BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-283G24
Chromosome12 (Build37)
Map Location 66,110,047 - 66,256,474
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA430041B07Rik, Prpf39, Fkbp3, Fancm, C79407
Upstream geneEG623046, LOC623123, LOC217645, LOC217647, Gm527, Klhl28
Downstream geneWdr20b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-283G24.bB6Ng01-283G24.g
ACCGA082398GA082399
length1,1271,090
definitionB6Ng01-283G24.b B6Ng01-283G24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,110,047 - 66,111,189)(66,255,378 - 66,256,474)
sequence
gaattctccaaatttacacatgccagtttataattcttagtaagatttta
agtcattgagtgacacaagactaaaatgagcagaaaagtggcagaacttt
attgtgggcaaaagtcacaaaaattttgggaaaatttacgtgtttaaagc
aattagagggttggaaagatggctcagcggttaagagcactgaccgctct
tctgaaggtcctgagttcaaatcccagcaaccacatggtggctcacaacc
atctgtaatgagatctgacgccctcttctgcggtgtctgaagacagtgac
agtgtacttacatataataaataaaaatcaaagaggtacacatgtcaagt
ataggagtaatgtttaaccacataatagcaacagaaaataaagtatttat
gcttacaatattttataaatttctgatgaatattacttgaacaagtctag
gaaggttaataacaatcagcaagagaaggctagctaatatttatagcatg
gtacatatagtggtgctggactctctctgagtctccagctcaaagacaca
gagaccttttattaatatgaataccttaggcctttgtttaggcttcttcc
caaccagctctaaacttaaattaacctgtttattttaatctgtgttctgc
catatggctcctgaactctcctcagtttcttatgtccaactttctccaag
tgtggctggagactctcccaaatctgactgtttcccagagttcctatttt
ttcctgggtgttccacctagtctcctgccctgctataggctgtcagctct
ttattaaacccatcaccttagattagtcactttaatcagaaggagaatat
ctttacaaaatatgatgtagatgctgcttcatacagagtgcacaagaata
gttttccagcataaacagaaaagttttatttattcagaacctagattagt
tccttttctctaacactattgcccctcactaagttatttagtctttgtaa
gtcagtttggtaagtttagggaagatggacatgatagctgtctaattatg
ggaaagtatacagttagaagtgtggtgcatacttatcctatctattgaag
gggaagctccctgtaatctgcatcatg

gaattccatggtgtgcacacaaatatgtgggaaaaaaatcccagaaagac
agtatctgaataaacaaaaatagcatttctacaaaaagccaacaaaaatg
tgaagggccaccaaaatctttgaaggcttaggaactattaagctgaaatg
tcagatgttgccatcaggaaatgtttgttgacagtttttctttccttgct
aatgctatatcttatatcaggtatatagattgattgaccacagtatagtt
tcttggcatagactctgaggatcacattagccaagcagttgaattctgta
ctggttagtcctcagatgttttgtaattagattaataatgctgttattgt
tgtgatagctaagagtacagaatgaatacttcctttttgaagtggagagt
gacatcaagattgcatctcactatgaagccctcgttggcatggaacttag
tatgtagaacaagctggtctcaaacctagagcactcctcctgcttttata
tacaaggtgttgagattacacataactggctcacacccagtccttcatta
taagtttgtatgcttctatgtgtatatacagttcctagtaaagtataaat
actttgaccttattaaacttattcttttccccccctagagatatgactga
tgtttattggcatagcaatgtaattatagagcggattaaacacaatgaac
ttaggaccttatcaggcaacatttatatcttaaaaggattgatagactcg
gtctccatgaaagaagcagtaagtgggcatcattattagttaaatctttc
tatagcctctcctctttcctaaataaatcccaggatcataaattgacccg
accccttgtagtgtcccacacaatcacgacttttattactcatttcagta
tatgcctagtactgactcttcattacagttcagctttgcttgtcttattt
cacaaacaaaccagctctctgtcacagcttttcatttcctatttttaata
tttggatcattttcccattatgactcattccctccaggtcctatgccctg
ctttcttatgttcagtagatttccctgactactctttgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_66110047_66111189
seq2: B6Ng01-283G24.b_45_1171

seq1  GAATTCTCCAAATTTACACATGCCAGTTTATAATTCTTAGTAAGATTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAAATTTACACATGCCAGTTTATAATTCTTAGTAAGATTTTA  50

seq1  AGTCATTGAGTGACACAAGACTAAAATGAGCAGAAAAGTGGCAGAACTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATTGAGTGACACAAGACTAAAATGAGCAGAAAAGTGGCAGAACTTT  100

seq1  ATTGTGGGCAAAAGTCACAAAAATTTTGGGAAAATTTACGTGTTTAAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGGGCAAAAGTCACAAAAATTTTGGGAAAATTTACGTGTTTAAAGC  150

seq1  AATTAGAGGGTTGGAAAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACTGACCGCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGAGGGTTGGAAAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACTGACCGCTCT  200

seq1  TCTGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACC  250

seq1  ATCTGTAATGAGATCTGACGCCCTCTTCTGCGGTGTCTGAAGACAGTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTAATGAGATCTGACGCCCTCTTCTGCGGTGTCTGAAGACAGTGAC  300

seq1  AGTGTACTTACATATAATAAATAAAAATCAAAGAGGTACACATGTCAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTACTTACATATAATAAATAAAAATCAAAGAGGTACACATGTCAAGT  350

seq1  ATAGGAGTAATGTTTAACCACATAATAGCAACAGAAAATAAAGTATTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAGTAATGTTTAACCACATAATAGCAACAGAAAATAAAGTATTTAT  400

seq1  GCTTACAATATTTTATAAATTTCTGATGAATATTACTTGAACAAGTCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACAATATTTTATAAATTTCTGATGAATATTACTTGAACAAGTCTAG  450

seq1  GAAGGTTAATAACAATCAGCAAGAGAAGGCTAGCTAATATTTATAGCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTTAATAACAATCAGCAAGAGAAGGCTAGCTAATATTTATAGCATG  500

seq1  GTACATATAGTGGTGCTGGACTCTCTCTGAGTCTCCAGCTCAAAGACACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATATAGTGGTGCTGGACTCTCTCTGAGTCTCCAGCTCAAAGACACA  550

seq1  GAGACCTTTTATTAATATGAATACCTTAGGCCTTTGTTTAGGCTTCTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCTTTTATTAATATGAATACCTTAGGCCTTTGTTTAGGCTTCTTCC  600

seq1  CAACCAGCTCTAAACTTAAATTAACCTGTTTATTTTAATCTGTGTTCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAGCTCTAAACTTAAATTAACCTGTTTATTTTAATCTGTGTTCTGC  650

seq1  CATATGGCTCCTGAACTCTCCTCAGTTTCTTATGTCCAACTTTCTCCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGGCTCCTGAACTCTCCTCAGTTTCTTATGTCCAACTTTCTCCAAG  700

seq1  TGTGGCTGGAGACTCTCCCAAATCTGACTGTTTCCCAGAGTTCCTATTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTGGAGACTCTCCCAAATCTGACTGTTTCCCAGAGTTCCTATTTT  750

seq1  TTCCTGGGTGTTCCACCTAGTCTCCTGCCCTGCTATAGGCTGTCAGCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGGTGTTCCACCTAGTCTCCTGCCCTGCTATAGGCTGTCAGCTCT  800

seq1  TTATTAAACCCATCACCTTAGATTAGTCACTTTAATCAGAAGGAGAATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAAACCCATCACCTTAGATTAGTCACTTTAATCAGAAGGAGAATAT  850

seq1  CTTTACAAAATATGATGTAGATGCTGCTTCATACAGAGTGCACAAGAATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACAAAATATGATGTAGATGCTGCTTCATACAGAGTGCACAAGAATA  900

seq1  GTTTTCCAGCATAAACAGAAAAGTTTTATTTATTCAGAAACCTAGATTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  GTTTTCCAGCATAAACAGAAAAGTTTTATTTATTCAG-AACCTAGATT-A  948

seq1  GTTCCTTTTCTCTAACACTATTGCCCCTCACTAAGTTATTTAGTCTTTGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTTTTCTCTAACACTATTGCCCCTCACTAAGTTATTTAGTCTTTGT  998

seq1  TAGTCAGTTTTGTAAGTTTAGGGAAGGATGGACATGATAAGCTGTCTAAT  1050
       ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  AAGTCAGTTTGGTAAGTTTAGGGAA-GATGGACATGAT-AGCTGTCTAAT  1046

seq1  TATGGGGAAAGTATACAGGTTTAGGAAGTGGTGGTGCATACCTTTATCCC  1100
      ||| ||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||  |||| ||
seq2  TAT-GGGAAAGTATACAG--TTA-GAAGT-GTGGTGCATAC--TTAT-CC  1088

seq1  TATCCTATTTGAGGGGAAAGTTCCCTGTTAATCTGCTATCATG  1143
      ||| ||| |||| ||| ||| |||||| |||||||| ||||||
seq2  TAT-CTA-TTGAAGGGGAAGCTCCCTG-TAATCTGC-ATCATG  1127


seq1: chr12_66255378_66256474
seq2: B6Ng01-283G24.g_62_1151 (reverse)

seq1  TTCAAAAGGAGGTAGTCAGGGAAATTCTACTG-ACAT-AGAAAGCCAGGG  48
      ||||||  || ||||||||||||| ||||||| |||| |||||| |||||
seq2  TTCAAA--GA-GTAGTCAGGGAAA-TCTACTGAACATAAGAAAG-CAGGG  45

seq1  CATAGGAACCTGAGGGAATGAGTCAT-ATGGGAAAATGGAATCCAAATAT  97
      ||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||
seq2  CATAGGACCTGGAGGGAATGAGTCATAATGGGAAAATG--ATCCAAATAT  93

seq1  TAAAAATAGGAAATGAAAAGCCTTGTGACAGAGAGCTGGTTTGTTTGTGA  147
      |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATAGGAAATGAAAAGC--TGTGACAGAGAGCTGGTTTGTTTGTGA  141

seq1  AATAAGACAAGCAAAGCTGAACTGTAATGAAGAGTCAGTACTAGGCATAT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGACAAGCAAAGCTGAACTGTAATGAAGAGTCAGTACTAGGCATAT  191

seq1  ACTGAAATGAGTAATAAAAGTCGTGATTGTGTGGGACACTACAAGGGGTC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAATGAGTAATAAAAGTCGTGATTGTGTGGGACACTACAAGGGGTC  241

seq1  GGGTCAATTTATGATCCTGGGATTTATTTAGGAAAGAGGAGAGGCTATAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAATTTATGATCCTGGGATTTATTTAGGAAAGAGGAGAGGCTATAG  291

seq1  AAAGATTTAACTAATAATGATGCCCACTTACCTGCTTCTTTCATGGAGAC  347
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAAGATTTAACTAATAATGATGCCCACTTA-CTGCTTCTTTCATGGAGAC  340

seq1  CGAGTCTATCAATCCTTTTAAGATATAAATGTTGCCTGATAAGGTCCTAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTCTATCAATCCTTTTAAGATATAAATGTTGCCTGATAAGGTCCTAA  390

seq1  GTTCATTGTGTTTAATCCGCTCTATAATTACATTGCTATGCCAATAAACA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATTGTGTTTAATCCGCTCTATAATTACATTGCTATGCCAATAAACA  440

seq1  TCAGTCATATCTCTAGGGGGGGAAAAGAATAAGTTTAATAAGGTCAAAGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCATATCTCTAGGGGGGGAAAAGAATAAGTTTAATAAGGTCAAAGT  490

seq1  ATTTATACTTTACTAGGAACTGTATATACACATAGAAGCATACAAACTTA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATACTTTACTAGGAACTGTATATACACATAGAAGCATACAAACTTA  540

seq1  TAATGAAGGACTGGGTGTGAGCCAGTTATGTGTAATCTCAACACCTTGTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAAGGACTGGGTGTGAGCCAGTTATGTGTAATCTCAACACCTTGTA  590

seq1  TATAAAAGCAGGAGGAGTGCTCTAGGTTTGAGACCAGCTTGTTCTACATA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAGCAGGAGGAGTGCTCTAGGTTTGAGACCAGCTTGTTCTACATA  640

seq1  CTAAGTTCCATGCCAACGAGGGCTTCATAGTGAGATGCAATCTTGATGTC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTTCCATGCCAACGAGGGCTTCATAGTGAGATGCAATCTTGATGTC  690

seq1  ACTCTCCACTTCAAAAAGGAAGTATTCATTCTGTACTCTTAGCTATCACA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCCACTTCAAAAAGGAAGTATTCATTCTGTACTCTTAGCTATCACA  740

seq1  ACAATAACAGCATTATTAATCTAATTACAAAACATCTGAGGACTAACCAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAACAGCATTATTAATCTAATTACAAAACATCTGAGGACTAACCAG  790

seq1  TACAGAATTCAACTGCTTGGCTAATGTGATCCTCAGAGTCTATGCCAAGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAATTCAACTGCTTGGCTAATGTGATCCTCAGAGTCTATGCCAAGA  840

seq1  AACTATACTGTGGTCAATCAATCTATATACCTGATATAAGATATAGCATT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATACTGTGGTCAATCAATCTATATACCTGATATAAGATATAGCATT  890

seq1  AGCAAGGAAAGAAAAACTGTCAACAAACATTTCCTGATGGCAACATCTGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGGAAAGAAAAACTGTCAACAAACATTTCCTGATGGCAACATCTGA  940

seq1  CATTTCAGCTTAATAGTTCCTAAGCCTTCAAAGATTTTGGTGGCCCTTCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCAGCTTAATAGTTCCTAAGCCTTCAAAGATTTTGGTGGCCCTTCA  990

seq1  CATTTTTGTTGGCTTTTTGTAGAAATGCTATTTTTGTTTATTCAGATACT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTGTTGGCTTTTTGTAGAAATGCTATTTTTGTTTATTCAGATACT  1040

seq1  GTCTTTCTGGGATTTTTTTCCCACATATTTGTGTGCACACCATGGAATTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCTGGGATTTTTTTCCCACATATTTGTGTGCACACCATGGAATTC  1090


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |