BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277F08
Chromosome12 (Build37)
Map Location 31,473,258 - 31,579,872
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043055, Acp1
Upstream geneMyt1l, Pxdn, Tpo, Sntg2, Tmem18
Downstream geneSh3yl1, LOC629656, 9030611O19Rik, LOC668781, LOC100043065, LOC100043514, EG629667, LOC100043068, Lamb1-1, Dld, LOC668786, Slc26a3, Cbll1, Slc26a4, LOC100043531, Bcap29, Dus4l, LOC100043081, Gpr22
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277F08.bB6Ng01-277F08.g
ACCGA077882GA077883
length1,1441,131
definitionB6Ng01-277F08.b B6Ng01-277F08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,578,741 - 31,579,872)(31,473,258 - 31,474,410)
sequence
gaattcaactgggaagttatcaaatacaactgagatacaaatccagtgtc
tgcctgcttcttactgacaagtgaacaagatacctaaatgttgcctccat
gtgcctttttatttgcttgagtgtgaagtttgggctctcagcctctgtgt
tagaaagtaaagtgatgagatggatacacacaatgctgtgttggatggcg
atgggtgtctaattgagagactccaggcactatccttatccttgggcctt
cttcatgtagctggtgctccctacccgcttcccagctgaaaaggtggtaa
ctgtctgtcttagcctgtcttagctcaggtcactactggtgagctccagt
cacgcagaacttgtagttagaagagccatcctgacgtctgaaaggaagga
agcccaggggcctaggaatatgcagtctcttcttggccagggctcctctc
tcgaaggaggaaagcttacacctgactcttccagaagaaagcagctatcc
cagcaccctctcacagaaaggccatgatgtcccagcaaaggcagacactt
cagctgcctttttgggctcctgtggggttttggtcagagtcttcacaaaa
ttaaaaccgaggaagggagaggacaggtagtcagccacaaggaggaaatg
gattaagtcaaagctctccaccctacttcagtgcttgcttcagaatctca
gatttctctttcaggtcataagatcctattgttttcttgaaattttacct
gtgtatcttacacgcagatccttggaatgtcaggttctgctttgttctac
ggctgtctcaaacagcacagtgtgtttataagggctcatgaacagagaaa
ttaactttttacattcaatcaaattacatttgtttaaaatacagccatta
aattttaaaactgttctcagggtgcttcttggtttgacattctcttacat
caggtagagatgggtagatgtggaagttattgatgggctaaatgagaccc
aagcgatcaggagtttatgttattcagtactttagtcaccatctacacac
cacacacacgcacacggtgtatataatatagtgacaatgtgtaatgtatg
tttaatatattacatatattcctgagcccttgacatgttattta
gaattcacagcaaaacagtggtagggtggatgtaatcgccattcaattta
ccatccagtattcttttttttttccttttccattagaaagaggaacactc
ctccattgttggtgggattgcaggcttgtacaaccactctggaaagcagt
ctggcggttcctcagaaaattggacatagtactaccggaggatccagcaa
tacctctcctgggcatatatccagaagatgccccaactggtaagaaggac
acatgctccactatgttcatagcagccttatttataatagccagaagctg
gaaagaacccagatgaccatccagtattcttaaagggcctgtgaactctg
tttctgaataatttatagacctgaaaggaattgttcacttattaattgag
tcacataaagataaccaggaaaaatggtttggatgacagagctagacctc
aatctgatgtctaaggtcaaatcccaggctagtggctctcagtcttgaat
ggcattggaatgactatagatatttaaaaatatacctgtgactaattgat
caccagagaatatacctaagaggcttgggttagtaaaggaacacagaaga
tcagacagaagccccttgtattcaatatgggtgctattcaatatgggatg
ctatttaatatgggactatgcagtcacccttgaggtgagagagctcctgt
tctaagaaggtaacttcaaaacaggagacataaaatgaccaatcagaaga
cccaggtagacgtggaagtccatctttgatggcataattctttattcctt
aaatgcatgagtgctgagagtctaccagatgcatggaatgaagaaggctc
caacagctcattcaaagaagtatacaattacactgaatttttgtgctctt
tttattgaagcctagaaaaagctgccctcgaaagataagaaaacttacat
acccatggtgaccagaatttcatgtttcctaaaaccacaccagcttcttt
ctatgctgctcctgatatactagaaaactgaatccccactcaacaattat
ttggaattttatatttcatccactcactagtaacctgtcatattaacata
tgagagatggtcactgtgatatgccaagaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_31578741_31579872
seq2: B6Ng01-277F08.b_42_1185 (reverse)

seq1  TAAATAACAATGTCAA-GGCTCA-GAATATATGT-ATATA-TAAACATAC  46
      |||||||| ||||||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||||
seq2  TAAATAAC-ATGTCAAGGGCTCAGGAATATATGTAATATATTAAACATAC  49

seq1  A-TACACATTGTTCACTATA-TATATACA-CGTGTGCGTGTGTGT-GTGT  92
      | ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  ATTACACATTG-TCACTATATTATATACACCGTGTGCGTGTGTGTGGTGT  98

seq1  GTAGAT-GTGACT-AAGTACTGAATAACATAAACTCCTGATCGCTT-GGT  139
      |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTAGATGGTGACTAAAGTACTGAATAACATAAACTCCTGATCGCTTGGGT  148

seq1  CTCATTTAG-CCATCAATA--CTCCACATCTA-CCATCTCTACCTGATTG  185
      ||||||||| |||||||||   |||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  CTCATTTAGCCCATCAATAACTTCCACATCTACCCATCTCTACCTGA-TG  197

seq1  TAAGAGAATGTCAAACCAAGAAGCACCCTGAGAACAGTTTTAAAATTTAA  235
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGAATGTCAAACCAAGAAGCACCCTGAGAACAGTTTTAAAATTTAA  247

seq1  TGGCTGTATTTTAAACAAATGTAATTTGATTGAATGTAAAAAGTTAATTT  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTATTTTAAACAAATGTAATTTGATTGAATGTAAAAAGTTAATTT  297

seq1  CTCTGTTCATGAGCCCTTATAAACACACTGTGCTGTTTGAGACAGCCGTA  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTCATGAGCCCTTATAAACACACTGTGCTGTTTGAGACAGCCGTA  347

seq1  GAACAAAGCAGAACCTGACATTCCAAGGATCTGCGTGTAAGATACACAGG  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAAGCAGAACCTGACATTCCAAGGATCTGCGTGTAAGATACACAGG  397

seq1  TAAAATTTCAAGAAAACAATAGGATCTTATGACCTGAAAGAGAAATCTGA  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTTCAAGAAAACAATAGGATCTTATGACCTGAAAGAGAAATCTGA  447

seq1  GATTCTGAAGCAAGCACTGAAGTAGGGTGGAGAGCTTTGACTTAATCCAT  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGAAGCAAGCACTGAAGTAGGGTGGAGAGCTTTGACTTAATCCAT  497

seq1  TTCCTCCTTGTGGCTGACTACCTGTCCTCTCCCTTCCTCGGTTTTAATTT  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCTTGTGGCTGACTACCTGTCCTCTCCCTTCCTCGGTTTTAATTT  547

seq1  TGTGAAGACTCTGACCAAAACCCCACAGGAGCCCAAAAAGGCAGCTGAAG  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGACTCTGACCAAAACCCCACAGGAGCCCAAAAAGGCAGCTGAAG  597

seq1  TGTCTGCCTTTGCTGGGACATCATGGCCTTTCTGTGAGAGGGTGCTGGGA  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCCTTTGCTGGGACATCATGGCCTTTCTGTGAGAGGGTGCTGGGA  647

seq1  TAGCTGCTTTCTTCTGGAAGAGTCAGGTGTAAGCTTTCCTCCTTCGAGAG  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGCTTTCTTCTGGAAGAGTCAGGTGTAAGCTTTCCTCCTTCGAGAG  697

seq1  AGGAGCCCTGGCCAAGAAGAGACTGCATATTCCTAGGCCCCTGGGCTTCC  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCCCTGGCCAAGAAGAGACTGCATATTCCTAGGCCCCTGGGCTTCC  747

seq1  TTCCTTTCAGACGTCAGGATGGCTCTTCTAACTACAAGTTCTGCGTGACT  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTCAGACGTCAGGATGGCTCTTCTAACTACAAGTTCTGCGTGACT  797

seq1  GGAGCTCACCAGTAGTGACCTGAGCTAAGACAGGCTAAGACAGACAGTTA  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTCACCAGTAGTGACCTGAGCTAAGACAGGCTAAGACAGACAGTTA  847

seq1  CCACCTTTTCAGCTGGGAAGCGGGTAGGGAGCACCAGCTACATGAAGAAG  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTTTTCAGCTGGGAAGCGGGTAGGGAGCACCAGCTACATGAAGAAG  897

seq1  GCCCAAGGATAAGGATAGTGCCTGGAGTCTCTCAATTAGACACCCATCGC  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAAGGATAAGGATAGTGCCTGGAGTCTCTCAATTAGACACCCATCGC  947

seq1  CATCCAACACAGCATTGTGTGTATCCATCTCATCACTTTACTTTCTAACA  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAACACAGCATTGTGTGTATCCATCTCATCACTTTACTTTCTAACA  997

seq1  CAGAGGCTGAGAGCCCAAACTTCACACTCAAGCAAATAAAAAGGCACATG  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCTGAGAGCCCAAACTTCACACTCAAGCAAATAAAAAGGCACATG  1047

seq1  GAGGCAACATTTAGGTATCTTGTTCACTTGTCAGTAAGAAGCAGGCAGAC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAACATTTAGGTATCTTGTTCACTTGTCAGTAAGAAGCAGGCAGAC  1097

seq1  ACTGGATTTGTATCTCAGTTGTATTTGATAACTTCCCAGTTGAATTC  1132
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGATTTGTATCTCAGTTGTATTTGATAACTTCCCAGTTGAATTC  1144

seq1: chr12_31473258_31474410
seq2: B6Ng01-277F08.g_64_1194

seq1  GAATTCACAGCAAAACAGTGGTAGGGTGGATGTAATCGCCATTCAATTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGCAAAACAGTGGTAGGGTGGATGTAATCGCCATTCAATTTA  50

seq1  CCATCCAGTATTCTTTTTTTTTTCCTTTTCCATTAGAAAGAGGAACACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCAGTATTCTTTTTTTTTTCCTTTTCCATTAGAAAGAGGAACACTC  100

seq1  CTCCATTGTTGGTGGGATTGCAGGCTTGTACAACCACTCTGGAAAGCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTGTTGGTGGGATTGCAGGCTTGTACAACCACTCTGGAAAGCAGT  150

seq1  CTGGCGGTTCCTCAGAAAATTGGACATAGTACTACCGGAGGATCCAGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCGGTTCCTCAGAAAATTGGACATAGTACTACCGGAGGATCCAGCAA  200

seq1  TACCTCTCCTGGGCATATATCCAGAAGATGCCCCAACTGGTAAGAAGGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCTCCTGGGCATATATCCAGAAGATGCCCCAACTGGTAAGAAGGAC  250

seq1  ACATGCTCCACTATGTTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTCCACTATGTTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTG  300

seq1  GAAAGAACCCAGATGACCATCCAGTATTCTTAAAGGGCCTGTGAACTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAACCCAGATGACCATCCAGTATTCTTAAAGGGCCTGTGAACTCTG  350

seq1  TTTCTGAATAATTTATAGACCTGAAAGGAATTGTTCACTTATTAATTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAATAATTTATAGACCTGAAAGGAATTGTTCACTTATTAATTGAG  400

seq1  TCACATAAAGATAACCAGGAAAAATGGTTTGGATGACAGAGCTAGACCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATAAAGATAACCAGGAAAAATGGTTTGGATGACAGAGCTAGACCTC  450

seq1  AATCTGATGTCTAAGGTCAAATCCCAGGCTAGTGGCTCTCAGTCTTGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGATGTCTAAGGTCAAATCCCAGGCTAGTGGCTCTCAGTCTTGAAT  500

seq1  GGCATTGGAATGACTATAGATATTTAAAAATATACCTGTGACTAATTGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTGGAATGACTATAGATATTTAAAAATATACCTGTGACTAATTGAT  550

seq1  CACCAGAGAATATACCTAAGAGGCTTGGGTTAGTAAAGGAACACAGAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGAGAATATACCTAAGAGGCTTGGGTTAGTAAAGGAACACAGAAGA  600

seq1  TCAGACAGAAGCCCCTTGTATTCAATATGGGTGCTATTCAATATGGGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACAGAAGCCCCTTGTATTCAATATGGGTGCTATTCAATATGGGATG  650

seq1  CTATTTAATATGGGACTATGCAGTCACCCTTGAGGTGAGAGAGCTCCTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTAATATGGGACTATGCAGTCACCCTTGAGGTGAGAGAGCTCCTGT  700

seq1  TCTAAGAAGGTAACTTCAAAACAGGAGACATAAAATGACCAATCAGAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGAAGGTAACTTCAAAACAGGAGACATAAAATGACCAATCAGAAGA  750

seq1  CCCAGGTAGACGTGGAAGTCCATCTTTGATGGCATAATTCTTTATTCCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGTAGACGTGGAAGTCCATCTTTGATGGCATAATTCTTTATTCCTT  800

seq1  AAATGCATGAGTGCTGAGAGTCTACCAGATGCATGGAATGAAGAAGGCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCATGAGTGCTGAGAGTCTACCAGATGCATGGAATGAAGAAGGCTC  850

seq1  CAACAGCTCATTCAAAGAAGTATACAATTACACTGAATTTTTGTGCTCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGCTCATTCAAAGAAGTATACAATTACACTGAATTTTTGTGCTCTT  900

seq1  TTTATTGAAGCCTAGAAAAAGCTGCCCTCGAAGGATAAGAAAACTTACAT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTATTGAAGCCTAGAAAAAGCTGCCCTCGAAAGATAAGAAAACTTACAT  950

seq1  ACCCATGGTGACCAGAA-TTCATGTTTTCCCTAAAAACCACACCAGCTTC  999
      ||||||||||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||| 
seq2  ACCCATGGTGACCAGAATTTCATGTTT--CCT-AAAACCACACCAGCTT-  996

seq1  CTTTCTATGGCCTGCTTCCCTGATTATACTAGAAAACCTTGAATCCCCAC  1049
      |||||||||  |||||  ||||| |||||||||||||  |||||||||||
seq2  CTTTCTATG--CTGCT--CCTGA-TATACTAGAAAAC--TGAATCCCCAC  1039

seq1  TCCAAACAAATTTATTTTGAATTTTTATATTTCCTTCCCACTCACTAGTT  1099
      ||  |||||  |||||| ||| ||||||||||| |  |||||||||||| 
seq2  TC--AACAA--TTATTTGGAA-TTTTATATTTCAT--CCACTCACTAGTA  1082

seq1  AACTTAATTTAATATATAAATATGAGTGATGGGCACTGTGATAAATG-CA  1148
      | |    | | ||||  | ||||||| ||||| |||||||||  ||| ||
seq2  ACC----TGTCATATTAACATATGAGAGATGGTCACTGTGAT--ATGCCA  1126

seq1  AGAAC  1153
      |||||
seq2  AGAAC  1131