BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-282L22
Chromosome12 (Build37)
Map Location 113,225,104 - 113,394,115
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTdrd9, A530050D06Rik, Kif26a
Upstream gene6030440G07Rik, Rcor1, 4930595D18Rik, Traf3, Amn, Cdc42bpb, A230065H16Rik, 1200009I06Rik, Tnfaip2, Gm266, Eif5, Mark3, Ckb, 6720458F09Rik, Bag5, 2810002N01Rik, Klc1, Xrcc3, Zfyve21, Ppp1r13b, LOC100041886, 2010107E04Rik, BC048943
Downstream geneA730018C14Rik, A530016L24Rik, Tmem179, 2610204M08Rik, Adssl1, Siva1, Akt1, EG382639, AW555464, LOC382640, Pld4, AI450948, LOC100041194, BC022687, Cdca4, Gpr132, Jag2, Nudt14, Brf1, Btbd6, Pacs2, Tex22, Mta1, Crip2, Crip1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-282L22.bB6Ng01-282L22.g
ACCGA081883GA081884
length1,102961
definitionB6Ng01-282L22.b B6Ng01-282L22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,225,104 - 113,226,201)(113,393,150 - 113,394,115)
sequence
gaattcactccatgcacttggagtggaaaggaggagctgtgctgggtttg
cgtctgtaactctggctgtgcagctcctgttgactctcgccaccacgctg
gtctcacgctgctgctgtccttcacagctgtccttcgggctcccactgca
tgatccttggttttttgaagccaagcaagtgatacagaaacagaaatcgc
aggattttgttatctcttaggcaatcaagtggctcacaagtgcagagaaa
tagtctcaattatctttgaaaccaatcagagctgctctgagcagctcaca
cctaaggagatgagggaagggacttaacgagcagacattcctgatgaatg
atccccaaaagatagatctctggtaaaaccaaatccaaatgccatctctc
cactgcatagaactcttagaatttcttaggaagcccagttagtatgctac
tgattttaaagttatattttgaggcagtgttcttcagctaagtactttct
atgtaacttaatgttttctaagcaagcttattggtaatttcatctatata
cttaggtataagaatacttacctataatactagtgttacaatttattatt
ttatttttattgtttaaagagaaaccaaggtaggaagccaagccccagtc
ctaccataggcactgttgggagcaggaacacacagtgcactcagcagcct
gcctgtccctactgctcagccagcatccttcactcagatgcagttcagga
caaccctccactgacatgcctgtggctaacctgatctagggtgaagactt
ccttctcaggtggcagggttgtggcagggtgacattagaacctcctgtca
cagatgtgatcattgctgtgctcatcagagcagtttggatgctcctggga
aacctcacaaggtcaaggttgagagggagagactcgtgggtctctcccct
cgtgacatcatttcaaagctctgtaccttggtgggtactggtcctgcttg
ttatggctctcagagaagtgacctggcacttgctccgggaacaagtgcag
aaaagcaaaacctgaagttggagtgagactctttgagaggactggtgact
gt
gaattcaccaggctcaagcatacaagggggagccctgcagggcatgagag
gtccccagagatggcacagggctggagactggggtggggtgatcccagcc
aatgacccaggcccaggcggagggtaggctggcctgtttccagtctgact
cttctgctctgattttccactcagcaggaggctacaaagggaaggaagtg
tgtccgggtgcagccattagctcggcttgaaaggggccgcccagcgcagg
ctccagccccgaatccaggcccagctaccctttgttctgggccctctgaa
cagacctggaggcctctgcctgtcttaggggccacagcctctgaaataag
ccccctccccacagcaggaggcaagaatgaaagctaagcctaaggaagga
gagtccaccaggcccaacaacacagctaggcagagagcaggcgagaagcc
tgaccggccatcaagagcagaagtccattcaggcaccggacgggaagcaa
gcgggagagggagtggactcccatattcaggtccccactgagaaggtggc
caaaagtcatttgctcatctgtgctgttggctccggctccgggtatctca
ggcaagaggccttcctcctcccaacagctgccctgcaccccatccctgct
gcatcagctcccagtgggccaggacccaggtaggagcaagcctagaagta
gccaagtcaacgtttttgatccctcaccaccaccaccaccaccacccacc
cacccacgttgggggttggcagggctaaaaccttaggccacttttccagt
cctggtcacacagggtgaccaggctactcaacacattacggtgcagttgg
gctggggtgtggggattgtgaccacagcactgaggttctacacagagcag
agcactgtgggttggttcttcacaatcagcccaagtctgtctccggaacc
agctgggagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_113225104_113226201
seq2: B6Ng01-282L22.b_45_1146

seq1  GAATTCACTCCATGCACTTGGAGTGGAAAGGAGGAGCTGTGCTGGGTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCCATGCACTTGGAGTGGAAAGGAGGAGCTGTGCTGGGTTTG  50

seq1  CGTCTGTAACTCTGGCTGTGCAGCTCCTGTTGACTCTCGCCACCACGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTGTAACTCTGGCTGTGCAGCTCCTGTTGACTCTCGCCACCACGCTG  100

seq1  GTCTCACGCTGCTGCTGTCCTTCACAGCTGTCCTTCGGGCTCCCACTGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCACGCTGCTGCTGTCCTTCACAGCTGTCCTTCGGGCTCCCACTGCA  150

seq1  TGATCCTTGGTTTTTTGAAGCCAAGCAAGTGATACAGAAACAGAAATCGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCTTGGTTTTTTGAAGCCAAGCAAGTGATACAGAAACAGAAATCGC  200

seq1  AGGATTTTGTTATCTCTTAGGCAATCAAGTGGCTCACAAGTGCAGAGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTTTGTTATCTCTTAGGCAATCAAGTGGCTCACAAGTGCAGAGAAA  250

seq1  TAGTCTCAATTATCTTTGAAACCAATCAGAGCTGCTCTGAGCAGCTCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTCAATTATCTTTGAAACCAATCAGAGCTGCTCTGAGCAGCTCACA  300

seq1  CCTAAGGAGATGAGGGAAGGGACTTAACGAGCAGACATTCCTGATGAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGGAGATGAGGGAAGGGACTTAACGAGCAGACATTCCTGATGAATG  350

seq1  ATCCCCAAAAGATAGATCTCTGGTAAAACCAAATCCAAATGCCATCTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCAAAAGATAGATCTCTGGTAAAACCAAATCCAAATGCCATCTCTC  400

seq1  CACTGCATAGAACTCTTAGAATTTCTTAGGAAGCCCAGTTAGTATGCTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCATAGAACTCTTAGAATTTCTTAGGAAGCCCAGTTAGTATGCTAC  450

seq1  TGATTTTAAAGTTATATTTTGAGGCAGTGTTCTTCAGCTAAGTACTTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTAAAGTTATATTTTGAGGCAGTGTTCTTCAGCTAAGTACTTTCT  500

seq1  ATGTAACTTAATGTTTTCTAAGCAAGCTTATTGGTAATTTCATCTATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACTTAATGTTTTCTAAGCAAGCTTATTGGTAATTTCATCTATATA  550

seq1  CTTAGGTATAAGAATACTTACCTATAATACTAGTGTTACAATTTATTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGTATAAGAATACTTACCTATAATACTAGTGTTACAATTTATTATT  600

seq1  TTATTTTTATTGTTTAAAGAGAAACCAAGGTAGGAAGCCAAGCCCCAGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTATTGTTTAAAGAGAAACCAAGGTAGGAAGCCAAGCCCCAGTC  650

seq1  CTACCATAGGCACTGTTGGGAGCAGGAACACACAGTGCACTCAGCAGCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCATAGGCACTGTTGGGAGCAGGAACACACAGTGCACTCAGCAGCCT  700

seq1  GCCTGTCCCTACTGCTCAGCCAGCATCCTTCACTCAGATGCAGTTCAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTCCCTACTGCTCAGCCAGCATCCTTCACTCAGATGCAGTTCAGGA  750

seq1  CAACCCTCCACTGACATGCCTGTGGCTAACCTGATCTAGGGTGAAGACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCTCCACTGACATGCCTGTGGCTAACCTGATCTAGGGTGAAGACTT  800

seq1  CCTTCTCAGGTGGCAGGGTTGTGGCAGGGTGACATTAGAACCTCCTGTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTCAGGTGGCAGGGTTGTGGCAGGGTGACATTAGAACCTCCTGTCA  850

seq1  CAGATGTGATCATTGCTGTGCTCATCAGAGCAGTTTGGATGC-CCT-GGA  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
seq2  CAGATGTGATCATTGCTGTGCTCATCAGAGCAGTTTGGATGCTCCTGGGA  900

seq1  AACCTCACAAGGTC-AGGTTGAGA-GGAGAGACTCGTGGGTCTCTCCCCT  946
      |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCACAAGGTCAAGGTTGAGAGGGAGAGACTCGTGGGTCTCTCCCCT  950

seq1  CGTGACATCATTTCAAAGCTCTGTACCTTGGT-GGTACTGGTCCTGCTTG  995
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CGTGACATCATTTCAAAGCTCTGTACCTTGGTGGGTACTGGTCCTGCTTG  1000

seq1  TTATGGCTCTCAGAAGAAGTGACCTGGCACTTGGCTCC-GGAACAAGGTG  1044
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||
seq2  TTATGGCTCTCAG-AGAAGTGACCTGGCACTT-GCTCCGGGAACAA-GTG  1047

seq1  CAGAAAAGCAAAACCTGA--GTGGAGTGGAGACTCCTTGAGAGGGACT-G  1091
      ||||||||||||||||||   |||||| ||||||| |||||| ||||| |
seq2  CAGAAAAGCAAAACCTGAAGTTGGAGT-GAGACTCTTTGAGA-GGACTGG  1095

seq1  TGACTGT  1098
      |||||||
seq2  TGACTGT  1102

seq1: chr12_113393150_113394115
seq2: B6Ng01-282L22.g_65_1025 (reverse)

seq1  TTCTCCCAGCTGCTCCCGGAGACAAGGGCTTGGGCTGATTGTGAAGGACC  50
      |||||||||||| | |||||||||  | |||||||||||||||||| |||
seq2  TTCTCCCAGCTGGTTCCGGAGACA--GACTTGGGCTGATTGTGAAGAACC  48

seq1  CAGCCCCACAGTGGCTCTGCTCTCTGT-GGGCCTCAGTGCTGTGGGTCAC  99
       |  |||||||| |||||||||| ||| |  |||||||||||| ||||||
seq2  AA--CCCACAGT-GCTCTGCTCTGTGTAGAACCTCAGTGCTGT-GGTCAC  94

seq1  AATCCCCACACCCCAGCCCAACTGCACCGTAATGTGTTGAGTAGCCTGGT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCCACACCCCAGCCCAACTGCACCGTAATGTGTTGAGTAGCCTGGT  144

seq1  CACCCTGTGTGACCAGGACTGGAAAAGTGGCCTAAGGTTTTAGCCCTGCC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTGTGTGACCAGGACTGGAAAAGTGGCCTAAGGTTTTAGCCCTGCC  194

seq1  AACCCCCAACGTGGGTGGGTGGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGAGGGATC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCCAACGTGGGTGGGTGGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGAGGGATC  244

seq1  AAAAACGTTGACTTGGCTACTTCTAGGCTTGCTCCTACCTGGGTCCTGGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACGTTGACTTGGCTACTTCTAGGCTTGCTCCTACCTGGGTCCTGGC  294

seq1  CCACTGGGAGCTGATGCAGCAGGGATGGGGTGCAGGGCAGCTGTTGGGAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGGGAGCTGATGCAGCAGGGATGGGGTGCAGGGCAGCTGTTGGGAG  344

seq1  GAGGAAGGCCTCTTGCCTGAGATACCCGGAGCCGGAGCCAACAGCACAGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGGCCTCTTGCCTGAGATACCCGGAGCCGGAGCCAACAGCACAGA  394

seq1  TGAGCAAATGACTTTTGGCCACCTTCTCAGTGGGGACCTGAATATGGGAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAAATGACTTTTGGCCACCTTCTCAGTGGGGACCTGAATATGGGAG  444

seq1  TCCACTCCCTCTCCCGCTTGCTTCCCGTCCGGTGCCTGAATGGACTTCTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTCCCTCTCCCGCTTGCTTCCCGTCCGGTGCCTGAATGGACTTCTG  494

seq1  CTCTTGATGGCCGGTCAGGCTTCTCGCCTGCTCTCTGCCTAGCTGTGTTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGATGGCCGGTCAGGCTTCTCGCCTGCTCTCTGCCTAGCTGTGTTG  544

seq1  TTGGGCCTGGTGGACTCTCCTTCCTTAGGCTTAGCTTTCATTCTTGCCTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCCTGGTGGACTCTCCTTCCTTAGGCTTAGCTTTCATTCTTGCCTC  594

seq1  CTGCTGTGGGGAGGGGGCTTATTTCAGAGGCTGTGGCCCCTAAGACAGGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTGGGGAGGGGGCTTATTTCAGAGGCTGTGGCCCCTAAGACAGGC  644

seq1  AGAGGCCTCCAGGTCTGTTCAGAGGGCCCAGAACAAAGGGTAGCTGGGCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCTCCAGGTCTGTTCAGAGGGCCCAGAACAAAGGGTAGCTGGGCC  694

seq1  TGGATTCGGGGCTGGAGCCTGCGCTGGGCGGCCCCTTTCAAGCCGAGCTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTCGGGGCTGGAGCCTGCGCTGGGCGGCCCCTTTCAAGCCGAGCTA  744

seq1  ATGGCTGCACCCGGACACACTTCCTTCCCTTTGTAGCCTCCTGCTGAGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGCACCCGGACACACTTCCTTCCCTTTGTAGCCTCCTGCTGAGTG  794

seq1  GAAAATCAGAGCAGAAGAGTCAGACTGGAAACAGGCCAGCCTACCCTCCG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATCAGAGCAGAAGAGTCAGACTGGAAACAGGCCAGCCTACCCTCCG  844

seq1  CCTGGGCCTGGGTCATTGGCTGGGATCACCCCACCCCAGTCTCCAGCCCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGCCTGGGTCATTGGCTGGGATCACCCCACCCCAGTCTCCAGCCCT  894

seq1  GTGCCATCTCTGGGGACCTCTCATGCCCTGCAGGGCTCCCCCTTGTATGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCATCTCTGGGGACCTCTCATGCCCTGCAGGGCTCCCCCTTGTATGC  944

seq1  TTGAGCCTGGTGAATTC  966
      |||||||||||||||||
seq2  TTGAGCCTGGTGAATTC  961