BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-274B12
Chromosome12 (Build37)
Map Location 61,485,468 - 61,629,003
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665665
Upstream geneLOC665644, EG622488
Downstream genePpia-ps12_475.1, LOC100040300, LOC665677, Nanog-ps2, Lrfn5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-274B12.bB6Ng01-274B12.g
ACCGA075488GA075489
length1,0261,109
definitionB6Ng01-274B12.b B6Ng01-274B12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,485,468 - 61,486,476)(61,627,889 - 61,629,003)
sequence
gaattcctggaaatgtgacaggtattaatttagccaacttttcttaaacc
tttaacttttagaagagtgagtatcccccagaaagatcaaggtggaaccc
atacttgttcctcagtctttatgggcatcagtgaataacatcaaacctaa
aatcagtcttaaataattgatcttaaaggaatgatattttcagaaatgaa
tatatttaagtaattttaattcatatgaaggcattactttttacttcaat
gctgctttctgggaactttgagaccatttatctttgaccttacctgggtc
tggatttttaacctaagctggcttcaattcacaatctccttgcctctacc
ttctaagtttggggattagaggcctgtaacagtacacatagctaaatctt
aataattgctatcatatttcagtgagatcttttatattatgggttttcat
tgaaattatgttatctcttttcatagaagactgctgttaagagtgtatag
gagcccttctggtccctccagcaccaacacacaagactcaccacaggatc
ttaagacctctggtgagtggaacacagcatctgctccagtccaatcgtgt
gtgacctaagactgcattaattagggaagcagaaaacccagcctgatcag
gggcacaagtcccttccagtccacgccagcacaggggtaccttgggcatg
gagtctgaggacacctgtaaggtatacacagggccctccacgggatctta
agacctctgtaagtggatcacaacttctgacaggaggcaggttcgaacac
cagatatctgggcaccttccccgcaagaggagagcctacctgcagagagt
actctgagcactgaaactcaagagagggctagtctccccagtctcctgat
agaggctgacataaatacatgaggaacaatatctaaccagagacaactac
aacaactgactccagagattaccagatggcgaaaggcaaacgtaagatct
tattgaacagaaaccaagatccctca

gaattcaagaaacacaagttcgttcttagcttcgaagtgagtgttgactc
tttatagcttttgatggtgctacaccttcgtttagacagagacactgctg
ggctgtcttcatgccattttggaggggaagaaagcttcctgattttcact
ataggatgctgcaggatattggtgacatcctttaggctacaatgaggtga
ctctcaagattcaagtctcaggtggggtaccagtagaagctgtagatggc
agcacctcctccatccatttttcagctgggtacttaggtcctcttttaga
ctgagtcctggtacctggtctgtgtgactctgtgtagtctcgcaagcgct
tttaaggaggcaggtagaggtcgttagactcatcctcagaggtactacat
tcaagggcactcacttctaagttgctgctgttggtttctttgttgcagcc
attgctcatttttttttgtcgggaaggggtgtggtgaatagtctctttta
gattagaatcataagcattactggaaccaatacttctgtcctgtgtagta
gggggtaaaccctgcttatctttgcctttgttgcccttactcctcaatga
ggattttgatttgcatctctggttggtttttctttgctctgctctgcttt
ttttgtgcacgtttatgcttgttcaggtttagatgcgaaaatgaatataa
aatggcttcttgtgttttagtaatctttgctgggttaatcagtctagagc
ctaagttaattaggtctttgttccacagacaaacattttgttctatattt
tcaattctatgcagggttagggttacttctctacatctacatctttgaac
ttccagagactgtgccactcttggacaggctttacaatcctccaaagtag
tggagtgagttacattactaaaatctttccttaagtgcgatggacagata
cagttccaggtaagacttcatcagtagactcgtctttacctgaatcaaat
tgcaaccccgtgttttcttggagtacagcagactgttgctgagtttgttg
agacaatcagttcttcaggagcaatttgattgtaaggtcatacagacaag
gatctggtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_61485468_61486476
seq2: B6Ng01-274B12.b_47_1055

seq1  GAATTCCTGGAAATGTGACAGGTATTAATTTAGCCAACTTTTCTTAAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGAAATGTGACAGGTATTAATTTAGCCAACTTTTCTTAAACC  50

seq1  TTTAACTTTTAGAAGAGTGAGTATCCCCCAGAAAGATCAAGGTGGAACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTTTTAGAAGAGTGAGTATCCCCCAGAAAGATCAAGGTGGAACCC  100

seq1  ATACTTGTTCCTCAGTCTTTATGGGCATCAGTGAATAACATCAAACCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTGTTCCTCAGTCTTTATGGGCATCAGTGAATAACATCAAACCTAA  150

seq1  AATCAGTCTTAAATAATTGATCTTAAAGGAATGATATTTTCAGAAATGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGTCTTAAATAATTGATCTTAAAGGAATGATATTTTCAGAAATGAA  200

seq1  TATATTTAAGTAATTTTAATTCATATGAAGGCATTACTTTTTACTTCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTAAGTAATTTTAATTCATATGAAGGCATTACTTTTTACTTCAAT  250

seq1  GCTGCTTTCTGGGAACTTTGAGACCATTTATCTTTGACCTTACCTGGGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTTTCTGGGAACTTTGAGACCATTTATCTTTGACCTTACCTGGGTC  300

seq1  TGGATTTTTAACCTAAGCTGGCTTCAATTCACAATCTCCTTGCCTCTACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTTTTAACCTAAGCTGGCTTCAATTCACAATCTCCTTGCCTCTACC  350

seq1  TTCTAAGTTTGGGGATTAGAGGCCTGTAACAGTACACATAGCTAAATCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGTTTGGGGATTAGAGGCCTGTAACAGTACACATAGCTAAATCTT  400

seq1  AATAATTGCTATCATATTTCAGTGAGATCTTTTATATTATGGGTTTTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTGCTATCATATTTCAGTGAGATCTTTTATATTATGGGTTTTCAT  450

seq1  TGAAATTATGTTATCTCTTTTCATAGAAGACTGCTGTTAAGAGTGTATAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTATGTTATCTCTTTTCATAGAAGACTGCTGTTAAGAGTGTATAG  500

seq1  GAGCCCTTCTGGTCCCTCCAGCACCAACACACAAGACTCACCACAGGATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCTTCTGGTCCCTCCAGCACCAACACACAAGACTCACCACAGGATC  550

seq1  TTAAGACCTCTGGTGAGTGGAACACAGCATCTGCTCCAGTCCAATCGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGACCTCTGGTGAGTGGAACACAGCATCTGCTCCAGTCCAATCGTGT  600

seq1  GTGACCTAAGACTGCATTAATTAGGGAAGCAGAAAACCCAGCCTGATCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCTAAGACTGCATTAATTAGGGAAGCAGAAAACCCAGCCTGATCAG  650

seq1  GGGCACAAGTCCCTTCCAGTCCACGCCAGCACAGGGGTACCTTGGGCATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACAAGTCCCTTCCAGTCCACGCCAGCACAGGGGTACCTTGGGCATG  700

seq1  GAGTCTGAGGACACCTGTAAGGTATACACAGGGCCCTCCACGGGATCTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGAGGACACCTGTAAGGTATACACAGGGCCCTCCACGGGATCTTA  750

seq1  AGACCTCTGTAAGTGGATCACAACTTCTGACAGGAGGCAGGTTCGAACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTCTGTAAGTGGATCACAACTTCTGACAGGAGGCAGGTTCGAACAC  800

seq1  CAGATATCTGGGCACCTTCCCCGCAAGAGGAGAGCCTACCTGCAGAGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATCTGGGCACCTTCCCCGCAAGAGGAGAGCCTACCTGCAGAGAGT  850

seq1  ACTCTGAGCACTGAAACTCAGGAGAGGGCTAGTCTCCCCAGTCTCCTGAT  900
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGAGCACTGAAACTCAAGAGAGGGCTAGTCTCCCCAGTCTCCTGAT  900

seq1  AGAGGCTGACATAAATACATGAGGAACAATATCTAACCAGAGACAACTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTGACATAAATACATGAGGAACAATATCTAACCAGAGACAACTAC  950

seq1  AACAACTGACTCCAGAGATTACCAGATGGCGAAAGGCAAACGTAAGAATC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AACAACTGACTCCAGAGATTACCAGATGGCGAAAGGCAAACGTAAG-ATC  999

seq1  TTA-TGAACA  1009
      ||| ||||||
seq2  TTATTGAACA  1009


seq1: chr12_61627889_61629003
seq2: B6Ng01-274B12.g_63_1171 (reverse)

seq1  GACCAGGGTCTTGTCTGTAATGACCTTAC-ATCAAATTGCTCCTGAAGAA  49
      ||||||   ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  GACCAGATCCTTGTCTGT-ATGACCTTACAATCAAATTGCTCCTGAAG-A  48

seq1  ACTGATTGTCTCCACCAAACCTCAGCACCAAGTCCTGCTGTTACTCCA--  97
      |||||||||||| ||  || ||||||| | ||| |||||| |||||||  
seq2  ACTGATTGTCTCAAC--AAACTCAGCAAC-AGT-CTGCTG-TACTCCAAG  93

