BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305A22
Chromosome12 (Build37)
Map Location 9,870,694 - 10,043,798
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLaptm4a, Matn3, Wdr35, Ttc32, LOC633030, LOC100042238, Osr1
Downstream geneLOC382567, Nt5c1b, Rdh14, LOC238074, LOC100042308, EG668435
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305A22.bB6Ng01-305A22.g
ACCGA098445GA098446
length9751,079
definitionB6Ng01-305A22.b B6Ng01-305A22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,870,694 - 9,871,536)(10,042,716 - 10,043,798)
sequence
gaattctctttagctcctgcagtgtaatgctcaatccccattgtgtcact
cactcatccaccctttaatgacatgtatagaagatcatgttttacttgag
tctgagacagacagatagatgatagatagatagatagatagatagataga
tagatagatagatagatgacagagtactaccatgggatgaattatggatc
aagaacactgaaatgcacaggataatcccaagacagcatagttagcattg
cgatagaggtagttatactgtggtgagaaaagaacaatcaatattttgga
tgaggcaaaaaatggatacataccattgttgatggccaactccagttaga
aaataccattctgagtgaggtaacccagtcacaaaagaacatgcatggta
tgcactcagtgataagtggatattagcccagaaattctgaatacctaaga
tccaattcacagaccacatgaagctcaagaagaaggaagaccaaatgtgg
atacttcagtctttcttagaagggggatcgaaatacacatgggagtagat
acagagacaaattttgaagcagaaactgaaggaaaggtcatccagtgact
gtcccaacccatatacagttatcaaacccagggactattgtggatgccaa
caagagcttgctgacaggaacctgatatagctgtctcctgagaggctctg
tcagtgcctgataaatacagaaatggaggctcacagcccttcattggact
gagcacagggtccccaatggaggggctagaggtaggccccaaggatctga
agggtttgcagccccacaggaggaagaacaatatgaaccaaccagtacca
ccagagctcccagggaccaaaccaccagctgaagagtacacaaggagaga
ctcaaggcttcagccacatatggagtagaggatgggccttgtgtgacatc
gatgagaggagaggatcttggtctt

gaattccatagctagaatgtgaagaaatatataaatatgcttttaaatat
ttgatggatagttttagagtaggaaaagacatatttgtaatgttagctaa
gtacaatggtacatggggtctcacagtggctaatttgtaactactgctga
actcagaagtcagaagataggatagacaggatagaagtatacaatgatcc
ttgtcatgcctacagttgacaaggtatagagaagatcttctgtgtttggt
ttgcctagagtgttaggcaaggtgaacaattatatgtaaataaaaatcta
tgctgtaatcttctaaaaactatataataaatgcaaatccagaggtctat
ggggaaaactactcattttcctaggatagacataacaaaggagaaaacgt
ctcaactgaatactgaagaaggattattacctctctagtcattgaactct
aggccaggctgaaggacagacatgaatatgggtgagtctccaggggcaag
ttgttattaagtaaggtgaaggaatcttggtgattatctcagagctagaa
ggtacaaaactagaactcctgttaagaaatctgactactttaacatgaat
gaattaaaaaaaaaatcacacttatcagcagggtggggagtgaagctaaa
gtctacaagacctataatgaggacacagtcaaaagatgtgtaataatctg
atagaggacaaagaggactagaaatgagaatgaaggatcaggcaatctaa
aactatatttttgttttcttttttttttcttccctttttgttttttcaag
acagggtttcttcgggtagacccagctgtcctggaacttattctgtagac
caggctggccttgaactcagaaatctgcctgtctttgcctcccaagttct
gggattaaaggtgtgtgccaccactgcaatctaacactaaactgactggg
tatagtggcttaaatctggccctctgtcctgtctaccctccatcctcttt
ccctcactattggtacttccagatgcatacagggatcactctggtgtgat
ctgatccccaaagctttcaccacatgctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_9870694_9871536
seq2: B6Ng01-305A22.b_46_888

seq1  GAATTCTCTTTAGCTCCTGCAGTGTAATGCTCAATCCCCATTGTGTCACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTTAGCTCCTGCAGTGTAATGCTCAATCCCCATTGTGTCACT  50

seq1  CACTCATCCACCCTTTAATGACATGTATAGAAGATCATGTTTTACTTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCATCCACCCTTTAATGACATGTATAGAAGATCATGTTTTACTTGAG  100

seq1  TCTGAGACAGACAGATAGATGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGACAGACAGATAGATGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  150

seq1  TAGATAGATAGATAGATGACAGAGTACTACCATGGGATGAATTATGGATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATGACAGAGTACTACCATGGGATGAATTATGGATC  200

seq1  AAGAACACTGAAATGCACAGGATAATCCCAAGACAGCATAGTTAGCATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACACTGAAATGCACAGGATAATCCCAAGACAGCATAGTTAGCATTG  250

seq1  CGATAGAGGTAGTTATACTGTGGTGAGAAAAGAACAATCAATATTTTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATAGAGGTAGTTATACTGTGGTGAGAAAAGAACAATCAATATTTTGGA  300

seq1  TGAGGCAAAAAATGGATACATACCATTGTTGATGGCCAACTCCAGTTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCAAAAAATGGATACATACCATTGTTGATGGCCAACTCCAGTTAGA  350

seq1  AAATACCATTCTGAGTGAGGTAACCCAGTCACAAAAGAACATGCATGGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACCATTCTGAGTGAGGTAACCCAGTCACAAAAGAACATGCATGGTA  400

seq1  TGCACTCAGTGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAATTCTGAATACCTAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTCAGTGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAATTCTGAATACCTAAGA  450

seq1  TCCAATTCACAGACCACATGAAGCTCAAGAAGAAGGAAGACCAAATGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATTCACAGACCACATGAAGCTCAAGAAGAAGGAAGACCAAATGTGG  500

seq1  ATACTTCAGTCTTTCTTAGAAGGGGGATCGAAATACACATGGGAGTAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTCAGTCTTTCTTAGAAGGGGGATCGAAATACACATGGGAGTAGAT  550

seq1  ACAGAGACAAATTTTGAAGCAGAAACTGAAGGAAAGGTCATCCAGTGACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACAAATTTTGAAGCAGAAACTGAAGGAAAGGTCATCCAGTGACT  600

seq1  GTCCCAACCCATATACAGTTATCAAACCCAGGGACTATTGTGGATGCCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAACCCATATACAGTTATCAAACCCAGGGACTATTGTGGATGCCAA  650

seq1  CAAGAGCTTGCTGACAGGAACCTGATATAGCTGTCTCCTGAGAGGCTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGCTTGCTGACAGGAACCTGATATAGCTGTCTCCTGAGAGGCTCTG  700

seq1  TCAGTGCCTGATAAATACAGAAATGGAGGCTCACAGCCCTTCATTGGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGCCTGATAAATACAGAAATGGAGGCTCACAGCCCTTCATTGGACT  750

seq1  GAGCACAGGGTCCCCAATGGAGGGGCTAGAGGTAGGCCCCAAGGATCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACAGGGTCCCCAATGGAGGGGCTAGAGGTAGGCCCCAAGGATCTGA  800

seq1  AGGGTTTGCAGCCCCACAGGAGGAAGAACAATATGAACCAACC  843
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTGCAGCCCCACAGGAGGAAGAACAATATGAACCAACC  843


seq1: chr12_10042716_10043798
seq2: B6Ng01-305A22.g_67_1145 (reverse)

seq1  GAGCATGTGGTTGGAAGCTTTGGGGATCAGATTCACACCAGAAGTGATCC  50
      |||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  GAGCATGTGG-TGAAAGCTTTGGGGATCAGA-TCACACCAG-AGTGATCC  47

seq1  CTGTATGCATCTGGAAGTACAATAAGTGAGGGAAAGGAGGATGGAGGGTA  100
      |||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTGTATGCATCTGGAAGTACCAATAGTGAGGGAAA-GAGGATGGAGGGTA  96

seq1  GACAGGACAGAGGGCCAGATTTAAGCCACTATACCCAGTCAGTTTAGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGACAGAGGGCCAGATTTAAGCCACTATACCCAGTCAGTTTAGTGT  146

seq1  TAGATTGCAGTGGTGGCACACACCTTTAATCCCAGAACTTGGGAGGCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTGCAGTGGTGGCACACACCTTTAATCCCAGAACTTGGGAGGCAAA  196

seq1  GACAGGCAGATTTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAATAAGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGCAGATTTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAATAAGTTC  246

seq1  CAGGACAGCTGGGTCTACCCGAAGAAACCCTGTCTTGAAAAAACAAAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACAGCTGGGTCTACCCGAAGAAACCCTGTCTTGAAAAAACAAAAAG  296

seq1  GGAAGAAAAAAAAAAGAAAACAAAAATATAGTTTTAGATTGCCTGATCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAAAAAAAAAAGAAAACAAAAATATAGTTTTAGATTGCCTGATCCT  346

seq1  TCATTCTCATTTCTAGTCCTCTTTGTCCTCTATCAGATTATTACACATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTCATTTCTAGTCCTCTTTGTCCTCTATCAGATTATTACACATCT  396

seq1  TTTGACTGTGTCCTCATTATAGGTCTTGTAGACTTTAGCTTCACTCCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTGTGTCCTCATTATAGGTCTTGTAGACTTTAGCTTCACTCCCCA  446

seq1  CCCTGCTGATAAGTGTGATTTTTTTTTTAATTCATTCATGTTAAAGTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCTGATAAGTGTGATTTTTTTTTTAATTCATTCATGTTAAAGTAGT  496

seq1  CAGATTTCTTAACAGGAGTTCTAGTTTTGTACCTTCTAGCTCTGAGATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTTCTTAACAGGAGTTCTAGTTTTGTACCTTCTAGCTCTGAGATAA  546

seq1  TCACCAAGATTCCTTCACCTTACTTAATAACAACTTGCCCCTGGAGACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAAGATTCCTTCACCTTACTTAATAACAACTTGCCCCTGGAGACTC  596

seq1  ACCCATATTCATGTCTGTCCTTCAGCCTGGCCTAGAGTTCAATGACTAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATATTCATGTCTGTCCTTCAGCCTGGCCTAGAGTTCAATGACTAGA  646

seq1  GAGGTAATAATCCTTCTTCAGTATTCAGTTGAGACGTTTTCTCCTTTGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAATAATCCTTCTTCAGTATTCAGTTGAGACGTTTTCTCCTTTGTT  696

seq1  ATGTCTATCCTAGGAAAATGAGTAGTTTTCCCCATAGACCTCTGGATTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTATCCTAGGAAAATGAGTAGTTTTCCCCATAGACCTCTGGATTTG  746

seq1  CATTTATTATATAGTTTTTAGAAGATTACAGCATAGATTTTTATTTACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATTATATAGTTTTTAGAAGATTACAGCATAGATTTTTATTTACAT  796

seq1  ATAATTGTTCACCTTGCCTAACACTCTAGGCAAACCAAACACAGAAGATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTGTTCACCTTGCCTAACACTCTAGGCAAACCAAACACAGAAGATC  846

seq1  TTCTCTATACCTTGTCAACTGTAGGCATGACAAGGATCATTGTATACTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTATACCTTGTCAACTGTAGGCATGACAAGGATCATTGTATACTTC  896

seq1  TATCCTGTCTATCCTATCTTCTGACTTCTGAGTTCAGCAGTAGTTACAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTGTCTATCCTATCTTCTGACTTCTGAGTTCAGCAGTAGTTACAAA  946

seq1  TTAGCCACTGTGAGACCCCATGTACCATTGTACTTAGCTAACATTACAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCACTGTGAGACCCCATGTACCATTGTACTTAGCTAACATTACAAA  996

seq1  TATGTCTTTTCCTACTCTAAAACTATCCATCAAATATTTAAAAGCATATT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTTTTCCTACTCTAAAACTATCCATCAAATATTTAAAAGCATATT  1046

seq1  TATATATTTCTTCACATTCTAGCTATGGAATTC  1083
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATTTCTTCACATTCTAGCTATGGAATTC  1079


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |