATCTTTAT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAAAGTACAGATGTGATCTTTAGAAATGACACTTCAGTATCTTTAT  336

seq1  AGAATGCATAAGATTAAAGCTGTAAGAATACTCTGCATGTAAAGGCAATT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCATAAGATTAAAGCTGTAAGAATACTCTGCATGTAAAGGCAATT  386

seq1  GGAAACCAACATGTCGGAGTGGGAAGTTTAGTTATAATTAGCAAACTTAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACCAACATGTCGGAGTGGGAAGTTTAGTTATAATTAGCAAACTTAT  436

seq1  ATAACCAGTTGTTGGATTCTGGGCAGGTGTTTTCAGTTTCTTGAACTGGA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCAGTTGTTGGATTCTGGGCAGGTGTTTTCAGTTTCTTGAACTGGA  486

seq1  AACAGGGAACTAAAATAAACACAAATTTATAAAGTAGTAAGAAATATTTT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGGAACTAAAATAAACACAAATTTATAAAGTAGTAAGAAATATTTT  536

seq1  TTTTCCAAAGCAAAGAGATAAGAACACTAAAAGGCTCAATACACTGTCCA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCAAAGCAAAGAGATAAGAACACTAAAAGGCTCAATACACTGTCCA  586

seq1  AAATGACCGTGAACCACATGAGAAAGAGTACTCAAAGAGCCCATTTATTG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGACCGTGAACCACATGAGAAAGAGTACTCAAAGAGCCCATTTATTG  636

seq1  TTTGGGACTTTTTTATTTAAATGGGATTCAAGAGGAAGGGCTTGGTTGCT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGACTTTTTTATTTAAATGGGATTCAAGAGGAAGGGCTTGGTTGCT  686

seq1  AAAAATGTAGCACAGGTGAAGCTCTGTTAGGATTGACAGGCTTTTAGCCT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGTAGCACAGGTGAAGCTCTGTTAGGATTGACAGGCTTTTAGCCT  736

seq1  TTGCTCACTGTATATCTTTTCCCAAAGAGACTTCTTCATTTTTGTATACT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCACTGTATATCTTTTCCCAAAGAGACTTCTTCATTTTTGTATACT  786

seq1  CAACTATATGCAGATGATACACTTGGCCATAGCATGCATGCAGCTAAAAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTATATGCAGATGATACACTTGGCCATAGCATGCATGCAGCTAAAAG  836

seq1  TAGTCTATGCCAGATTGACCGGTCTCTTTTTGGTTTTGGGATGTTTCCAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTATGCCAGATTGACCGGTCTCTTTTTGGTTTTGGGATGTTTCCAA  886

seq1  GATATGTTTGAGTAGAAATAGGATGTTATAAAGGGGGATGAAAAGGGGAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGTTTGAGTAGAAATAGGATGTTATAAAGGGGGATGAAAAGGGGAG  936

seq1  TGATTTTGTTCCTCTATCTAAGGCCTAATGTAGGCAAGCATCCTAGATTG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTGTTCCTCTATCTAAGGCCTAATGTAGGCAAGCATCCTAGATTG  986

seq1  TTAACATGTTGCTAGTTATATTGATAGGACAGTTATATTGATTTTGTGCA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACATGTTGCTAGTTATATTGATAGGACAGTTATATTGATTTTGTGCA  1036

seq1  CAGTAGATGCAGGCAAAGCTCTTGGTCACCAAGTACATTGTTAGGAGTGG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGATGCAGGCAAAGCTCTTGGTCACCAAGTACATTGTTAGGAGTGG  1086

seq1  AGTGTATGTATAGTCCATGCCAATCTATTCTCCCATGTTTATCACCTTCA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTATGTATAGTCCATGCCAATCTATTCTCCCATGTTTATCACCTTCA  1136

seq1  CTTAGATATACAGAAGACTCTGCCACTCATTGAAAATGAATTC  1187
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGATATACAGAAGACTCTGCCACTCATTGAAAATGAATTC  1179


seq1: chr12_47362648_47363089
seq2: B6Ng01-271F23.g_65_506

seq1  GAATTCACCCCATAGCTAACTCTTTAAAACAATATCAGTCATCTTTGGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCCATAGCTAACTCTTTAAAACAATATCAGTCATCTTTGGAC  50

seq1  TATACATAATGGGATTTCTATAAGGAGACACAATAGAAGACATGTAACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATAATGGGATTTCTATAAGGAGACACAATAGAAGACATGTAACTC  100

seq1  TCCTTACAGAAGGAGATTTATTTGTGATTTGCTCTCAGATATGATAGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTACAGAAGGAGATTTATTTGTGATTTGCTCTCAGATATGATAGAGC  150

seq1  AAACGCATAAGTAGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGCATAAGTAGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGGCC  200

seq1  CCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTAACCAAGGAGCTAAAGAGATCTGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTAACCAAGGAGCTAAAGAGATCTGCAA  250

seq1  CCCTGTAGGTGCAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTAGGTGCAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTG  300

seq1  ACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAA  350

seq1  AGAGAGACCCATTGGACACGCAAACTTTATATGCCCCACTACAGGGGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGACCCATTGGACACGCAAACTTTATATGCCCCACTACAGGGGAAT  400

seq1  GCCAGGGCTAATAAGAGGGAATGTGTGGGTAGGAGAGTGGGA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGCTAATAAGAGGGAATGTGTGGGTAGGAGAGTGGGA  442


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |