BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276D21
Chromosome12 (Build37)
Map Location 70,737,227 - 70,885,136
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSos2, LOC100040879, L2hgdh, Atp5s, Cdkl1
Upstream geneLOC100040696, LOC665967, LOC665973, Rps29, Ppil5, Rpl36al, Mgat2, 1110034A24Rik, 9330151L19Rik, Pole2, Klhdc1, Klhdc2, Sdccag1, Arf6, LOC100040856, LOC100040862, Gm71
Downstream geneMap4k5, Spg3a, EG622339, Sav1, LOC100040999, Nin, ENSMUSG00000056391, Gm804, Pygl, Trim9, Txndc1, LOC100040965, LOC100041061
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276D21.bB6Ng01-276D21.g
ACCGA077072GA077073
length1,173470
definitionB6Ng01-276D21.b B6Ng01-276D21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,737,227 - 70,738,402)(70,884,669 - 70,885,136)
sequence
gaattcacaatactcaaatcttatactataaacatcataaacatttctct
ctataaaataatcctagcatttgtgtgttttgaattggctaagatgttga
cagaatgaaggttttaaagcataagctaatgacaatagctgatcagaatg
gaaataactcctagatataatttggttgttcaatttattgctcacattct
agattttgaaaggaactaaagatgtcataaaattgcaatgcttgaattat
tatgtttaggttaagtcattagcactgtatacacaaacagatcatattac
ttactatccgttaactcagtcctagtatcttgtaacgggaatataatagg
ctatgacacatgaccaacctacatgttgtctcttggctctaattatgaaa
catgagtatgtttggcctttgtcctggggttcttttgatggagttcctaa
aaccctggggattcccctcctgagtttatgctaacaaagttactaagggt
gaggattaaagggatggcctgatctctctgctcactgacttctggagtag
ggtagaagactgtagtccaagttctatagactcccgaacaaggttgatca
gcttctgagttgtgcatacgtggagttgctaggcgcgtggcttctccgga
caaacatggaagctctaactctcatacctgcccatctttctcttcactgc
tgctgacttgtatcccataattccttaacaaaccagtcaacttaagtatg
tccctgagttctgtaagccacctcagcaaatcaactgaactcaaggagga
ggtcataggaacttcaattctagcctactgggcctgagccttcagctaca
ggacgggacacaatgtctagctgggtaatatcaggattaaattaattgat
aggatactctgaggttactccctgaagaacgacttagtgtgtaggagtca
gaggagacacatatatcataacagtttgttttttttttccttttacaaca
tgttagatgatgatcatagattaggatgctcatgacaatcaacctctgac
aaatgtttcccacgtcaatataaggcctgacatggattcttttaattctt
attgattgctattagtgattcccagggattgccaagggaaagtttcctag
catttctacagcctcggcttcac
cggaattcacacacacatcagtgtgcatggggtacacacatgcgtgcgca
cacacatccaggcatcatgtgctagacaattagggttcctgtggtgggaa
gtgggcacttactttgcatagaacacatacaagcatataatgtgctttat
tccatcccatcccctctcactctacccctagtaatatctatgtatccagc
aacagggggtgggggtggggggacagaaacagaaagcagccaactctttc
ccaggccccaagtctctgctgctgaatctctgtggagggagtgaaaaggt
agacctgctgagaaaggagcagaccgccctagggcagctggagatcaaag
ataagacaatgggtgtctggtaggtcagatcaactccagtcaaagggcta
aaagcagcagctaggacacagggaaagcttgctttctcttctcttctctt
ctcttctcttatcttatctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_70737227_70738402
seq2: B6Ng01-276D21.b_45_1217

seq1  GAATTCACAATACTCAAATCTTATACTATAAACATCATAAACATTTCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAATACTCAAATCTTATACTATAAACATCATAAACATTTCTCT  50

seq1  CTATAAAATAATCCTAGCATTTGTGTGTTTTGAATTGGCTAAGATGTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAAATAATCCTAGCATTTGTGTGTTTTGAATTGGCTAAGATGTTGA  100

seq1  CAGAATGAAGGTTTTAAAGCATAAGCTAATGACAATAGCTGATCAGAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGAAGGTTTTAAAGCATAAGCTAATGACAATAGCTGATCAGAATG  150

seq1  GAAATAACTCCTAGATATAATTTGGTTGTTCAATTTATTGCTCACATTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAACTCCTAGATATAATTTGGTTGTTCAATTTATTGCTCACATTCT  200

seq1  AGATTTTGAAAGGAACTAAAGATGTCATAAAATTGCAATGCTTGAATTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTGAAAGGAACTAAAGATGTCATAAAATTGCAATGCTTGAATTAT  250

seq1  TATGTTTAGGTTAAGTCATTAGCACTGTATACACAAACAGATCATATTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTAGGTTAAGTCATTAGCACTGTATACACAAACAGATCATATTAC  300

seq1  TTACTATCCGTTAACTCAGTCCTAGTATCTTGTAACGGGAATATAATAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTATCCGTTAACTCAGTCCTAGTATCTTGTAACGGGAATATAATAGG  350

seq1  CTATGACACATGACCAACCTACATGTTGTCTCTTGGCTCTAATTATGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGACACATGACCAACCTACATGTTGTCTCTTGGCTCTAATTATGAAA  400

seq1  CATGAGTATGTTTGGCCTTTGTCCTGGGGTTCTTTTGATGGAGTTCCTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTATGTTTGGCCTTTGTCCTGGGGTTCTTTTGATGGAGTTCCTAA  450

seq1  AACCCTGGGGATTCCCCTCCTGAGTTTATGCTAACAAAGTTACTAAGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGGGGATTCCCCTCCTGAGTTTATGCTAACAAAGTTACTAAGGGT  500

seq1  GAGGATTAAAGGGATGGCCTGATCTCTCTGCTCACTGACTTCTGGAGTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATTAAAGGGATGGCCTGATCTCTCTGCTCACTGACTTCTGGAGTAG  550

seq1  GGTAGAAGACTGTAGTCCAAGTTCTATAGACTCCCGAACAAGGTTGATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAAGACTGTAGTCCAAGTTCTATAGACTCCCGAACAAGGTTGATCA  600

seq1  GCTTCTGAGTTGTGCATACGTGGAGTTGCTAGGCGCGTGGCTTCTCCGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGAGTTGTGCATACGTGGAGTTGCTAGGCGCGTGGCTTCTCCGGA  650

seq1  CAAACATGGAAGCTCTAACTCTCATACCTGCCCATCTTTCTCTTCACTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATGGAAGCTCTAACTCTCATACCTGCCCATCTTTCTCTTCACTGC  700

seq1  TGCTGACTTGTATCCCATAATTCCTTAACAAACCAGTCAACTTAAGTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGACTTGTATCCCATAATTCCTTAACAAACCAGTCAACTTAAGTATG  750

seq1  TCCCTGAGTTCTGTAAGCCACCTCAGCAAATCAACTGAACTCAAGGAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGAGTTCTGTAAGCCACCTCAGCAAATCAACTGAACTCAAGGAGGA  800

seq1  GGTCATAGGAACTTCAATTCTAGCCTACTGGGCCTGAGCCTTCAGCTACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATAGGAACTTCAATTCTAGCCTACTGGGCCTGAGCCTTCAGCTACA  850

seq1  GGACGGGACACAATGTCTAGCTGGGTAATATCAGGATTAAATTAATTGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGGGACACAATGTCTAGCTGGGTAATATCAGGATTAAATTAATTGAT  900

seq1  AGGATACTCTGAGGTTACTCCCTGAAGAACGACTTAGTGTGTAGGAGTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATACTCTGAGGTTACTCCCTGAAGAACGACTTAGTGTGTAGGAGTCA  950

seq1  GAGGAGACACATATATCATAACAGTTTG-TTTTTTTTTCCTTTTACAACA  999
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGACACATATATCATAACAGTTTGTTTTTTTTTTCCTTTTACAACA  1000

seq1  TGTTAGATGAATGATCATAGATTAGGATGCTCATGACAATCAACCTCTGA  1049
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGATG-ATGATCATAGATTAGGATGCTCATGACAATCAACCTCTGA  1049

seq1  C-AATGTTTCCCACGTCAATATAAGCCCTTGACATGGATTTCTTTTTAAA  1098
      | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||  ||
seq2  CAAATGTTTCCCACGTCAATATAAGGCC-TGACATGGA-TTCTTTT--AA  1095

seq1  TTC-TATTGATTTGCTTATTAGGTGA-TACCAGGGA-TGGCAAGGGAAGT  1145
      ||| |||||| |||| ||||| |||| | ||||||| || ||||||||  
seq2  TTCTTATTGA-TTGC-TATTA-GTGATTCCCAGGGATTGCCAAGGGAAAG  1142

seq1  GTTCCTAGCATTTCTACAGCCCCGGCTTCAC  1176
       |||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTTCCTAGCATTTCTACAGCCTCGGCTTCAC  1173

seq1: chr12_70884669_70885136
seq2: B6Ng01-276D21.g_64_531 (reverse)

seq1  AAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAAGCAAGCTTTCCC  50
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAAGATAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAAGCAAGCTTTCCC  50

seq1  TGTGTCCTAGCTGCTGCTTTTAGCCCTTTGACTGGAGTTGATCTGACCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCCTAGCTGCTGCTTTTAGCCCTTTGACTGGAGTTGATCTGACCTA  100

seq1  CCAGACACCCATTGTCTTATCTTTGATCTCCAGCTGCCCTAGGGCGGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACACCCATTGTCTTATCTTTGATCTCCAGCTGCCCTAGGGCGGTCT  150

seq1  GCTCCTTTCTCAGCAGGTCTACCTTTTCACTCCCTCCACAGAGATTCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTTTCTCAGCAGGTCTACCTTTTCACTCCCTCCACAGAGATTCAGC  200

seq1  AGCAGAGACTTGGGGCCTGGGAAAGAGTTGGCTGCTTTCTGTTTCTGTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGACTTGGGGCCTGGGAAAGAGTTGGCTGCTTTCTGTTTCTGTCC  250

seq1  CCCCACCCCCACCCCCTGTTGCTGGATACATAGATATTACTAGGGGTAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCCCCACCCCCTGTTGCTGGATACATAGATATTACTAGGGGTAGA  300

seq1  GTGAGAGGGGATGGGATGGAATAAAGCACATTATATGCTTGTATGTGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAGGGGATGGGATGGAATAAAGCACATTATATGCTTGTATGTGTTC  350

seq1  TATGCAAAGTAAGTGCCCACTTCCCACCACAGGAACCCTAATTGTCTAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAAAGTAAGTGCCCACTTCCCACCACAGGAACCCTAATTGTCTAGC  400

seq1  ACATGATGCCTGGATGTGTGTGCGCACGCATGTGTGTACCCCATGCACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGATGCCTGGATGTGTGTGCGCACGCATGTGTGTACCCCATGCACAC  450

seq1  TGATGTGTGTGTGAATTC  468
      ||||||||||||||||||
seq2  TGATGTGTGTGTGAATTC  468