BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292P19
Chromosome12 (Build37)
Map Location 84,997,061 - 85,155,122
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRbm25, Psen1, Papln, Numb
Upstream geneRgs6, Dpf3, Wdr21, Zfyve1, LOC626950
Downstream geneLOC100042325, 2410016O06Rik, Acot2, Acot1, Acot4, Acot3, Acot5, LOC666963, Acot6, Dnalc1, Pnma1, C130039O16Rik, EG432676, Zadh1, Zfp410, 9830169C18Rik, Coq6, Entpd5, 2900006K08Rik, Rnf113a2, Aldh6a1, Lin52, Chx10, Abcd4, 7420416P09Rik, Tmem90a, Npc2, Isca2, Ltbp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292P19.bB6Ng01-292P19.g
ACCGA089481GA089482
length1,129814
definitionB6Ng01-292P19.b B6Ng01-292P19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,153,991 - 85,155,122)(84,997,061 - 84,997,866)
sequence
ggaattccttatgtagtctatcttactccaacacatgatcttgccttagc
ctcctgaatgctgggattacagccacagcaactttagactagtgtttgac
ttaagcaactaggtatactaccatgcctggacctaaacttctctttacct
ggtacttactctgtaccaggctgaccttgtctatatgtctgtgcataggt
ctgtgcctgagaatacaatgtctgtagttgcatgtaccatcatacctaga
cctaagcctttctttcattccttttcacaagctctttgtaagtttggtat
tgcagttcattccaaatatagtcaagttgacaactgagaatagctgtcac
aatctatcccttgtcaatttgacaacacagtcatatctccttatgtacaa
atgaaaacaataaccaagtcattttaatgactgtattcagttgtcttctg
aatcccacatagctgggtgcttgacagacaccttagacttcctgaaattt
cctatcttagccagagctactttttcactcaagtgacacaagacaggaac
ctatcccctcccctatactgtgtaaaaccacctttgcaatctcagtcaag
atagctccatcctgattctttcctgcctggaatcttgcttattgatctct
atctgacctcaggtacactgctgcaaagtgatgttttaaaatgcaagtct
agggactggaaagttcactgaattaagagcattgctgctcttccagagga
accaagtgcaggcctcagtacccacctcaggcaactcataactgtctgta
actgacactcgagaggaaccagaaccacctctgacagccacagacctgtg
cataaacataaagagcaatttaaaaataagaggtttttaaaaaatgcaaa
tctagcgctggtgcagtagtttagtgtttggtaaagacccttgctgccaa
ggctgatggcctgagtttaatctccagggtgacacgatagcgggaaagag
ccgactccagtgaggctctgtgcactcgcgatcagatgtgaataagtaga
gcagatatacaaatgtggctggtgtttcaattcttttagtagcttcagtg
ccatagaaataagatcaggtcctagaagg
gaattctttttttcttaaatccttcatggttgtaattgtggaaaatagct
gtatggatctttcaatttcagtttgtaggagatgataatttagggtctac
aggttaattctatgtgggaagccgtgcacaatcaccattacaagatgggg
ctggcttcctcagtgcctaactagtaaataagcaatgtgcgcaggtgctg
gagtaaattcatgccaagtcactgcccatcccggggtgtaggagtggggt
gatgagcgagcaactaatcaggagctgacacgtcacacagaggggtattt
aagcagctccattttccgggttcggggtcttcctgagaagcaataaagct
ttgccgtagaaggatctggagtgttttttgctggtgaaacgttacaagga
cagttctatattagcaggcctttgaatttacaactccattcctattccta
tggttagaaacctatggagagtcttccaagggaaaagaaatcaggaatgt
aggaaatgtcacacagatcatatatttttcttctggatttcattttttaa
gactgtgctgccctgcttggccttgaactcacaggccagatccacctgcc
tctgtctcgcaaatggcgggattaaaggccttcagcaccaaagtccagca
gtgaatactttgatagagtagaatttagatatgaaggacctgggttttgg
tgctacatagttagtgagtggtatagcaaggttcaagaggtcggctttga
ggctgattgtttgcgtttgtgtgaagcaaaaaacagtaaccacacttcta
agcgctaaatttga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_85153991_85155122
seq2: B6Ng01-292P19.b_48_1176 (reverse)

seq1  CCTTCTAGGGAACTGGATCTTAATTCTATGGGCAACTGAAAGCTACTAAA  50
      |||||||||  ||  ||||||| ||||||||   |||| |||||||||||
seq2  CCTTCTAGG--ACCTGATCTTATTTCTATGG--CACTG-AAGCTACTAAA  45

seq1  AGAATT-AAACA-CAACCACATTTGTATATCTGCTCTTACTTA-TCACAT  97
      |||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  AGAATTGAAACACCAGCCACATTTGTATATCTGCTC-TACTTATTCACAT  94

seq1  CTGATCGCGAGTGCACAGAGGCCTCACTGGAGTCGGCTCTTTCCCGCTAT  147
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCGCGAGTGCACAGA-GCCTCACTGGAGTCGGCTCTTTCCCGCTAT  143

seq1  CGTGTCACCCTGGAGATTAAACTCAGGCCATCAGCCTTGGCAGCAAGGGT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTCACCCTGGAGATTAAACTCAGGCCATCAGCCTTGGCAGCAAGGGT  193

seq1  CTTTACCAAACACTAAACTACTGCACCAGCGCTAGATTTGCATTTTTTAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACCAAACACTAAACTACTGCACCAGCGCTAGATTTGCATTTTTTAA  243

seq1  AAACCTCTTATTTTT-AATTGCTCTTTATGTTTATGCACAGGTCTGTGGC  296
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTCTTATTTTTAAATTGCTCTTTATGTTTATGCACAGGTCTGTGGC  293

seq1  TGTCAGAGGTGGTTCTGGTTCCTCTCGAGTGTCAGTTACAGACAGTTATG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGAGGTGGTTCTGGTTCCTCTCGAGTGTCAGTTACAGACAGTTATG  343

seq1  AGTTGCCTGAGGTGGGTACTGAGGCCTGCACTTGGTTCCTCTGGAAGAGC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCTGAGGTGGGTACTGAGGCCTGCACTTGGTTCCTCTGGAAGAGC  393

seq1  AGCAATGCTCTTAATTCAGTGAACTTTCCAGTCCCTAGACTTGCATTTTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGCTCTTAATTCAGTGAACTTTCCAGTCCCTAGACTTGCATTTTA  443

seq1  AAACATCACTTTGCAGCAGTGTACCTGAGGTCAGATAGAGATCAATAAGC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATCACTTTGCAGCAGTGTACCTGAGGTCAGATAGAGATCAATAAGC  493

seq1  AAGATTCCAGGCAGGAAAGAATCAGGATGGAGCTATCTTGACTGAGATTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTCCAGGCAGGAAAGAATCAGGATGGAGCTATCTTGACTGAGATTG  543

seq1  CAAAGGTGGTTTTACACAGTATAGGGGAGGGGATAGGTTCCTGTCTTGTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTGGTTTTACACAGTATAGGGGAGGGGATAGGTTCCTGTCTTGTG  593

seq1  TCACTTGAGTGAAAAAGTAGCTCTGGCTAAGATAGGAAATTTCAGGAAGT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTGAGTGAAAAAGTAGCTCTGGCTAAGATAGGAAATTTCAGGAAGT  643

seq1  CTAAGGTGTCTGTCAAGCACCCAGCTATGTGGGATTCAGAAGACAACTGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGTGTCTGTCAAGCACCCAGCTATGTGGGATTCAGAAGACAACTGA  693

seq1  ATACAGTCATTAAAATGACTTGGTTATTGTTTTCATTTGTACATAAGGAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGTCATTAAAATGACTTGGTTATTGTTTTCATTTGTACATAAGGAG  743

seq1  ATATGACTGTGTTGTCAAATTGACAAGGGATAGATTGTGACAGCTATTCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGACTGTGTTGTCAAATTGACAAGGGATAGATTGTGACAGCTATTCT  793

seq1  CAGTTGTCAACTTGACTATATTTGGAATGAACTGCAATACCAAACTTACA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGTCAACTTGACTATATTTGGAATGAACTGCAATACCAAACTTACA  843

seq1  AAGAGCTTGTGAAAAGGAATGAAAGAAAGGCTTAGGTCTAGGTATGATGG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTTGTGAAAAGGAATGAAAGAAAGGCTTAGGTCTAGGTATGATGG  893

seq1  TACATGCAACTACAGACATTGTATTCTCAGGCACAGACCTATGCACAGAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCAACTACAGACATTGTATTCTCAGGCACAGACCTATGCACAGAC  943

seq1  ATATAGACAAGGTCAGCCTGGTACAGAGTAAGTACCAGGTAAAGAGAAGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGACAAGGTCAGCCTGGTACAGAGTAAGTACCAGGTAAAGAGAAGT  993

seq1  TTAGGTCCAGGCATGGTAGTATACCTAGTTGCTTAAGTCAAACACTAGTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTCCAGGCATGGTAGTATACCTAGTTGCTTAAGTCAAACACTAGTC  1043

seq1  TAAAGTTGCTGTGGCTGTAATCCCAGCATTCAGGAGGCTAAGGCAAGATC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTGCTGTGGCTGTAATCCCAGCATTCAGGAGGCTAAGGCAAGATC  1093

seq1  ATGTGTTGGAGTAAGATAGACTACATAAGGAATTCC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTGGAGTAAGATAGACTACATAAGGAATTCC  1129

seq1: chr12_84997061_84997866
seq2: B6Ng01-292P19.g_65_878

seq1  GAATTCTTTTTTTCTTAAATCCTTCATGGTTGTAATTGTGGAAAATAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTTTTCTTAAATCCTTCATGGTTGTAATTGTGGAAAATAGCT  50

seq1  GTATGGATCTTTCAATTTCAGTTTGTAGGAGATGATAATTTAGGGTCTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGATCTTTCAATTTCAGTTTGTAGGAGATGATAATTTAGGGTCTAC  100

seq1  AGGTTAATTCTATGTGGGAAGCCGTGCACAATCACCATTACAAGATGGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAATTCTATGTGGGAAGCCGTGCACAATCACCATTACAAGATGGGG  150

seq1  CTGGCTTCCTCAGTGCCTAACTAGTAAATAAGCAATGTGCGCAGGTGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTCCTCAGTGCCTAACTAGTAAATAAGCAATGTGCGCAGGTGCTG  200

seq1  GAGTAAATTCATGCCAAGTCACTGCCCATCCCGGGGTGTAGGAGTGGGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAATTCATGCCAAGTCACTGCCCATCCCGGGGTGTAGGAGTGGGGT  250

seq1  GATGAGCGAGCAACTAATCAGGAGCTGACACGTCACACAGAGGGGTATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGCGAGCAACTAATCAGGAGCTGACACGTCACACAGAGGGGTATTT  300

seq1  AAGCAGCTCCATTTTCCGGGTTCGGGGTCTTCCTGAGAAGCAATAAAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGCTCCATTTTCCGGGTTCGGGGTCTTCCTGAGAAGCAATAAAGCT  350

seq1  TTGCCGTAGAAGGATCTGGAGTGTTTTTTGCTGGTGAAACGTTACAAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCGTAGAAGGATCTGGAGTGTTTTTTGCTGGTGAAACGTTACAAGGA  400

seq1  CAGTTCTATATTAGCAGGCCTTTGAATTTACAACTCCATTCCTATTCCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTATATTAGCAGGCCTTTGAATTTACAACTCCATTCCTATTCCTA  450

seq1  TGGTTAGAAACCTATGGAGAGTCTTCCAAGGGAAAAGAAATCAGGAATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAGAAACCTATGGAGAGTCTTCCAAGGGAAAAGAAATCAGGAATGT  500

seq1  AGGAAATGTCACACAGATCATATATTTTTCTTCTGGATTTCATTTTTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATGTCACACAGATCATATATTTTTCTTCTGGATTTCATTTTTTAA  550

seq1  GACTGTGCTGCCCTGCTTGGCCTTGAACTCACAGGCCAGATCCACCTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGCTGCCCTGCTTGGCCTTGAACTCACAGGCCAGATCCACCTGCC  600

seq1  TCTGTCTCGCAAATGGCGGGATTAAAGGCCTTCAGCACCAAAGTCCAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCGCAAATGGCGGGATTAAAGGCCTTCAGCACCAAAGTCCAGCA  650

seq1  GTGAATACTTTGATAGAGTAGAATTTAGATATGAAGGACCTGGG-TTTGG  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTGAATACTTTGATAGAGTAGAATTTAGATATGAAGGACCTGGGTTTTGG  700

seq1  TGCTACATAGTTAGTGAGTGGTATAGC-AGGTTTAAGAGGTCGGCTT--G  746
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||   
seq2  TGCTACATAGTTAGTGAGTGGTATAGCAAGGTTCAAGAGGTCGGCTTTGA  750

seq1  GGCTGAATGTTGGCGTTTGTGTG-AGC-AAAAACAGTAA-CACAC-TCTA  792
      |||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||
seq2  GGCTGATTGTTTGCGTTTGTGTGAAGCAAAAAACAGTAACCACACTTCTA  800

seq1  AGCGCTAAATTTGA  806
      ||||||||||||||
seq2  AGCGCTAAATTTGA  814