BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293B14
Chromosome12 (Build37)
Map Location 62,133,615 - 62,266,949
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC665665, Ppia-ps12_475.1
Downstream geneLOC100040300, LOC665677, Nanog-ps2, Lrfn5, LOC665699, LOC665707, LOC100040403, LOC665713
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293B14.bB6Ng01-293B14.g
ACCGA089562GA089563
length1,143572
definitionB6Ng01-293B14.b B6Ng01-293B14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(62,265,802 - 62,266,949)(62,133,615 - 62,134,186)
sequence
gaattctccataagcaattgattcatgaattcttgcattttatattatta
cttaaaggttacatttatgttaatgaattgacgtaaaattgggctatgtc
actaaggccttgtcacatacgtaataaaggatgatgttatcatgaaaata
gctttttaatcaagttactagtacaatactcccagtttttaattaaatga
agcagaatatctaaagtaagtgatacataaggaacatatggtaatttgtt
aaagtatccagaattgttaaatatgttgttaattaattaatattaagaca
tcaagtaaaacaaatgatgagaaaaggagcctatgaaacaaaatatatgc
agtttaaaagctgtaggccagaaaaggagaaattaactagaaacttcaca
gaatttcagaatatgtactctgtacagtaatgcatctatggctcttatgt
taccattagagataaattgtccttacactttcttttctactctgaaagta
caacggttcagaaaacctagacaaaatgtaggttaataaatgtaaggtta
gccacaatatgccaacaataactgtaacacttcatagtccaaagcgcact
gatcttatcccacagaagtcttcaagtattttatgtactttcaataaata
aacaaagctgattcaaataattaacatgcaaaaattataaaagtcattct
gcttcttaatcgtgtactcttactgcctgaatttctatttggtgccactc
agatatgctttaatagacataaatttgtactagctgaaatttatgcataa
aacctgaatcttttctatttgtaaatataacataaatgaatataggaata
tacctgtatgactaaaacctgctaattgccttatggtttggcagtctcca
agagtgtaccccaagtctgtttgatattcctgggccagctattacattga
gcattctgaatgggatgaatgatgggtgtaaattatgtgacaccagatgg
gctctccggtgactatacatttatggaaccttttgcagttgtttattaca
gtgaaatctgcatgtttcagcttcatatgaggtgatcattattattttta
cttaaaataataggatgagctatttatttattttgaagatgac

gaattcaaggccagtctgtgctagatacagaaaccctaccagtaattatc
taaagtgtttctaatggatatttgaattgctggtaggacagcaagctggt
aaaacaatttggaaatcaatgtggtggttcctaagaaaaattggaagtcg
ttctacctgaagacccagctataccattgctcggcatatatccaaaagat
gctccaacatataacaaggacacatggtccactatgtttatagcagtgtt
atttataaaagccagaagctatatacaacccagaagtccttgaactgaag
aatacatacagaaaatatggtatgtttatacaatggaatattaatcagct
actaaaaacaatgacttcatgaaatttgcaggcaaatagttggaactaga
aaatattatcgtgagtgaggtaacccatacacaaaataacacacatgata
tgtactcgctgataagtggatattagccccaaagctcacaatgcccaaga
cacaacccacagacaatatggtacttaggaagaaaggtgtggaggcttca
gtcctgcatagagctgggaaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_62265802_62266949
seq2: B6Ng01-293B14.b_48_1190 (reverse)

seq1  GTCATCTTTTAAATAAATAAAATAGTTTAATCTTATTATTTTAAGTTAAA  50
      ||||||||  |||||||| ||||||  | ||| |||||||||||| ||||
seq2  GTCATCTTCAAAATAAAT-AAATAG-CTCATCCTATTATTTTAAG-TAAA  47

seq1  AATAATAAAGGATTCACCTCATATGAAGCTGAAACATTGCAGATTTCACT  100
      |||||||| |   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AATAATAATG--ATCACCTCATATGAAGCTGAAACA-TGCAGATTTCACT  94

seq1  GTAATAAACAACCTGCAAAAGGTTCCATAAATGTATAGTCACCGGAGAG-  149
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTAATAAACAA-CTGCAAAAGGTTCCATAAATGTATAGTCACCGGAGAGC  143

seq1  CCATCTGGTGTCACATAA-TTACACCCATCATTCATCCCATTCAGAATGC  198
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGGTGTCACATAATTTACACCCATCATTCATCCCATTCAGAATGC  193

seq1  TCAATGTAATAGCTGGCCCAGGAATATCAAACAGACTTGGGGTACACTCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGTAATAGCTGGCCCAGGAATATCAAACAGACTTGGGGTACACTCT  243

seq1  TGGAGACTGCCAAACCATAAGGCAATTAGCAGGTTTTAGTCATACAGGTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGACTGCCAAACCATAAGGCAATTAGCAGGTTTTAGTCATACAGGTA  293

seq1  TATTCCTATATTCATTTATGTTATATTTACAAATAGAAAAGATTCAGGTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTATATTCATTTATGTTATATTTACAAATAGAAAAGATTCAGGTT  343

seq1  TTATGCATAAATTTCAGCTAGTACAAATTTATGTCTATTAAAGCATATCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCATAAATTTCAGCTAGTACAAATTTATGTCTATTAAAGCATATCT  393

seq1  GAGTGGCACCAAATAGAAATTCAGGCAGTAAGAGTACACGATTAAGAAGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGCACCAAATAGAAATTCAGGCAGTAAGAGTACACGATTAAGAAGC  443

seq1  AGAATGACTTTTATAATTTTTGCATGTTAATTATTTGAATCAGCTTTGTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGACTTTTATAATTTTTGCATGTTAATTATTTGAATCAGCTTTGTT  493

seq1  TATTTATTGAAAGTACATAAAATACTTGAAGACTTCTGTGGGATAAGATC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTGAAAGTACATAAAATACTTGAAGACTTCTGTGGGATAAGATC  543

seq1  AGTGCGCTTTGGACTATGAAGTGTTACAGTTATTGTTGGCATATTGTGGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCGCTTTGGACTATGAAGTGTTACAGTTATTGTTGGCATATTGTGGC  593

seq1  TAACCTTACATTTATTAACCTACATTTTGTCTAGGTTTTCTGAACCGTTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTTACATTTATTAACCTACATTTTGTCTAGGTTTTCTGAACCGTTG  643

seq1  TACTTTCAGAGTAGAAAAGAAAGTGTAAGGACAATTTATCTCTAATGGTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTCAGAGTAGAAAAGAAAGTGTAAGGACAATTTATCTCTAATGGTA  693

seq1  ACATAAGAGCCATAGATGCATTACTGTACAGAGTACATATTCTGAAATTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAGAGCCATAGATGCATTACTGTACAGAGTACATATTCTGAAATTC  743

seq1  TGTGAAGTTTCTAGTTAATTTCTCCTTTTCTGGCCTACAGCTTTTAAACT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGTTTCTAGTTAATTTCTCCTTTTCTGGCCTACAGCTTTTAAACT  793

seq1  GCATATATTTTGTTTCATAGGCTCCTTTTCTCATCATTTGTTTTACTTGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATATTTTGTTTCATAGGCTCCTTTTCTCATCATTTGTTTTACTTGA  843

seq1  TGTCTTAATATTAATTAATTAACAACATATTTAACAATTCTGGATACTTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTAATATTAATTAATTAACAACATATTTAACAATTCTGGATACTTT  893

seq1  AACAAATTACCATATGTTCCTTATGTATCACTTACTTTAGATATTCTGCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATTACCATATGTTCCTTATGTATCACTTACTTTAGATATTCTGCT  943

seq1  TCATTTAATTAAAAACTGGGAGTATTGTACTAGTAACTTGATTAAAAAGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTAATTAAAAACTGGGAGTATTGTACTAGTAACTTGATTAAAAAGC  993

seq1  TATTTTCATGATAACATCATCCTTTATTACGTATGTGACAAGGCCTTAGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCATGATAACATCATCCTTTATTACGTATGTGACAAGGCCTTAGT  1043

seq1  GACATAGCCCAATTTTACGTCAATTCATTAACATAAATGTAACCTTTAAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAGCCCAATTTTACGTCAATTCATTAACATAAATGTAACCTTTAAG  1093

seq1  TAATAATATAAAATGCAAGAATTCATGAATCAATTGCTTATGGAGAATTC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATATAAAATGCAAGAATTCATGAATCAATTGCTTATGGAGAATTC  1143


seq1: chr12_62133615_62134186
seq2: B6Ng01-293B14.g_65_636

seq1  GAATTCAAGGCCAGTCTGTGCTAGATACAGAAACCCTACCAGTAATTATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCCAGTCTGTGCTAGATACAGAAACCCTACCAGTAATTATC  50

seq1  TAAAGTGTTTCTAATGGATATTTGAATTGCTGGTAGGACAGCAAGCTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGTTTCTAATGGATATTTGAATTGCTGGTAGGACAGCAAGCTGGT  100

seq1  AAAACAATTTGGAAATCAATGTGGTGGTTCCTAAGAAAAATTGGAAGTCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAATTTGGAAATCAATGTGGTGGTTCCTAAGAAAAATTGGAAGTCG  150

seq1  TTCTACCTGAAGACCCAGCTATACCATTGCTCGGCATATATCCAAAAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACCTGAAGACCCAGCTATACCATTGCTCGGCATATATCCAAAAGAT  200

seq1  GCTCCAACATATAACAAGGACACATGGTCCACTATGTTTATAGCAGTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAACATATAACAAGGACACATGGTCCACTATGTTTATAGCAGTGTT  250

seq1  ATTTATAAAAGCCAGAAGCTATATACAACCCAGAAGTCCTTGAACTGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATAAAAGCCAGAAGCTATATACAACCCAGAAGTCCTTGAACTGAAG  300

seq1  AATACATACAGAAAATATGGTATGTTTATACAATGGAATATTAATCAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATACAGAAAATATGGTATGTTTATACAATGGAATATTAATCAGCT  350

seq1  ACTAAAAACAATGACTTCATGAAATTTGCAGGCAAATAGTTGGAACTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAAACAATGACTTCATGAAATTTGCAGGCAAATAGTTGGAACTAGA  400

seq1  AAATATTATCGTGAGTGAGGTAACCCATACACAAAATAACACACATGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTATCGTGAGTGAGGTAACCCATACACAAAATAACACACATGATA  450

seq1  TGTACTCGCTGATAAGTGGATATTAGCCCCAAAGCTCACAATGCCCAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTCGCTGATAAGTGGATATTAGCCCCAAAGCTCACAATGCCCAAGA  500

seq1  CACAACCCACAGACAATATGGTACTTAGGAAGAAAGGTGTGGAGGCTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCCACAGACAATATGGTACTTAGGAAGAAAGGTGTGGAGGCTTCA  550

seq1  GTCCTGCATAGAGCTGGGAACA  572
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGCATAGAGCTGGGAACA  572


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |