BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277L23
Chromosome12 (Build37)
Map Location 80,869,052 - 81,021,031
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRad51l1, LOC100041968
Upstream geneMpp5, Atp6v1d, LOC100041878, Eif2s1, Plek2, 6330442E10Rik, Plekhh1, Pigh, LOC666722, Arg2, Vti1b, Rdh11, Rdh12, Zfyve26
Downstream geneLOC435309, LOC100041674, LOC666754, Zfp36l1, Actn1, Wdr22, Exdl2, 2310002D06Rik, Galntl1, LOC100041715, Erh, Slc39a9, 3830431G21Rik, Gm1568, 4933426M11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277L23.bB6Ng01-277L23.g
ACCGA078181GA078182
length1,1471,031
definitionB6Ng01-277L23.b B6Ng01-277L23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,019,891 - 81,021,031)(80,869,052 - 80,870,085)
sequence
gaattctgagcagtgtgcgtcaggatttgacactccatttccaggtggag
ccaggcatagtggagcttgctttcaatcttggaacttgagagatggagga
aggcaggtctctgtgagttcacagccggtctggtctacatagtgagttcc
aggacagccaaagctgcctagtgagacccagttgtgagagaatgaatgaa
tcaattttaaacaaaaagaagaagacttctagttggtgtactccagagag
tttgaaagttggttggggtgaagggacacctgcatttggggtcaagtgtt
ctgaataaaaacttgccttaggcatctaaggttccacattgggaagcagc
caatataggaggctatctgattggtaaaagcaaggttgaggaaggatata
agtgaaagacataagtggcaatggaaatgatcctttgttggtgagcagtt
aggacccagaggggaggaagtgatcaagcggtgtctggagaagtggatcc
taagactctgaacccgcttaggtgggggactattgtagagaagggcacag
gcatatgagacatgagagggcagaaaggatccgtgcagtagaaggctaag
gaagctaatcagaaagacatggcctcagctccccaagccaccagtcacaa
aggcagctcactcactgtgcctgcctgagagggtggtgcagaaggcaggt
cccgtggtttgtgcccaagatcaagggtagcgtggcgatgactaaccaca
atgttactttgtttaaaaatttaaaagatttcatttttatttacctatgc
atgtgtgtctgtcagggaccatacacataagcatgcagatggccgtggag
accagaagggggcacaggactctcttgagctggatttaaaggcagttgtg
agccaccctagatgagtgctgggtacagaagtcagtggttttgagagaag
caccacgcagacttgagtgctatgtgatctcttagacctctttttttttt
tttttcttttgaggtaaaatcaggagaatgggggaatgaaattcaccacc
tccacttcccaattcatcgctagactgcaggggaaggagaagattgatct
tttgttcgccacttttgtagcttgcattggcctgcaagtgtgggccc
gaattcacatgccagatttgccagctaaatacacagcaaatccaggttaa
tgaagaagggggtgggactggtgggcctttccaggggagatggggcagga
tggtattgcttttacagcaggagataaattgactcttgtagcaaggagcc
agggatcatcaaatacagacatgggcatttatttgccttttccagacaac
tttatggatgtccttggttacagaccagaggattcttcttgattttcttg
ggcttgtgtaaacaacatttcagcctggacactaggtcagccctgttccg
agaagataaagctgcttattccatccaaggaagcattcttgtgttttcaa
gccctagcatgcctgttactcagggacacctttccactgtggttccggta
tcctggttctgaggccaacacttttcttgatggaatacatccagacgatt
tctggagaacctaatgaccattggtgtgtcccttagatggatgagtgtca
gtggaaaagcagtgtgtagctagctatccgaaaagcactgaaaagagcaa
cattctttgtgaatcggtgtgggcagaggtctctgtgaccaccagggctg
gcagagtaacagtcctcgtgaggtcagaaggaaatccagttaacatgact
tagctggtgttggttcaaactacaaaagtctgacaccaagcagtttattt
tagacacatttaagtacaataaaactttgggaataagtttcctggtaaag
gttatctcaatcctgtgtgcaaggtaaagcttaaggcaggactacatcaa
aagtcttttttgcaaagcacacgtgacctcttctattgattaaagggcct
aggatccgggtgtggtcttgggtcgtatagataaggtagaggtcagcagc
tatatagtacttgtgacatccgtaaaggatggattctattgactgagaga
caaagttgaagaataaagttctacgagagagtctggattaaacatctagg
ggattcggcgagctggccctatagatagcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_81019891_81021031
seq2: B6Ng01-277L23.b_46_1192 (reverse)

seq1  GGGCCCACAC-TGCA-GCAAAGGCCAGCTACAAAGGTGGCGAAC-AAAGA  47
      |||||||||| |||| || || || ||||||||| ||||||||| |||||
seq2  GGGCCCACACTTGCAGGCCAATGCAAGCTACAAAAGTGGCGAACAAAAGA  50

seq1  CAAACCTTCTCTTTCCCCTGCAGTCTAGCGATGAAATGTGAAGT-GAG--  94
        || |||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||  
seq2  TCAATCTTCTCCTTCCCCTGCAGTCTAGCGATGAATTGGGAAGTGGAGGT  100

seq1  TGTGATTTTCATT-CCCCATTCTCCTGATTTTTACCTTAAAAG-AAAAAA  142
       |||| ||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||
seq2  GGTGAATTTCATTCCCCCATTCTCCTGA-TTTTACCTCAAAAGAAAAAAA  149

seq1  AAAAAAAAGAGGTCTAAAGAGATCACATAGCACTCAAGTCTGCGTGTTGC  192
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAAAAAAAGAGGTCT-AAGAGATCACATAGCACTCAAGTCTGCGTGGTGC  198

seq1  TTCTCTCAAAACACCTGACTTCTGTACCCAGCACTCATCTAGGGTGGCTC  242
      ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCAAAACCACTGACTTCTGTACCCAGCACTCATCTAGGGTGGCTC  248

seq1  ACAACTGCCTTTAAATCCAGCTCAAGAGAGTCCTGTGCCCCCTTCTGGTC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTGCCTTTAAATCCAGCTCAAGAGAGTCCTGTGCCCCCTTCTGGTC  298

seq1  TCCACGGCCATCTGCATGCTTATGTGTATGGTCCCTGACAGACACACATG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACGGCCATCTGCATGCTTATGTGTATGGTCCCTGACAGACACACATG  348

seq1  CATAGGTAAATAAAAATGAAATCTTTTAAATTTTTAAACAAAGTAACATT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGTAAATAAAAATGAAATCTTTTAAATTTTTAAACAAAGTAACATT  398

seq1  GTGGTTAGTCATCGCCACGCTACCCTTGATCTTGGGCACAAACCACGGGA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTAGTCATCGCCACGCTACCCTTGATCTTGGGCACAAACCACGGGA  448

seq1  CCTGCCTTCTGCACCACCCTCTCAGGCAGGCACAGTGAGTGAGCTGCCTT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTTCTGCACCACCCTCTCAGGCAGGCACAGTGAGTGAGCTGCCTT  498

seq1  TGTGACTGGTGGCTTGGGGAGCTGAGGCCATGTCTTTCTGATTAGCTTCC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACTGGTGGCTTGGGGAGCTGAGGCCATGTCTTTCTGATTAGCTTCC  548

seq1  TTAGCCTTCTACTGCACGGATCCTTTCTGCCCTCTCATGTCTCATATGCC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCTTCTACTGCACGGATCCTTTCTGCCCTCTCATGTCTCATATGCC  598

seq1  TGTGCCCTTCTCTACAATAGTCCCCCACCTAAGCGGGTTCAGAGTCTTAG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCCTTCTCTACAATAGTCCCCCACCTAAGCGGGTTCAGAGTCTTAG  648

seq1  GATCCACTTCTCCAGACACCGCTTGATCACTTCCTCCCCTCTGGGTCCTA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCACTTCTCCAGACACCGCTTGATCACTTCCTCCCCTCTGGGTCCTA  698

seq1  ACTGCTCACCAACAAAGGATCATTTCCATTGCCACTTATGTCTTTCACTT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTCACCAACAAAGGATCATTTCCATTGCCACTTATGTCTTTCACTT  748

seq1  ATATCCTTCCTCAACCTTGCTTTTACCAATCAGATAGCCTCCTATATTGG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCTTCCTCAACCTTGCTTTTACCAATCAGATAGCCTCCTATATTGG  798

seq1  CTGCTTCCCAATGTGGAACCTTAGATGCCTAAGGCAAGTTTTTATTCAGA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCCCAATGTGGAACCTTAGATGCCTAAGGCAAGTTTTTATTCAGA  848

seq1  ACACTTGACCCCAAATGCAGGTGTCCCTTCACCCCAACCAACTTTCAAAC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTGACCCCAAATGCAGGTGTCCCTTCACCCCAACCAACTTTCAAAC  898

seq1  TCTCTGGAGTACACCAACTAGAAGTCTTCTTCTTTTTGTTTAAAATTGAT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGAGTACACCAACTAGAAGTCTTCTTCTTTTTGTTTAAAATTGAT  948

seq1  TCATTCATTCTCTCACAACTGGGTCTCACTAGGCAGCTTTGGCTGTCCTG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCATTCTCTCACAACTGGGTCTCACTAGGCAGCTTTGGCTGTCCTG  998

seq1  GAACTCACTATGTAGACCAGACCGGCTGTGAACTCACAGAGACCTGCCTT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCACTATGTAGACCAGACCGGCTGTGAACTCACAGAGACCTGCCTT  1048

seq1  CCTCCATCTCTCAAGTTCCAAGATTGAAAGCAAGCTCCACTATGCCTGGC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATCTCTCAAGTTCCAAGATTGAAAGCAAGCTCCACTATGCCTGGC  1098

seq1  TCCACCTGGAAATGGAGTGTCAAATCCTGACGCACACTGCTCAGAATTC  1141
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTGGAAATGGAGTGTCAAATCCTGACGCACACTGCTCAGAATTC  1147

seq1: chr12_80869052_80870085
seq2: B6Ng01-277L23.g_68_1098

seq1  GAATTCACATGCCAGATTTGCCAGCTAAATACACAGCAAATCCAGGTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATGCCAGATTTGCCAGCTAAATACACAGCAAATCCAGGTTAA  50

seq1  TGAAGAAGGGGGTGGGACTGGTGGGCCTTTCCAGGGGAGATGGGGCAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAGGGGGTGGGACTGGTGGGCCTTTCCAGGGGAGATGGGGCAGGA  100

seq1  TGGTATTGCTTTTACAGCAGGAGATAAATTGACTCTTGTAGCAAGGAGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATTGCTTTTACAGCAGGAGATAAATTGACTCTTGTAGCAAGGAGCC  150

seq1  AGGGATCATCAAATACAGACATGGGCATTTATTTGCCTTTTCCAGACAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATCATCAAATACAGACATGGGCATTTATTTGCCTTTTCCAGACAAC  200

seq1  TTTATGGATGTCCTTGGTTACAGACCAGAGGATTCTTCTTGATTTTCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGATGTCCTTGGTTACAGACCAGAGGATTCTTCTTGATTTTCTTG  250

seq1  GGCTTGTGTAAACAACATTTCAGCCTGGACACTAGGTCAGCCCTGTTCCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGTGTAAACAACATTTCAGCCTGGACACTAGGTCAGCCCTGTTCCG  300

seq1  AGAAGATAAAGCTGCTTATTCCATCCAAGGAAGCATTCTTGTGTTTTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATAAAGCTGCTTATTCCATCCAAGGAAGCATTCTTGTGTTTTCAA  350

seq1  GCCCTAGCATGCCTGTTACTCAGGGACACCTTTCCACTGTGGTTCCGGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAGCATGCCTGTTACTCAGGGACACCTTTCCACTGTGGTTCCGGTA  400

seq1  TCCTGGTTCTGAGGCCAACACTTTTCTTGATGGAATACATCCAGACGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGTTCTGAGGCCAACACTTTTCTTGATGGAATACATCCAGACGATT  450

seq1  TCTGGAGAACCTAATGACCATTGGTGTGTCCCTTAGATGGATGAGTGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGAACCTAATGACCATTGGTGTGTCCCTTAGATGGATGAGTGTCA  500

seq1  GTGGAAAAGCAGTGTGTAGCTAGCTATCCGAAAAGCACTGAAAAGAGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAAAGCAGTGTGTAGCTAGCTATCCGAAAAGCACTGAAAAGAGCAA  550

seq1  CATTCTTTGTGAATCGGTGTGGGCAGAGGTCTCTGTGACCACCAGGGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTTGTGAATCGGTGTGGGCAGAGGTCTCTGTGACCACCAGGGCTG  600

seq1  GCAGAGTAACAGTCCTCGTGAGGTCAGAAGGAAATCCAGTTAACATGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGTAACAGTCCTCGTGAGGTCAGAAGGAAATCCAGTTAACATGACT  650

seq1  TAGCTGGTGTTGGTTCAAACTACAAAAGTCTGACACCAAGCAGTTTATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGGTGTTGGTTCAAACTACAAAAGTCTGACACCAAGCAGTTTATTT  700

seq1  TAGACACATTTAAGTACAATAAAACTTTGGGAATAAGTTTCCTGGTAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACACATTTAAGTACAATAAAACTTTGGGAATAAGTTTCCTGGTAAAG  750

seq1  GTTATCTCAATCCTGTGTGCAAGGTAAAGCTTAAGGCAGGACTACATCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCTCAATCCTGTGTGCAAGGTAAAGCTTAAGGCAGGACTACATCAA  800

seq1  AAGTCTTTTTTGCAAAGCACACGTGACCTCTTCTATTGATT-AAGGGCCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAGTCTTTTTTGCAAAGCACACGTGACCTCTTCTATTGATTAAAGGGCCT  850

seq1  AGGATCC-GGTGTGGTCTT-GGTCGTATAGATAAGGTAGAGGTCAGCAGG  897
      ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGGATCCGGGTGTGGTCTTGGGTCGTATAGATAAGGTAGAGGTCAGCA-G  899

seq1  CTATATAGTACTTGTGACATCCGT-AAGGATGGATTCTATTGACTGAGAG  946
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATAGTACTTGTGACATCCGTAAAGGATGGATTCTATTGACTGAGAG  949

seq1  ACAAAGTTGAAG-ATAAAGTTCTAAGGAGGAAGAGTCTGGAATAAACAAT  995
      |||||||||||| |||||||||| | |||  |||||||||| ||||| ||
seq2  ACAAAGTTGAAGAATAAAGTTCT-ACGAG--AGAGTCTGGATTAAAC-AT  995

seq1  CTAGGGGATTCGGGCGAGGCCTGGCCCTATAGATAGCAA  1034
      ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGGATTC-GGCGAG--CTGGCCCTATAGATAGCAA  1031