BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-297A16
Chromosome12 (Build37)
Map Location 73,922,598 - 74,048,307
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSix6os1, Six6
Upstream geneDaam1, LOC666213, LOC666220, Gpr135, LOC100041239, 2810055F11Rik, 1200003C05Rik, 4930403N07Rik, Rtn1, Lrrc9, 1810048J11Rik, LOC209183, LOC100041323, Dhrs7, LOC100041157, 5033425G24Rik, Ppm1a
Downstream geneLOC100041234, Six1, Six4, Mnat1, Trmt5, Slc38a6, EG666356, Tmem30b, 2210039B01Rik, Prkch, EG666385, LOC100041489, Hif1a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-297A16.bB6Ng01-297A16.g
ACCGA092501GA092502
length1,1081,101
definitionB6Ng01-297A16.b B6Ng01-297A16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,922,598 - 73,923,721)(74,047,193 - 74,048,307)
sequence
gaattcacttcagagacaatgccgatgggactcaaacaaaataaaacagg
ccacgctgttcactgtttcccaagcctggcctttcagttacccctggtaa
tttttcaagtggtatgagaacattttgtacctggaaaataatcttgtgtc
ttgcacgggaactgtagctggctggctttctcttctcccctgcattccct
tcctctcttcccctgctttccctcctctgcgcttggttagaacctagggc
ctcatgcacactgcattccatccctgggctatttaacttataaattaaaa
gacatcaaatgtatcctcgtgagatgacacttctactttaaaggcaaaaa
gaaaagaagaaggagaagtttattcccggtttagtacaagtgatggtggt
tcgaggaacagagattccaggttgccttgcaaagacacggtccacaatga
aaatgattacctgactttttatagccatagaacaacagcatcaaaaagtc
caatcaagatattagatattagtggaagcttgaggattacggaaaagcca
gagtctgccttagacttcagatgtaacatttgtagctctagtgttgctgg
cacccagaggtggtctcctaaggtgcctcatttccataaatctatctagc
acaaggatgttaggtcaaatacagaagtaaatggctaggaaaggggttac
atagtctaaggtgattttgactattcaatttcaagcacagtgttctagca
agctgaaggcacacagccctgcaagatttctgaaaccgctctgtgcatat
taaagaggaaaatgaaaattcagattgcataaacgatttaagggctaagc
agttatggtctacgtgtagctggtggctggatagtacagaggctgtgttc
atagcacagcagcaagacctcagcacaggtgattcttgtcctaaggctga
cactctttgctaggcaaattccaaagaataagcccaaggctgggtttgct
gtcagaaagctgacgtctccagcagccactacactgggggggcaacaact
aagcaagatctgtcttctgtttctgcttctctatgtctgaatagggctca
aaattatc
gaattcagaaaaattcccaaacttcccattgataattcaggcaggaacag
ttccagggggttagagtctgtcatggtgagagcagggcaaaaggctggaa
gtctttagcgctggagcaaatgctgagctcctgcatcaggtcacaggcac
aggcagagagggctctctggagctcttcaacaaaggcagggagcacccac
tcacttaagcactccctaaaggtcttacccatcaatacaattgcactggg
gtttaagtctcaacattcaaaccacagcagttgtcacatagtggatcctt
ttgtcctattatagattaaaaaatatcagaaaatatctttttggtttaga
aagtgtaatggataagaaattttgagactcaagtcttactgtttgggaaa
atgtgttgtgtttgaatatcactttcatgttaggaatcctaaaccacaga
aacccaaaacaaaacatccctcactgtgtacttggaaggagggaccactc
aaaatcatcccagagacctgaaatgtatagcccgacatccaaatctggag
gattgagatgaacttggggtccagctagtatcagtcatctttgctcgttc
aaatgcattcctatggagagctgtgtaaaacagaatggtttcaaggaaga
tacagtaattcacgcagcattttaaaaaatatttgagcagctactgctca
ggatagacgtggggagaacaaagagaaataggattcaagccttgcccgtt
agaggcttacatcttcctctgaaaggggaaaggaatcaaactcaaatgaa
gaaaataatgcttaaaaagggagtacaaagggagaaacccagacagactc
taaagatttggaggaggtagtgtgagcctgattaggttgacagattaaca
gtccaggtatggggtagcatccccgcagacaaaccccctaacctgagggg
actgagtgctgaggtaagagtcttcactacttgtgaccgttctgggacct
cgctcacacctttgtctaggaggtggtggggtacaaaacaaaacagatgt
gtctaaggtagagccgtctaaatgtctagggaatttatgtccagcagatc
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_73922598_73923721
seq2: B6Ng01-297A16.b_46_1153

seq1  GAATTCACTTCAGAGACAATGCCGATGGGACTCAAACAAAATAAAACAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTCAGAGACAATGCCGATGGGACTCAAACAAAATAAAACAGG  50

seq1  CCACGCTGTTCACTGTTTCCCAAGCCTGGCCTTTCAGTTACCCCTGGTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGCTGTTCACTGTTTCCCAAGCCTGGCCTTTCAGTTACCCCTGGTAA  100

seq1  TTTTTCAAGTGGTATGAGAACATTTTGTACCTGGAAAATAATCTTGTGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAAGTGGTATGAGAACATTTTGTACCTGGAAAATAATCTTGTGTC  150

seq1  TTGCACGGGAACTGTAGCTGGCTGGCTTTCTCTTCTCCCCTGCATTCCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACGGGAACTGTAGCTGGCTGGCTTTCTCTTCTCCCCTGCATTCCCT  200

seq1  TCCTCTCTTCCCCTGCTTTCCCTCCTCTGCGCTTGGTTAGAACCTAGGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCTTCCCCTGCTTTCCCTCCTCTGCGCTTGGTTAGAACCTAGGGC  250

seq1  CTCATGCACACTGCATTCCATCCCTGGGCTATTTAACTTATAAATTAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGCACACTGCATTCCATCCCTGGGCTATTTAACTTATAAATTAAAA  300

seq1  GACATCAAATGTATCCTCGTGAGATGACACTTCTACTTTAAAGGCAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCAAATGTATCCTCGTGAGATGACACTTCTACTTTAAAGGCAAAAA  350

seq1  GAAAAGAAGAAGGAGAAGTTTATTCCCGGTTTAGTACAAGTGATGGTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAAGAAGGAGAAGTTTATTCCCGGTTTAGTACAAGTGATGGTGGT  400

seq1  TCGAGGAACAGAGATTCCAGGTTGCCTTGCAAAGACACGGTCCACAATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGGAACAGAGATTCCAGGTTGCCTTGCAAAGACACGGTCCACAATGA  450

seq1  AAATGATTACCTGACTTTTTATAGCCATAGAACAACAGCATCAAAAAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATTACCTGACTTTTTATAGCCATAGAACAACAGCATCAAAAAGTC  500

seq1  CAATCAAGATATTAGATATTAGTGGAAGCTTGAGGATTACGGAAAAGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAAGATATTAGATATTAGTGGAAGCTTGAGGATTACGGAAAAGCCA  550

seq1  GAGTCTGCCTTAGACTTCAGATGTAACATTTGTAGCTCTAGTGTTGCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGCCTTAGACTTCAGATGTAACATTTGTAGCTCTAGTGTTGCTGG  600

seq1  CACCCAGAGGTGGTCTCCTAAGGTGCCTCATTTCCATAAATCTATCTAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGAGGTGGTCTCCTAAGGTGCCTCATTTCCATAAATCTATCTAGC  650

seq1  ACAAGGATGTTAGGTCAAATACAGAAGTAAATGGCTAGGAAAGGGGTTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGATGTTAGGTCAAATACAGAAGTAAATGGCTAGGAAAGGGGTTAC  700

seq1  ATAGTCTAAGGTGATTTTGACTATTCAATTTCAAGCACAGTGTTCTAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTAAGGTGATTTTGACTATTCAATTTCAAGCACAGTGTTCTAGCA  750

seq1  AGCTGAAGGCACACAGCCCTGCAAGATTTCTGAAACCGCTCTGTGCATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAAGGCACACAGCCCTGCAAGATTTCTGAAACCGCTCTGTGCATAT  800

seq1  TAAAGAGGAAAATGAAAATTCAGATTGCATAAACGATTTAAGGGCTAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAGGAAAATGAAAATTCAGATTGCATAAACGATTTAAGGGCTAAGC  850

seq1  AGTTATGGTCTACGTGTAGCTGGTGGCTGGATAGTACAGAGGCTGTGTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATGGTCTACGTGTAGCTGGTGGCTGGATAGTACAGAGGCTGTGTTC  900

seq1  ATAGCACAGCAGCAAGACCTCAGGCACAGGTGATTCTTGTCCTAAGGCTG  950
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCACAGCAGCAAGACCTCA-GCACAGGTGATTCTTGTCCTAAGGCTG  949

seq1  ACAACTCTTTGCTAGGCAAAATTCCCAAAGAATAAGCCCAAAGGCTGGGT  1000
      || |||||||||||||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AC-ACTCTTTGCTAGGCAAA--TTCCAAAGAATAAGCCC-AAGGCTGGGT  995

seq1  TTGCTGTCAGAAAGCTGACGTCCTCCAAGCAGCCCACTTAACACTGGGGG  1050
      ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||  ||||||||||
seq2  TTGCTGTCAGAAAGCTGACGT-CTCC-AGCAG-CCACT--ACACTGGGGG  1040

seq1  GG-AACCACTTAGCCAAAGATCTGTCTTCTGTTTCTGCTTCTCTATGTTC  1099
      || ||| ||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGCAACAACTAAGC--AAGATCTGTCTTCTGTTTCTGCTTCTCTATG-TC  1087

seq1  TGAAATAGGGGCTCCAAAAATTATC  1124
      || |||| ||||||  |||||||||
seq2  TG-AATA-GGGCTC--AAAATTATC  1108

seq1: chr12_74047193_74048307
seq2: B6Ng01-297A16.g_66_1166 (reverse)

seq1  TGATCCTGCTGGACATAATATCCCTAGACATTTTAGACGGGCTCTACCTT  50
      |||| |||||||||||||  |||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  TGAT-CTGCTGGACATAAATTCCCTAGACA-TTTAGAC-GGCTCTACCTT  47

seq1  AAGACAACCATCTGGTTTTGTTTTTGTACCCCACCACCTCCTAAGACAAA  100
       |||||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  -AGACA--CATCT-GTTTTG-TTTTGTACCCCACCACCTCCT-AGACAAA  91

seq1  GGGTTGTGAGCGAGGTCCCAGAACGGTCACAAGTAGTTGAAAGACTCCTT  150
      ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||
seq2  GG--TGTGAGCGAGGTCCCAGAACGGTCACAAGTAGT--GAAGACT-CTT  136

seq1  ACCTCAGCACTCAGTCCCCTCAGGTTAGGGGGTTTGTCTGCGGGGATGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAGCACTCAGTCCCCTCAGGTTAGGGGGTTTGTCTGCGGGGATGCT  186

seq1  ACCCCATACCTGGACTGTTAATCTGTCAACCTAATCAGGCTCACACTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCATACCTGGACTGTTAATCTGTCAACCTAATCAGGCTCACACTACC  236

seq1  TCCTCCAAATCTTTAGAGTCTGTCTGGGTTTCTCCCTTTGTACTCCCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCAAATCTTTAGAGTCTGTCTGGGTTTCTCCCTTTGTACTCCCTTT  286

seq1  TTAAGCATTATTTTCTTCATTTGAGTTTGATTCCTTTCCCCTTTCAGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCATTATTTTCTTCATTTGAGTTTGATTCCTTTCCCCTTTCAGAGG  336

seq1  AAGATGTAAGCCTCTAACGGGCAAGGCTTGAATCCTATTTCTCTTTGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTAAGCCTCTAACGGGCAAGGCTTGAATCCTATTTCTCTTTGTTC  386

seq1  TCCCCACGTCTATCCTGAGCAGTAGCTGCTCAAATATTTTTTAAAATGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACGTCTATCCTGAGCAGTAGCTGCTCAAATATTTTTTAAAATGCT  436

seq1  GCGTGAATTACTGTATCTTCCTTGAAACCATTCTGTTTTACACAGCTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGAATTACTGTATCTTCCTTGAAACCATTCTGTTTTACACAGCTCTC  486

seq1  CATAGGAATGCATTTGAACGAGCAAAGATGACTGATACTAGCTGGACCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGAATGCATTTGAACGAGCAAAGATGACTGATACTAGCTGGACCCC  536

seq1  AAGTTCATCTCAATCCTCCAGATTTGGATGTCGGGCTATACATTTCAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCATCTCAATCCTCCAGATTTGGATGTCGGGCTATACATTTCAGGT  586

seq1  CTCTGGGATGATTTTGAGTGGTCCCTCCTTCCAAGTACACAGTGAGGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGATGATTTTGAGTGGTCCCTCCTTCCAAGTACACAGTGAGGGAT  636

seq1  GTTTTGTTTTGGGTTTCTGTGGTTTAGGATTCCTAACATGAAAGTGATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTTTGGGTTTCTGTGGTTTAGGATTCCTAACATGAAAGTGATAT  686

seq1  TCAAACACAACACATTTTCCCAAACAGTAAGACTTGAGTCTCAAAATTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACACAACACATTTTCCCAAACAGTAAGACTTGAGTCTCAAAATTTC  736

seq1  TTATCCATTACACTTTCTAAACCAAAAAGATATTTTCTGATATTTTTTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCATTACACTTTCTAAACCAAAAAGATATTTTCTGATATTTTTTAA  786

seq1  TCTATAATAGGACAAAAGGATCCACTATGTGACAACTGCTGTGGTTTGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAATAGGACAAAAGGATCCACTATGTGACAACTGCTGTGGTTTGAA  836

seq1  TGTTGAGACTTAAACCCCAGTGCAATTGTATTGATGGGTAAGACCTTTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAGACTTAAACCCCAGTGCAATTGTATTGATGGGTAAGACCTTTAG  886

seq1  GGAGTGCTTAAGTGAGTGGGTGCTCCCTGCCTTTGTTGAAGAGCTCCAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGCTTAAGTGAGTGGGTGCTCCCTGCCTTTGTTGAAGAGCTCCAGA  936

seq1  GAGCCCTCTCTGCCTGTGCCTGTGACCTGATGCAGGAGCTCAGCATTTGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCTCTCTGCCTGTGCCTGTGACCTGATGCAGGAGCTCAGCATTTGC  986

seq1  TCCAGCGCTAAAGACTTCCAGCCTTTTGCCCTGCTCTCACCATGACAGAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCGCTAAAGACTTCCAGCCTTTTGCCCTGCTCTCACCATGACAGAC  1036

seq1  TCTAACCCCCTGGAACTGTTCCTGCCTGAATTATCAATGGGAAGTTTGGG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACCCCCTGGAACTGTTCCTGCCTGAATTATCAATGGGAAGTTTGGG  1086

seq1  AATTTTTCTGAATTC  1115
      |||||||||||||||
seq2  AATTTTTCTGAATTC  1101