seq1  GAAACACGGGGTTGCAATTTTGATTCAGGTAAAGACGAGTCTACTGATGA  147
       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACGGGGTTGCAA-TTTGATTCAGGTAAAGACGAGTCTACTGATGA  142

seq1  AGTCTTACCTGGAACTGTATCTGTCCATCGCCACTTAAGGAAAGATTTTA  197
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTACCTGGAACTGTATCTGTCCATCG-CACTTAAGGAAAGATTTTA  191

seq1  GTAATGTAACTCACTCCACTACTTTGGAGGATTGTAAAGCCTGTCCAAGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGTAACTCACTCCACTACTTTGGAGGATTGTAAAGCCTGTCCAAGA  241

seq1  GTGGCACAGTCTCTGGAAGTTCAAAGATGTAGATGTAGAGAAGTAACCCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCACAGTCTCTGGAAGTTCAAAGATGTAGATGTAGAGAAGTAACCCT  291

seq1  AACCCTGCATAGAATTGAAAATATAGAACAAAATGTTTGTCTGTGGAACA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGCATAGAATTGAAAATATAGAACAAAATGTTTGTCTGTGGAACA  341

seq1  AAGACCTAATTAACTTAGGCTCTAGACTGATTAACCCAGCAAAGATTACT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCTAATTAACTTAGGCTCTAGACTGATTAACCCAGCAAAGATTACT  391

seq1  AAAACACAAGAAGCCATTTTATATTCATTTTCGCATCTAAACCTGAACAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACAAGAAGCCATTTTATATTCATTTTCGCATCTAAACCTGAACAA  441

seq1  GCATAAACGTGCACAAAAAAAGCAGAGCAGAGCAAAGAAAAACCAACCAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAACGTGCACAAAAAAAGCAGAGCAGAGCAAAGAAAAACCAACCAG  491

seq1  AGATGCAAATCAAAATCCTCATTGAGGAGTAAGGGCAACAAAGGCAAAGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCAAATCAAAATCCTCATTGAGGAGTAAGGGCAACAAAGGCAAAGA  541

seq1  TAAGCAGGGTTTACCCCCTACTACACAGGACAGAAGTATTGGTTCCAGTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGGGTTTACCCCCTACTACACAGGACAGAAGTATTGGTTCCAGTA  591

seq1  ATGCTTATGATTCTAATCTAAAAGAGACTATTCACCACACCCCTTCCCGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTATGATTCTAATCTAAAAGAGACTATTCACCACACCCCTTCCCGA  641

seq1  CAAAAAAAAATGAGCAATGGCTGCAACAAAGAAACCAACAGCAGCAACTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAAAAATGAGCAATGGCTGCAACAAAGAAACCAACAGCAGCAACTT  691

seq1  AGAAGTGAGTGCCCTTGAATGTAGTACCTCTGAGGATGAGTCTAACGACC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGAGTGCCCTTGAATGTAGTACCTCTGAGGATGAGTCTAACGACC  741

seq1  TCTACCTGCCTCCTTAAAAGCGCTTGCGAGACTACACAGAGTCACACAGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTGCCTCCTTAAAAGCGCTTGCGAGACTACACAGAGTCACACAGA  791

seq1  CCAGGTACCAGGACTCAGTCTAAAAGAGGACCTAAGTACCCAGCTGAAAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTACCAGGACTCAGTCTAAAAGAGGACCTAAGTACCCAGCTGAAAA  841

seq1  ATGGATGGAGGAGGTGCTGCCATCTACAGCTTCTACTGGTACCCCACCTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGGAGGAGGTGCTGCCATCTACAGCTTCTACTGGTACCCCACCTG  891

seq1  AGACTTGAATCTTGAGAGTCACCTCATTGTAGCCTAAAGGATGTCACCAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTGAATCTTGAGAGTCACCTCATTGTAGCCTAAAGGATGTCACCAA  941

seq1  TATCCTGCAGCATCCTATAGTGAAAATCAGGAAGCTTTCTTCCCCTCCAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTGCAGCATCCTATAGTGAAAATCAGGAAGCTTTCTTCCCCTCCAA  991

seq1  AATGGCATGAAGACAGCCCAGCAGTGTCTCTGTCTAAACGAAGGTGTAGC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCATGAAGACAGCCCAGCAGTGTCTCTGTCTAAACGAAGGTGTAGC  1041

seq1  ACCATCAAAAGCTATAAAGAGTCAACACTCACTTCGAAGCTAAGAACGAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCAAAAGCTATAAAGAGTCAACACTCACTTCGAAGCTAAGAACGAA  1091

seq1  CTTGTGTTTCTTGAATTC  1115
      ||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGTTTCTTGAATTC  1109


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |