BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-299I20
Chromosome12 (Build37)
Map Location 7,798,156 - 7,933,560
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG668388
Upstream geneLOC668380
Downstream geneApob, 1110057K04Rik, Gdf7, Hs1bp3, BC106175, Rhob, Slc7a15, LOC100043154, Pum2, F730043H23, Sdc1, Laptm4a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-299I20.bB6Ng01-299I20.g
ACCGA094361GA094362
length1,152509
definitionB6Ng01-299I20.b B6Ng01-299I20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,798,156 - 7,799,308)(7,933,046 - 7,933,560)
sequence
gaattcaggtcatcagcctggcagcaggcacctttacctactaagccatc
atgtaaagccaattgtcagttcattttcatgaaagcccccatactgactt
gtataatggctatacccatttatattcctacctccaagatgaaagtttct
atttcctcaaacccagaccagcattttttttgtttatttccttaataata
gctgtctgaggagtggaatctcaatgtaattttgattttctttttatttc
atttctatagtggtaaaatgtttgctagctatacatctggcagcctgatt
aatagttatgatctatgaaaaactcaaaatccaagtcaattataacagtt
cacatctacacacccagtacttaagaggctagggtgggagaatcaacatc
aatttgaggtcagtctgtctcaataataacaatgaaatcaaataatagtt
attttctaatgactagaaaacgtactttaacatttagtgttgtagagaga
ggtgggtatgtgtgttcatgcaggtgggcaggcatgtatgtattcatgca
tgtaaagtgtagagtccacaggttgacactaggcatcttatatgccttct
tctccatcttatattttgaggcatgatccctcactgaacctaaacatcac
tcttttatctaagccttgtgaccagtgagctccaagaatctgcctgtctc
tatctctcaagcactgtgatttaaaatgtatgctatcatactacctacca
tgtgggtcataggaatcaaatttcagatctttatgtttgtaggagagaca
ttttactacctgagccatcacttccccatcctgggctaagagcaatgcat
attctttatttgaataaatctaaaagataacataaacaaaatatgtggaa
tccatttcagagatgaacagcataaacttgcttttgttaatatgcattca
cacacatatattttatatccacatcatatatatatatacatacatgcata
ttattatacatacatgcatatatacatacatacgatacatacatacctta
taccatttattataatacctgtacgagatactctataccacacaccgaac
taatatgatgtattatggcaatattttccatgaatcacacaaatacttaa
ct

cactgtaagaagacttcagagaattctaaattctttttaaacggaatcca
ttgtatcaagatgactttggagagttgtcattagatagtttccatgtaaa
ggacttacttaatttactctttcctccctttctagagcagaatctcaata
cttttatctatgttttaggcatttatccagtctctctaagcaaatggaag
tgttcatgattatccttttgtatccatgtgatctgtttagcagtctcagg
cttcgttcttcacatttttgagtatttaatgagatgatgcccagtaagga
tatcatgaatgcttgatcttcagtgtttattacagtgttattatatgttt
atatgttattatatgtttattacagtgttattatagtcccagtgcctcca
aggacagggtggagctggtccctgagtccatggcttccctgagctgtgga
aagtgcacccagaactcttttagggttagggttacggttgggttagggtt
agggttagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_7798156_7799308
seq2: B6Ng01-299I20.b_47_1198

seq1  GAATTCAGGTCATCAGCCTGGCAGCAGGCACCTTTACCTACTAAGCCATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTCATCAGCCTGGCAGCAGGCACCTTTACCTACTAAGCCATC  50

seq1  ATGTAAAGCCAATTGTCAGTTCATTTTCATGAAAGCCCCCATACTGACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAAGCCAATTGTCAGTTCATTTTCATGAAAGCCCCCATACTGACTT  100

seq1  GTATAATGGCTATACCCATTTATATTCCTACCTCCAAGATGAAAGTTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAATGGCTATACCCATTTATATTCCTACCTCCAAGATGAAAGTTTCT  150

seq1  ATTTCCTCAAACCCAGACCAGCATTTTTTTTGTTTATTTCCTTAATAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTCAAACCCAGACCAGCATTTTTTTTGTTTATTTCCTTAATAATA  200

seq1  GCTGTCTGAGGAGTGGAATCTCAATGTAATTTTGATTTTCTTTTTATTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCTGAGGAGTGGAATCTCAATGTAATTTTGATTTTCTTTTTATTTC  250

seq1  ATTTCTATAGTGGTAAAATGTTTGCTAGCTATACATCTGGCAGCCTGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTATAGTGGTAAAATGTTTGCTAGCTATACATCTGGCAGCCTGATT  300

seq1  AATAGTTATGATCTATGAAAAACTCAAAATCCAAGTCAATTATAACAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTTATGATCTATGAAAAACTCAAAATCCAAGTCAATTATAACAGTT  350

seq1  CACATCTACACACCCAGTACTTAAGAGGCTAGGGTGGGAGAATCAACATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCTACACACCCAGTACTTAAGAGGCTAGGGTGGGAGAATCAACATC  400

seq1  AATTTGAGGTCAGTCTGTCTCAATAATAACAATGAAATCAAATAATAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGAGGTCAGTCTGTCTCAATAATAACAATGAAATCAAATAATAGTT  450

seq1  ATTTTCTAATGACTAGAAAACGTACTTTAACATTTAGTGTTGTAGAGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTAATGACTAGAAAACGTACTTTAACATTTAGTGTTGTAGAGAGA  500

seq1  GGTGGGTATGTGTGTTCATGCAGGTGGGCAGGCATGTATGTATTCATGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGTATGTGTGTTCATGCAGGTGGGCAGGCATGTATGTATTCATGCA  550

seq1  TGTAAAGTGTAGAGTCCACAGGTTGACACTAGGCATCTTATATGCCTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGTGTAGAGTCCACAGGTTGACACTAGGCATCTTATATGCCTTCT  600

seq1  TCTCCATCTTATATTTTGAGGCATGATCCCTCACTGAACCTAAACATCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATCTTATATTTTGAGGCATGATCCCTCACTGAACCTAAACATCAC  650

seq1  TCTTTTATCTAAGCCTTGTGACCAGTGAGCTCCAAGAATCTGCCTGTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTATCTAAGCCTTGTGACCAGTGAGCTCCAAGAATCTGCCTGTCTC  700

seq1  TATCTCTCAAGCACTGTGATTTAAAATGTATGCTATCATACTACCTACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCTCAAGCACTGTGATTTAAAATGTATGCTATCATACTACCTACCA  750

seq1  TGTGGGTCATAGGAATCAAATTTCAGATCTTTATGTTTGTAGGAGAGACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTCATAGGAATCAAATTTCAGATCTTTATGTTTGTAGGAGAGACA  800

seq1  TTTTACTACCTGAGCCATCACTTCCCCATCCTGGGCTAAGAGCAATGCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACTACCTGAGCCATCACTTCCCCATCCTGGGCTAAGAGCAATGCAT  850

seq1  ATTCTTTATTTGAATAAATCTAAAAGATAACATAAACAAAAATATGTGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATTCTTTATTTGAATAAATCTAAAAGATAACATAAAC-AAAATATGTGGA  899

seq1  ATCCATTTCAGAGATGAACAGCATAAACTTGCTTTTGTTAATATGCATTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATTTCAGAGATGAACAGCATAAACTTGCTTTTGTTAATATGCATTC  949

seq1  ACACACATATATTTTATATCCACATCATATATATATATACATACATGCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATATATTTTATATCCACATCATATATATATATACATACATGCAT  999

seq1  AT--ATATACATACATGCATATATACATACATAC-ATACATACATA-CTT  1046
      ||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  ATTATTATACATACATGCATATATACATACATACGATACATACATACCTT  1049

seq1  ATA-CATATATATATAATACTATAACGAGGATACATCTATAACCACAACA  1095
      ||| ||| ||| ||||||||    |||| ||||| ||||| ||||| |||
seq2  ATACCATTTAT-TATAATACCTGTACGA-GATAC-TCTAT-ACCAC-ACA  1094

seq1  CCGACTTAATATGATGTATTATGGGCATATTTT-CATGTAATCACACAAA  1144
      ||||  ||||||||||||||||||  ||||||| |||| |||||||||||
seq2  CCGAACTAATATGATGTATTATGGCAATATTTTCCATG-AATCACACAAA  1143

seq1  TAATTAACT  1153
      || ||||||
seq2  TACTTAACT  1152


seq1: chr12_7933046_7933560
seq2: B6Ng01-299I20.g_68_582 (reverse)

seq1  CCTAACCCTAACCCTAACCCAACCGTAACCCTAACCCTAAAAGAGTTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACCCTAACCCTAACCCAACCGTAACCCTAACCCTAAAAGAGTTCTG  50

seq1  GGTGCACTTTCCACAGCTCAGGGAAGCCATGGACTCAGGGACCAGCTCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCACTTTCCACAGCTCAGGGAAGCCATGGACTCAGGGACCAGCTCCA  100

seq1  CCCTGTCCTTGGAGGCACTGGGACTATAATAACACTGTAATAAACATATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTCCTTGGAGGCACTGGGACTATAATAACACTGTAATAAACATATA  150

seq1  ATAACATATAAACATATAATAACACTGTAATAAACACTGAAGATCAAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACATATAAACATATAATAACACTGTAATAAACACTGAAGATCAAGCA  200

seq1  TTCATGATATCCTTACTGGGCATCATCTCATTAAATACTCAAAAATGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGATATCCTTACTGGGCATCATCTCATTAAATACTCAAAAATGTGA  250

seq1  AGAACGAAGCCTGAGACTGCTAAACAGATCACATGGATACAAAAGGATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACGAAGCCTGAGACTGCTAAACAGATCACATGGATACAAAAGGATAA  300

seq1  TCATGAACACTTCCATTTGCTTAGAGAGACTGGATAAATGCCTAAAACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAACACTTCCATTTGCTTAGAGAGACTGGATAAATGCCTAAAACAT  350

seq1  AGATAAAAGTATTGAGATTCTGCTCTAGAAAGGGAGGAAAGAGTAAATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAAAGTATTGAGATTCTGCTCTAGAAAGGGAGGAAAGAGTAAATTA  400

seq1  AGTAAGTCCTTTACATGGAAACTATCTAATGACAACTCTCCAAAGTCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTCCTTTACATGGAAACTATCTAATGACAACTCTCCAAAGTCATC  450

seq1  TTGATACAATGGATTCCGTTTAAAAAGAATTTAGAATTCTCTGAAGTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATACAATGGATTCCGTTTAAAAAGAATTTAGAATTCTCTGAAGTCTT  500

seq1  CTTACAGTGGAATTC  515
      |||||||||||||||
seq2  CTTACAGTGGAATTC  515


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |