BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290L19
Chromosome12 (Build37)
Map Location 96,272,579 - 96,414,505
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039603
Upstream geneLOC217786
Downstream geneLOC667688, Flrt2, 1700019M22Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290L19.bB6Ng01-290L19.g
ACCGA087804GA087805
length1,1031,108
definitionB6Ng01-290L19.b B6Ng01-290L19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,413,405 - 96,414,505)(96,272,579 - 96,273,693)
sequence
gaattcagagttctgagtggaaatatatggcttatgcagaagcacgtcga
ggacattcaggtcactgaggccttcatgtttgcttagtggagggctggaa
cagcggctaacactgagagctgcagtattgtcctgagactagactagtca
ctgatagaatcccatcctttatcaaggagggaactatgaccagttctatt
ctataatgttttcgaatatgcaaacacatcacataaaaccctcaagacag
ggcaatcacatcctgggcagattttctactccttcaaattgtcatttaag
tcccatggacttaaaatcaaccttaaagtaagtaaggttggtcagctaat
tggcacgctcttcaggggcagctaagataaaggtgctattctctgggtgt
acatatcagaagaatttgtgttgggatatttagttatcttcagagcttgc
ctaatgcttttcaaaaataatttttctttttgcaactttgttagtaactg
gtgtaaagtaactaggatggcatcttttaagcatgcttgttcacaggata
caggcattattgaatttgtttttccatggtagagaagaaatgaggacagc
tggcagtacctgtagctatgcttttcacatcttcccaagggaaataatta
gtttcttttttaattgctattgtaacaaaaatcatttctttccttaatac
aagccggttactagaagaattccaagccacccttgcaacttttatcttga
agttccctacagttttcttctgtcaggttgctagcattgttactaaatgt
ctctattttccagaggcaagctctagtcagtagatcccacaagtagcaca
gctataaatagccagcaaatgaagttgatttaaaaaaaaaagcaagctat
agataataccttcattattcaggagtgctattgtaggtttttttttttgt
actaacctaagtagcttttaatcatttaaaatatttattttttttaggca
aaaaaactttagcgctttggggaaatcaaacagaaaaaaaactaacagaa
tttgatgttgagtgtgagtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtcgtagtg
tgt

gaattccagaaagctgctaaagaagattacttttgtttcacacgacttac
cttgatctatgggtttaagacttagctcagtggtaaagtactttcctaac
aaaagcaaggatccagatttgatacccaaaacttgaaaaaaaataagtaa
tttacatataattaaatgcacttgtataaaaatctattcatactccacat
ccaccaccaaaatcactacttctccaaaacagtgtaactctttccaatat
aggattatttatttctctttattgtcacaaaagcaagctctcagaggaga
taaccactcatctgttttctgtctataaatactagctttgtctcttctga
atttttaaatacaaccatccatgatgaaatttgcctctgatcttctattc
aggaaaattatttctagacagagcttcattgctgtttctatccatgttct
ttctatctctatctatctctatctctatctctatctctatcatctctatc
tctatctctatctctatctctatctctatctctatctctatctctatctc
tatctctatctctcttgttttataggaacacacatttttgaataaaatac
ttgctctctacatacctggtgaataatagattatctaagacttgtcaatt
ttctaaaaaaatctgctgggtctttatgtagaaattatctctagatgtat
attttgaaggagaaaatacagagctaaattatgatagtttacatggatac
tttgtgattagctttatttaaaaagccaaattgctatatttgtagatgat
acaataatatgcgtatgctaccttaaaattgcatcaggaaactactacag
ctgataaaactttcctgtaaagtgtttggatattaaataaccaacgaaac
atcagaaaccttcatctacataaatggcaaatggaccgaaaaaaaaaatc
aagtaaacaatacaatactgcagaaaaatataaactatctttagttgctc
tgactatgcaaatgaaacacctgtatattacatcagtcatgagagacctt
agaagatagagatctgctattcctcaggcattagtaggatatatagtaaa
actgccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_96413405_96414505
seq2: B6Ng01-290L19.b_48_1150 (reverse)

seq1  ACACAC----ACACACACACACACACACACACAGACTCACACTCAAACAC  46
      ||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| 
seq2  ACACACTACGACACACACACACACACACACACAGACTCACACTC-AACA-  48

seq1  TCAAATTCTGTTAGTTTTTTTCTTGTTTTGATTTCCCCAAAGCGCTAAAG  96
      |||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTCTGTTAGTTTTTTTTCTG-TTTGATTTCCCCAAAGCGCTAAAG  97

seq1  TTTTTTTGCCTAAAAAAAATAAATTATTTTAAATGATTAAAAGCTACTTA  146
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTGCCTAAAAAAAATAAA-TATTTTAAATGATTAAAAGCTACTTA  146

seq1  GGTTAGTAC-AAAAAAAAAACCTACAATAGCACTCCTGAATAATGAAGGT  195
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGTACAAAAAAAAAAACCTACAATAGCACTCCTGAATAATGAAGGT  196

seq1  ATTATCTATAGCTTGC-TTTTTTTTTAAATCAACTTCATTTGCTGGCTAT  244
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTATAGCTTGCTTTTTTTTTTAAATCAACTTCATTTGCTGGCTAT  246

seq1  TTATAGCTGTGCTACTTGTGGGATCTACTGACTAGAGCTTGCCTCTGGAA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGCTGTGCTACTTGTGGGATCTACTGACTAGAGCTTGCCTCTGGAA  296

seq1  AATAGAGACATTTAGTAACAATGCTAGCAACCTGACAGAAGAAAACTGTA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAGACATTTAGTAACAATGCTAGCAACCTGACAGAAGAAAACTGTA  346

seq1  GGGAACTTCAAGATAAAAGTTGCAAGGGTGGCTTGGAATTCTTCTAGTAA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACTTCAAGATAAAAGTTGCAAGGGTGGCTTGGAATTCTTCTAGTAA  396

seq1  CCGGCTTGTATTAAGGAAAGAAATGATTTTTGTTACAATAGCAATTAAAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGCTTGTATTAAGGAAAGAAATGATTTTTGTTACAATAGCAATTAAAA  446

seq1  AAGAAACTAATTATTTCCCTTGGGAAGATGTGAAAAGCATAGCTACAGGT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACTAATTATTTCCCTTGGGAAGATGTGAAAAGCATAGCTACAGGT  496

seq1  ACTGCCAGCTGTCCTCATTTCTTCTCTACCATGGAAAAACAAATTCAATA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCAGCTGTCCTCATTTCTTCTCTACCATGGAAAAACAAATTCAATA  546

seq1  ATGCCTGTATCCTGTGAACAAGCATGCTTAAAAGATGCCATCCTAGTTAC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTGTATCCTGTGAACAAGCATGCTTAAAAGATGCCATCCTAGTTAC  596

seq1  TTTACACCAGTTACTAACAAAGTTGCAAAAAGAAAAATTATTTTTGAAAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACCAGTTACTAACAAAGTTGCAAAAAGAAAAATTATTTTTGAAAA  646

seq1  GCATTAGGCAAGCTCTGAAGATAACTAAATATCCCAACACAAATTCTTCT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAGGCAAGCTCTGAAGATAACTAAATATCCCAACACAAATTCTTCT  696

seq1  GATATGTACACCCAGAGAATAGCACCTTTATCTTAGCTGCCCCTGAAGAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGTACACCCAGAGAATAGCACCTTTATCTTAGCTGCCCCTGAAGAG  746

seq1  CGTGCCAATTAGCTGACCAACCTTACTTACTTTAAGGTTGATTTTAAGTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCCAATTAGCTGACCAACCTTACTTACTTTAAGGTTGATTTTAAGTC  796

seq1  CATGGGACTTAAATGACAATTTGAAGGAGTAGAAAATCTGCCCAGGATGT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGACTTAAATGACAATTTGAAGGAGTAGAAAATCTGCCCAGGATGT  846

seq1  GATTGCCCTGTCTTGAGGGTTTTATGTGATGTGTTTGCATATTCGAAAAC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCCCTGTCTTGAGGGTTTTATGTGATGTGTTTGCATATTCGAAAAC  896

seq1  ATTATAGAATAGAACTGGTCATAGTTCCCTCCTTGATAAAGGATGGGATT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAGAATAGAACTGGTCATAGTTCCCTCCTTGATAAAGGATGGGATT  946

seq1  CTATCAGTGACTAGTCTAGTCTCAGGACAATACTGCAGCTCTCAGTGTTA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAGTGACTAGTCTAGTCTCAGGACAATACTGCAGCTCTCAGTGTTA  996

seq1  GCCGCTGTTCCAGCCCTCCACTAAGCAAACATGAAGGCCTCAGTGACCTG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGCTGTTCCAGCCCTCCACTAAGCAAACATGAAGGCCTCAGTGACCTG  1046

seq1  AATGTCCTCGACGTGCTTCTGCATAAGCCATATATTTCCACTCAGAACTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCCTCGACGTGCTTCTGCATAAGCCATATATTTCCACTCAGAACTC  1096

seq1  TGAATTC  1101
      |||||||
seq2  TGAATTC  1103


seq1: chr12_96272579_96273693
seq2: B6Ng01-290L19.g_63_1170

seq1  GAATTCCAGAAAGCTGCTAAAGAAGATTACTTTTGTTTCACACGACTTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAAAGCTGCTAAAGAAGATTACTTTTGTTTCACACGACTTAC  50

seq1  CTTGATCTATGGGTTTAAGACTTAGCTCAGTGGTAAAGTACTTTCCTAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATCTATGGGTTTAAGACTTAGCTCAGTGGTAAAGTACTTTCCTAAC  100

seq1  AAAAGCAAGGATCCAGATTTGATACCCAAAACTTGAAAAAAAATAAGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAAGGATCCAGATTTGATACCCAAAACTTGAAAAAAAATAAGTAA  150

seq1  TTTACATATAATTAAATGCACTTGTATAAAAATCTATTCATACTCCACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATATAATTAAATGCACTTGTATAAAAATCTATTCATACTCCACAT  200

seq1  CCACCACCAAAATCACTACTTCTCCAAAACAGTGTAACTCTTTCCAATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACCAAAATCACTACTTCTCCAAAACAGTGTAACTCTTTCCAATAT  250

seq1  AGGATTATTTATTTCTCTTTATTGTCACAAAAGCAAGCTCTCAGAGGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTATTTATTTCTCTTTATTGTCACAAAAGCAAGCTCTCAGAGGAGA  300

seq1  TAACCACTCATCTGTTTTCTGTCTATAAATACTAGCTTTGTCTCTTCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCACTCATCTGTTTTCTGTCTATAAATACTAGCTTTGTCTCTTCTGA  350

seq1  ATTTTTAAATACAACCATCCATGATGAAATTTGCCTCTGATCTTCTATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAAATACAACCATCCATGATGAAATTTGCCTCTGATCTTCTATTC  400

seq1  AGGAAAATTATTTCTAGACAGAGCTTCATTGCTGTTTCTATCCATGTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAATTATTTCTAGACAGAGCTTCATTGCTGTTTCTATCCATGTTCT  450

seq1  TTCTATCTCTATCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCATCTCTATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCTCTATCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCATCTCTATC  500

seq1  TCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTCTATCTC  550

seq1  TATCTCTATCTCTCTTGTTTTATAGGAACACACATTTTTGAATAAAATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCTATCTCTCTTGTTTTATAGGAACACACATTTTTGAATAAAATAC  600

seq1  TTGCTCTCTACATACCTGGTGAATAATAGATTATCTAAGACTTGTCAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTCTACATACCTGGTGAATAATAGATTATCTAAGACTTGTCAATT  650

seq1  TTCTAAAAAAATCTGCTGGGTCTTTATGTAGAAATTATCTCTAGATGTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAAAAAATCTGCTGGGTCTTTATGTAGAAATTATCTCTAGATGTAT  700

seq1  ATTTTGAAGGAGAAAATACAGAGCTAAATTATGATAGTTTACATGGATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAAGGAGAAAATACAGAGCTAAATTATGATAGTTTACATGGATAC  750

seq1  TTTGTGATTAGCTTTATTTAAAAAGCCAAATTGCTATATTTGTAGATGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGATTAGCTTTATTTAAAAAGCCAAATTGCTATATTTGTAGATGAT  800

seq1  ACAATAATATGCGTATGCTACCTTAAAATTGCATCAGGAAACTACTACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAATATGCGTATGCTACCTTAAAATTGCATCAGGAAACTACTACAG  850

seq1  CTGATAAAACTTTCCTGTAAAGTGTTTGGATATTAAATAACCAACGAAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAAAACTTTCCTGTAAAGTGTTTGGATATTAAATAACCAACGAAAC  900

seq1  ATCAGAAACCTTCATCTACATAAATGGCAAATGGACCGAAAAAAAAAATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAAACCTTCATCTACATAAATGGCAAATGGACCGAAAAAAAAAATC  950

seq1  AAGTAAACAATACAATACTGCAGAAAAATATAAACTATCTTTAGTTGCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAACAATACAATACTGCAGAAAAATATAAACTATCTTTAGTTGCTC  1000

seq1  TGACTATGCAAATGAAACACCTGTATATTAACATTAAGTCATTGAAGAAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||   ||
seq2  TGACTATGCAAATGAAACACCTGTATATT-ACA-TCAGTCA-TGA--GAG  1045

seq1  ACCTTAGAAGATAGAGATCTGCTATT-CTCAGGCATTAGTAGGATTAATA  1099
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||
seq2  ACCTTAGAAGATAGAGATCTGCTATTCCTCAGGCATTAGTAGGAT--ATA  1093

seq1  TAGTAAAAATTGCCAT  1115
      |||| |||| ||||||
seq2  TAGT-AAAACTGCCAT  1108


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |