BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298M13
Chromosome12 (Build37)
Map Location 45,219,791 - 45,351,638
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC664854, Dnajb9, LOC100039062
Upstream geneLOC100039059, ENSMUSG00000066507, LOC100039081
Downstream genePnpla8, Nrcam, EG620025, Stxbp6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298M13.bB6Ng01-298M13.g
ACCGA093803GA093804
length8861,093
definitionB6Ng01-298M13.b B6Ng01-298M13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,219,791 - 45,220,676)(45,350,557 - 45,351,638)
sequence
gaattccaactcaccacactagaatttactcaacaaatgctcatcttgaa
gcatctacattgctttcctaatatgagtaataggtactggttatgctcct
aagaatattttcccaaacacttctgatcatttctgcaaattccttcaaca
atcactgagtcataaaataaatgtgttaagattttttatataattattca
aaatgtggcataaaaagattaaaccaagtaaaagtccactgtccatggat
gagatagacaatggaaatagattcctaactcccatgcattaactctgcac
acagcacaagaggtattactacctcttccaaggctagaggttgataaatc
ttatattcacaccaagaaggataaaacaatgttttccacatgaaactcaa
gaagaaggaagaccaaagtatggctacttagatccttcttagaaggggga
acaaaatacctatggaaggagttatagagataaagttcagagctgagatg
gaagggaggaccatccagagactgccccacctggggatccatcccatata
caatcaccaaacccagacactattgtggatgccaacaaaagcttgctgac
atgagcctgatatagctgtctcctgagaggctctgccagtgcctgacaaa
tacagaagtggatgctcacagccatccattggacaaagcacagggtcccc
aatgaaggagctagagaaagtacccaaggagctgaagcagtttgcagtcc
ataggaggaacaacaatatgaactaaccagtacccccagaactccctggg
actaaactaccaatcaaagaaaacacatggtgagactcatgtctctagct
gcatatgtagcatagtatggcctagtcagtcatcaa

gaattccagttagatgcagttgtgagtccgtgtaatatgagttctgggaa
agaaacctgaattatattgatgcatgcaaagcatcatttagagtacagag
ttgtgtggggtttggtttggttttggtcgtttgtttctttgttatttttt
gtgcaaagtgctgagatttaggtaaccacctttgttttggtgcttgttaa
ctaacacattatcataatgcttgtaaaacaggagttcataaaaattaact
ttgaaaccctaaaagggcttgacctagcagagtaagttatattacttggg
tcttttgcttttcattaactcttataaagttttattctaatctttggata
atgagactaaacattgcttcagtaatttcctatgttaaatgatgtttgat
cacttaaatatccaacaaaacacacaactcagcaaaaaagtaggagagag
aaaacaagatttctgcatcctagcatctcttaggtaataagaaaaatatt
cataaggataccgaattatagttactttatttgaaaaagttaatcactat
cttatttcaaaataatctcatttacaggaagaatacaaacagaatttata
aataagttttttttcttgaccctttggggttaaaaactggctcagttctc
tattatctgctattgtactcatgtggttactatctgatgatacaagattt
tgttctgtcctatgataaatgacattttcactggcccctttggtagttat
atgcaaacttatgtttcattctgaagagcctctttttctctttgtaatta
ataaatattttgtaggatttattttgaaatattgagtaatcctattcctc
atcaaattacattatcatattaaaaactcacaatcttaaggtcttataag
actttgtctgtacttaccactttgtcccaacccatcagatgttcggatgt
aggggtgggaagaaaacaattagaatataacctataaaagacatggaatt
caggctctggaatgattataacttaatgtcatttcttctagaactgttca
gaaaataggtcacgtggagccaaggcctcagtggtcacacacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_45219791_45220676
seq2: B6Ng01-298M13.b_48_933

seq1  GAATTCCAACTCACCACACTAGAATTTACTCAACAAATGCTCATCTTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACTCACCACACTAGAATTTACTCAACAAATGCTCATCTTGAA  50

seq1  GCATCTACATTGCTTTCCTAATATGAGTAATAGGTACTGGTTATGCTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTACATTGCTTTCCTAATATGAGTAATAGGTACTGGTTATGCTCCT  100

seq1  AAGAATATTTTCCCAAACACTTCTGATCATTTCTGCAAATTCCTTCAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATATTTTCCCAAACACTTCTGATCATTTCTGCAAATTCCTTCAACA  150

seq1  ATCACTGAGTCATAAAATAAATGTGTTAAGATTTTTTATATAATTATTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGAGTCATAAAATAAATGTGTTAAGATTTTTTATATAATTATTCA  200

seq1  AAATGTGGCATAAAAAGATTAAACCAAGTAAAAGTCCACTGTCCATGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGGCATAAAAAGATTAAACCAAGTAAAAGTCCACTGTCCATGGAT  250

seq1  GAGATAGACAATGGAAATAGATTCCTAACTCCCATGCATTAACTCTGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGACAATGGAAATAGATTCCTAACTCCCATGCATTAACTCTGCAC  300

seq1  ACAGCACAAGAGGTATTACTACCTCTTCCAAGGCTAGAGGTTGATAAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCACAAGAGGTATTACTACCTCTTCCAAGGCTAGAGGTTGATAAATC  350

seq1  TTATATTCACACCAAGAAGGATAAAACAATGTTTTCCACATGAAACTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTCACACCAAGAAGGATAAAACAATGTTTTCCACATGAAACTCAA  400

seq1  GAAGAAGGAAGACCAAAGTATGGCTACTTAGATCCTTCTTAGAAGGGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGGAAGACCAAAGTATGGCTACTTAGATCCTTCTTAGAAGGGGGA  450

seq1  ACAAAATACCTATGGAAGGAGTTATAGAGATAAAGTTCAGAGCTGAGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATACCTATGGAAGGAGTTATAGAGATAAAGTTCAGAGCTGAGATG  500

seq1  GAAGGGAGGACCATCCAGAGACTGCCCCACCTGGGGATCCATCCCATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGAGGACCATCCAGAGACTGCCCCACCTGGGGATCCATCCCATATA  550

seq1  CAATCACCAAACCCAGACACTATTGTGGATGCCAACAAAAGCTTGCTGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCACCAAACCCAGACACTATTGTGGATGCCAACAAAAGCTTGCTGAC  600

seq1  ATGAGCCTGATATAGCTGTCTCCTGAGAGGCTCTGCCAGTGCCTGACAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCCTGATATAGCTGTCTCCTGAGAGGCTCTGCCAGTGCCTGACAAA  650

seq1  TACAGAAGTGGATGCTCACAGCCATCCATTGGACAAAGCACAGGGTCCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAAGTGGATGCTCACAGCCATCCATTGGACAAAGCACAGGGTCCCC  700

seq1  AATGAAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTGAAGCAGTTTGCAGTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTGAAGCAGTTTGCAGTCC  750

seq1  ATAGGAGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCCAGAACTCCCTGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCCAGAACTCCCTGGG  800

seq1  ACTAAACTACCAATCAAAGAAAACACATGGTGAGACTCATGTCTCTAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAACTACCAATCAAAGAAAACACATGGTGAGACTCATGTCTCTAGCT  850

seq1  GCATATGTAGCATAGTATGGCCTAGTCAGTCATCAA  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATGTAGCATAGTATGGCCTAGTCAGTCATCAA  886


seq1: chr12_45350557_45351638
seq2: B6Ng01-298M13.g_69_1161 (reverse)

seq1  GGTGTGTG-CCACTGAG--CCTGGCTCCACGTGA-CTA-TTTCTG-ACAG  44
      |||||||| ||||||||  | ||||||||||||| ||| |||||| ||||
seq2  GGTGTGTGACCACTGAGGCCTTGGCTCCACGTGACCTATTTTCTGAACAG  50

seq1  -TCTAGAAG-AATGACATTAAG-TAT-ATCATTCAAGAGCCTGAATT-CA  89
       |||||||| |||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||
seq2  TTCTAGAAGAAATGACATTAAGTTATAATCATTCCAGAGCCTGAATTCCA  100

seq1  TGTCTTTTATAGGGTTATATTCTAATTGTTTTCTTCCAACCCCTACATCC  139
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGTCTTTTATA-GGTTATATTCTAATTGTTTTCTTCCCACCCCTACATCC  149

seq1  GAACATCTGATGGGTTTGGGAC-AAGTGGTAAGTACAGACAAAGTCTTAT  188
      |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATCTGATGGG-TTGGGACAAAGTGGTAAGTACAGACAAAGTCTTAT  198

seq1  -AGACCTTAAGATTGTGAGTTTTTAATATGATAATGTAATTTGATGAGGA  237
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCTTAAGATTGTGAGTTTTTAATATGATAATGTAATTTGATGAGGA  248

seq1  ATAGGATTACTCAATATTTCAAAATAAATCCTACAAAATATTTATTAATT  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGATTACTCAATATTTCAAAATAAATCCTACAAAATATTTATTAATT  298

seq1  ACAAAGAGAAAAAGAGGCTCTTCAGAATGAAACATAAGTTTGCATATAAC  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGAGAAAAAGAGGCTCTTCAGAATGAAACATAAGTTTGCATATAAC  348

seq1  TACCAAAGGGGCCAGTGAAAATGTCATTTATCATAGGACAGAACAAAATC  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAAGGGGCCAGTGAAAATGTCATTTATCATAGGACAGAACAAAATC  398

seq1  TTGTATCATCAGATAGTAACCACATGAGTACAATAGCAGATAATAGAGAA  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATCATCAGATAGTAACCACATGAGTACAATAGCAGATAATAGAGAA  448

seq1  CTGAGCCAGTTTTTAACCCCAAAGGGTCAAGAAAAAAAACTTATTTATAA  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCAGTTTTTAACCCCAAAGGGTCAAGAAAAAAAACTTATTTATAA  498

seq1  ATTCTGTTTGTATTCTTCCTGTAAATGAGATTATTTTGAAATAAGATAGT  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTTTGTATTCTTCCTGTAAATGAGATTATTTTGAAATAAGATAGT  548

seq1  GATTAACTTTTTCAAATAAAGTAACTATAATTCGGTATCCTTATGAATAT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAACTTTTTCAAATAAAGTAACTATAATTCGGTATCCTTATGAATAT  598

seq1  TTTTCTTATTACCTAAGAGATGCTAGGATGCAGAAATCTTGTTTTCTCTC  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTATTACCTAAGAGATGCTAGGATGCAGAAATCTTGTTTTCTCTC  648

seq1  TCCTACTTTTTTGCTGAGTTGTGTGTTTTGTTGGATATTTAAGTGATCAA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACTTTTTTGCTGAGTTGTGTGTTTTGTTGGATATTTAAGTGATCAA  698

seq1  ACATCATTTAACATAGGAAATTACTGAAGCAATGTTTAGTCTCATTATCC  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATTTAACATAGGAAATTACTGAAGCAATGTTTAGTCTCATTATCC  748

seq1  AAAGATTAGAATAAAACTTTATAAGAGTTAATGAAAAGCAAAAGACCCAA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATTAGAATAAAACTTTATAAGAGTTAATGAAAAGCAAAAGACCCAA  798

seq1  GTAATATAACTTACTCTGCTAGGTCAAGCCCTTTTAGGGTTTCAAAGTTA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATATAACTTACTCTGCTAGGTCAAGCCCTTTTAGGGTTTCAAAGTTA  848

seq1  ATTTTTATGAACTCCTGTTTTACAAGCATTATGATAATGTGTTAGTTAAC  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTATGAACTCCTGTTTTACAAGCATTATGATAATGTGTTAGTTAAC  898

seq1  AAGCACCAAAACAAAGGTGGTTACCTAAATCTCAGCACTTTGCACAAAAA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACCAAAACAAAGGTGGTTACCTAAATCTCAGCACTTTGCACAAAAA  948

seq1  ATAACAAAGAAACAAACGACCAAAACCAAACCAAACCCCACACAACTCTG  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAAAGAAACAAACGACCAAAACCAAACCAAACCCCACACAACTCTG  998

seq1  TACTCTAAATGATGCTTTGCATGCATCAATATAATTCAGGTTTCTTTCCC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTAAATGATGCTTTGCATGCATCAATATAATTCAGGTTTCTTTCCC  1048

seq1  AGAACTCATATTACACGGACTCACAACTGCATCTAACTGGAATTC  1082
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCATATTACACGGACTCACAACTGCATCTAACTGGAATTC  1093


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |