BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275G09
Chromosome12 (Build37)
Map Location 90,908,383 - 91,005,909
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrxn3
Upstream geneLOC100039261, EG666915
Downstream geneLOC100039498, LOC100039287, Dio2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275G09.bB6Ng01-275G09.g
ACCGA076449GA076450
length1,183963
definitionB6Ng01-275G09.b B6Ng01-275G09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,908,383 - 90,909,569)(91,004,946 - 91,005,909)
sequence
gaattcacagatatctgagataagcgtctttttaaaattaatttgtgttt
attttatgtacatatgtcttttgcctgcatgtatttctatatgagggtgt
tggatccactggaacaggagttacagttgtgagctgaagtgtgggtgcta
cgaattaaacgtaggtcctctgggacatctcttcagccataagcatctat
ttttagtagaagggctatgatgaaaaagattaggcgaaagttagagactc
aaatcccaattggaaaagtttattactgttatgcaaagtctgtatgatag
accaaaatattgaagagtcttcttccaatagaagactctgtaatcctata
agcaattgatttttgaggtcaaataactttgttgtaaacatctattttga
attataggatatttcatatcatccctgacttggatccaatcaatgtccat
ctcactatgattccacagctagaacccaaatatctcctgagaatgctact
ggtctcttagaagactccatgattgaaagttgctgcaacaggccaatgta
tggctcacactgaccagaagaaatttctgtacacttaattaaggtttata
ttttgtatcaagcctataattaacatcctagagtaatctacgttcaggtc
tctttgatcactggacattttgaatgtcttaggaatggaagaggacagaa
cggtggcttattcatgtcaccccaccagaacccccagactctgagtcttc
ctcatcttactcatcagcaatttccctctattagctgtagaattgactat
ctcatttattcagagaaaagtaaaaaatttctcttgacaatgtattgtct
caaaattactatctttcccccttcacattatgactaatatctttcaatga
cagtctacagtctgactccactcccttttggcccacattttgtggttccc
ctgactgctgccatccaacatcccaataatcacattagctggtctttcct
aaatgacatcaatgtaagaatgatctctgataagccccacaatagtatga
atatatcagatcattggcaggcttcttagaacaggccattctggaccttg
aaacacggactacctgatcactgctctcgccactatacggtggaactcac
tctataacagcttacaggtgaaactcaatccta

gaattctatgcatgcacatgatgtgtcttaatcaagtcctcttctccctc
ctcccttctaacttctcttatcccactactccttttgcttccaactctac
atgctctttttaaacccactgagcccacttcacactaccaatacatgcac
aggaccattggctggaatatgggcagcctcccaggactagaatccctgaa
gaaaagagatagtctccctccctcagaggcatccattccctgcccctttt
cacttgaactgctggaagctcaactttgtcttatgaatccctagctcttg
gcctaccactatccattcaacatcttcttccaaaggaataatcatttcag
ctattcggaatcaaacactccctcttccctaaggcagcacctgctagctc
atgtgtagcctttgtccatcacttcagatcaagattgtcttgatcaagac
aaaatcgagcagataactctttcctttggtgaatgactagagacatcata
aggtattgactacttaaccattgaggttgtctgctttttatcttccagat
ctgggctgtgtggaaggcttaaaccatagtctaaagagagcttgcctaga
gaacatgagttgtgtctgaacaactagtatctactgaaacccagagacac
tttaataagcacagttgactattaatttgttatatgatttagggcaaggg
gaaaggattttgttttgctcatttatcaccttgtctctctgtgccaatct
ctacaacattagtgattggcacagaacacaattcaccctggagaaaggat
gaaacttagggtgaatgagtgctatcacaatcctttacaattaggcaaat
actcatataaagggatgcaagttgagtttactattcacagagttgtttta
agactgattttaagctcagataattcttttttgtttgttgttggtggttg
gttgggttggttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_90908383_90909569
seq2: B6Ng01-275G09.b_39_1221

seq1  GAATTCACAGATATCTGAGATAAGCGTCTTTTTAAAATTAATTTGTGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGATATCTGAGATAAGCGTCTTTTTAAAATTAATTTGTGTTT  50

seq1  ATTTTATGTACATATGTCTTTTGCCTGCATGTATTTCTATATGAGGGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATGTACATATGTCTTTTGCCTGCATGTATTTCTATATGAGGGTGT  100

seq1  TGGATCCACTGGAACAGGAGTTACAGTTGTGAGCTGAAGTGTGGGTGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCCACTGGAACAGGAGTTACAGTTGTGAGCTGAAGTGTGGGTGCTA  150

seq1  CGAATTAAACGTAGGTCCTCTGGGACATCTCTTCAGCCATAAGCATCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATTAAACGTAGGTCCTCTGGGACATCTCTTCAGCCATAAGCATCTAT  200

seq1  TTTTAGTAGAAGGGCTATGATGAAAAAGATTAGGCGAAAGTTAGAGACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGTAGAAGGGCTATGATGAAAAAGATTAGGCGAAAGTTAGAGACTC  250

seq1  AAATCCCAATTGGAAAAGTTTATTACTGTTATGCAAAGTCTGTATGATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCAATTGGAAAAGTTTATTACTGTTATGCAAAGTCTGTATGATAG  300

seq1  ACCAAAATATTGAAGAGTCTTCTTCCAATAGAAGACTCTGTAATCCTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAATATTGAAGAGTCTTCTTCCAATAGAAGACTCTGTAATCCTATA  350

seq1  AGCAATTGATTTTTGAGGTCAAATAACTTTGTTGTAAACATCTATTTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATTGATTTTTGAGGTCAAATAACTTTGTTGTAAACATCTATTTTGA  400

seq1  ATTATAGGATATTTCATATCATCCCTGACTTGGATCCAATCAATGTCCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAGGATATTTCATATCATCCCTGACTTGGATCCAATCAATGTCCAT  450

seq1  CTCACTATGATTCCACAGCTAGAACCCAAATATCTCCTGAGAATGCTACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTATGATTCCACAGCTAGAACCCAAATATCTCCTGAGAATGCTACT  500

seq1  GGTCTCTTAGAAGACTCCATGATTGAAAGTTGCTGCAACAGGCCAATGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCTTAGAAGACTCCATGATTGAAAGTTGCTGCAACAGGCCAATGTA  550

seq1  TGGCTCACACTGACCAGAAGAAATTTCTGTACACTTAATTAAGGTTTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCACACTGACCAGAAGAAATTTCTGTACACTTAATTAAGGTTTATA  600

seq1  TTTTGTATCAAGCCTATAATTAACATCCTAGAGTAATCTACGTTCAGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTATCAAGCCTATAATTAACATCCTAGAGTAATCTACGTTCAGGTC  650

seq1  TCTTTGATCACTGGACATTTTGAATGTCTTAGGAATGGAAGAGGACAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGATCACTGGACATTTTGAATGTCTTAGGAATGGAAGAGGACAGAA  700

seq1  CGGTGGCTTATTCATGTCACCCCACCAGAACCCCCAGACTCTGAGTCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGGCTTATTCATGTCACCCCACCAGAACCCCCAGACTCTGAGTCTTC  750

seq1  CTCATCTTACTCATCAGCAATTTCCCTCTATTAGCTGTAGAATTGACTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTTACTCATCAGCAATTTCCCTCTATTAGCTGTAGAATTGACTAT  800

seq1  CTCATTTATTCAGAGAAAAGTAAAAAATTTCTCTTGACAATGTATTGTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTATTCAGAGAAAAGTAAAAAATTTCTCTTGACAATGTATTGTCT  850

seq1  CAAAATTACTATCTTTCCCCCTTCACATTATGACTAATATCTTTCAATGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTACTATCTTTCCCCCTTCACATTATGACTAATATCTTTCAATGA  900

seq1  CAGTCTACAGTCTGACTCCACTCCCTTTTGGCCCACATTTTGTGGTTCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTACAGTCTGACTCCACTCCCTTTTGGCCCACATTTTGTGGTTCCC  950

seq1  CTGACTGCTGCCATCCAACATCCCAATAATCACATTAGCTGGTCTTTCCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGCTGCCATCCAACATCCCAATAATCACATTAGCTGGTCTTTCCT  1000

seq1  AAATGACATCAATGTAAGAATGATCCTCTTGATTAAAGCCCCACAATAGT  1050
      |||||||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||||||||||||
seq2  AAATGACATCAATGTAAGAATGAT-CTC-TGAT--AAGCCCCACAATAGT  1046

seq1  ATG-ATATATCAGAATCATTGGCAGGCTTCTTAAGACAGGGCATTCTGGG  1099
      ||| ||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||| 
seq2  ATGAATATATCAG-ATCATTGGCAGGCTTCTTAGAACAGGCCATTCTGGA  1095

seq1  CCTTG-AACACGGACTTACTGATTCACCTGCTCT--GCACTA-AGGTTTG  1145
      ||||| ||||||||||  |||| ||| |||||||   ||||| | | | |
seq2  CCTTGAAACACGGACTACCTGA-TCA-CTGCTCTCGCCACTATACGGTGG  1143

seq1  AGACTCCAACTCT-TACCAGCTTTACAGGTGAGACTC-ATCCTA  1187
      | ||||  ||||| || |||| |||||||||| |||| ||||||
seq2  A-ACTC--ACTCTATAACAGC-TTACAGGTGAAACTCAATCCTA  1183


seq1: chr12_91004946_91005909
seq2: B6Ng01-275G09.g_64_1026 (reverse)

seq1  CAACCAA-CCAACCAACCAACCAACAAACAAACAAAAAAGAATTATCCTG  49
      ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  CAACCAACCCAACCAACC-ACCAAC-AACAAACAAAAAAGAATTAT-CTG  47

seq1  AGCTTAAAATCAGTCTTAAAACAACTCTGTGAATAGTAAACTCAACTTGC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAAAATCAGTCTTAAAACAACTCTGTGAATAGTAAACTCAACTTGC  97

seq1  ATCCCTTTATATGAGTATTTGCCTAATTGTAAAGGATTGTGATAGCACTC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTTATATGAGTATTTGCCTAATTGTAAAGGATTGTGATAGCACTC  147

seq1  ATTCACCCTAAGTTTCATCC-TTCTCCAGGGTGAATTGTGTTCTGTGCCA  198
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACCCTAAGTTTCATCCTTTCTCCAGGGTGAATTGTGTTCTGTGCCA  197

seq1  ATCACTAATGTTGTAGAGATTGGCACAGAGAGACAAGGTGATAAATGAGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTAATGTTGTAGAGATTGGCACAGAGAGACAAGGTGATAAATGAGC  247

seq1  AAAACAAAATCCTTTCCCCTTGCCCTAAATCATATAACAAATTAATAGTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAATCCTTTCCCCTTGCCCTAAATCATATAACAAATTAATAGTC  297

seq1  AACTGTGCTTATTAAAGTGTCTCTGGGTTTCAGTAGATACTAGTTGTTCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTGCTTATTAAAGTGTCTCTGGGTTTCAGTAGATACTAGTTGTTCA  347

seq1  GACACAACTCATGTTCTCTAGGCAAGCTCTCTTTAGACTATGGTTTAAGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAACTCATGTTCTCTAGGCAAGCTCTCTTTAGACTATGGTTTAAGC  397

seq1  CTTCCACACAGCCCAGATCTGGAAGATAAAAAGCAGACAACCTCAATGGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCACACAGCCCAGATCTGGAAGATAAAAAGCAGACAACCTCAATGGT  447

seq1  TAAGTAGTCAATACCTTATGATGTCTCTAGTCATTCACCAAAGGAAAGAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAGTCAATACCTTATGATGTCTCTAGTCATTCACCAAAGGAAAGAG  497

seq1  TTATCTGCTCGATTTTGTCTTGATCAAGACAATCTTGATCTGAAGTGATG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGCTCGATTTTGTCTTGATCAAGACAATCTTGATCTGAAGTGATG  547

seq1  GACAAAGGCTACACATGAGCTAGCAGGTGCTGCCTTAGGGAAGAGGGAGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAGGCTACACATGAGCTAGCAGGTGCTGCCTTAGGGAAGAGGGAGT  597

seq1  GTTTGATTCCGAATAGCTGAAATGATTATTCCTTTGGAAGAAGATGTTGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGATTCCGAATAGCTGAAATGATTATTCCTTTGGAAGAAGATGTTGA  647

seq1  ATGGATAGTGGTAGGCCAAGAGCTAGGGATTCATAAGACAAAGTTGAGCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATAGTGGTAGGCCAAGAGCTAGGGATTCATAAGACAAAGTTGAGCT  697

seq1  TCCAGCAGTTCAAGTGAAAAGGGGCAGGGAATGGATGCCTCTGAGGGAGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCAGTTCAAGTGAAAAGGGGCAGGGAATGGATGCCTCTGAGGGAGG  747

seq1  GAGACTATCTCTTTTCTTCAGGGATTCTAGTCCTGGGAGGCTGCCCATAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTATCTCTTTTCTTCAGGGATTCTAGTCCTGGGAGGCTGCCCATAT  797

seq1  TCCAGCCAATGGTCCTGTGCATGTATTGGTAGTGTGAAGTGGGCTCAGTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCAATGGTCCTGTGCATGTATTGGTAGTGTGAAGTGGGCTCAGTG  847

seq1  GGTTTAAAAAGAGCATGTAGAGTTGGAAGCAAAAGGAGTAGTGGGATAAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTAAAAAGAGCATGTAGAGTTGGAAGCAAAAGGAGTAGTGGGATAAG  897

seq1  AGAAGTTAGAAGGGAGGAGGGAGAAGAGGACTTGATTAAGACACATCATG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTTAGAAGGGAGGAGGGAGAAGAGGACTTGATTAAGACACATCATG  947

seq1  TGCATGCATAGAATTC  964
      ||||||||||||||||
seq2  TGCATGCATAGAATTC  963


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |