BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291L16
Chromosome14 (Build37)12 (Build37)
Map Location 29,170,564 - 29,171,63955,179,372 - 55,179,980
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneErc2
Upstream geneArhgef3, Ccdc66, LOC665370
Downstream geneLOC100040206, Wnt5a, LOC100040218, Cacna2d3, Lrtm1, Ppia-ps15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291L16.bB6Ng01-291L16.g
ACCGA088543GA088544
length1,075774
definitionB6Ng01-291L16.b B6Ng01-291L16.g
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,170,564 - 29,171,639)(55,179,372 - 55,179,980)
sequence
gaattccaaatagcttgtcaagattacatctcatatgtgaagctccatca
ggatcaggctacatccgggatcaagagggtttagtaggtagaattcagac
aagatcatggaagtagagccagctgggcccagtgaataatagcataaaca
attacacactactcaggtcgtttcaaggttgtctatggcttgaaattttc
aggggaatgaaaggatagagaagatgctaatacatagaggaatactaatg
agtaataataatagcaatttgttatcagtgagtaataggaatgacaattt
gttatttcagcttctgtctgttatagtatgggtaaatcggtataaactgg
ctttgtgtctgcatagtttactatctgaattcctaaccaaaccttcagat
ctacttcaaagccatgtacttagaaacaggtgggaaggtttatgctaagc
tgtgcaatgcagaggtttcagctaacatgcccacctctgaagtgctccat
gattgagtccccaactgcaatggtacctctagaaggccgtgcaggaagtg
agcagaacacatggcccttctcacccattacctctaacttccaagcaagg
tttgtatcctgatgagaagaaaaccatgcaggaggataaagcattgatgt
catatttatatgtttaaaggaaactcaagggcaatgtccatagttgtgcc
tgtgaatgaagtgtgagagaagagatgtgttaatctggtctagatcagta
gatgtaagctctgtaagcacaggatgtctgcctgttttcaccacttctgt
agcatcagggactagaccagtgcctggcatatggtagacatcaattaata
cttgatgactgtatggcaaagtccttatacacttgtgccatcagtacaca
ttatattaaaatacctgttctttgccagatactctatagaataggagctg
atctaagactcccaacagcaagggaatttgttagcagtggtttgtcccta
tgagcaaggtacgtggagttagttatgaagtcctcaatgtgcctgtctac
cccacctgggcttctaagtaataca
gaattcagcagacactaaagccaccagcataataaggaatataaaggagg
aaaggggatgaaagggaggaggaagatgagaaggaggaagagggctgatt
gcatcctgcagcagagagcagatgcttcccagtgctcatctcactgtgtc
cagtttatatgtaccaggatctcctgtaacggcagagcacggtcaagact
ggtctttccacgggtgttgatcagctttatgtcaacttgacacaagctag
agccatctgaaagggcacctcaactgagaaaatgcctccacaagatccag
ctgtaggggatttttaaatcagtggttgataggggtgggcccagccaatt
gtgggcagtgccatcttaggccggtggttctgggctctataagaaagcag
gctaagcaagccagtaagcagcgctcttccatggcctctgcataagctcc
aggttcctgtcctgactccttcagtgatggactgcagtgtggaggtgtaa
gtcaaatagatcctttcctccccaacttgctttagtcatggtatctcatt
ccagcaacagaaaccctaactaagacaccatgtcaatgaatataaaatga
atataatcccccacagggagggttcattacagcagttcagatacattcaa
gaaactcaatgatttaaagcaaaagcaacaataggaaagaatgcttcaag
tgacagagctgcttacagggtggtgtgctattataggctcatgaacctgg
acttaactccttactgtgaactgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_29170564_29171639
seq2: B6Ng01-291L16.b_45_1119

seq1  GAATTCCAAATAGCTTGTCAAGATTACATCTCATATGTGAAGCTCCATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAATAGCTTGTCAAGATTACATCTCATATGTGAAGCTCCATCA  50

seq1  GGATCAGGCTACATCCGGGATCAAGAGGGTTTAGTAGGTAGAATTCAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAGGCTACATCCGGGATCAAGAGGGTTTAGTAGGTAGAATTCAGAC  100

seq1  AAGATCATGGAAGTAGAGCCAGCTGGGCCCAGTGAATAATAGCATAAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCATGGAAGTAGAGCCAGCTGGGCCCAGTGAATAATAGCATAAACA  150

seq1  ATTACACACTACTCAGGTCGTTTCAAGGTTGTCTATGGCTTGAAATTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACACACTACTCAGGTCGTTTCAAGGTTGTCTATGGCTTGAAATTTTC  200

seq1  AGGGGAATGAAAGGATAGAGAAGATGCTAATACATAGAGGAATACTAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAATGAAAGGATAGAGAAGATGCTAATACATAGAGGAATACTAATG  250

seq1  AGTAATAATAATAGCAATTTGTTATCAGTGAGTAATAGGAATGACAATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATAATAATAGCAATTTGTTATCAGTGAGTAATAGGAATGACAATTT  300

seq1  GTTATTTCAGCTTCTGTCTGTTATAGTATGGGTAAATCGGTATAAACTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTCAGCTTCTGTCTGTTATAGTATGGGTAAATCGGTATAAACTGG  350

seq1  CTTTGTGTCTGCATAGTTTACTATCTGAATTCCTAACCAAACCTTCAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGTCTGCATAGTTTACTATCTGAATTCCTAACCAAACCTTCAGAT  400

seq1  CTACTTCAAAGCCATGTACTTAGAAACAGGTGGGAAGGTTTATGCTAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTCAAAGCCATGTACTTAGAAACAGGTGGGAAGGTTTATGCTAAGC  450

seq1  TGTGCAATGCAGAGGTTTCAGCTAACATGCCCACCTCTGAAGTGCTCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAATGCAGAGGTTTCAGCTAACATGCCCACCTCTGAAGTGCTCCAT  500

seq1  GATTGAGTCCCCAACTGCAATGGTACCTCTAGAAGGCCGTGCAGGAAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGAGTCCCCAACTGCAATGGTACCTCTAGAAGGCCGTGCAGGAAGTG  550

seq1  AGCAGAACACATGGCCCTTCTCACCCATTACCTCTAACTTCCAAGCAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAACACATGGCCCTTCTCACCCATTACCTCTAACTTCCAAGCAAGG  600

seq1  TTTGTATCCTGATGAGAAGAAAACCATGCAGGAGGATAAAGCATTGATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATCCTGATGAGAAGAAAACCATGCAGGAGGATAAAGCATTGATGT  650

seq1  CATATTTATATGTTTAAAGGAAACTCAAGGGCAATGTCCATAGTTGTGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTATATGTTTAAAGGAAACTCAAGGGCAATGTCCATAGTTGTGCC  700

seq1  TGTGAATGAAGTGTGAGAGAAGAGATGTGTTAATCTGGTCTAGATCAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATGAAGTGTGAGAGAAGAGATGTGTTAATCTGGTCTAGATCAGTA  750

seq1  GATGTAAGCTCTGTAAGCACAGGATGTCTGCCTGTTTTCACCACTTCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAAGCTCTGTAAGCACAGGATGTCTGCCTGTTTTCACCACTTCTGT  800

seq1  AGCATCAGGGACTAGACCAGTGCCTGGCATATGGTAGACATCAATTAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCAGGGACTAGACCAGTGCCTGGCATATGGTAGACATCAATTAATA  850

seq1  CTTGATGACTGTATGGCAAAGTCCTTATACACTTGTGCCATCAGTACACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATGACTGTATGGCAAAGTCCTTATACACTTGTGCCATCAGTACACA  900

seq1  TTATATT-AAATACCTGTTCTTTGCCAGATACTCTATAGAATAGGAGCTG  949
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTAAAATACCTGTTCTTTGCCAGATACTCTATAGAATAGGAGCTG  950

seq1  ATCTAAGACTCCCAACAGCAAAGGAATTTGTTAGCCAGTGGTTTTGTCCC  999
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  ATCTAAGACTCCCAACAGCAAGGGAATTTGTTAG-CAGTGG-TTTGTCCC  998

seq1  TATGAGCAAGGTACGTGGAGTTAGTTTATGAAGTCTCCAAATGTGCCTGT  1049
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  |||||||||||
seq2  TATGAGCAAGGTACGTGGAGTTAG-TTATGAAGTC-CTCAATGTGCCTGT  1046

seq1  CTACAC--ACTGGGCTTCTAAGTAATACA  1076
      |||| |   ||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCCACCTGGGCTTCTAAGTAATACA  1075

seq1: chr12_55179372_55179980
seq2: B6Ng01-291L16.g_230_839 (reverse)

seq1  ACAGTTCACAGTAAGGAGTTAAGTCCAGGTTCATGAGCCTATAATAGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTCACAGTAAGGAGTTAAGTCCAGGTTCATGAGCCTATAATAGCAC  50

seq1  ACCACCCTGTAAGCAGCTCTGTCACTTGAAGCATTCTTTCCTATTGTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCCTGTAAGCAGCTCTGTCACTTGAAGCATTCTTTCCTATTGTTGC  100

seq1  TTTTGCTTTAAATCATTGAGTTTCTTGAATGTATCTGAACTGCTGTAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTTTAAATCATTGAGTTTCTTGAATGTATCTGAACTGCTGTAATG  150

seq1  AACCCTCCCTGTGGGGGATTATATTCA-TTTATATTCATTGACATGGTGT  199
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTCCCTGTGGGGGATTATATTCATTTTATATTCATTGACATGGTGT  200

seq1  CTTAGTTAGGGTTTCTGTTGCTGGAATGAGATACCATGACTAAAGCAAGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTTAGGGTTTCTGTTGCTGGAATGAGATACCATGACTAAAGCAAGT  250

seq1  TGGGGAGGAAAGGATCTATTTGACTTACACCTCCACACTGCAGTCCATCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGGAAAGGATCTATTTGACTTACACCTCCACACTGCAGTCCATCA  300

seq1  CTGAAGGAGTCAGGACAGGAACCTGGAGCTTATGCAGAGGCCATGGAAGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGGAGTCAGGACAGGAACCTGGAGCTTATGCAGAGGCCATGGAAGA  350

seq1  GCGCTGCTTACTGGCTTGCTTAGCCTGCTTTCTTATAGAGCCCAGAACCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTGCTTACTGGCTTGCTTAGCCTGCTTTCTTATAGAGCCCAGAACCA  400

seq1  CCGGCCTAAGATGGCACTGCCCACAATTGGCTGGGCCCACCCCTATCAAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGCCTAAGATGGCACTGCCCACAATTGGCTGGGCCCACCCCTATCAAC  450

seq1  CACTGATTTAAAAATCCCCTACAGCTGGATCTTGTGGAGGCATTTTCTCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGATTTAAAAATCCCCTACAGCTGGATCTTGTGGAGGCATTTTCTCA  500

seq1  GTTGAGGTGCCCTTTCAGATGGCTCTAGCTTGTGTCAAGTTGACATAAAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGGTGCCCTTTCAGATGGCTCTAGCTTGTGTCAAGTTGACATAAAG  550

seq1  CTGATCAACACCCGTGGAAAGACCAGTCTTGACCGTGCTCTGCCGTTACA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCAACACCCGTGGAAAGACCAGTCTTGACCGTGCTCTGCCGTTACA  600

seq1  GGAGATCCTG  609
      ||||||||||
seq2  GGAGATCCTG  610