BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290A04
Chromosome12 (Build37)
Map Location 41,205,730 - 41,373,466
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDock4
Upstream geneLOC100043148, Arl4a, LOC100043606, Scin, Gm889, Ifrd1, EG629820, Zfp277
Downstream geneLOC638487, LOC100043157, LOC100043162, Lrrn3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290A04.bB6Ng01-290A04.g
ACCGA087257GA087258
length1,1631,119
definitionB6Ng01-290A04.b B6Ng01-290A04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,205,730 - 41,206,879)(41,372,343 - 41,373,466)
sequence
gaattccaaaagcaagtatagggaactcactctttggtttaaatttcttt
tgaatggtgttattgtctaaatagagccccacccctccccacctcagtag
actggccaaaatgttgaagacttaacccagaatgcggctgtatttggaga
tagaacctctaaataaatgatgaaagtactatgagatatttaaggttggt
gccctccaatcattgtgtccttatatgaaaaggaaagtggacacagagag
atacagaaccttgtagagacacggacggagtttgtgtacagagttggagc
ctgtgtacagatacagagtgtgtatacatacgtggagcctgtatactgat
ataaagtgtgggtacagatatggagtgtgtgtacagagatggagcgtgtg
tacagagatgtagcttgtgtacagagttggagcatgtgtagagaatagcc
aggtgaggatggctaagaggatgctgtcatctgcaaatcaaggggagagg
gcccagaggaaaccactattgccaaataccttgaccgtagaattgcatat
ttagatacctgaactgagtatagcatatttaggtacttggactgaatata
aagaacctctgttaccacaagaaaataaatttttgttgtttaagctgttt
tccagcctgtggcaatttattagttcagccttgaaaaactaataggtcat
ctagaggaatccctaggaatacctggtaatagtttttctagctgtaataa
tttggagaagtttgcaatgtatatgtgaataaaacaccacagagggaaga
agagactagacagactaggttttggccaagttacctgatgcatccaggat
gctgtggttgcttcagtgggttctgtaatgctgttttgtaacttaaactg
tatctgtgtggcattatgcagtttttctatggatgaaatggcatgttaat
gataaagaaaaggaatcaaatttcatgaaacaaaaacaaaacatcaaaaa
ttcttaattcaggttcacatcccatgtttttctttttcagtttgccagtc
tattcttgtgagtcagatttgtaattgtattcattagttatttctttatg
gagaaaacaaggcttatcacttttcaatgaacggggtatattcatatcac
aagtgagggcgct

gaattcagtaattgccaaatgattagccaactttcagagcagatgagatt
tttacaatttacatgcaattacatgacatcatcagaaagtttatatgcat
cccttttattctgaactatgtaaagtgaaaagatcacaaacccactaaat
gaacgtttagttggcccctacttacatgggacacatctgtgaaagtgaat
atatacatcatatacacacatatacatacatatacacacatacatataca
tatacacacatacatatacacacatacatatacacacatacatatacata
tacacacatatacatatactttttttttttaaaaaggaaaagcttctgtg
agccttgctctattttgtgctttcaaaatctttcatatgctcataaaact
agtctctttaatccaaaagtaagaattccccccttagaattgctaactta
cttgctgagttacttaaaagcctctctacaaaggcatagtcaaaggtgta
gcacagcacaagctactccaaagaaatgatgggtaccaaaggccagagca
ggggccacagactcaaaggcctcctgtaaagaactgacctcaaggcggtg
tctgctcttggccttgcagagtacgaagtctccagcaccaatcgtggcag
gcaataggaactgacggggggaaaaatcagctccctgactcatgcaaata
atgtaatatatctagagcagtggttctcaaccttgactgcactttagagt
cgccaagagagcttttaaaaaatacttacaccaggtcccgtcccagaaca
attaaatgggaatttctagggggctaggaagggggtctcatgagctgtag
ttttaaaggctccccaggtggctctaatgggcaatgagggctgatagcca
ttgatggagatcatatgcagagagatacaaatcacagcagactgaaaaaa
aatgtattgttgcctctgacagtcattaattgtgtcctggaatctacctt
gcgtgctaggaagagactgcctgggttctggctatgtgcctatgatacag
ccttctgtgtagcactctttagtgatttaagtttcccaccaacccactat
cttcagatctggtatagat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_41205730_41206879
seq2: B6Ng01-290A04.b_46_1208

seq1  GAATTCCAAAAGCAAGTATAGGGAACTCACTCTTTGGTTTAAATTTCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAAGCAAGTATAGGGAACTCACTCTTTGGTTTAAATTTCTTT  50

seq1  TGAATGGTGTTATTGTCTAAATAGAGCCCCACCCCTCCCCACCTCAGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGTGTTATTGTCTAAATAGAGCCCCACCCCTCCCCACCTCAGTAG  100

seq1  ACTGGCCAAAATGTTGAAGACTTAACCCAGAATGCGGCTGTATTTGGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCCAAAATGTTGAAGACTTAACCCAGAATGCGGCTGTATTTGGAGA  150

seq1  TAGAACCTCTAAATAAATGATGAAAGTACTATGAGATATTTAAGGTTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACCTCTAAATAAATGATGAAAGTACTATGAGATATTTAAGGTTGGT  200

seq1  GCCCTCCAATCATTGTGTCCTTATATGAAAAGGAAAGTGGACACAGAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCCAATCATTGTGTCCTTATATGAAAAGGAAAGTGGACACAGAGAG  250

seq1  ATACAGAACCTTGTAGAGACACGGACGGAGTTTGTGTACAGAGTTGGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAACCTTGTAGAGACACGGACGGAGTTTGTGTACAGAGTTGGAGC  300

seq1  CTGTGTACAGATACAGAGTGTGTATACATACGTGGAGCCTGTATACTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTACAGATACAGAGTGTGTATACATACGTGGAGCCTGTATACTGAT  350

seq1  ATAAAGTGTGGGTACAGATATGGAGTGTGTGTACAGAGATGGAGCGTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGTGTGGGTACAGATATGGAGTGTGTGTACAGAGATGGAGCGTGTG  400

seq1  TACAGAGATGTAGCTTGTGTACAGAGTTGGAGCATGTGTAGAGAATAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGATGTAGCTTGTGTACAGAGTTGGAGCATGTGTAGAGAATAGCC  450

seq1  AGGTGAGGATGGCTAAGAGGATGCTGTCATCTGCAAATCAAGGGGAGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGGATGGCTAAGAGGATGCTGTCATCTGCAAATCAAGGGGAGAGG  500

seq1  GCCCAGAGGAAACCACTATTGCCAAATACCTTGACCGTAGAATTGCATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGAGGAAACCACTATTGCCAAATACCTTGACCGTAGAATTGCATAT  550

seq1  TTAGATACCTGAACTGAGTATAGCATATTTAGGTACTTGGACTGAATATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATACCTGAACTGAGTATAGCATATTTAGGTACTTGGACTGAATATA  600

seq1  AAGAACCTCTGTTACCACAAGAAAATAAATTTTTGTTGTTTAAGCTGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACCTCTGTTACCACAAGAAAATAAATTTTTGTTGTTTAAGCTGTTT  650

seq1  TCCAGCCTGTGGCAATTTATTAGTTCAGCCTTGAAAAACTAATAGGTCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCTGTGGCAATTTATTAGTTCAGCCTTGAAAAACTAATAGGTCAT  700

seq1  CTAGAGGAATCCCTAGGAATACCTGGTAATAGTTTTTCTAGCTGTAATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGGAATCCCTAGGAATACCTGGTAATAGTTTTTCTAGCTGTAATAA  750

seq1  TTTGGAGAAGTTTGCAATGTATATGTGAATAAAACACCACAGAGGGAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGAAGTTTGCAATGTATATGTGAATAAAACACCACAGAGGGAAGA  800

seq1  AGAGACTAGACAGACTAGGTTTTGGCCAAGTTACCTGATGCATCCAGGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTAGACAGACTAGGTTTTGGCCAAGTTACCTGATGCATCCAGGAT  850

seq1  GCTGTGGTTGCTTCAGTGGGTTCTGTAATGCTGTTTTGTAACTTAAACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGTTGCTTCAGTGGGTTCTGTAATGCTGTTTTGTAACTTAAACTG  900

seq1  TATCTGTGTGGCATTATGCAGTTTTTCTATGGATGAAATGGCATGTTAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGTGTGGCATTATGCAGTTTTTCTATGGATGAAATGGCATGTTAAT  950

seq1  GATAAAG-AAAGGAATCAAATTTCATGAAAC-AAAACAAAACATC-AAAA  997
      ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  GATAAAGAAAAGGAATCAAATTTCATGAAACAAAAACAAAACATCAAAAA  1000

seq1  TTCTTATTTCA-GTTCACAT-CCATGTTTT--CTTTTCAG-TTGCCAGTC  1042
      |||||| |||| |||||||| |||||||||   ||||||| |||||||||
seq2  TTCTTAATTCAGGTTCACATCCCATGTTTTTCTTTTTCAGTTTGCCAGTC  1050

seq1  TATTC-TGTGAGTCAGA-TTGTAATTGTATTCATTAGTTATTTCTTTATG  1090
      ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTGTGAGTCAGATTTGTAATTGTATTCATTAGTTATTTCTTTATG  1100

seq1  GAGAAA--CAGGCTAATCATTTTTCAATTTAAGGGGAAAATTAATATCAC  1138
      ||||||   ||||| |||| ||||||||  | |||| | ||| |||||||
seq2  GAGAAAACAAGGCTTATCACTTTTCAATGAACGGGGTATATTCATATCAC  1150

seq1  AAGTGA-GGCGCT  1150
      |||||| ||||||
seq2  AAGTGAGGGCGCT  1163


seq1: chr12_41372343_41373466
seq2: B6Ng01-290A04.g_65_1183 (reverse)

seq1  ATCTATCCCAGATCTGGAAGAATAGTGGGTGGGTGGGAAACTT-AATCAC  49
      |||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  ATCTATACCAGATCT-GAAG-ATAGTGGGTTGGTGGGAAACTTAAATCAC  48

seq1  TAAAGAGTGCTACACAGAAGGGCCTGTATCATAGGCACATAGCCCAGAA-  98
      |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  TAAAGAGTGCTACACAGAAGG--CTGTATCATAGGCACATAG-CCAGAAC  95

seq1  CCAGGCAGTCTCCTTCCTAGCACGCAAGGTAGATTCCAGGACACAATTAA  148
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCAGTCT-CTTCCTAGCACGCAAGGTAGATTCCAGGACACAATTAA  144

seq1  TGACTTGTCAGAGGCAACAATACATTTTTTTTCAGTCTGCTGTGATTTGT  198
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAC-TGTCAGAGGCAACAATACATTTTTTTTCAGTCTGCTGTGATTTGT  193

seq1  ATCTCTCTGCATATGATCTCCATCAATGGCTATCAGCCCTCATTGCCCAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCTGCATATGATCTCCATCAATGGCTATCAGCCCTCATTGCCCAT  243

seq1  TAGAGCCACCTGGGGAGCCTTTAAAACTACAGCTCATGAGACCCCCTTCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCCACCTGGGGAGCCTTTAAAACTACAGCTCATGAGACCCCCTTCC  293

seq1  TAGCCCCCTAGAAATTCCCATTTAATTGTTCTGGGACGGGACCTGGTGTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCCCTAGAAATTCCCATTTAATTGTTCTGGGACGGGACCTGGTGTA  343

seq1  AGTATTTTTTAAAAGCTCTCTTGGCGACTCTAAAGTGCAGTCAAGGTTGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTTTTTAAAAGCTCTCTTGGCGACTCTAAAGTGCAGTCAAGGTTGA  393

seq1  GAACCACTGCTCTAGATATATTACATTATTTGCATGAGTCAGGGAGCTGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACTGCTCTAGATATATTACATTATTTGCATGAGTCAGGGAGCTGA  443

seq1  TTTTTCCCCCCGTCAGTTCCTATTGCCTGCCACGATTGGTGCTGGAGACT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCCCCCCGTCAGTTCCTATTGCCTGCCACGATTGGTGCTGGAGACT  493

seq1  TCGTACTCTGCAAGGCCAAGAGCAGACACCGCCTTGAGGTCAGTTCTTTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTACTCTGCAAGGCCAAGAGCAGACACCGCCTTGAGGTCAGTTCTTTA  543

seq1  CAGGAGGCCTTTGAGTCTGTGGCCCCTGCTCTGGCCTTTGGTACCCATCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGCCTTTGAGTCTGTGGCCCCTGCTCTGGCCTTTGGTACCCATCA  593

seq1  TTTCTTTGGAGTAGCTTGTGCTGTGCTACACCTTTGACTATGCCTTTGTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGGAGTAGCTTGTGCTGTGCTACACCTTTGACTATGCCTTTGTA  643

seq1  GAGAGGCTTTTAAGTAACTCAGCAAGTAAGTTAGCAATTCTAAGGGGGGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCTTTTAAGTAACTCAGCAAGTAAGTTAGCAATTCTAAGGGGGGA  693

seq1  ATTCTTACTTTTGGATTAAAGAGACTAGTTTTATGAGCATATGAAAGATT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTACTTTTGGATTAAAGAGACTAGTTTTATGAGCATATGAAAGATT  743

seq1  TTGAAAGCACAAAATAGAGCAAGGCTCACAGAAGCTTTTCCTTTTTAAAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGCACAAAATAGAGCAAGGCTCACAGAAGCTTTTCCTTTTTAAAA  793

seq1  AAAAAAAGTATATGTATATGTGTGTATATGTATATGTATGTGTGTATATG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAGTATATGTATATGTGTGTATATGTATATGTATGTGTGTATATG  843

seq1  TATGTGTGTATATGTATGTGTGTATATGTATATGTATGTGTGTATATGTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGTATATGTATGTGTGTATATGTATATGTATGTGTGTATATGTA  893

seq1  TGTATATGTGTGTATATGATGTATATATTCACTTTCACAGATGTGTCCCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATGTGTGTATATGATGTATATATTCACTTTCACAGATGTGTCCCA  943

seq1  TGTAAGTAGGGGCCAACTAAACGTTCATTTAGTGGGTTTGTGATCTTTTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTAGGGGCCAACTAAACGTTCATTTAGTGGGTTTGTGATCTTTTC  993

seq1  ACTTTACATAGTTCAGAATAAAAGGGATGCATATAAACTTTCTGATGATG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTACATAGTTCAGAATAAAAGGGATGCATATAAACTTTCTGATGATG  1043

seq1  TCATGTAATTGCATGTAAATTGTAAAAATCTCATCTGCTCTGAAAGTTGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTAATTGCATGTAAATTGTAAAAATCTCATCTGCTCTGAAAGTTGG  1093

seq1  CTAATCATTTGGCAATTACTGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCATTTGGCAATTACTGAATTC  1119


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |