BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304A19
Chromosome12 (Build37)
Map Location 7,546,965 - 7,687,336
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC668380
Downstream geneEG668388, Apob, 1110057K04Rik, Gdf7, Hs1bp3, BC106175, Rhob, Slc7a15, LOC100043154, Pum2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304A19.bB6Ng01-304A19.g
ACCGA097699GA097700
length1,1031,044
definitionB6Ng01-304A19.b B6Ng01-304A19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,546,965 - 7,548,072)(7,686,290 - 7,687,336)
sequence
gaattccatgcctgttccatgaggagaataccattaaggcattcttaccc
tttcctactttctctcctgttagcaagctaacacacacactgggagtagc
agaaaaatgaagaagtgcatgcagcatgcaccgcacataagaagaacagt
acagaagatgctatgaactatcaagatcaatattacaaagctgcgggttt
tttagcctttctcttttgtggatatcaaaatctaggggcttttgcatgct
ggtctcagtgttaattctactttcactcttattatttcaagtaatttatc
tgtagacactgacaaactttcttgagctatgaactaatagggttttatga
ctaatgagctatggctactgagagagatagagttgtctaggatcaatttg
aagatttatgcattgagtcagtaagcatcagcatgtcagaggtggaagag
ggacaatgctaaaaggagttgccatcccaaggcaattttgcaaactccct
ttattcactgtcctctagttctctcatttgtgatagacatgtactagcat
atttaacatgtacattggcaatccttcttggcagaggtccatttcttccg
ttatagtctcttcattgtcaccaaagtacctaaaactctaaacttgctaa
gtatcacatgctgccagatacagcagtagtagctctttatcaaacaaggg
gttcaaatcccaccaatatgaaaataccaataagagctctgtatttattt
accaaccatgaggattctggatttaagttgttaatttaatattatcattt
tgaaacagagcccatgaagccccaaatgggctggaattctcaatgtagac
caggctggcctctaactcacaaagatctgcttgtctctgcctcctgaaca
ctaggattaaagattgtgccaccatatctggtttggatttaacttgtaac
ctgtggaaacagagtcaaagtatctatatttatctccttgtctttgcaga
tacgctcatggtggacaagcatctttagctttctattaaatataacagag
gaagaatgtctcaggcaacaatcagatgatctcatgaactcaataggcat
ttt

gaattctgccttagttgatgttcatttcacattcaagaagagaaacagaa
acatcagaaacaatagaagatttgttccccactccaccccttcttcatct
ttctcagttatcatcctgtgacgttaacatgggggataattatgtggccg
gataagcagttctcagacattgtcatcacatctgaggctgaagcttcaag
tctatgggcagacagaaggatggagggaaggttgcaagcaggctggaatt
gcatcttcaaaatgatgtaatgaaaccttcctacttcctctgccttttat
aaagaaggcatcctcctgaagctaagacctttattgtggatgtaaaagca
tagatgtgctcttgattctgttttacatcacagagacaaatcagcacaac
aaaggccatatgtgcatgctacacaaagcatttcccttcctgcacccagt
cccagaatttcctcagtgtctctctttgtggcttattctattcagccaca
tgtaataaagaggatcagtagaactgcggctcagcgtaccctagttaata
tatctagaagtcttcacatgttttaaaatgtgtttcttaaatagaagaat
tttcattctgccagtgtctgcatctactattataggaacagatataacag
cacaaaagtaagttagtttggggggggaaatcattcagtttagggagtgt
agataattaatcttagtagtttcagggcagaaaaagtcagagtcatcatt
tgcacaaatgaagacattgcagtctatggagaggcggttttcaattacca
ttctaatcacagcgagaataaagcaggaattatgtgccgtgtgccatttg
atttgtctggcaggctaagaccctgactcctgggtacatccgtacttaac
tttgcccatagaaaagtgatcagaatgattttctgatgatttgtgtgcat
gcttctgggttagaaaacatagatttaaacctttatctcaagtcattcat
tctgagagactttgtccatgacattttccaaatctagtatataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_7546965_7548072
seq2: B6Ng01-304A19.b_48_1150

seq1  GAATTCCATGCCTGTTCCATGAGGAGAATACCATTAAGGCATTCTTACCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGCCTGTTCCATGAGGAGAATACCATTAAGGCATTCTTACCC  50

seq1  TTTCCTACTTTCTCTCCTGTTAGCAAGCTAACACACACACTGGGAGTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTACTTTCTCTCCTGTTAGCAAGCTAACACACACACTGGGAGTAGC  100

seq1  AGAAAAATGAAGAAGTGCATGCAGCATGCACCGCACATAAGAAGAACAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAATGAAGAAGTGCATGCAGCATGCACCGCACATAAGAAGAACAGT  150

seq1  ACAGAAGATGCTATGAACTATCAAGATCAATATTACAAAGCTGCGGGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGATGCTATGAACTATCAAGATCAATATTACAAAGCTGCGGGTTT  200

seq1  TTTAGCCTTTCTCTTTTGTGGATATCAAAATCTAGGGGCTTTTGCATGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCCTTTCTCTTTTGTGGATATCAAAATCTAGGGGCTTTTGCATGCT  250

seq1  GGTCTCAGTGTTAATTCTACTTTCACTCTTATTATTTCAAGTAATTTATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCAGTGTTAATTCTACTTTCACTCTTATTATTTCAAGTAATTTATC  300

seq1  TGTAGACACTGACAAACTTTCTTGAGCTATGAACTAATAGGGTTTTATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGACACTGACAAACTTTCTTGAGCTATGAACTAATAGGGTTTTATGA  350

seq1  CTAATGAGCTATGGCTACTGAGAGAGATAGAGTTGTCTAGGATCAATTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGAGCTATGGCTACTGAGAGAGATAGAGTTGTCTAGGATCAATTTG  400

seq1  AAGATTTATGCATTGAGTCAGTAAGCATCAGCATGTCAGAGGTGGAAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTATGCATTGAGTCAGTAAGCATCAGCATGTCAGAGGTGGAAGAG  450

seq1  GGACAATGCTAAAAGGAGTTGCCATCCCAAGGCAATTTTGCAAACTCCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAATGCTAAAAGGAGTTGCCATCCCAAGGCAATTTTGCAAACTCCCT  500

seq1  TTATTCACTGTCCTCTAGTTCTCTCATTTGTGATAGACATGTACTAGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCACTGTCCTCTAGTTCTCTCATTTGTGATAGACATGTACTAGCAT  550

seq1  ATTTAACATGTACATTGGCAATCCTTCTTGGCAGAGGTCCATTTCTTCCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAACATGTACATTGGCAATCCTTCTTGGCAGAGGTCCATTTCTTCCG  600

seq1  TTATAGTCTCTTCATTGTCACCAAAGTACCTAAAACTCTAAACTTGCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGTCTCTTCATTGTCACCAAAGTACCTAAAACTCTAAACTTGCTAA  650

seq1  GTATCACATGCTGCCAGATACAGCAGTAGTAGCTCTTTATCAAACAAGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCACATGCTGCCAGATACAGCAGTAGTAGCTCTTTATCAAACAAGGG  700

seq1  GTTCAAATCCCACCAATATGAAAATACCAATAAGAGCTCTGTATTTATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAATCCCACCAATATGAAAATACCAATAAGAGCTCTGTATTTATTT  750

seq1  ACCAACCATGAGGATTCTGGATTTAAGTTGTTAATTTAATATTATCATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACCATGAGGATTCTGGATTTAAGTTGTTAATTTAATATTATCATTT  800

seq1  TGAAACAGAGCCCATGAAGCCCCAAATGGGCTGGAATTCTCAATGTAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACAGAGCCCATGAAGCCCCAAATGGGCTGGAATTCTCAATGTAGAC  850

seq1  CAGGCTGGCCTCTAACTCACAAAGATCTGCTTGTCTCTGCCTCCTGAACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGGCCTCTAACTCACAAAGATCTGCTTGTCTCTGCCTCCTGAACA  900

seq1  CTAGGATTAAAGATTTGTGCCACCATATCTGGTTTGGATTTAACTTGTAA  950
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGATTAAAGA-TTGTGCCACCATATCTGGTTTGGATTTAACTTGTAA  949

seq1  CCTGTGGAAACAGAGTCAAAGTTATCTATATTTATCTCCTTGTTCTTTGC  1000
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCTGTGGAAACAGAGTCAAAG-TATCTATATTTATCTCCTTG-TCTTTGC  997

seq1  AAGATACGCTCATGGTGGACAAGCAATCTTTAGCTTTCTATTAAATATAA  1050
       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  -AGATACGCTCATGGTGGACAAGC-ATCTTTAGCTTTCTATTAAATATAA  1045

seq1  CAGA-GAAGAATGTCTCCAGCCAAC-ATCAGGATGGATCTCATGAACTCA  1098
      |||| ||||||||||| ||| |||| |||| ||| |||||||||||||||
seq2  CAGAGGAAGAATGTCT-CAGGCAACAATCA-GAT-GATCTCATGAACTCA  1092

seq1  TTA-GCATTTT  1108
       || |||||||
seq2  ATAGGCATTTT  1103


seq1: chr12_7686290_7687336
seq2: B6Ng01-304A19.g_66_1109 (reverse)

seq1  TTATATACTAGGATTTGGAAAATGTCATGGACAAAGTCTTCTCAAGAATG  50
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  TTATATACTA-GATTTGGAAAATGTCATGGACAAAGTC-TCTC-AGAATG  47

seq1  AAATGACTTGAGATAAAGGTTTAAATCTATG-TTTCTAACCCAGAAGCAT  99
       |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  -AATGACTTGAGATAAAGGTTTAAATCTATGTTTTCTAACCCAGAAGCAT  96

seq1  GCACACAAATCATCAGAAAATCATTCTGATCACTTTTCTATGGGCAAAGT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACAAATCATCAGAAAATCATTCTGATCACTTTTCTATGGGCAAAGT  146

seq1  TAAGTACGGATGTACCCAGGAGTCAGGGTCTTAGCCTGCCAGACAAATCA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTACGGATGTACCCAGGAGTCAGGGTCTTAGCCTGCCAGACAAATCA  196

seq1  AATGGCACACGGCACATAATTCCTGCTTTATTCTCGCTGTGATTAGAATG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCACACGGCACATAATTCCTGCTTTATTCTCGCTGTGATTAGAATG  246

seq1  GTAATTGAAAACCGCCTCTCCATAGACTGCAATGTCTTCATTTGTGCAAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTGAAAACCGCCTCTCCATAGACTGCAATGTCTTCATTTGTGCAAA  296

seq1  TGATGACTCTGACTTTTTCTGCCCTGAAACTACTAAGATTAATTATCTAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGACTCTGACTTTTTCTGCCCTGAAACTACTAAGATTAATTATCTAC  346

seq1  ACTCCCTAAACTGAATGATTTCCCCCCCCAAACTAACTTACTTTTGTGCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTAAACTGAATGATTTCCCCCCCCAAACTAACTTACTTTTGTGCT  396

seq1  GTTATATCTGTTCCTATAATAGTAGATGCAGACACTGGCAGAATGAAAAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATATCTGTTCCTATAATAGTAGATGCAGACACTGGCAGAATGAAAAT  446

seq1  TCTTCTATTTAAGAAACACATTTTAAAACATGTGAAGACTTCTAGATATA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTATTTAAGAAACACATTTTAAAACATGTGAAGACTTCTAGATATA  496

seq1  TTAACTAGGGTACGCTGAGCCGCAGTTCTACTGATCCTCTTTATTACATG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTAGGGTACGCTGAGCCGCAGTTCTACTGATCCTCTTTATTACATG  546

seq1  TGGCTGAATAGAATAAGCCACAAAGAGAGACACTGAGGAAATTCTGGGAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGAATAGAATAAGCCACAAAGAGAGACACTGAGGAAATTCTGGGAC  596

seq1  TGGGTGCAGGAAGGGAAATGCTTTGTGTAGCATGCACATATGGCCTTTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGCAGGAAGGGAAATGCTTTGTGTAGCATGCACATATGGCCTTTGT  646

seq1  TGTGCTGATTTGTCTCTGTGATGTAAAACAGAATCAAGAGCACATCTATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGATTTGTCTCTGTGATGTAAAACAGAATCAAGAGCACATCTATG  696

seq1  CTTTTACATCCACAATAAAGGTCTTAGCTTCAGGAGGATGCCTTCTTTAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTACATCCACAATAAAGGTCTTAGCTTCAGGAGGATGCCTTCTTTAT  746

seq1  AAAAGGCAGAGGAAGTAGGAAGGTTTCATTACATCATTTTGAAGATGCAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGCAGAGGAAGTAGGAAGGTTTCATTACATCATTTTGAAGATGCAA  796

seq1  TTCCAGCCTGCTTGCAACCTTCCCTCCATCCTTCTGTCTGCCCATAGACT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCCTGCTTGCAACCTTCCCTCCATCCTTCTGTCTGCCCATAGACT  846

seq1  TGAAGCTTCAGCCTCAGATGTGATGACAATGTCTGAGAACTGCTTATCCG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTTCAGCCTCAGATGTGATGACAATGTCTGAGAACTGCTTATCCG  896

seq1  GCCACATAATTATCCCCCATGTTAACGTCACAGGATGATAACTGAGAAAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACATAATTATCCCCCATGTTAACGTCACAGGATGATAACTGAGAAAG  946

seq1  ATGAAGAAGGGGTGGAGTGGGGAACAAATCTTCTATTGTTTCTGATGTTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAAGGGGTGGAGTGGGGAACAAATCTTCTATTGTTTCTGATGTTT  996

seq1  CTGTTTCTCTTCTTGAATGTGAAATGAACATCAACTAAGGCAGAATTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCTCTTCTTGAATGTGAAATGAACATCAACTAAGGCAGAATTC  1044


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |