BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293L20
Chromosome12 (Build37)
Map Location 7,480,688 - 7,647,616
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042118, LOC668380
Downstream geneEG668388, Apob, 1110057K04Rik, Gdf7, Hs1bp3, BC106175, Rhob, Slc7a15, LOC100043154
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293L20.bB6Ng01-293L20.g
ACCGA090046GA090047
length1,1901,103
definitionB6Ng01-293L20.b B6Ng01-293L20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,646,437 - 7,647,616)(7,480,688 - 7,481,803)
sequence
gaattcttccactattattgtgtgagctgcaatgtgtgctttgaacttta
ctaaagtttctttaatgaatgtgactgaccatgtatttggagcatagata
tgcagaattgaaagttcgtcttggtagattttacctttgatgtgtatgaa
gtacccctccttgtctttttttgataacttgaagaactttttcattaagt
agttgtaaatatacaccaatgaaaataagtcaatttttttgtgaactttc
ctagtatcatttcagggtctcaattttattgctttgaatactgacacatg
catgcctgaaataatgtatggttggttatatttgcatttttcagagttgc
ttaaatgctaacccattgtaccaaaacttgcaaaactcataattaggttt
tatatagacaaggagatggatgggacacttcagtccataaacacattaca
tttggttcatggcccattactctgattccagtgttttgctacaaccagca
tcttttttcatgtcttctgattcacatgtgcaaaagttcctttggctaac
tagaaatccattttgtggtaattggatgggttcagtttcaaatatactag
tgtcagatgtctatctaaagtgattttactaatttacagattttctggaa
atattggagaactatcatatctgcatatctttaccaacttgtattaactg
ttgaggcttggctacataaatttcctgagcagtgtaggtcacttacagta
agcttgcctaaagttctatgacagttaccatcattactattcacctgtgt
cttggcattggatgactcatcatccaatgagtccatccttagagctatta
tagtaacacgaggagatggatgatctgaaaagggcagtgacttggcccag
ggaaagagctgtgatgggtatttatacctctttgactccagtctgagtat
gatttccatgatgatcttcctccaccatgtcactacatttagtggtatct
tatcctctataaaaagtttgaaagataacagcatccacagctcttccttc
ctccttaagctctaatatggtctggtggggttgtatcatgacattgtgga
gttttggggcttaaatatccacttattcagtggagtaacaaatcactagg
tcatgtgctagaatatccctccactcaggaagtgatattt

gaattccccttcaaagcaaatgctatggatgtcagagacccagacacact
ggcttctttgctaacacttcatgtgtggacaggggtatgaaaacttcatc
tctgttgcagacattggggacttccaagtaggctctaaattccatctagc
catgatgtcattagagtgattaaacctctggggacaatatgggtagcaat
ttgccatgggaactacattacagttgatcaatcaccactgcacagtgtcc
aggatataataatatttggaatctgactaacagggtttgaattttctcac
ccactatgatttgggagcagtttgcctgaacaatttaagctccgctattc
atctgatgaaaggaaccagtagcctcataaaaataaattcactagactct
gtaatctgatgtttagtgtcttgcctctaaaaactttcttctttcaacta
ttgctttcttaaatcatccagtaatgttgcttaatgtacttgcatgtgat
cctgtctttccccttgtttcattttctctgtctgccatggacaggtctat
tgaaaataaggttgtgaagttcttttttttttcaagctcccagggtaacc
acattgtgatattgtggtgtctttaaccacctctcaagaaaaggtgactc
ctggacctttggttctaagccctgacttttctaagtccacaattatatat
ccaactatctacaaaacattaccataaccataatacatagaacaaaattt
acatataaatacattcttcttccagttttccatagaccagattaggccac
tgaggcaaagacttctctgagtggtggcaactgcacatagcacatttgac
caaaagttaagacatgagccaagagactcaaaatatctgataaagaaaat
cagaaaatgtgagcaaccctgaggatataatagaaattaatggaagcatt
tcatccatgtttaaatctgtgaaaatccaccatggtattttatttttaga
tatagtcatctttaaaatgttccagaaactatgagaatggaaaacaatga
aaaaaaaaaatcttttcccaatggatgtaccttaggcaataagaaatgga
tga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_7646437_7647616
seq2: B6Ng01-293L20.b_50_1239 (reverse)

seq1  AAATATCA--TCCTGAGT-GAGG--TAATCTAGGCACAAAAGAACATAAG  45
      ||||||||  |||||||| ||||  || |||||   || | || |   ||
seq2  AAATATCACTTCCTGAGTGGAGGGATATTCTAG---CACATGACC--TAG  45

seq1  TGATATG-TACT-CACTG-ATAAGTTGATATT--AGCCCCAAAACT-CAC  89
      |||| || |||| ||||| |||||| ||||||  |||||||||||| |||
seq2  TGATTTGTTACTCCACTGAATAAGTGGATATTTAAGCCCCAAAACTCCAC  95

seq1  AATGTCCATGATACAACCC--ACAGACCATA-TAGAGCTT-AGGAGGAAG  135
      ||||| |||||||||||||   ||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  AATGT-CATGATACAACCCCACCAGACCATATTAGAGCTTAAGGAGGAAG  144

seq1  GAAGAGCTGTGGATGCTGTTATCTTTCAAACTTTTTATAGAGGATAAGAT  185
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGCTGTGGATGCTGTTATCTTTCAAACTTTTTATAGAGGATAAGAT  194

seq1  ACCACTAAATGTAGTTGACATGGTGGAGGAAGATCATCATGGAAATCATA  235
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTAAATGTAG-TGACATGGTGGAGGAAGATCATCATGGAAATCATA  243

seq1  CTCAGACTGGAGTCAAAGAGGTATAAATACCCATCACAGCTCTTTCCCT-  284
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTCAGACTGGAGTCAAAGAGGTATAAATACCCATCACAGCTCTTTCCCTG  293

seq1  GGCCAAGTCACTGCCC-TTTCAGATCATCCATCTCCTCGTGTTACTATAA  333
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAGTCACTGCCCTTTTCAGATCATCCATCTCCTCGTGTTACTATAA  343

seq1  TAGCTCTAAGGATGGACTCATTGGATGATGAGTCATCCAATGCCAAGACA  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCTAAGGATGGACTCATTGGATGATGAGTCATCCAATGCCAAGACA  393

seq1  CAGGTGAATAGTAATGATGGTAACTGTCATAGAACTTTAGGCAAGCTTAC  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGAATAGTAATGATGGTAACTGTCATAGAACTTTAGGCAAGCTTAC  443

seq1  TGTAAGTGACCTACACTGCTCAGGAAATTTATGTAGCCAAGCCTCAACAG  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTGACCTACACTGCTCAGGAAATTTATGTAGCCAAGCCTCAACAG  493

seq1  TTAATACAAGTTGGTAAAGATATGCAGATATGATAGTTCTCCAATATTTC  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATACAAGTTGGTAAAGATATGCAGATATGATAGTTCTCCAATATTTC  543

seq1  CAGAAAATCTGTAAATTAGTAAAATCACTTTAGATAGACATCTGACACTA  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAATCTGTAAATTAGTAAAATCACTTTAGATAGACATCTGACACTA  593

seq1  GTATATTTGAAACTGAACCCATCCAATTACCACAAAATGGATTTCTAGTT  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATTTGAAACTGAACCCATCCAATTACCACAAAATGGATTTCTAGTT  643

seq1  AGCCAAAGGAACTTTTGCACATGTGAATCAGAAGACATGAAAAAAGATGC  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAAGGAACTTTTGCACATGTGAATCAGAAGACATGAAAAAAGATGC  693

seq1  TGGTTGTAGCAAAACACTGGAATCAGAGTAATGGGCCATGAACCAAATGT  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGTAGCAAAACACTGGAATCAGAGTAATGGGCCATGAACCAAATGT  743

seq1  AATGTGTTTATGGACTGAAGTGTCCCATCCATCTCCTTGTCTATATAAAA  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTTTATGGACTGAAGTGTCCCATCCATCTCCTTGTCTATATAAAA  793

seq1  CCTAATTATGAGTTTTGCAAGTTTTGGTACAATGGGTTAGCATTTAAGCA  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATTATGAGTTTTGCAAGTTTTGGTACAATGGGTTAGCATTTAAGCA  843

seq1  ACTCTGAAAAATGCAAATATAACCAACCATACATTATTTCAGGCATGCAT  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGAAAAATGCAAATATAACCAACCATACATTATTTCAGGCATGCAT  893

seq1  GTGTCAGTATTCAAAGCAATAAAATTGAGACCCTGAAATGATACTAGGAA  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGTATTCAAAGCAATAAAATTGAGACCCTGAAATGATACTAGGAA  943

seq1  AGTTCACAAAAAAATTGACTTATTTTCATTGGTGTATATTTACAACTACT  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCACAAAAAAATTGACTTATTTTCATTGGTGTATATTTACAACTACT  993

seq1  TAATGAAAAAGTTCTTCAAGTTATCAAAAAAAGACAAGGAGGGGTACTTC  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAAAAAGTTCTTCAAGTTATCAAAAAAAGACAAGGAGGGGTACTTC  1043

seq1  ATACACATCAAAGGTAAAATCTACCAAGACGAACTTTCAATTCTGCATAT  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACATCAAAGGTAAAATCTACCAAGACGAACTTTCAATTCTGCATAT  1093

seq1  CTATGCTCCAAATACATGGTCAGTCACATTCATTAAAGAAACTTTAGTAA  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCTCCAAATACATGGTCAGTCACATTCATTAAAGAAACTTTAGTAA  1143

seq1  AGTTCAAAGCACACATTGCAGCTCACACAATAATAGTGGAAGAATTC  1180
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAAAGCACACATTGCAGCTCACACAATAATAGTGGAAGAATTC  1190


seq1: chr12_7480688_7481803
seq2: B6Ng01-293L20.g_67_1169

seq1  GAATTCCCCTTCAAAGCAAATGCTATGGATGTCAGAGACCCAGACACACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCTTCAAAGCAAATGCTATGGATGTCAGAGACCCAGACACACT  50

seq1  GGCTTCTTTGCTAACACTTCATGTGTGGACAGGGGTATGAAAACTTCATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTTTGCTAACACTTCATGTGTGGACAGGGGTATGAAAACTTCATC  100

seq1  TCTGTTGCAGACATTGGGGACTTCCAAGTAGGCTCTAAATTCCATCTAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGCAGACATTGGGGACTTCCAAGTAGGCTCTAAATTCCATCTAGC  150

seq1  CATGATGTCATTAGAGTGATTAAACCTCTGGGGACAATATGGGTAGCAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGTCATTAGAGTGATTAAACCTCTGGGGACAATATGGGTAGCAAT  200

seq1  TTGCCATGGGAACTACATTACAGTTGATCAATCACCACTGCACAGTGTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATGGGAACTACATTACAGTTGATCAATCACCACTGCACAGTGTCC  250

seq1  AGGATATAATAATATTTGGAATCTGACTAACAGGGTTTGAATTTTCTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATATAATAATATTTGGAATCTGACTAACAGGGTTTGAATTTTCTCAC  300

seq1  CCACTATGATTTGGGAGCAGTTTGCCTGAACAATTTAAGCTCCGCTATTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTATGATTTGGGAGCAGTTTGCCTGAACAATTTAAGCTCCGCTATTC  350

seq1  ATCTGATGAAAGGAACCAGTAGCCTCATAAAAATAAATTCACTAGACTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGATGAAAGGAACCAGTAGCCTCATAAAAATAAATTCACTAGACTCT  400

seq1  GTAATCTGATGTTTAGTGTCTTGCCTCTAAAAACTTTCTTCTTTCAACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCTGATGTTTAGTGTCTTGCCTCTAAAAACTTTCTTCTTTCAACTA  450

seq1  TTGCTTTCTTAAATCATCCAGTAATGTTGCTTAATGTACTTGCATGTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTCTTAAATCATCCAGTAATGTTGCTTAATGTACTTGCATGTGAT  500

seq1  CCTGTCTTTCCCCTTGTTTCATTTTCTCTGTCTGCCATGGACAGGTCTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTTTCCCCTTGTTTCATTTTCTCTGTCTGCCATGGACAGGTCTAT  550

seq1  TGAAAATAAGGTTGTGAAGTTCTTTTTTTTTTCAAGCTCCCAGGGTAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATAAGGTTGTGAAGTTCTTTTTTTTTTCAAGCTCCCAGGGTAACC  600

seq1  ACATTGTGATATTGTGGTGTCTTTAACCACCTCTCAAGAAAAGGTGACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGTGATATTGTGGTGTCTTTAACCACCTCTCAAGAAAAGGTGACTC  650

seq1  CTGGACCTTTGGTTCTAAGCCCTGACTTTTCTAAGTCCACAATTATATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACCTTTGGTTCTAAGCCCTGACTTTTCTAAGTCCACAATTATATAT  700

seq1  CCAACTATCTACAAAACATTACCATAACCATAATACATAGAACAAAATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTATCTACAAAACATTACCATAACCATAATACATAGAACAAAATTT  750

seq1  ACATATAAATACATTCTTCTTCCAGTTTTCCATAGACCAGATTAGGCCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATAAATACATTCTTCTTCCAGTTTTCCATAGACCAGATTAGGCCAC  800

seq1  TGAGGCAAAGACTTCTCTGAGTGGTGGCAACTGCACATAGCACATTTGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCAAAGACTTCTCTGAGTGGTGGCAACTGCACATAGCACATTTGAC  850

seq1  CAAAAGTTAAGACATGAGCCAAGAGACTCAAAATATCTGATAAAGAAAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGTTAAGACATGAGCCAAGAGACTCAAAATATCTGATAAAGAAAAT  900

seq1  CAGAAAATGTGAGCAACCCTGAGGATAATAATAGAAATTAATGGAAGCAT  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAATGTGAGCAACCCTGAGGAT-ATAATAGAAATTAATGGAAGCAT  949

seq1  TTCATCCATGTTTAAATCTGTGAAAAATCCACCATGGTATTTATTTTTAA  1000
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||| |
seq2  TTCATCCATGTTTAAATCTGTG-AAAATCCACCATGGTATTTTATTTTTA  998

seq1  GAATTATAGGTCATCTTTAAAATGTTCCAGGAAACTAATTGAGAATTGGA  1050
      ||  |||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||| ||||
seq2  GA--TATA-GTCATCTTTAAAATGTTCCA-GAAACTA--TGAGAA-TGGA  1041

seq1  AAACAATGAAAAAAAAAAATCTTTTCCCAAATGGAATGTACCTTAAGGCA  1100
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| 
seq2  AAACAATGAAAAAAAAAAATCTTTTCCC-AATGG-ATGTACCTT-AGGC-  1087

seq1  AATAAGAAATTGATGA  1116
      |||||||||| |||||
seq2  AATAAGAAATGGATGA  1103


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |