BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288C12
Chromosome12 (Build37)
Map Location 38,751,246 - 38,960,408
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDgkb
Upstream geneMeox2, A530016O06Rik, LOC100043139
Downstream geneLOC668824, LOC100043142, Etv1, LOC100043145
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288C12.bB6Ng01-288C12.g
ACCGA085893GA085894
length1,1551,131
definitionB6Ng01-288C12.b B6Ng01-288C12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,751,246 - 38,752,243)(38,959,279 - 38,960,408)
sequence
gaattctcaactgaggaataccaaagggctgagaagcacttgaaaaaaat
gttcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaaccatgaga
ttccacctcacaccagtcaggatggctaagatcaaaaattcaggtgacag
cagatgctggcgaggatgtggagaaagaggaacactcctccattgttggt
gggattgcaagcttgcacaaccactctggaaatcagtctggcggttcctc
agaaaattggacataatactaagggaggatccagcaatacctctcctggg
catatatccagaagatgttccaaccggtaagaaggacacatgctccacta
tgttcatagcagccttatttataatagccagaagctggaaagaaccctaa
tgcccctcaacagaggaatggatacagaaaatgtggtacatttacacaat
ggagtactactcagctattaaagagaatgaatttatgaaattcctaggca
aatggatgtacctggagggcatcatcttgagtgaggtaacccaatcacaa
aagaactcacatgatatgcactcactgataagtggataatagcccagata
cttggaatacccaagatataagatacaatttgagaaactcatgaaactca
agaagcaaaactttataatttacatttaaggttgtttgaaactgtcgagg
cttgaccaacaaaatttcagttttcttggactgaaattttaaggaagctt
cctgacctcatccttcaacagagtagggtttgagctgtgggagtaaccgt
gtcttcagtaacaacacaagaatgttgccaggcatctattttctctacat
ctaaactttcaattccacatgtttttgttaggttgtatttatctcttgtt
gtattttgaaaactctgtctccacggagtccctcccccttagatctttgg
gaaagcctgcagaagaggaggagaaaagttgtaagagtcagagggcatgg
aaacacagatgagcctggcccactgaatcaactgaacggtctctcggggt
tcatagggctcagagaaaactgggaacagccagcttggggctaccttggt
ttgcaacaggtcctggtatttattgcctgttaggtggatgcttccacgat
attct
gaattcagaataaaaatccaaagctgacataattgtctaacttttaattt
tacacatacacacataatcacatacacacaaagacatatggactcacata
ataacaaagagaaagagaagaatggatatctaagtataacttctgctcaa
caatgttggcaccagctatctaaaaaaaaaaaatctaaaataagcttcta
cagtacaagggaggaaatgttcacaagcgagccattaaacaagccaataa
agagacataacaactttgatcatttggaaaaaaagacatacagaattatc
aagatatggtatacacaatttttacttttgagaaaaatatagagagaata
agaagttgtattatacatttatggaaaaaatagatacagaagtaaatata
taaatcatctaataagatgaatagttgggactgtctgaccactggagaga
acccatactgaataaaatgcagaatgtgatcttagacaagtgtttacaca
tctgtgttgcctgcctatggatgcagtttcagcagtgagtactaaactcg
cattcatcttcttgttattcagagttactctttcctccaggactcttcca
ctatgaaagtccaagcctccaaactctgagccacgataaaccttgtctaa
agttggacttcttccctccactgtcacaaaaaaacgagcaatgagagaga
gacctggtaccacagtcactgctgtgatcgatgtgactgtggaattctta
ggcctgtgggactggtttgtgtgaggaatatgagacatttcagctgcttg
atacaaaatccctaacatgctgcaaccagaaattaatggaccatatggcc
aggaccttgaaagatgaaagtgctggcaaaacaacacagtgaaagcattg
cttaagtggtttaagagtagggtaaatacactatagagacatgacctttg
gggccattcatatttgactctggtcaaagtactttggagcatatatgatg
acatcatgagtaagattacagacactgagcgcagtatttgatgtttgcac
cagcttggtatcatccttactccgatctgatcctgcctgcctatagctca
atgattcactttctattgggaacctgtatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_38751246_38752243
seq2: B6Ng01-288C12.b_201_1200

seq1  GCTGGCGAGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTGGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCGAGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTGGGAT  50

seq1  TGCAAGCTTGCACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGCTTGCACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCAGAAA  100

seq1  ATTGGACATAATACTAAGGGAGGATCCAGCAATACCTCTCCTGGGCATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGACATAATACTAAGGGAGGATCCAGCAATACCTCTCCTGGGCATAT  150

seq1  ATCCAGAAGATGTTCCAACCGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTATGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGAAGATGTTCCAACCGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTATGTTC  200

seq1  ATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCTAATGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCTAATGCCC  250

seq1  CTCAACAGAGGAATGGATACAGAAAATGTGGTACATTTACACAATGGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACAGAGGAATGGATACAGAAAATGTGGTACATTTACACAATGGAGT  300

seq1  ACTACTCAGCTATTAAAGAGAATGAATTTATGAAATTCCTAGGCAAATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTCAGCTATTAAAGAGAATGAATTTATGAAATTCCTAGGCAAATGG  350

seq1  ATGTACCTGGAGGGCATCATCTTGAGTGAGGTAACCCAATCACAAAAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACCTGGAGGGCATCATCTTGAGTGAGGTAACCCAATCACAAAAGAA  400

seq1  CTCACATGATATGCACTCACTGATAAGTGGATAATAGCCCAGATACTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATGATATGCACTCACTGATAAGTGGATAATAGCCCAGATACTTGG  450

seq1  AATACCCAAGATATAAGATACAATTTGAGAAACTCATGAAACTCAAGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCCAAGATATAAGATACAATTTGAGAAACTCATGAAACTCAAGAAG  500

seq1  CAAAACTTTATAATTTACATTTAAGGTTGTTTGAAACTGTCGAGGCTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTTTATAATTTACATTTAAGGTTGTTTGAAACTGTCGAGGCTTGA  550

seq1  CCAACAAAATTTCAGTTTTCTTGGACTGAAATTTTAAGGAAGCTTCCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAAAATTTCAGTTTTCTTGGACTGAAATTTTAAGGAAGCTTCCTGA  600

seq1  CCTCATCCTTCAACAGAGTAGGGTTTGAGCTGTGGGAGTAACCGTGTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATCCTTCAACAGAGTAGGGTTTGAGCTGTGGGAGTAACCGTGTCTT  650

seq1  CAGTAACAACACAAGAATGTTGCCAGGCATCTATTTTCTCTACATCTAA-  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAGTAACAACACAAGAATGTTGCCAGGCATCTATTTTCTCTACATCTAAA  700

seq1  -CTTCAATTCCACATGTTTTTGTTAGGTTGTATTTATCTCTTGTTGTATT  748
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAATTCCACATGTTTTTGTTAGGTTGTATTTATCTCTTGTTGTATT  750

seq1  TTGAAAACTCTGTCTCCACGGAGTCCCTCCCCCTTAGATC-TTGGGAAAG  797
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTGAAAACTCTGTCTCCACGGAGTCCCTCCCCCTTAGATCTTTGGGAAAG  800

seq1  CCTGCAGAAGAGGAGGAGAAAAGGTTGTAAGAGTCAGAGGGCATGGAAAA  847
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCTGCAGAAGAGGAGGAGAAAA-GTTGTAAGAGTCAGAGGGCATGG-AAA  848

seq1  CACCAGATGAGCCTGGCCCACTGAATCAACTGAACGGGTCTCTCGGGGTT  897
      || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CA-CAGATGAGCCTGGCCCACTGAATCAACTGAAC-GGTCTCTCGGGGTT  896

seq1  CATAGGGCTCAGAG-AGACT-GGAACAGCAAGCTTGGGGCCTACCTGGGT  945
      |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||| |||||| |||
seq2  CATAGGGCTCAGAGAAAACTGGGAACAGCCAGCTTGGGG-CTACCTTGGT  945

seq1  TGGCACCAGGTCCTGGTATT--ATGGCTGTTAGGTTGATGCTTCCACGAT  993
      | ||| ||||||||||||||   || ||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTGCAACAGGTCCTGGTATTTATTGCCTGTTAGGTGGATGCTTCCACGAT  995

seq1  ATTCT  998
      |||||
seq2  ATTCT  1000

seq1: chr12_38959279_38960408
seq2: B6Ng01-288C12.g_67_1197 (reverse)

seq1  TGATACATGTTCCCATTAGAAAAAGTG-ATCATTGAGCTATAGCAAGGAA  49
      ||||||| ||||||| |||  |||||| |||||||||||||||  ||| |
seq2  TGATACAGGTTCCCAATAG--AAAGTGAATCATTGAGCTATAGGCAGGCA  48

seq1  AGATCAGATTGGAGTAAGAATGATAACCAGCT-GTGCAAACATCAAATAC  98
       |||||||| |||||||| |||||| | |||| |||||||||||||||||
seq2  GGATCAGATCGGAGTAAGGATGATACCAAGCTGGTGCAAACATCAAATAC  98

seq1  TGCGCTCAGTGTCTGGTATCTTACTCATGATGTCATCATATATGCTCCAA  148
      |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGCTCAGTGTCTGTAATCTTACTCATGATGTCATCATATATGCTCCAA  148

seq1  AGTACTTTGACCAGAGTCAAATATGAATGGCCCC-AAGGTCATGTCTCTA  197
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGTACTTTGACCAGAGTCAAATATGAATGGCCCCAAAGGTCATGTCTCTA  198

seq1  TAGTGTATTTACCCTACTCTTAAACCACTTAAGCAATGCTTTCACTGTGT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTATTTACCCTACTCTTAAACCACTTAAGCAATGCTTTCACTGTGT  248

seq1  TGTTTTGCCAGCACTTTCATCTTTCAAGGTCCTGGCCATATGGTCCATTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGCCAGCACTTTCATCTTTCAAGGTCCTGGCCATATGGTCCATTA  298

seq1  ATTTCTGGTTGCAGCATGTTAGGGATTTTGTATCAAGCAGCTGAAATGTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGGTTGCAGCATGTTAGGGATTTTGTATCAAGCAGCTGAAATGTC  348

seq1  TCATATTCCTCACACAAACCAGTCCCACAGGCCTAAGAATTCCACAGTCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTCCTCACACAAACCAGTCCCACAGGCCTAAGAATTCCACAGTCA  398

seq1  CATCGATCACAGCAGTGACTGTGGTACCAGGTCTCTCTCTCATTGCTCGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGATCACAGCAGTGACTGTGGTACCAGGTCTCTCTCTCATTGCTCGT  448

seq1  TTTTTTGTGACAGTGGAGGGAAGAAGTCCAACTTTAGACAAGGTTTATCG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGTGACAGTGGAGGGAAGAAGTCCAACTTTAGACAAGGTTTATCG  498

seq1  TGGCTCAGAGTTTGGAGGCTTGGACTTTCATAGTGGAAGAGTCCTGGAGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCAGAGTTTGGAGGCTTGGACTTTCATAGTGGAAGAGTCCTGGAGG  548

seq1  AAAGAGTAACTCTGAATAACAAGAAGATGAATGCGAGTTTAGTACTCACT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTAACTCTGAATAACAAGAAGATGAATGCGAGTTTAGTACTCACT  598

seq1  GCTGAAACTGCATCCATAGGCAGGCAACACAGATGTGTAAACACTTGTCT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAACTGCATCCATAGGCAGGCAACACAGATGTGTAAACACTTGTCT  648

seq1  AAGATCACATTCTGCATTTTATTCAGTATGGGTTCTCTCCAGTGGTCAGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCACATTCTGCATTTTATTCAGTATGGGTTCTCTCCAGTGGTCAGA  698

seq1  CAGTCCCAACTATTCATCTTATTAGATGATTTATATATTTACTTCTGTAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCAACTATTCATCTTATTAGATGATTTATATATTTACTTCTGTAT  748

seq1  CTATTTTTTCCATAAATGTATAATACAACTTCTTATTCTCTCTATATTTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTTTCCATAAATGTATAATACAACTTCTTATTCTCTCTATATTTT  798

seq1  TCTCAAAAGTAAAAATTGTGTATACCATATCTTGATAATTCTGTATGTCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAAGTAAAAATTGTGTATACCATATCTTGATAATTCTGTATGTCT  848

seq1  TTTTTTCCAAATGATCAAAGTTGTTATGTCTCTTTATTGGCTTGTTTAAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCCAAATGATCAAAGTTGTTATGTCTCTTTATTGGCTTGTTTAAT  898

seq1  GGCTCGCTTGTGAACATTTCCTCCCTTGTACTGTAGAAGCTTATTTTAGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCGCTTGTGAACATTTCCTCCCTTGTACTGTAGAAGCTTATTTTAGA  948

seq1  TTTTTTTTTTTTAGATAGCTGGTGCCAACATTGTTGAGCAGAAGTTATAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTAGATAGCTGGTGCCAACATTGTTGAGCAGAAGTTATAC  998

seq1  TTAGATATCCATTCTTCTCTTTCTCTTTGTTATTATGTGAGTCCATATGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATATCCATTCTTCTCTTTCTCTTTGTTATTATGTGAGTCCATATGT  1048

seq1  CTTTGTGTGTATGTGATTATGTGTGTATGTGTAAAATTAAAAGTTAGACA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGTGTATGTGATTATGTGTGTATGTGTAAAATTAAAAGTTAGACA  1098

seq1  ATTATGTCAGCTTTGGATTTTTATTCTGAATTC  1130
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGTCAGCTTTGGATTTTTATTCTGAATTC  1131