BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293G13
Chromosome12 (Build37)
Map Location 99,543,781 - 99,696,624
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnk10
Upstream geneLOC382626, LOC100039743, LOC667732, LOC628351, LOC100039770, LOC667746, Galc, Gpr65
Downstream geneSpata7, Ptpn21, Zc3h14, Eml5, LOC100039845, Ttc8, EG667779, Ches1, LOC100039892
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293G13.bB6Ng01-293G13.g
ACCGA089798GA089799
length1,1511,055
definitionB6Ng01-293G13.b B6Ng01-293G13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,543,781 - 99,544,934)(99,695,574 - 99,696,624)
sequence
gaattcactgtggagtagggactgttttcagactctgttgtggtgtctcc
tctatttctttagtaggtaaatcctggtaacttatcttttagttcaaaaa
acttgaagaatagtatttgaaccttatgaaaagttctgaatactatatag
agactgccgcagaccctctgggcccctgtgtctgcgtaggaaagagtatc
tagagtagatgggcaagattaggatgtagtgacagacagccagacacaca
agagaggtgtttaatctgaatgtaattttccagtcgagcatcagactttt
ataatacagaataaattgcagaacaaggcacattgaatttttccaggtgc
aaaaggagtgacttcaaaaggaaccagataaatgtataacactagagatt
agcacagatgcaaggggagtgactacaaagggaatttgtagggaccagat
aaatgtttacattagatattagcactttctgccaggcaagagttttacac
taagagttaaaagcctcagggtagttaactcttgatacgcctcaaggcta
atgtagtgtcactgaccccaaaattctctaggcctcgttaattcttatct
atatctggagactgtccattttcagtatagtatactaatttgctcttggc
atggaatgtagtctgtaatacgaatttctatctcagtgagaatattagac
tctattttcagacactgaattaatggctagtgctttattagctactgaat
gggttaagctccttgctgctatctggagtctaagaacactgggaaaaggc
tttagctatgttagaatacaatcttaaaaggcatttgctataaggtaaag
ctatatagagtgcacatgggatccatacactagactaatgtggatttgga
aaattaattttatgggttagggaaatagccaaagatccgggagtaagttt
ccttgaaacttctttccttatgagaaagctttcagtcttcatctgacagc
tgactccaccggagtctcgtgacagagacccaagaattttggaagatcaa
tacataatgagacgggaaataaattttcttcctgaagattcgtgagtgtt
ttgaggtagaaatgatggtcattaggaactattctgtggaatgctgctgc
c
gaattcttttcagaggcctaatctgaagtgaagctggattcttagtctgt
ctacagaaaagaattcttggatgagttcacaagaagcagagtggagttac
taagaggagatgttacatagctttgaagcacggtagtaaccaggcactca
tggaagagatagcacacactcgtgtgaatgtgggcttcttacaggagcca
tgcttaagtgtcttagaagcattatacacacacttttgtttcctctaaag
ttaaacccatagtgcttattacaaactgtatttatgtgccatggaatgtg
tgtgcacgtgctcacacacacgtgtatagtggctccagaaatgtcttgga
taggattgaagtctgacaaaaccatgcatcttgagggttgtccagggaag
taaaggtatgatttttactataaatgtgtgtgtgtgacagtgacatttat
tggcatagagcttggagcttggagataggagataggagtgcctatacagt
cttaagcatggcctattgatgtttcaatattcttatcagggacatatttt
aataaaagggatattgtctctgtgcaggcagcctttacaccttagctggt
gatgcagtctaggctctggggttcaggaatcctttcctgacccattgcta
caggaacaagcgtgagtctagtgtgcaggggccagagcgtcctggttgtt
gtgtctcttttaaatgacttttgtagacacatgggccacaggtgatgaag
agggagatcagaggagcctggaggcatgtcgagcatcctgtggcctggca
ctaagagggcaaaggggaaaaggggtgaatctgggcccacgtgatctttt
atgggctcttaagttagtactcgcctcttgcaagtttgcaaactgttggg
ggcatgctccctggcttgaacaaagccttttggtgtcttgaatgagaatt
tgacaacttgggtccccagctaggtggcacaatgtggggaagctttgcta
gagggagtgtgttccttgggatgcgtctttcaactcttccgcatcacttc
cagtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_99543781_99544934
seq2: B6Ng01-293G13.b_51_1201

seq1  GAATTCACTGTGGAGTAGGGACTGTTTTCAGACTCTGTTGTGGTGTCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTGGAGTAGGGACTGTTTTCAGACTCTGTTGTGGTGTCTCC  50

seq1  TCTATTTCTTTAGTAGGTAAATCCTGGTAACTTATCTTTTAGTTCAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTCTTTAGTAGGTAAATCCTGGTAACTTATCTTTTAGTTCAAAAA  100

seq1  ACTTGAAGAATAGTATTTGAACCTTATGAAAAGTTCTGAATACTATATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAAGAATAGTATTTGAACCTTATGAAAAGTTCTGAATACTATATAG  150

seq1  AGACTGCCGCAGACCCTCTGGGCCCCTGTGTCTGCGTAGGAAAGAGTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGCCGCAGACCCTCTGGGCCCCTGTGTCTGCGTAGGAAAGAGTATC  200

seq1  TAGAGTAGATGGGCAAGATTAGGATGTAGTGACAGACAGCCAGACACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTAGATGGGCAAGATTAGGATGTAGTGACAGACAGCCAGACACACA  250

seq1  AGAGAGGTGTTTAATCTGAATGTAATTTTCCAGTCGAGCATCAGACTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGTGTTTAATCTGAATGTAATTTTCCAGTCGAGCATCAGACTTTT  300

seq1  ATAATACAGAATAAATTGCAGAACAAGGCACATTGAATTTTTCCAGGTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATACAGAATAAATTGCAGAACAAGGCACATTGAATTTTTCCAGGTGC  350

seq1  AAAAGGAGTGACTTCAAAAGGAACCAGATAAATGTATAACACTAGAGATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAGTGACTTCAAAAGGAACCAGATAAATGTATAACACTAGAGATT  400

seq1  AGCACAGATGCAAGGGGAGTGACTACAAAGGGAATTTGTAGGGACCAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGATGCAAGGGGAGTGACTACAAAGGGAATTTGTAGGGACCAGAT  450

seq1  AAATGTTTACATTAGATATTAGCACTTTCTGCCAGGCAAGAGTTTTACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTTACATTAGATATTAGCACTTTCTGCCAGGCAAGAGTTTTACAC  500

seq1  TAAGAGTTAAAAGCCTCAGGGTAGTTAACTCTTGATACGCCTCAAGGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGTTAAAAGCCTCAGGGTAGTTAACTCTTGATACGCCTCAAGGCTA  550

seq1  ATGTAGTGTCACTGACCCCAAAATTCTCTAGGCCTCGTTAATTCTTATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGTGTCACTGACCCCAAAATTCTCTAGGCCTCGTTAATTCTTATCT  600

seq1  ATATCTGGAGACTGTCCATTTTCAGTATAGTATACTAATTTGCTCTTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGGAGACTGTCCATTTTCAGTATAGTATACTAATTTGCTCTTGGC  650

seq1  ATGGAATGTAGTCTGTAATACGAATTTCTATCTCAGTGAGAATATTAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATGTAGTCTGTAATACGAATTTCTATCTCAGTGAGAATATTAGAC  700

seq1  TCTATTTTCAGACACTGAATTAATGGCTAGTGCTTTATTAGCTACTGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTTCAGACACTGAATTAATGGCTAGTGCTTTATTAGCTACTGAAT  750

seq1  GGGTTAAGCTCCTTGCTGCTATCTGGAGTCTAAGAACACTGGGAAAAGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAAGCTCCTTGCTGCTATCTGGAGTCTAAGAACACTGGGAAAAGGC  800

seq1  TTTAGCTATGTTAGAATACAATCTTAAAAGGCATTTGCTATAAGGTAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTATGTTAGAATACAATCTTAAAAGGCATTTGCTATAAGGTAAAG  850

seq1  CTATATAGAGTGCACAT-GGATCCATACACTAGACTAATGTGGATTTGGA  899
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATAGAGTGCACATGGGATCCATACACTAGACTAATGTGGATTTGGA  900

seq1  AAATTAATTTTATGGGTTAGGGAAATAGCCAAAGATCCGGGAGTAAGTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAATTTTATGGGTTAGGGAAATAGCCAAAGATCCGGGAGTAAGTTT  950

seq1  CCTTGAAAC-TCTTTCCTTATGAGAAAGCTTTCAGTCTTTCATCTGACAA  998
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  CCTTGAAACTTCTTTCCTTATGAGAAAGCTTTCAGTC-TTCATCTGAC-A  998

seq1  GCTGACTCCACCGGAGTCCCGTGACAAGAGACCCAAG-ATTTTG--AGAT  1045
      |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||  ||||
seq2  GCTGACTCCACCGGAGTCTCGTGAC-AGAGACCCAAGAATTTTGGAAGAT  1047

seq1  CAATACAATAATGAAGAAGGGGAAATAAATTTTTCTCCCCTGAGGAATTC  1095
      |||||| |||||||   | ||||||||||||||  |  ||||| | ||||
seq2  CAATAC-ATAATGA--GACGGGAAATAAATTTTCTT--CCTGAAG-ATTC  1091

seq1  GTGAGTG-TTTGAGGTAGGAAATGATGGTCA-TAGGAACCA-TCTGTGAA  1142
      ||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||| | |||||| |
seq2  GTGAGTGTTTTGAGGTA-GAAATGATGGTCATTAGGAACTATTCTGTGGA  1140

seq1  ATGCTGGCTGCC  1154
      ||||| ||||||
seq2  ATGCT-GCTGCC  1151

seq1: chr12_99695574_99696624
seq2: B6Ng01-293G13.g_68_1122 (reverse)

seq1  AACTGGAAGTGATGCGG-AGAGTTTGAAGACGCATCCCAAGGGACACACT  49
      ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||
seq2  AACTGGAAGTGATGCGGAAGAGTTGAAAGACGCATCCCAAGGAACACACT  50

seq1  CCCTCTAGCAAAGCTTCCCCACATTGTGCCACC-AGCTGGGGA-CCAAGT  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  CCCTCTAGCAAAGCTTCCCCACATTGTGCCACCTAGCTGGGGACCCAAGT  100

seq1  GTTCAAATTCTCATTCAAGACACC-AAAGGCTTTGTTCAAGCCAGGGAGC  146
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAATTCTCATTCAAGACACCAAAAGGCTTTGTTCAAGCCAGGGAGC  150

seq1  ATGCCCCCAACAGTTTGCAAACTTGCAAGAGGCGAGTACTAACTTAAGAG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCCCAACAGTTTGCAAACTTGCAAGAGGCGAGTACTAACTTAAGAG  200

seq1  CCCATAAAAGATCACGTGGGCCCAGATTCACCCCTTTTCCCCTTTGCCCT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAAAAGATCACGTGGGCCCAGATTCACCCCTTTTCCCCTTTGCCCT  250

seq1  CTTAGTGCCAGGCCACAGGATGCTCGACATGCCTCCAGGCTCCTCTGATC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTGCCAGGCCACAGGATGCTCGACATGCCTCCAGGCTCCTCTGATC  300

seq1  TCCCTCTTCATCACCTGTGGCCCATGTGTCTACAAAAGTCATTTAAAAGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTTCATCACCTGTGGCCCATGTGTCTACAAAAGTCATTTAAAAGA  350

seq1  GACACAACAACCAGGACGCTCTGGCCCCTGCACACTAGACTCACGCTTGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAACAACCAGGACGCTCTGGCCCCTGCACACTAGACTCACGCTTGT  400

seq1  TCCTGTAGCAATGGGTCAGGAAAGGATTCCTGAACCCCAGAGCCTAGACT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTAGCAATGGGTCAGGAAAGGATTCCTGAACCCCAGAGCCTAGACT  450

seq1  GCATCACCAGCTAAGGTGTAAAGGCTGCCTGCACAGAGACAATATCCCTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCACCAGCTAAGGTGTAAAGGCTGCCTGCACAGAGACAATATCCCTT  500

seq1  TTATTAAAATATGTCCCTGATAAGAATATTGAAACATCAATAGGCCATGC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAAAATATGTCCCTGATAAGAATATTGAAACATCAATAGGCCATGC  550

seq1  TTAAGACTGTATAGGCACTCCTATCTCCTATCTCCAAGCTCCAAGCTCTA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGACTGTATAGGCACTCCTATCTCCTATCTCCAAGCTCCAAGCTCTA  600

seq1  TGCCAATAAATGTCACTGTCACACACACACATTTATAGTAAAAATCATAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAATAAATGTCACTGTCACACACACACATTTATAGTAAAAATCATAC  650

seq1  CTTTACTTCCCTGGACAACCCTCAAGATGCATGGTTTTGTCAGACTTCAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACTTCCCTGGACAACCCTCAAGATGCATGGTTTTGTCAGACTTCAA  700

seq1  TCCTATCCAAGACATTTCTGGAGCCACTATACACGTGTGTGTGAGCACGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATCCAAGACATTTCTGGAGCCACTATACACGTGTGTGTGAGCACGT  750

seq1  GCACACACATTCCATGGCACATAAATACAGTTTGTAATAAGCACTATGGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACACATTCCATGGCACATAAATACAGTTTGTAATAAGCACTATGGG  800

seq1  TTTAACTTTAGAGGAAACAAAAGTGTGTGTATAATGCTTCTAAGACACTT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTTTAGAGGAAACAAAAGTGTGTGTATAATGCTTCTAAGACACTT  850

seq1  AAGCATGGCTCCTGTAAGAAGCCCACATTCACACGAGTGTGTGCTATCTC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGGCTCCTGTAAGAAGCCCACATTCACACGAGTGTGTGCTATCTC  900

seq1  TTCCATGAGTGCCTGGTTACTACCGTGCTTCAAAGCTATGTAACATCTCC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGAGTGCCTGGTTACTACCGTGCTTCAAAGCTATGTAACATCTCC  950

seq1  TCTTAGTAACTCCACTCTGCTTCTTGTGAACTCATCCAAGAATTCTTTTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGTAACTCCACTCTGCTTCTTGTGAACTCATCCAAGAATTCTTTTC  1000

seq1  TGTAGACAGACTAAGAATCCAGCTTCACTTCAGATTAGGCCTCTGAAAAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGACAGACTAAGAATCCAGCTTCACTTCAGATTAGGCCTCTGAAAAG  1050

seq1  AATTC  1051
      |||||
seq2  AATTC  1055