BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-297C11
Chromosome12 (Build37)
Map Location 96,566,641 - 96,666,332
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC217786, LOC100039603
Downstream geneLOC667688, Flrt2, 1700019M22Rik, LOC100039664
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-297C11.bB6Ng01-297C11.g
ACCGA092581GA092582
length1,1531,124
definitionB6Ng01-297C11.b B6Ng01-297C11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,665,166 - 96,666,332)(96,566,641 - 96,567,752)
sequence
gaattctttgcatggaaataaagtctagtgattcaaattagatcactgcc
aattgccatctccagatactgaaagttgtaggaaattgcagaccaaaccg
tgtcctcaaagcagcactttaggaaagtagaaccaacttcttggcaacct
gttctcaaatgaggactttaaacattttatagcaatgggaacactgactt
ttagactctcctgctgtatacttcagagtgctctgcatctcagcttgtaa
aatatggcaacaggatttggaaggactttttccctcccttctggatcttc
tcatgagagctttcagacatatttaagtcaaaaagttctttttaatagca
attttctctttcttaaaaaaaaaaaatcttccaaatattttaagtgtaag
tgaatcacgtggctttacaccatcataaagatatcaattcctgcacaaat
aagattaaaggataacaatgttttgtttatatttattcaggatcagattt
gaactgtaatgcttaaaacaaattttagctaccagccatctgacacaccc
tcccatgttcctctctgctatttcaagatttcccttgattggcacaaacc
atggaattaactgcttggaatcaatttctgtgtatggtttacaaagattc
cacatggtgttccttgaatgagcaaactatatgattataaggagctgttg
ctgggatgcacttgctttaaaacatcccaccatgggctatgaaaggggcg
tttagtgagtaggaatgaggattgatacctagttgtattggaagtcaaga
aagtcagaggtaaacaggcattaaaacactgtgaggaactcacccagatg
ctttcagcaccatattatctaggagtgtacaactttagaccaaaaggagc
tacaaacagttacatgttccatttgaattttaatgcttttctgctttatc
tgaccagttacgttggagacacctatagatatttgagaatgttttttgtt
tagccatgacaggtagtgagatgagttgcaggaagtgaacatgtgcctcg
tgcatctaaattaaagctacgaatgaagaataccttactagacctcaagc
tttgttcttttaaagttttctcacttacaatttgagaaacggaatatgaa
ggg

gaattccaggacagctatacatagaagccctgtctcgaaaaaacaaaaac
aaaaacaaaaacaaaaacaaaaacaaaacaaaacaacaacaacaacaaaa
gatacagcaatgtgttacacaacttgaattcagtttcccaactcagtttc
cccagattactaagcaggatgtctttgcatatgtctctgatggtctcagc
tctgaggatgcttgtgaatgctcagagtgctgctcatatgaggtttgtat
tgtactcaaaatgaacccctgcatttaagggtgggaatcacattgtttgt
gtgaagcattgctgcttaaatctttatgagaaatgaaacacaaagctcaa
ttgtaattgcttcacattatttcctattgcctcccatagtacacaaaatg
tccaaaatgcccccctgaaatcttttgtaatgcaagatcatcctcttaac
cataagcactctttttgttgttgctgttggtcccactgcttcccactgaa
ccgtctctttctccactaaacacccattttaatatcccttaaaataaaaa
ttaaatcagaagacataggaagtaagttcttgattgattttagctctctg
tgtctttttctatctgtaaaacgaaatgagccacatgatattcatttatg
ttattaaaaggatcgtctataattgagagctcaattcaatctaaatccac
tagaataatgtgagtgtgtgccttaggtcggtcttatgcctttctcccaa
aatcacttaaatcacttctgtacttttagtgcagtttgtagcaaggataa
ttttaaagttattctcctcaccctaatgtggttctggaaagccacaccca
gttgttacctttggaaccaaaggggttgtactaatgaatcatatctgctc
tgatgtctggaatagtaccatgtgtatggtgtgtagggctttcatgtggt
tatctccatgcaagtgttgaaatgcattgcttttgtttgttgggagattt
gacatggagaacacttaagcacaactggacagggattatacagagaacca
tgagatgtcttgagactcgggtgtgcctttgacctgtggacataaatagt
ttgcagttgtccctttcaattgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_96665166_96666332
seq2: B6Ng01-297C11.b_48_1200 (reverse)

seq1  CCCTTCATA-TCTGTTCTTCCAAATTTGTAAGTGAGAAAAACTTTCATAG  49
      ||||||||| || ||  |||  || ||||||||||| |||||||| | ||
seq2  CCCTTCATATTCCGT--TTCTCAAATTGTAAGTGAG-AAAACTTTAAAAG  47

seq1  AACAAAGGCTTTGAGTCTTAGTAAAAGTA-TCTTCA-TCGTAGCTTTAAT  97
      |||||||   |||||   |||| || ||| |||||| |||||||||||||
seq2  AACAAAG--CTTGAGGTCTAGT-AAGGTATTCTTCATTCGTAGCTTTAAT  94

seq1  TTAGGATGCCACCGAGGGCACATGTTCACTTCCTGCAACTCATCTCACTA  147
      ||| |||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTA-GATGC--ACGA-GGCACATGTTCACTTCCTGCAACTCATCTCACTA  140

seq1  CCTGTCCATGGCTAAAACAAAAAAACATTTCTCAAATATCTATAGGTGTT  197
      ||||| ||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||| |
seq2  CCTGT-CATGGCTAAA--CAAAAAACA-TTCTCAAATATCTATAGGTG-T  185

seq1  CTCCAACGTAACTGGTCAGAATAAAGCAGAAAAAGCATTAAAATTCAAAT  247
      ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAACGTAACTGGTCAG-ATAAAGCAG-AAAAGCATTAAAATTCAAAT  233

seq1  GGAACATGTAACTGTTTGTAGCTCCTTTTGGTCTAAAGTTGTACACTCCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACATGTAACTGTTTGTAGCTCCTTTTGGTCTAAAGTTGTACACTCCT  283

seq1  AGATAATATGGTGCTGAAAGCATCTGGGTGAGTTCCTCACAGTGTTTTAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAATATGGTGCTGAAAGCATCTGGGTGAGTTCCTCACAGTGTTTTAA  333

seq1  TGCCTGTTTACCTCTGACTTTCTTGACTTCCAATACAACTAGGTATCAAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTTTACCTCTGACTTTCTTGACTTCCAATACAACTAGGTATCAAT  383

seq1  CCTCATTCCTACTCACTAAACGCCCCTTTCATAGCCCATGGTGGGATGTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATTCCTACTCACTAAACGCCCCTTTCATAGCCCATGGTGGGATGTT  433

seq1  TTAAAGCAAGTGCATCCCAGCAACAGCTCCTTATAATCATATAGTTTGCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGCAAGTGCATCCCAGCAACAGCTCCTTATAATCATATAGTTTGCT  483

seq1  CATTCAAGGAACACCATGTGGAATCTTTGTAAACCATACACAGAAATTGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAAGGAACACCATGTGGAATCTTTGTAAACCATACACAGAAATTGA  533

seq1  TTCCAAGCAGTTAATTCCATGGTTTGTGCCAATCAAGGGAAATCTTGAAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAGCAGTTAATTCCATGGTTTGTGCCAATCAAGGGAAATCTTGAAA  583

seq1  TAGCAGAGAGGAACATGGGAGGGTGTGTCAGATGGCTGGTAGCTAAAATT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGAGAGGAACATGGGAGGGTGTGTCAGATGGCTGGTAGCTAAAATT  633

seq1  TGTTTTAAGCATTACAGTTCAAATCTGATCCTGAATAAATATAAACAAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTAAGCATTACAGTTCAAATCTGATCCTGAATAAATATAAACAAAA  683

seq1  CATTGTTATCCTTTAATCTTATTTGTGCAGGAATTGATATCTTTATGATG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTATCCTTTAATCTTATTTGTGCAGGAATTGATATCTTTATGATG  733

seq1  GTGTAAAGCCACGTGATTCACTTACACTTAAAATATTTGGAAGATTTTTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAAGCCACGTGATTCACTTACACTTAAAATATTTGGAAGATTTTTT  783

seq1  TTTTTTAAGAAAGAGAAAATTGCTATTAAAAAGAACTTTTTGACTTAAAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAAGAAAGAGAAAATTGCTATTAAAAAGAACTTTTTGACTTAAAT  833

seq1  ATGTCTGAAAGCTCTCATGAGAAGATCCAGAAGGGAGGGAAAAAGTCCTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGAAAGCTCTCATGAGAAGATCCAGAAGGGAGGGAAAAAGTCCTT  883

seq1  CCAAATCCTGTTGCCATATTTTACAAGCTGAGATGCAGAGCACTCTGAAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATCCTGTTGCCATATTTTACAAGCTGAGATGCAGAGCACTCTGAAG  933

seq1  TATACAGCAGGAGAGTCTAAAAGTCAGTGTTCCCATTGCTATAAAATGTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAGCAGGAGAGTCTAAAAGTCAGTGTTCCCATTGCTATAAAATGTT  983

seq1  TAAAGTCCTCATTTGAGAACAGGTTGCCAAGAAGTTGGTTCTACTTTCCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTCCTCATTTGAGAACAGGTTGCCAAGAAGTTGGTTCTACTTTCCT  1033

seq1  AAAGTGCTGCTTTGAGGACACGGTTTGGTCTGCAATTTCCTACAACTTTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCTGCTTTGAGGACACGGTTTGGTCTGCAATTTCCTACAACTTTC  1083

seq1  AGTATCTGGAGATGGCAATTGGCAGTGATCTAATTTGAATCACTAGACTT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCTGGAGATGGCAATTGGCAGTGATCTAATTTGAATCACTAGACTT  1133

seq1  TATTTCCATGCAAAGAATTC  1167
      ||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCCATGCAAAGAATTC  1153


seq1: chr12_96566641_96567752
seq2: B6Ng01-297C11.g_67_1190

seq1  GAATTCCAGGACAGCTATACATAGAAGCCCTGTCTCGAAAAAACAAAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCTATACATAGAAGCCCTGTCTCGAAAAAACAAAAAC  50

seq1  AAAAACAAAAACAAAAACAAAAACAAAACAAAACAACAACAACAACAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAAAAACAAAAACAAAAACAAAACAAAACAACAACAACAACAAAA  100

seq1  GATACAGCAATGTGTTACACAACTTGAATTCAGTTTCCCAACTCAGTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAGCAATGTGTTACACAACTTGAATTCAGTTTCCCAACTCAGTTTC  150

seq1  CCCAGATTACTAAGCAGGATGTCTTTGCATATGTCTCTGATGGTCTCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGATTACTAAGCAGGATGTCTTTGCATATGTCTCTGATGGTCTCAGC  200

seq1  TCTGAGGATGCTTGTGAATGCTCAGAGTGCTGCTCATATGAGGTTTGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGATGCTTGTGAATGCTCAGAGTGCTGCTCATATGAGGTTTGTAT  250

seq1  TGTACTCAAAATGAACCCCTGCATTTAAGGGTGGGAATCACATTGTTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTCAAAATGAACCCCTGCATTTAAGGGTGGGAATCACATTGTTTGT  300

seq1  GTGAAGCATTGCTGCTTAAATCTTTATGAGAAATGAAACACAAAGCTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGCATTGCTGCTTAAATCTTTATGAGAAATGAAACACAAAGCTCAA  350

seq1  TTGTAATTGCTTCACATTATTTCCTATTGCCTCCCATAGTACACAAAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATTGCTTCACATTATTTCCTATTGCCTCCCATAGTACACAAAATG  400

seq1  TCCAAAATGCCCCCCTGAAATCTTTTGTAATGCAAGATCATCCTCTTAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAATGCCCCCCTGAAATCTTTTGTAATGCAAGATCATCCTCTTAAC  450

seq1  CATAAGCACTCTTTTTGTTGTTGCTGTTGGTCCCACTGCTTCCCACTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGCACTCTTTTTGTTGTTGCTGTTGGTCCCACTGCTTCCCACTGAA  500

seq1  CCGTCTCTTTCTCCACTAAACACCCATTTTAATATCCCTTAAAATAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCTCTTTCTCCACTAAACACCCATTTTAATATCCCTTAAAATAAAAA  550

seq1  TTAAATCAGAAGACATAGGAAGTAAGTTCTTGATTGATTTTAGCTCTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATCAGAAGACATAGGAAGTAAGTTCTTGATTGATTTTAGCTCTCTG  600

seq1  TGTCTTTTTCTATCTGTAAAACGAAATGAGCCACATGATATTCATTTATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTTTCTATCTGTAAAACGAAATGAGCCACATGATATTCATTTATG  650

seq1  TTATTAAAAGGATCGTCTATAATTGAGAGCTCAATTCAATCTAAATCCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAAAAGGATCGTCTATAATTGAGAGCTCAATTCAATCTAAATCCAC  700

seq1  TAGAATAATGTGAGTGTGTGCCTTAGGTCGGTCTTATGCCTTTCTCCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATAATGTGAGTGTGTGCCTTAGGTCGGTCTTATGCCTTTCTCCCAA  750

seq1  AATCACTTAAATCACTTCTGTACTTTTAGTGCAGTTTGTAGCAAGGATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACTTAAATCACTTCTGTACTTTTAGTGCAGTTTGTAGCAAGGATAA  800

seq1  TTTTAAAGTTATTCTCCTCACCCTAATGTGGTTCTGGAAAGCCACACCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAGTTATTCTCCTCACCCTAATGTGGTTCTGGAAAGCCACACCCA  850

seq1  GTTGTTACCTTTGGAACCAAAGGGGTTGTACTAATGAATCATATCTGCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTACCTTTGGAACCAAAGGGGTTGTACTAATGAATCATATCTGCTC  900

seq1  TGATGTCTGGAATAGTACCATGTGTATGGTGTGTAGGGCTTTCATGTGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCTGGAATAGTACCATGTGTATGGTGTGTAGGGCTTTCATGTGGT  950

seq1  TATCTCCATGCAAGTGTTGAAATGCATTGCTTTTGTTTGTTGGGAGAATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TATCTCCATGCAAGTGTTGAAATGCATTGCTTTTGTTTGTTGGGAGATTT  1000

seq1  GACATGGAG-ACACTTAAGCACAAACTGGACAGGGATTATACAGAGAACC  1049
      ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGGAGAACACTTAAGCAC-AACTGGACAGGGATTATACAGAGAACC  1049

seq1  ATGAGATGTCTTGAGACTCGGGTGTTGCTTTGACTTGTGGACATAATAAG  1099
      |||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||  ||
seq2  ATGAGATGTCTTGAGACTCGGGTGTGCCTTTGACCTGTGGACATAAATAG  1099

seq1  TTTGC------------CAATTGTA  1112
      |||||            ||||||||
seq2  TTTGCAGTTGTCCCTTTCAATTGTA  1124


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |