BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-287F03
Chromosome12 (Build37)
Map Location 26,996,730 - 27,141,556
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRnf144, Rsad2
Upstream geneLOC100042973, LOC100042974, LOC668726
Downstream geneTyki, LOC668731, 1700020D12Rik, Sox11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-287F03.bB6Ng01-287F03.g
ACCGA085279GA085280
length1,1341,033
definitionB6Ng01-287F03.b B6Ng01-287F03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,996,730 - 26,997,860)(27,140,515 - 27,141,556)
sequence
gaattcctttattggaattgtccctgggaataaaccatacatgtgtactt
acataggtgtacatgcccacaattaaaataaatgaataaggtcacattcc
gaattgtaaatgaggctctgatgtagctaagccagggacgctcctttgat
aaacataatattggtggtgggatcccaccaagcaggccaggtgacatgtt
aaagatcatgtgcacactgtgggagctgaagagatggctcagcacttggg
agcacactgctcttttagaggctctgagtcgggtttctagtaccagtgct
aggcaggtcacaaatgcctgtaattcccgttctaaggaatctttatctct
gcaggcctctgcagccaggtgcacatacaaacacatatgtttaactttgg
ggtcccaaagctcacagtgaagtccctcaaggtcacttggagctcctgat
aaccccagctggcacatgacacagcctccacagtgacctgaccacatggc
tcacactctgaccagtacaacccacctcggctcagatcctcagcctacct
cgtctgtatttacatgctgtttggtaagttgagctttcaagctactgcca
gttggtgactggcagatagagaaatcaccagaaagagaaaaaaagagaga
caaaagtgagtgacacaaggaaaaagtcaccgtgaacatgccctgatggc
caggccatggatataccatacgggtggcagagggatgggtccaggctcca
gagagggtcactcatcacaaacatggtgacctccgcatgcactgtggagt
acaggaaaacaggcctggtcagcccctgggagtagtgcctgctcctaagc
aacaccttgaaaggcacaggttttatgcccttcccctcagccctgctgtg
gacagtcacactcgtgggcttccagccccatcaacttgtagcaatgagtg
ccaagaaaaagtagttacagttagatctgctcccaacttctaggccacca
acctgaaagtgggctcttgtcttcagatggcctggcacagtgagctcaga
ggattcatgggaaagtctgttgacgagcccctttccacagccaggtaagg
gggcatgcagaccactctcctaaaccccctccat

gaattcttgcagcgtcatcaggacagatgtttacaggggttataggggca
gccggaagccaaggaaaggcagtgagttggcctgcgcgtcctaaggttca
gtcttggctctggtccaactttcattttcagaaaacagaaactctgttta
actgagtcaagggaggtgtttccctcctccttgtgacacagtgatcaaat
gcttgggggcgtggctagctgggccacagtttataagcccttacaggcag
cagcaggtgtgtgcctatcaccatggggatgctggtgcccactgctctag
ctgctcggctgctgagcctgttccagcagcagctgggttccctctggagt
ggcctggccatcctgttctgctggctgagaatagcattagggtggctaga
tcccgggaaggaacagccacaggtccggggtgagccggaggacacccagg
agacccaggaagatgggaacagcactcagcccacaacccccgtgagtgtc
aactaccacttcactcgtcagtgcaactacaaatgtggcttctgcttcca
cacagccaagacatccttcgtgctgcccctggaggaggccaagcgaggac
tgcttctgctcaaacaggctggtaagttcctggaccagacagaagccagg
atggtccaggacagttgtgcataggataggcatgggaagggctccatgaa
aatttgccacaccagggaacaggcagatttgcatgaatgagaaaggagca
ccagggagccaggaaggacctccaggctgggagttggcctggccaggacc
atggaactcactcttgttggcagaggtgtgtggtcagtgacccctattca
tccttgtgtttggaacagagttctcccagagaaatctgatttccagaaac
actaagtgagagggtgggtgtggtgagaccaagtccttcttatgtaaacc
acctgcagaagttcaccctgtttcatctgtatcatgatggaacttccctc
tctcttaaaaaacatctgtgtgtacacatgatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_26996730_26997860
seq2: B6Ng01-287F03.b_46_1179

seq1  GAATTCCTTTATTGGAATTGTCCCTGGGAATAAACCATACATGTGTACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTATTGGAATTGTCCCTGGGAATAAACCATACATGTGTACTT  50

seq1  ACATAGGTGTACATGCCCACAATTAAAATAAATGAATAAGGTCACATTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGGTGTACATGCCCACAATTAAAATAAATGAATAAGGTCACATTCC  100

seq1  GAATTGTAAATGAGGCTCTGATGTAGCTAAGCCAGGGACGCTCCTTTGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGTAAATGAGGCTCTGATGTAGCTAAGCCAGGGACGCTCCTTTGAT  150

seq1  AAACATAATATTGGTGGTGGGATCCCACCAAGCAGGCCAGGTGACATGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATAATATTGGTGGTGGGATCCCACCAAGCAGGCCAGGTGACATGTT  200

seq1  AAAGATCATGTGCACACTGTGGGAGCTGAAGAGATGGCTCAGCACTTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATCATGTGCACACTGTGGGAGCTGAAGAGATGGCTCAGCACTTGGG  250

seq1  AGCACACTGCTCTTTTAGAGGCTCTGAGTCGGGTTTCTAGTACCAGTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACACTGCTCTTTTAGAGGCTCTGAGTCGGGTTTCTAGTACCAGTGCT  300

seq1  AGGCAGGTCACAAATGCCTGTAATTCCCGTTCTAAGGAATCTTTATCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGTCACAAATGCCTGTAATTCCCGTTCTAAGGAATCTTTATCTCT  350

seq1  GCAGGCCTCTGCAGCCAGGTGCACATACAAACACATATGTTTAACTTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCCTCTGCAGCCAGGTGCACATACAAACACATATGTTTAACTTTGG  400

seq1  GGTCCCAAAGCTCACAGTGAAGTCCCTCAAGGTCACTTGGAGCTCCTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCAAAGCTCACAGTGAAGTCCCTCAAGGTCACTTGGAGCTCCTGAT  450

seq1  AACCCCAGCTGGCACATGACACAGCCTCCACAGTGACCTGACCACATGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCAGCTGGCACATGACACAGCCTCCACAGTGACCTGACCACATGGC  500

seq1  TCACACTCTGACCAGTACAACCCACCTCGGCTCAGATCCTCAGCCTACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTCTGACCAGTACAACCCACCTCGGCTCAGATCCTCAGCCTACCT  550

seq1  CGTCTGTATTTACATGCTGTTTGGTAAGTTGAGCTTTCAAGCTACTGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTGTATTTACATGCTGTTTGGTAAGTTGAGCTTTCAAGCTACTGCCA  600

seq1  GTTGGTGACTGGCAGATAGAGAAATCACCAGAAAGAGAAAAAAAGAGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTGACTGGCAGATAGAGAAATCACCAGAAAGAGAAAAAAAGAGAGA  650

seq1  CAAAAGTGAGTGACACAAGGAAAAAGTCACCGTGAACATGCCCTGATGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGTGAGTGACACAAGGAAAAAGTCACCGTGAACATGCCCTGATGGC  700

seq1  CAGGCCATGGATATACCATACGGGTGGCAGAGGGATGGGTCCAGGCTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCATGGATATACCATACGGGTGGCAGAGGGATGGGTCCAGGCTCCA  750

seq1  GAGAGGGTCACTCATCACAAACATGGTGACCTCCGCATGCACTGTGGAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGTCACTCATCACAAACATGGTGACCTCCGCATGCACTGTGGAGT  800

seq1  ACAGGAAAACAGGCCTGGTCAGCCCCTGGGAGTAGTGCCTGCTCCTAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAAAACAGGCCTGGTCAGCCCCTGGGAGTAGTGCCTGCTCCTAAGC  850

seq1  AACACCTTG-AAGGCACAGGTTTTATGCCCTTCCCCTCAGCCCTGCTGCA  899
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  AACACCTTGAAAGGCACAGGTTTTATGCCCTTCCCCTCAGCCCTGCTGTG  900

seq1  GACAGTCACACTCGTGGGCTTCCAGCCCCATCAACTTGTAGCAATGAGTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTCACACTCGTGGGCTTCCAGCCCCATCAACTTGTAGCAATGAGTG  950

seq1  CCAAGAAAAAGTAGTTACAGTTAGATCTGCTCCCAAC-TCTAGGCCACCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCAAGAAAAAGTAGTTACAGTTAGATCTGCTCCCAACTTCTAGGCCACCA  1000

seq1  ACCTGAAAGTGGGGCTC-TGTCTTCAGATGGCCTGGCACAGTGAGCTCAG  1047
      |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAAAGT-GGGCTCTTGTCTTCAGATGGCCTGGCACAGTGAGCTCAG  1049

seq1  AGGATTCATGGGAAAGTCTGTGAACGAAGCCCCTTCCACAGCAAG--TAG  1095
      |||||||||||||||||||||  ||||  ||| ||||||||| ||   ||
seq2  AGGATTCATGGGAAAGTCTGTTGACGAGCCCCTTTCCACAGCCAGGTAAG  1099

seq1  GGGGCATTGCAGACCCCACTCTCCTAA--CCCCTCCAT  1131
      |||||| ||||||  ||||||||||||  |||||||||
seq2  GGGGCA-TGCAGA--CCACTCTCCTAAACCCCCTCCAT  1134


seq1: chr12_27140515_27141556
seq2: B6Ng01-287F03.g_67_1099 (reverse)

seq1  CATCATGTGTACACACAGATTGTTTTTTAAAGAGAGAGAGAAGTTTCCAT  50
      ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||
seq2  CATCATGTGTACACACAGA-TGTTTTTT-AAGAGAGAGGGAAG-TTCCAT  47

seq1  CAATGAATACAGATGGAACAGGGTGAAACTTCTGCCAGGTTGTTTACATA  100
      | ||| ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||
seq2  C-ATG-ATACAGATGAAACAGGGTG-AACTTCTG-CAGGTGGTTTACATA  93

seq1  --GAGGACTTGGGTCTCCACACACCCACCCCTTCCTCACTTAGTGTTTCT  148
         ||||||| ||||||  |||||||||||    ||||||||||||||||
seq2  AGAAGGACTT-GGTCTCACCACACCCACCC---TCTCACTTAGTGTTTCT  139

seq1  GGAAATCAGATTTCTCTGGGAGAACTCTGTTCCAAACACAAGGATGAATA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATCAGATTTCTCTGGGAGAACTCTGTTCCAAACACAAGGATGAATA  189

seq1  GGGGTCACTGACCACACACCTCTGCCAACAAGAGTGAGTTCCATGGTCCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCACTGACCACACACCTCTGCCAACAAGAGTGAGTTCCATGGTCCT  239

seq1  GGCCAGGCCAACTCCCAGCCTGGAGGTCCTTCCTGGCTCCCTGGTGCTCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGGCCAACTCCCAGCCTGGAGGTCCTTCCTGGCTCCCTGGTGCTCC  289

seq1  TTTCTCATTCATGCAAATCTGCCTGTTCCCTGGTGTGGCAAATTTTCATG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCATTCATGCAAATCTGCCTGTTCCCTGGTGTGGCAAATTTTCATG  339

seq1  GAGCCCTTCCCATGCCTATCCTATGCACAACTGTCCTGGACCATCCTGGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCTTCCCATGCCTATCCTATGCACAACTGTCCTGGACCATCCTGGC  389

seq1  TTCTGTCTGGTCCAGGAACTTACCAGCCTGTTTGAGCAGAAGCAGTCCTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCTGGTCCAGGAACTTACCAGCCTGTTTGAGCAGAAGCAGTCCTC  439

seq1  GCTTGGCCTCCTCCAGGGGCAGCACGAAGGATGTCTTGGCTGTGTGGAAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGCCTCCTCCAGGGGCAGCACGAAGGATGTCTTGGCTGTGTGGAAG  489

seq1  CAGAAGCCACATTTGTAGTTGCACTGACGAGTGAAGTGGTAGTTGACACT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCCACATTTGTAGTTGCACTGACGAGTGAAGTGGTAGTTGACACT  539

seq1  CACGGGGGTTGTGGGCTGAGTGCTGTTCCCATCTTCCTGGGTCTCCTGGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGGGGTTGTGGGCTGAGTGCTGTTCCCATCTTCCTGGGTCTCCTGGG  589

seq1  TGTCCTCCGGCTCACCCCGGACCTGTGGCTGTTCCTTCCCGGGATCTAGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTCCGGCTCACCCCGGACCTGTGGCTGTTCCTTCCCGGGATCTAGC  639

seq1  CACCCTAATGCTATTCTCAGCCAGCAGAACAGGATGGCCAGGCCACTCCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTAATGCTATTCTCAGCCAGCAGAACAGGATGGCCAGGCCACTCCA  689

seq1  GAGGGAACCCAGCTGCTGCTGGAACAGGCTCAGCAGCCGAGCAGCTAGAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAACCCAGCTGCTGCTGGAACAGGCTCAGCAGCCGAGCAGCTAGAG  739

seq1  CAGTGGGCACCAGCATCCCCATGGTGATAGGCACACACCTGCTGCTGCCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGGCACCAGCATCCCCATGGTGATAGGCACACACCTGCTGCTGCCT  789

seq1  GTAAGGGCTTATAAACTGTGGCCCAGCTAGCCACGCCCCCAAGCATTTGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGGCTTATAAACTGTGGCCCAGCTAGCCACGCCCCCAAGCATTTGA  839

seq1  TCACTGTGTCACAAGGAGGAGGGAAACACCTCCCTTGACTCAGTTAAACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTGTCACAAGGAGGAGGGAAACACCTCCCTTGACTCAGTTAAACA  889

seq1  GAGTTTCTGTTTTCTGAAAATGAAAGTTGGACCAGAGCCAAGACTGAACC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTCTGTTTTCTGAAAATGAAAGTTGGACCAGAGCCAAGACTGAACC  939

seq1  TTAGGACGCGCAGGCCAACTCACTGCCTTTCCTTGGCTTCCGGCTGCCCC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGACGCGCAGGCCAACTCACTGCCTTTCCTTGGCTTCCGGCTGCCCC  989

seq1  TATAACCCCTGTAAACATCTGTCCTGATGACGCTGCAAGAATTC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACCCCTGTAAACATCTGTCCTGATGACGCTGCAAGAATTC  1033


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |